genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  58  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19040351--19040384	5	6.8	5	100	0	68	41	0	20	38	1.53
19051904--19052087	91	2.0	91	91	2	298	48	23	5	21	1.71
19053285--19053316	4	8.0	4	92	0	55	46	25	3	25	1.67
19053635--19053660	6	4.3	6	100	0	52	0	34	15	50	1.45
19059160--19059234	22	3.3	23	81	9	75	26	29	0	44	1.55
19059160--19059234	11	6.7	11	71	21	59	26	29	0	44	1.55
19060426--19060465	7	5.7	7	100	0	80	27	0	15	57	1.38
19061116--19061155	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
19061698--19061762	14	4.6	13	74	14	58	41	35	1	21	1.63
19061698--19061753	15	3.9	14	78	19	62	41	37	1	19	1.62
19061698--19061756	28	2.1	28	93	0	100	42	37	1	18	1.61
19061726--19062461	43	17.0	43	75	13	487	46	26	0	25	1.57
19061733--19062341	65	9.3	64	76	14	435	46	27	0	25	1.57
19061798--19061858	28	2.1	28	87	3	86	42	31	0	26	1.55
19061726--19062461	22	34.0	22	74	11	533	46	26	0	25	1.57
19062175--19062244	15	4.8	15	74	13	74	45	32	0	21	1.52
19062076--19062413	135	2.5	134	78	10	335	47	27	0	24	1.55
19062240--19062461	121	1.8	121	88	1	338	50	22	0	27	1.55
19065623--19066065	126	3.5	125	87	4	574	29	23	15	30	1.96
19066182--19066219	9	4.2	9	89	0	58	60	26	0	13	1.33
19066182--19066219	18	2.1	18	95	0	67	60	26	0	13	1.33
19066308--19066386	40	2.0	40	89	0	122	24	26	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19066748--19066799	16	3.1	16	74	15	52	28	0	0	71	0.87
19067231--19067287	23	2.4	23	82	5	60	50	0	0	49	1.00
19067251--19067296	24	2.0	23	86	4	65	45	2	0	52	1.13
19068275--19068300	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
19083063--19083182	57	2.1	57	98	0	231	34	13	12	40	1.82
19085937--19085978	22	2.0	21	85	4	57	21	4	2	71	1.16
19090500--19090533	17	2.0	17	88	0	50	73	2	23	0	0.97
19091299--19091420	3	40.7	3	79	6	131	29	2	4	63	1.25
19091555--19091610	25	2.3	23	77	22	60	37	7	0	55	1.27
19098310--19098352	22	2.0	22	85	0	59	74	4	20	0	1.00
19098312--19098361	19	2.5	20	83	3	57	70	4	26	0	1.05
19099995--19100202	45	4.7	45	69	12	144	30	18	21	29	1.97
19099902--19100323	130	3.3	130	86	3	586	29	19	21	29	1.97
19101550--19101638	3	29.7	3	72	8	65	28	2	6	62	1.32
19101551--19101638	39	2.3	39	86	4	115	28	2	6	62	1.33
19101716--19101748	12	2.8	12	90	4	50	27	0	0	72	0.85
19101777--19101832	25	2.3	23	77	22	60	37	7	0	55	1.27
19103042--19103098	30	1.9	30	85	7	80	61	0	3	35	1.13
19116057--19116112	27	2.1	27	86	6	78	33	3	1	60	1.24
19128272--19128315	19	2.2	19	84	12	52	45	6	11	36	1.67
19136743--19136932	40	4.8	40	90	1	265	24	28	22	25	1.99
19139524--19139624	26	3.9	26	80	7	125	41	6	16	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19139526--19139624	51	1.9	52	85	6	139	42	6	17	34	1.74
19140954--19140984	7	4.6	7	92	8	55	83	16	0	0	0.64
19142228--19142277	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19146858--19146907	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
19153273--19153309	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
19156933--19157019	44	2.0	44	90	0	138	47	11	11	29	1.75
19159191--19159302	25	4.5	25	95	0	188	27	20	33	18	1.96
19159173--19159310	25	5.6	25	91	2	181	28	20	31	18	1.96
19161619--19161709	44	2.1	44	95	0	164	47	9	12	30	1.73
19170609--19170941	167	2.0	168	85	1	452	35	23	18	23	1.96
19172156--19172207	24	2.2	24	85	0	68	36	21	21	21	1.95
19176645--19176821	41	4.3	41	88	2	153	22	27	20	29	1.98
19176674--19176835	41	4.0	41	92	1	245	22	27	20	29	1.99
19176680--19176853	82	2.1	82	86	4	235	22	27	20	29	1.99
19178490--19178514	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
19180443--19180517	39	1.9	38	81	10	89	38	4	6	50	1.47
19180538--19180578	9	4.6	9	81	0	55	26	0	4	68	1.10
19180538--19180578	18	2.3	18	91	0	64	26	0	4	68	1.10
19185542--19185568	5	5.4	5	100	0	54	55	0	0	44	0.99
19197076--19197146	25	2.8	25	82	4	81	18	26	19	35	1.95
19197134--19197220	25	3.5	25	75	6	77	20	24	20	34	1.97
19197084--19197220	50	2.7	50	79	4	134	20	24	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19198785--19198809	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19199907--19200081	44	4.0	42	82	8	183	24	20	26	28	1.99
19201381--19201438	20	3.2	20	67	23	63	37	3	20	37	1.70
19201370--19201438	35	2.0	35	100	0	138	37	5	18	37	1.75
19202594--19202644	26	1.9	27	84	4	68	19	11	13	54	1.69
19206590--19206629	21	1.9	21	89	0	62	25	10	35	30	1.88
19210626--19210664	7	5.6	7	100	0	78	28	0	0	71	0.86
19210626--19210673	21	2.3	21	89	7	71	31	0	0	68	0.90
19213082--19213120	10	3.8	10	83	6	51	41	0	0	58	0.98
19214639--19214708	19	3.7	19	75	11	72	64	1	4	30	1.21
19214675--19214895	10	23.1	9	67	18	90	63	3	4	28	1.29
19214747--19214834	19	4.4	20	78	9	81	62	1	4	31	1.23
19214774--19214841	27	2.4	29	80	11	79	69	1	1	27	1.06
19214857--19214897	21	2.0	21	85	9	57	70	0	4	24	1.06
19215116--19215151	18	1.9	18	88	5	54	47	0	2	50	1.15
19215148--19215187	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
19215219--19215267	24	2.1	24	88	3	73	34	8	10	46	1.67
19218671--19219044	43	8.7	43	90	4	560	28	32	18	19	1.96
19219407--19219576	66	2.6	66	87	1	234	15	28	17	38	1.90
19222748--19222787	16	2.5	16	95	0	71	30	0	20	50	1.49
19222974--19223012	17	2.4	17	87	12	55	35	10	2	51	1.50
19223041--19223065	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19224201--19224250	9	5.1	9	81	13	55	16	4	0	80	0.87
19224203--19224250	20	2.5	19	86	10	62	16	4	0	79	0.89
19224877--19224944	7	9.0	7	77	15	55	33	48	0	17	1.48
19224878--19224937	15	3.9	15	89	8	93	33	48	0	18	1.48
19224909--19224957	21	2.3	21	89	3	71	28	53	0	18	1.45
19225736--19225782	25	2.0	24	83	8	60	25	10	6	57	1.56
19225869--19226035	41	4.0	41	74	6	122	35	25	16	22	1.94
19225907--19226062	82	1.9	83	84	6	210	38	23	16	22	1.93
19231328--19231371	17	2.6	17	92	0	70	43	47	0	9	1.35
19235964--19236007	17	2.6	17	92	0	70	43	47	0	9	1.35
19237674--19237724	16	2.8	17	75	19	50	43	0	31	25	1.55
19238081--19238117	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19240389--19240513	25	5.1	25	74	13	109	18	26	23	32	1.97
19240394--19240530	48	2.8	48	71	15	109	18	26	20	34	1.96
19241599--19241645	18	2.6	18	90	6	69	38	25	8	27	1.85
19241599--19241645	9	5.2	9	77	10	51	38	25	8	27	1.85
19241658--19241707	12	3.8	13	81	7	57	22	2	10	66	1.32
19241653--19241707	19	2.9	18	81	8	56	21	1	9	67	1.28
19241735--19241778	18	2.4	18	84	0	61	11	4	45	38	1.61
19243221--19243620	199	2.0	199	96	0	739	39	26	13	20	1.90
19243819--19243844	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19251474--19251516	14	3.0	14	79	3	50	44	0	4	51	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19252262--19252551	43	6.8	43	89	2	442	24	30	19	25	1.98
19252260--19252551	128	2.3	128	91	2	464	25	30	19	25	1.98
19252262--19252534	85	3.2	85	91	1	440	24	30	19	25	1.98
19252653--19252699	13	3.6	13	72	11	51	53	4	4	38	1.40
19252655--19252707	26	2.0	26	100	0	106	49	7	3	39	1.49
19252655--19252726	26	2.7	26	89	2	90	50	9	2	37	1.50
19253084--19253138	21	2.6	21	100	0	110	34	18	18	29	1.94
19253890--19253983	48	2.0	48	87	4	136	40	29	12	17	1.86
19256403--19256496	48	2.0	48	83	8	120	41	28	11	18	1.85
19258693--19258806	57	2.0	57	87	3	167	27	22	14	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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