genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8759412--8759473	32	1.9	32	87	6	90	41	4	12	40	1.65
8759503--8759549	19	2.5	19	82	10	60	53	0	6	40	1.27
8759559--8759623	26	2.4	27	80	15	71	53	6	7	32	1.54
8761154--8761195	20	2.1	20	91	8	68	57	4	4	33	1.41
8761614--8761694	21	3.9	21	72	8	58	25	2	28	43	1.68
8761610--8761694	14	6.1	14	70	12	59	27	2	29	41	1.68
8779997--8780066	35	1.9	37	85	5	99	37	7	4	51	1.49
8781097--8781309	110	1.9	110	99	0	417	51	4	7	37	1.50
8781359--8781383	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
8784005--8784043	20	2.0	20	89	0	60	74	2	2	20	1.06
8787083--8787122	21	1.9	21	84	0	53	7	7	7	77	1.13
8794005--8794041	17	2.2	17	90	0	56	27	2	18	51	1.60
8795265--8795358	46	2.0	46	93	4	163	31	7	29	30	1.85
8801090--8801123	7	4.9	7	100	0	68	44	14	0	41	1.45
8803739--8803771	16	2.0	17	88	5	50	39	12	3	45	1.57
8803849--8803901	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
8821012--8821040	5	5.8	5	100	0	58	20	62	0	17	1.33
8821916--8821986	36	2.0	35	88	2	106	30	23	12	32	1.92
8834358--8834386	5	5.8	5	100	0	58	20	62	0	17	1.33
8835255--8835325	36	2.0	35	88	2	106	30	23	12	32	1.92
8842479--8842562	25	3.4	25	81	0	87	34	20	25	20	1.96
8844785--8844839	27	2.2	26	83	9	69	43	32	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8845087--8845133	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
8845382--8845425	23	1.9	24	90	9	74	22	20	2	54	1.56
8845783--8845831	22	2.2	23	81	3	55	0	14	10	75	1.04
8845783--8845838	17	3.6	16	73	24	57	0	14	8	76	1.00
8845781--8845838	29	2.0	30	90	10	93	0	13	10	75	1.04
8852579--8852773	25	7.9	25	68	13	118	34	18	26	20	1.96
8852592--8852796	49	4.2	50	75	6	150	36	19	24	19	1.95
8857239--8857263	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8892919--8892959	15	2.7	15	96	0	73	39	12	2	46	1.54
8898104--8898151	21	2.1	21	85	11	60	35	0	22	41	1.54
8899141--8899173	14	2.3	15	90	10	52	0	39	0	60	0.97
8899487--8900461	181	5.3	184	94	1	1582	42	7	24	25	1.81
8905777--8905802	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8906934--8906978	22	2.0	23	82	4	56	28	31	0	40	1.57
8912584--8912857	75	3.7	73	77	9	266	40	10	5	43	1.62
8912850--8913151	151	2.0	151	94	1	527	31	14	15	39	1.87
8914635--8914793	85	1.9	85	86	0	228	41	13	15	29	1.85
8915517--8915645	49	2.6	50	77	2	136	30	25	16	27	1.97
8916706--8916774	37	1.9	38	82	11	92	20	2	7	69	1.25
8937638--8937713	32	2.3	33	82	6	93	38	2	9	50	1.49
8945216--8945362	42	3.4	42	80	2	150	20	37	17	24	1.94
8948665--8948711	20	2.5	18	83	10	58	31	2	2	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8948668--8948709	19	2.2	19	86	4	57	28	2	2	66	1.16
8950718--8950778	20	3.0	21	81	9	56	39	0	8	52	1.31
8950738--8950783	20	2.2	20	84	3	56	34	2	10	52	1.49
8954517--8954556	7	5.7	7	93	0	71	0	17	30	52	1.45
8955426--8955464	20	2.0	20	89	0	60	28	10	15	46	1.78
8961881--8962080	65	3.0	68	87	8	300	27	6	4	61	1.40
8961896--8962117	69	3.3	66	81	13	251	26	8	4	61	1.43
8963182--8963270	22	3.9	21	76	15	79	42	14	11	31	1.81
8963185--8963475	70	4.2	70	72	19	261	39	14	12	33	1.83
8963255--8963505	47	5.4	47	93	2	436	39	14	11	34	1.83
8963255--8963505	91	2.7	92	93	3	423	39	14	11	34	1.83
8963757--8963793	16	2.3	16	90	9	58	51	21	0	27	1.48
8969695--8969728	16	2.1	17	88	5	52	0	17	5	76	0.98
8969993--8970040	24	2.0	24	88	8	71	27	0	10	62	1.27
8970466--8970496	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
8978059--8978085	7	3.9	7	100	0	54	44	25	0	29	1.54
8984746--8984792	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
8989819--8989897	38	2.1	38	100	0	158	35	10	26	27	1.89
8993681--8993725	23	1.9	24	81	4	56	44	2	11	42	1.52
8995059--8995179	57	2.1	57	100	0	242	40	12	23	23	1.88
8996571--8996617	24	2.0	23	83	8	58	48	19	2	29	1.60
9000606--9000653	24	2.0	24	84	8	62	27	4	6	62	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9009632--9009670	20	2.0	20	100	0	78	43	0	5	51	1.24
9010666--9010704	18	2.2	18	86	9	53	48	2	7	41	1.45
9012848--9013019	61	2.8	60	78	13	192	54	4	0	40	1.24
9016427--9016517	33	2.8	33	74	3	94	32	16	23	27	1.96
9016421--9016581	66	2.4	66	80	2	171	33	16	23	26	1.95
9018160--9018188	12	2.4	12	100	0	58	13	48	20	17	1.81
9022947--9023108	42	3.9	42	86	5	238	22	20	20	36	1.95
9028896--9029034	25	5.5	25	78	7	147	37	2	16	43	1.60
9028896--9029055	50	3.2	49	76	9	144	37	2	16	43	1.61
9028911--9029055	25	5.8	24	74	16	116	37	1	16	44	1.57
9029141--9029201	25	2.4	25	94	0	104	37	3	14	44	1.62
9028990--9029499	151	3.3	151	83	12	704	37	3	16	41	1.67
9028922--9029561	167	4.0	165	86	9	860	37	3	16	41	1.67
9029149--9029217	16	4.8	16	76	23	89	36	4	14	44	1.65
9029308--9029373	25	2.6	25	95	0	114	37	3	15	43	1.62
9029316--9029368	16	3.8	16	68	31	57	35	3	15	45	1.64
9029308--9029393	25	3.4	25	88	6	104	38	3	15	43	1.63
9029003--9029568	151	3.8	148	76	11	516	37	4	16	41	1.68
9029333--9029604	126	2.2	126	91	1	438	36	4	17	41	1.69
9029588--9029672	25	3.3	25	67	15	73	41	3	15	40	1.64
9030905--9030983	39	2.0	38	85	9	106	51	21	11	15	1.74
9032307--9032333	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9032864--9032924	7	8.9	7	78	10	63	42	50	1	4	1.33
9032863--9032924	14	4.5	13	80	9	70	43	50	1	4	1.33
9033210--9033899	114	6.1	113	80	2	720	28	21	16	33	1.95
9033210--9033927	228	3.2	227	88	1	1001	29	22	15	32	1.95
9033210--9033930	342	2.1	341	81	2	813	29	22	15	32	1.95
9039300--9039569	43	6.3	43	77	6	217	31	25	14	28	1.95
9040217--9040301	33	2.6	33	85	10	120	32	2	35	29	1.70
9041185--9041296	54	2.0	56	86	6	158	48	3	0	47	1.25
9041950--9041989	18	2.2	19	86	13	57	40	2	2	55	1.27
9041826--9042025	95	2.0	100	88	7	304	47	4	3	45	1.38
9042164--9042202	15	2.7	15	81	18	55	51	17	0	30	1.46
9042489--9042540	24	2.2	24	82	6	61	57	0	26	15	1.38
9068318--9068390	24	3.1	23	76	7	74	34	20	27	17	1.95
9068375--9068463	25	3.7	23	69	11	63	33	24	24	16	1.96
9068456--9068515	26	2.3	26	85	0	84	41	21	21	15	1.89
9075036--9075083	19	2.5	19	77	16	53	12	8	10	68	1.39
9079521--9079554	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
9084157--9084190	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
9084248--9084297	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
9088886--9088935	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
9094468--9094526	30	1.9	31	89	3	93	54	16	5	23	1.62
9094514--9094576	30	2.1	29	82	8	74	42	19	11	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9100560--9100668	37	3.0	37	91	2	168	25	22	15	36	1.93
9100632--9100756	52	2.6	46	81	14	160	28	24	14	33	1.94
9100643--9100742	52	1.9	52	91	0	164	28	23	15	34	1.94
9103726--9103759	16	2.1	16	88	0	50	41	5	2	50	1.42
9103830--9103877	25	1.9	25	100	0	96	47	8	4	39	1.53
9104662--9104698	9	4.1	9	86	13	58	10	43	13	32	1.79
9107141--9107274	13	10.2	13	76	10	103	52	4	3	38	1.39
9107109--9107208	27	3.7	27	80	5	105	54	5	4	37	1.41
9107141--9107236	40	2.4	40	87	3	131	54	4	4	37	1.39
9108912--9109028	38	3.1	38	83	3	139	54	23	6	14	1.64

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