genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  180  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54801953--54802009	7	7.9	7	76	3	51	35	45	0	19	1.50
54801978--54802012	8	4.5	8	85	7	54	40	48	0	11	1.39
54801964--54802012	23	2.2	22	89	10	73	38	46	0	14	1.44
54802032--54802073	14	2.9	14	82	6	57	35	35	0	28	1.58
54802028--54802074	15	3.3	15	82	8	62	40	31	0	27	1.57
54802306--54802336	15	2.1	15	93	0	53	35	45	0	19	1.51
54802584--54802801	114	1.9	114	93	1	375	24	29	22	22	1.99
54802774--54803100	114	2.9	114	87	1	433	25	26	22	24	2.00
54802701--54802874	73	2.4	73	93	1	287	24	28	22	24	2.00
54802581--54802988	187	2.2	187	93	0	692	24	27	23	24	2.00
54803169--54803194	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
54805750--54805807	29	2.0	29	82	3	71	29	5	10	55	1.55
54813772--54813806	7	5.0	7	100	0	70	85	0	0	14	0.59
54816584--54816621	20	1.9	20	89	10	60	44	0	7	47	1.32
54823333--54823549	45	4.9	45	84	3	251	26	21	11	41	1.86
54823333--54823552	87	2.5	89	86	2	291	26	21	10	40	1.86
54824951--54824990	20	2.0	21	90	9	66	47	0	22	30	1.52
54826571--54826602	17	2.0	17	88	11	50	21	0	21	56	1.43
54827007--54827049	21	2.0	21	90	4	68	27	4	4	62	1.35
54832397--54832949	114	4.9	113	92	1	892	26	20	26	26	1.99
54832849--54833006	73	2.2	72	89	1	235	25	21	24	28	1.99
54833358--54833401	17	2.7	17	89	6	65	29	0	27	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54833682--54833719	14	2.7	15	84	12	53	26	0	28	44	1.54
54833753--54833797	14	3.1	14	78	15	56	24	2	42	31	1.67
54833739--54833810	29	2.5	31	70	19	73	25	1	36	37	1.65
54834202--54834302	47	2.1	47	90	3	159	49	7	0	42	1.32
54837413--54837442	14	2.1	14	100	0	60	23	43	0	33	1.54
54838606--54838635	15	2.0	15	93	0	51	50	0	33	16	1.46
54838869--54838902	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
54838991--54839157	43	3.9	43	87	2	174	26	17	26	28	1.98
54839034--54839157	43	2.9	43	88	0	185	28	20	26	25	1.99
54839313--54839354	10	4.3	10	81	6	50	69	2	0	28	1.01
54839444--54839506	27	2.2	28	83	5	74	69	1	4	23	1.16
54839430--54839524	17	5.4	18	71	14	65	69	2	3	25	1.14
54839552--54839620	21	3.4	20	67	16	52	65	1	2	30	1.16
54839816--54839878	18	3.6	17	78	14	58	31	3	1	63	1.19
54853629--54853689	19	3.3	19	72	6	54	70	3	4	21	1.21
54853648--54853703	29	2.0	28	82	3	67	71	5	3	19	1.21
54854155--54854210	28	2.0	28	89	0	85	48	5	1	44	1.36
54861106--54861219	43	2.7	43	82	5	126	26	29	17	26	1.97
54874241--54874286	24	1.9	24	95	0	83	32	13	26	28	1.93
54876588--54876636	20	2.5	20	83	3	64	22	28	10	38	1.87
54876874--54876983	56	2.0	56	89	7	170	30	9	21	38	1.85
54877062--54877098	17	2.2	17	95	0	65	81	0	13	5	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54880066--54880105	20	2.0	20	95	0	71	42	10	17	30	1.82
54884208--54884238	15	2.1	15	93	0	53	80	0	9	9	0.90
54885210--54885341	66	2.0	66	92	0	219	26	17	21	34	1.95
54894317--54894349	15	2.2	15	100	0	66	45	12	0	42	1.41
54899364--54899461	49	2.0	49	91	0	160	28	16	9	45	1.78
54902134--54902167	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
54904694--54904737	18	2.4	18	80	0	52	40	2	2	54	1.25
54905880--54905967	45	2.0	45	81	4	106	50	3	5	40	1.43
54906971--54906996	13	2.0	13	100	0	52	7	15	38	38	1.76
54908578--54908757	50	3.6	50	83	0	216	28	15	21	35	1.93
54910085--54910131	24	2.0	24	86	0	67	27	38	17	17	1.91
54910095--54910137	12	3.6	12	74	0	50	23	39	18	18	1.92
54919483--54919525	20	2.2	20	83	8	52	44	2	0	53	1.13
54921620--54921654	16	2.1	17	89	5	54	65	8	0	25	1.21
54923421--54923514	42	2.2	42	88	0	134	31	8	25	34	1.86
54923435--54923531	42	2.3	42	83	0	113	38	8	22	30	1.84
54926499--54926559	29	2.1	29	81	6	70	27	8	26	37	1.85
54927343--54927492	79	1.9	79	87	2	221	28	24	18	28	1.98
54927428--54927511	43	2.0	43	80	4	98	28	23	17	29	1.97
54929562--54929591	15	2.0	15	93	0	51	43	10	0	46	1.37
54931020--54931436	150	2.8	148	88	3	620	30	14	15	38	1.88
54931453--54931759	104	3.0	101	81	11	349	28	12	12	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54932707--54932776	15	4.7	15	77	13	56	31	45	2	20	1.65
54932721--54932759	8	5.1	8	81	12	55	28	48	0	23	1.51
54932722--54932790	7	9.6	7	74	12	50	33	44	0	21	1.53
54932959--54933382	114	3.7	114	90	2	663	25	27	20	26	1.99
54933287--54933453	73	2.3	72	87	3	228	25	23	21	28	1.99
54934392--54934422	16	1.9	16	93	0	53	29	3	19	48	1.64
54938641--54938749	49	2.2	50	79	14	120	24	0	11	62	1.35
54938883--54938925	21	2.0	22	86	4	61	32	0	2	65	1.06
54944621--54944688	34	2.0	34	97	0	127	26	13	14	45	1.82
54949131--54949255	50	2.5	51	83	12	147	52	4	0	41	1.28
54953757--54953811	28	2.0	28	100	0	110	32	3	21	41	1.71
54953753--54953818	28	2.4	28	87	10	107	33	3	22	40	1.69
54957947--54957981	17	2.0	18	88	5	54	80	0	17	2	0.84
54961523--54961624	24	4.2	24	73	13	75	37	18	26	17	1.93
54963178--54963234	30	1.9	30	96	0	105	35	26	24	14	1.93
54963281--54963338	30	1.9	30	89	0	89	29	25	29	15	1.96
54963160--54963379	103	2.1	103	88	0	323	30	28	27	14	1.95
54965001--54965057	29	1.9	29	85	3	78	29	10	14	45	1.78
54975169--54975306	34	4.2	34	65	17	103	13	15	9	60	1.57
54981332--54981408	35	2.2	36	90	4	129	27	3	16	51	1.62
54982364--54982463	43	2.3	43	92	0	164	25	9	22	44	1.81
54982792--54982829	20	1.9	20	88	0	58	50	13	5	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54982813--54982850	14	2.7	14	87	0	58	39	18	7	34	1.80
54984189--54984325	40	3.4	41	80	8	133	39	22	16	21	1.92
54984365--54984519	41	3.8	41	98	0	292	19	23	27	29	1.98
54984796--54984845	14	3.6	14	74	15	50	22	0	40	38	1.54
54984782--54984842	28	2.2	27	85	5	77	19	0	36	44	1.51
54984812--54984864	21	2.5	22	81	9	65	20	0	39	39	1.53
54984844--54984872	15	1.9	15	100	0	58	13	0	51	34	1.42
54985121--54985149	15	1.9	15	100	0	58	13	0	51	34	1.42
54985100--54985185	36	2.4	36	84	3	111	24	0	38	37	1.56
54986178--54986216	21	1.9	20	89	5	60	28	38	5	28	1.78
54989600--54989781	42	4.3	43	79	10	180	21	16	29	32	1.95
54990056--54990190	18	8.0	17	69	19	86	39	0	2	57	1.19
54990423--54990492	16	4.4	16	92	0	104	25	32	2	38	1.71
54991205--54991259	28	2.0	28	89	3	85	27	29	12	30	1.93
54992341--54992379	6	6.5	6	100	0	78	66	0	0	33	0.92
54997165--54997197	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
55004970--55005145	91	1.9	92	97	2	336	27	28	8	35	1.86
55017594--55017638	20	2.2	20	88	0	63	22	31	13	33	1.92
55021430--55021474	23	2.0	23	82	8	56	48	0	0	51	1.00
55022273--55022330	30	2.0	30	89	3	91	36	6	15	41	1.74
55026739--55026772	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
55031334--55031526	50	3.8	50	86	2	253	19	30	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55031334--55031514	100	1.8	101	90	3	294	19	30	23	25	1.98
55031864--55031921	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
55033350--55033390	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
55042431--55042468	16	2.4	16	83	12	51	42	2	5	50	1.39
55042888--55042930	21	2.0	21	86	8	61	44	9	18	27	1.80
55054054--55054100	15	3.0	16	76	11	53	63	0	0	36	0.94
55056512--55056604	18	5.2	18	88	0	132	30	22	13	33	1.93
55062213--55062252	18	2.1	18	86	9	53	35	15	35	15	1.88
55062521--55062559	21	1.9	21	84	5	53	66	2	10	20	1.33
55070857--55071053	41	4.8	41	92	5	317	28	20	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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