genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  190  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57391763--57392038	129	2.2	131	86	6	413	31	18	23	27	1.97
57393627--57393691	30	2.2	30	97	0	121	41	7	0	50	1.31
57398285--57398335	25	2.0	26	84	3	68	39	11	9	39	1.75
57400550--57400660	55	2.0	55	100	0	222	39	14	14	31	1.86
57419294--57419385	9	9.4	9	74	11	67	33	3	0	63	1.11
57419294--57419387	20	4.8	19	76	7	82	32	3	0	63	1.10
57420396--57420433	20	1.9	19	89	5	58	34	7	0	57	1.28
57420515--57420559	22	2.0	22	87	8	65	51	0	0	48	1.00
57421385--57421426	22	2.0	22	90	4	68	47	2	9	40	1.49
57421726--57421912	96	2.0	94	86	5	261	40	5	15	37	1.72
57421789--57421843	27	2.0	28	92	3	94	50	3	7	38	1.48
57421816--57421950	69	2.0	68	86	4	191	39	6	17	37	1.76
57423360--57423424	28	2.4	28	89	2	105	40	10	0	49	1.38
57424101--57424159	19	3.2	19	82	4	84	37	13	0	49	1.43
57424369--57424434	19	3.5	19	72	12	73	50	3	9	37	1.50
57424856--57424920	28	2.3	29	91	2	105	50	0	7	41	1.31
57425055--57425167	59	1.9	59	100	0	226	60	12	6	21	1.54
57425327--57425370	15	2.8	16	86	6	63	70	2	9	18	1.24
57425883--57425907	13	1.9	13	100	0	50	8	8	40	44	1.63
57426890--57426928	13	2.8	13	85	11	51	7	5	7	79	1.05
57427110--57427509	44	9.1	44	78	2	392	29	20	17	32	1.95
57427110--57427523	177	2.3	175	80	6	440	29	20	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57432360--57432395	14	2.6	14	95	0	63	5	30	2	61	1.33
57437073--57437116	15	2.8	16	86	6	63	70	2	9	18	1.24
57441291--57441426	39	3.5	39	76	3	123	19	27	27	26	1.99
57445144--57445273	33	4.0	33	78	4	113	42	12	23	22	1.87
57447471--57447496	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
57450890--57451000	51	2.2	51	81	3	125	40	8	16	35	1.78
57462877--57462915	20	2.0	20	89	0	60	23	5	2	69	1.21
57463703--57463771	27	2.5	28	77	18	72	36	1	1	60	1.14
57464211--57464375	66	2.5	66	87	2	215	40	18	26	14	1.89
57464362--57464405	21	2.3	19	85	14	56	34	20	43	2	1.64
57464734--57465028	43	7.0	41	80	6	146	26	19	26	28	1.99
57464781--57465003	86	2.6	85	82	5	263	26	18	26	28	1.98
57464733--57465026	129	2.3	127	79	6	319	26	19	26	28	1.99
57465103--57465145	22	2.0	22	85	0	59	46	25	18	9	1.79
57465412--57465460	9	5.4	9	85	9	73	26	10	22	40	1.86
57465410--57465460	18	2.8	18	93	0	93	29	9	21	39	1.85
57466568--57466593	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
57468015--57468064	15	3.4	15	81	10	50	48	0	0	52	1.00
57468191--57468234	21	2.1	21	83	8	54	47	2	2	47	1.27
57469229--57469308	40	2.0	40	97	0	151	25	11	25	38	1.88
57473815--57473870	26	2.2	26	83	6	69	44	21	17	16	1.86
57476810--57476848	20	2.1	18	85	9	51	76	5	0	17	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57477006--57477058	12	4.8	12	75	15	51	41	0	28	30	1.56
57487013--57487570	279	2.0	275	84	2	715	35	16	14	33	1.90
57490830--57490960	62	2.1	62	92	1	217	35	3	12	48	1.57
57497126--57497167	15	2.9	15	78	3	50	40	0	0	59	0.97
57498796--57498837	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
57505401--57505504	52	2.0	52	100	0	208	36	17	23	23	1.95
57512963--57512992	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
57514173--57514206	17	2.0	17	94	0	59	26	23	14	35	1.94
57516809--57517115	156	2.0	156	92	0	506	27	19	18	34	1.95
57517459--57517493	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
57524778--57524863	45	1.9	45	82	0	109	36	17	20	25	1.95
57524852--57524916	22	3.0	22	86	0	94	33	16	18	30	1.94
57524856--57524926	22	3.2	22	83	0	88	36	18	16	28	1.93
57524909--57525011	24	4.4	24	83	2	120	38	20	13	27	1.90
57529842--57529882	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
57533965--57534043	27	3.0	26	75	7	70	54	3	8	32	1.49
57537380--57537410	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
57537463--57537499	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
57537713--57537772	30	1.9	31	83	6	77	21	38	0	40	1.54
57543748--57543834	45	1.9	45	95	0	156	41	4	3	50	1.40
57545181--57545390	105	2.0	105	96	0	384	36	6	18	38	1.77
57550337--57550382	23	2.0	23	95	0	83	58	8	15	17	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57569529--57569624	39	2.5	39	83	6	106	46	20	3	29	1.66
57584544--57584584	13	3.3	12	84	15	57	19	0	24	56	1.42
57584548--57584588	22	1.9	21	90	5	64	17	0	24	58	1.38
57585969--57585995	14	1.9	14	100	0	54	48	14	7	29	1.71
57586186--57586227	4	10.5	4	94	0	75	52	0	23	23	1.47
57587635--57587704	31	2.3	29	77	20	81	45	8	1	44	1.43
57602099--57602182	40	2.1	40	100	0	168	21	26	17	34	1.96
57603715--57603789	31	2.5	31	80	6	82	25	10	12	52	1.70
57605181--57605242	31	2.0	31	87	0	88	45	11	20	22	1.83
57606044--57606086	16	2.7	15	82	17	52	34	0	0	65	0.93
57606042--57606106	25	2.7	25	79	9	64	38	1	0	60	1.07
57607096--57607204	39	2.8	40	85	2	139	37	19	20	22	1.94
57607298--57607373	40	1.9	40	83	0	98	23	19	18	38	1.93
57607758--57607806	14	3.5	14	80	0	53	20	0	32	46	1.51
57607816--57607947	7	18.6	7	67	16	58	22	1	28	47	1.60
57607821--57607869	14	3.4	14	86	10	64	22	0	26	51	1.49
57608003--57608122	14	8.5	14	71	15	52	25	0	29	45	1.59
57608067--57608108	22	2.0	21	86	13	59	23	0	30	45	1.53
57608063--57608122	7	8.4	7	81	3	57	23	0	28	48	1.51
57608130--57608181	6	8.7	6	100	0	104	17	15	51	15	1.76
57610202--57610240	17	2.3	17	95	0	69	35	5	0	58	1.20
57610922--57610963	18	2.4	18	84	4	59	50	4	9	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57610937--57611231	109	2.7	108	92	4	495	30	16	18	34	1.93
57614983--57615037	10	5.7	10	74	22	55	80	0	20	0	0.72
57614983--57615039	12	4.7	12	79	18	64	78	0	21	0	0.74
57614983--57615038	20	3.0	20	85	15	84	80	0	19	0	0.71
57617297--57618329	85	12.0	85	74	9	693	31	16	21	30	1.95
57617396--57618338	129	7.3	128	80	6	598	31	16	21	30	1.95
57617398--57618240	214	3.9	215	83	4	1096	31	16	21	30	1.95
57617450--57618330	428	2.1	428	93	0	1483	31	16	21	30	1.95
57618445--57618646	44	4.7	42	72	10	140	32	16	20	30	1.95
57618059--57618805	353	2.1	353	94	0	1296	30	17	21	30	1.96
57618412--57618712	129	2.3	129	88	0	449	30	18	20	30	1.97
57620494--57620532	17	2.3	17	90	0	60	38	5	0	56	1.22
57621219--57621261	18	2.4	18	84	0	59	51	4	9	34	1.55
57621240--57621636	109	3.7	109	91	3	658	29	16	19	34	1.94
57621235--57621636	217	1.8	218	96	0	743	30	16	19	34	1.94
57624666--57624756	43	2.1	43	85	2	121	32	10	12	43	1.77
57625025--57625191	43	3.9	43	85	6	196	29	18	26	25	1.98
57625407--57625453	18	2.7	18	80	9	53	23	0	4	72	1.02
57625864--57625917	17	3.1	17	76	10	54	66	1	27	3	1.19
57626905--57626950	14	3.5	14	74	17	53	4	30	2	63	1.26
57626897--57626950	28	1.9	28	84	0	72	3	29	1	64	1.21
57640345--57640589	73	3.4	70	77	8	208	30	24	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57641028--57641117	23	4.0	24	78	18	88	21	0	42	36	1.53
57641051--57641120	8	9.3	7	76	14	59	18	0	41	40	1.51
57641058--57641115	15	3.8	15	86	2	71	17	0	44	37	1.49
57642517--57642683	83	2.0	83	90	4	266	38	9	19	32	1.84
57644122--57644194	33	2.3	31	86	6	94	19	19	23	38	1.93
57644808--57644840	12	2.8	12	90	4	50	75	0	3	21	0.93
57645090--57645400	25	12.2	25	89	3	460	46	19	0	34	1.50
57645185--57645425	18	13.4	18	64	30	74	46	19	0	34	1.50
57645090--57645411	128	2.5	128	95	2	567	46	19	0	34	1.50
57645380--57645452	9	8.2	9	75	14	62	43	20	0	35	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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