genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   

This is table  78  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24788434--24788467	17	1.9	18	88	5	52	32	2	0	64	1.08
24789533--24789580	18	2.7	18	83	9	62	31	0	0	68	0.90
24789533--24789583	17	2.9	17	88	5	66	35	0	0	64	0.94
24789553--24789604	24	2.2	24	86	6	70	30	0	3	65	1.10
24800602--24800834	122	1.9	122	84	3	317	30	27	16	26	1.97
24804644--24804773	40	3.2	40	79	9	120	26	11	26	35	1.91
24804628--24804773	40	3.6	40	78	10	118	25	12	26	36	1.91
24805444--24805822	22	16.5	22	70	11	224	22	12	22	42	1.87
24805444--24805867	69	6.1	69	82	5	471	23	12	21	41	1.88
24805561--24805622	11	5.6	11	74	0	52	24	4	27	43	1.74
24805492--24805867	91	4.1	91	75	9	296	23	12	22	41	1.88
24805514--24805729	47	4.6	48	79	6	273	23	12	22	42	1.87
24805583--24805801	117	1.9	117	93	1	377	22	13	23	40	1.89
24805583--24805877	117	2.5	116	83	6	294	23	13	22	41	1.89
24806310--24806337	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
24807530--24807708	58	3.1	58	63	24	151	46	7	13	31	1.71
24807512--24807751	115	2.1	115	99	0	471	48	6	12	32	1.67
24809394--24809556	50	3.3	50	70	2	139	28	15	20	34	1.94
24809394--24809606	100	2.1	100	82	5	270	25	16	22	34	1.95
24809720--24811015	44	27.6	44	64	20	253	27	20	18	33	1.96
24809625--24810226	142	4.3	142	89	1	899	27	20	18	33	1.96
24810381--24810982	142	4.3	142	89	1	890	27	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24809597--24811115	756	2.0	756	99	0	2993	27	20	18	33	1.96
24811060--24811730	131	5.2	131	86	2	879	24	24	21	29	1.99
24812924--24812960	6	5.4	7	90	9	51	13	16	0	70	1.17
24818254--24818293	20	2.0	21	90	5	64	62	5	10	22	1.46
24818355--24818412	26	2.2	27	82	14	68	56	3	6	32	1.42
24819453--24819484	9	3.4	9	95	4	55	9	18	37	34	1.83
24819862--24819970	44	2.5	44	83	3	121	33	21	16	29	1.95
24820065--24820546	87	5.6	87	88	2	695	24	24	21	28	1.99
24820180--24820317	44	3.2	44	64	20	108	27	24	21	26	1.99
24820180--24820494	43	7.3	43	63	19	134	25	25	22	26	2.00
24821732--24821781	7	7.1	7	74	17	50	14	18	0	68	1.22
24821745--24821788	13	3.2	13	80	6	52	11	15	0	72	1.11
24822129--24822207	19	4.2	20	71	19	53	11	17	2	68	1.31
24822223--24822281	22	2.6	23	84	10	77	8	3	5	83	0.91
24822223--24822281	23	2.6	22	84	10	66	8	3	5	83	0.91
24822222--24822278	20	3.0	19	77	15	55	10	3	5	80	0.98
24829878--24830004	28	4.5	28	91	0	173	32	28	11	27	1.92
24837721--24837847	28	4.5	28	91	0	173	32	28	11	27	1.92
24845553--24845675	28	4.4	28	88	0	165	32	25	11	30	1.91
24845553--24845675	56	2.2	56	89	0	183	32	25	11	30	1.91
24849226--24849278	20	2.7	20	93	0	88	37	5	33	22	1.78
24852801--24853028	122	1.9	122	86	3	325	32	27	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24854759--24854897	27	5.1	27	86	0	179	41	21	17	18	1.90
24856649--24856840	105	1.8	105	87	2	287	34	16	17	31	1.92
24859534--24859570	18	2.1	18	100	0	74	32	21	18	27	1.97
24861490--24861584	41	2.3	41	98	0	181	28	21	27	23	1.99
24861756--24861929	41	4.2	41	88	0	267	28	18	28	24	1.98
24869682--24869816	41	3.3	41	97	0	252	27	20	28	23	1.99
24872257--24872281	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24879743--24879783	19	2.2	19	90	0	64	78	2	12	7	1.06
24880174--24880209	9	4.0	9	96	0	63	58	0	0	41	0.98
24880174--24880241	18	3.7	18	75	14	68	58	2	0	38	1.13
24880865--24880940	35	2.2	34	84	11	93	35	5	0	59	1.20
24889957--24890463	114	4.4	114	87	1	685	37	18	20	23	1.94
24891280--24891356	14	5.5	14	83	6	75	14	0	38	46	1.44
24891280--24891356	7	11.0	7	76	5	57	14	0	38	46	1.44
24892277--24892327	12	4.2	13	73	12	54	27	29	0	43	1.55
24892281--24892335	24	2.3	24	81	9	69	30	36	0	32	1.58
24892907--24892966	26	2.3	26	94	0	102	41	13	3	41	1.60
24893793--24893868	28	2.6	29	85	12	93	51	15	0	32	1.44
24893808--24894146	9	39.4	9	69	18	172	47	17	0	33	1.54
24893822--24893868	12	4.2	12	79	20	66	53	14	0	31	1.42
24893819--24893868	20	2.5	20	93	3	82	52	16	0	32	1.44
24893887--24894076	25	7.2	25	69	20	84	47	19	0	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24893809--24894112	34	8.9	34	71	16	159	47	18	0	33	1.55
24893910--24894146	25	9.7	25	69	21	132	46	17	0	35	1.51
24899546--24899597	21	2.5	20	87	6	68	38	13	42	5	1.68
24899987--24900128	44	3.2	44	84	4	198	30	17	26	25	1.97
24899987--24900251	42	6.2	43	79	1	237	28	18	26	26	1.98
24899968--24900213	85	2.9	85	79	5	226	28	19	25	27	1.98
24899987--24900251	85	3.1	85	78	5	223	28	18	26	26	1.98
24904469--24904530	20	3.1	20	84	9	90	46	25	22	4	1.71
24904453--24904530	40	2.0	40	87	5	113	44	25	23	6	1.76
24917487--24917554	31	2.2	31	97	0	127	35	8	19	36	1.83
24921076--24921119	19	2.3	20	81	18	58	70	6	13	9	1.33
24921077--24921118	20	2.2	19	83	12	50	73	4	11	9	1.22
24923190--24923214	13	1.9	13	100	0	50	28	24	0	48	1.52
24925830--24925932	28	3.7	28	89	0	152	33	24	11	31	1.91
24926518--24926546	14	2.0	15	93	6	51	48	24	0	27	1.51
24938418--24938459	21	2.0	21	86	4	59	47	0	14	38	1.44
24938468--24938507	18	2.2	19	90	4	64	40	2	0	57	1.12
24940749--24940784	6	6.0	6	86	0	54	30	47	2	19	1.64
24952389--24952432	22	2.0	21	91	4	70	22	6	0	70	1.11
24953657--24953691	17	2.1	17	89	5	54	17	0	17	65	1.27
24959697--24959739	6	7.2	6	89	7	61	86	0	2	11	0.67
24959697--24959731	13	2.8	13	91	4	54	88	0	2	8	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959697--24959737	19	2.2	18	91	4	64	87	0	2	9	0.62
24968380--24968446	25	2.7	25	88	0	107	35	16	17	29	1.92
24968389--24968496	25	4.3	25	74	13	69	35	20	15	28	1.93
24984693--24984755	20	3.1	20	82	11	83	34	22	31	11	1.89
24987437--24987551	42	2.8	41	80	2	131	33	26	19	20	1.97
24987437--24987563	41	3.1	41	79	2	137	33	25	19	21	1.97
24989839--24989872	17	2.1	16	89	10	52	38	0	5	55	1.24
25001017--25001077	18	3.1	18	73	26	61	19	1	1	77	0.95
25001017--25001106	45	2.1	40	80	10	90	22	1	4	72	1.09
25009736--25009814	29	2.8	29	83	11	94	25	18	16	39	1.91
25014205--25014242	13	2.8	14	80	19	53	65	5	5	23	1.34
25015035--25015073	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
25017001--25017242	131	1.8	131	86	3	353	25	25	21	26	2.00
25017222--25017896	88	7.7	88	88	0	909	20	21	26	30	1.98
25017519--25017662	44	3.3	43	66	16	123	23	22	26	27	1.99
25024382--25024675	156	1.9	152	94	4	522	53	2	12	30	1.53
25024429--25024676	79	3.2	79	74	14	264	54	2	12	31	1.50
25024764--25024799	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
25027201--25027265	30	2.1	33	82	8	82	53	9	3	33	1.48
25030156--25030287	27	4.9	27	80	0	147	36	18	21	23	1.95
25032894--25032937	22	2.0	22	100	0	88	27	18	22	31	1.97
25034423--25034487	34	1.9	34	93	0	112	32	9	20	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25040446--25040507	25	2.5	24	79	10	70	22	16	29	32	1.95
25051818--25051865	22	2.2	22	92	0	78	33	20	8	37	1.83
25053228--25053273	22	2.0	22	83	4	56	21	0	6	71	1.08
25066245--25066313	27	2.5	28	90	4	106	21	28	13	36	1.91
25067743--25067773	16	1.9	16	93	0	53	25	16	25	32	1.96
25067849--25068071	27	8.3	27	79	4	166	21	15	20	42	1.89
25067849--25068071	54	4.1	53	75	10	200	21	15	20	42	1.89
25067867--25068071	81	2.5	81	78	1	232	21	14	20	42	1.88
25072296--25072390	27	3.5	27	89	0	136	28	27	25	18	1.98
25096872--25097058	4	46.8	4	100	0	374	25	0	24	50	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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