genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  68311261

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  226  ( 27070 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27837221--27837271	21	2.4	21	93	0	84	15	27	33	23	1.95
27842153--27842178	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
27846760--27846804	16	2.9	16	87	9	58	48	0	8	42	1.34
27846673--27846942	132	2.1	131	98	0	522	40	4	14	40	1.65
27854987--27855013	13	2.1	13	100	0	54	14	7	11	66	1.43
27856344--27856404	31	2.0	31	86	0	86	49	4	9	36	1.58
27861020--27861253	123	1.9	123	84	3	319	21	27	15	35	1.94
27861020--27861253	41	5.7	41	86	0	288	21	27	15	35	1.94
27870159--27870220	30	2.1	30	93	0	106	56	14	4	24	1.58
27871742--27872616	92	9.5	92	91	0	1365	44	16	5	33	1.72
27874618--27874780	73	2.2	73	79	5	168	36	20	23	19	1.95
27874653--27874796	25	5.8	25	72	10	109	34	20	24	20	1.96
27878086--27878150	9	7.6	9	70	16	57	67	1	0	30	1.00
27878113--27878144	15	2.1	15	94	0	55	75	0	0	25	0.81
27878078--27878150	24	2.9	24	84	10	85	68	1	1	28	1.06
27878105--27878155	15	3.0	18	75	13	54	68	0	0	31	0.90
27878360--27878496	9	14.0	9	68	15	76	59	0	4	35	1.23
27878394--27878443	22	2.3	22	86	3	66	52	2	2	44	1.24
27878434--27878499	19	3.5	19	78	12	73	63	0	3	33	1.10
27878435--27878496	28	2.2	28	86	10	92	64	0	3	32	1.09
27879470--27879524	26	2.1	26	96	0	101	29	0	16	54	1.42
27880158--27880258	44	2.3	43	86	5	150	18	20	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27880243--27880407	43	3.8	43	81	0	186	26	30	18	23	1.98
27880220--27880407	86	2.2	86	82	0	214	27	29	20	22	1.98
27880265--27880433	86	2.0	86	83	0	212	27	29	18	24	1.98
27880730--27880821	21	4.4	21	84	0	85	5	40	17	36	1.73
27880797--27880938	66	2.2	66	88	5	207	13	27	18	40	1.88
27880797--27880962	66	2.5	65	86	4	199	13	26	19	40	1.88
27882904--27883481	9	65.1	9	68	21	185	39	1	14	44	1.54
27882923--27883082	25	6.2	25	76	11	135	38	1	15	45	1.54
27882909--27883032	16	7.9	16	72	18	109	35	1	16	45	1.58
27883090--27883121	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
27883105--27883217	34	3.4	33	80	10	124	41	0	13	44	1.49
27883049--27883480	56	7.4	59	71	15	303	40	0	14	44	1.51
27883205--27883236	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
27883050--27883421	115	3.3	115	95	3	689	40	0	14	43	1.51
27883316--27883347	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
27883333--27883481	34	4.6	34	81	10	186	37	1	13	47	1.51
27883331--27883481	65	2.3	65	94	0	257	37	1	13	47	1.52
27883625--27883678	23	2.5	22	82	8	58	44	0	7	48	1.31
27883627--27883693	20	3.2	21	73	14	50	47	0	7	44	1.31
27883701--27883743	20	2.2	19	88	12	61	13	6	0	79	0.93
27883949--27884178	89	2.6	88	95	2	415	46	23	1	28	1.61
27884796--27884992	41	4.8	41	87	3	263	32	24	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27885030--27885165	40	3.5	40	78	6	125	20	22	18	38	1.94
27885435--27885465	14	2.1	15	94	5	55	41	0	3	54	1.16
27885711--27885778	31	2.2	31	84	7	84	36	0	5	57	1.23
27885956--27886022	27	2.5	27	95	2	118	44	0	11	43	1.41
27894172--27894239	9	7.3	9	70	18	50	63	2	1	32	1.18
27894174--27894221	10	5.0	10	80	14	57	68	2	0	29	1.01
27894174--27894221	19	2.5	19	83	12	71	68	2	0	29	1.01
27894174--27894239	18	3.5	19	80	12	73	63	3	1	31	1.19
27894230--27894280	20	2.5	20	87	6	68	50	0	1	47	1.12
27901070--27901095	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
27901054--27901126	29	2.4	30	80	13	78	31	1	0	67	1.00
27901148--27901226	41	1.9	41	92	0	131	22	22	13	40	1.90
27903231--27903288	29	2.0	29	86	0	80	37	20	6	34	1.80
27911781--27911805	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
27912861--27912925	19	3.4	19	68	19	53	35	3	10	50	1.53
27915956--27916060	25	4.3	23	82	8	81	38	21	22	17	1.93
27915974--27916060	25	3.5	25	88	0	129	39	21	20	18	1.93
27917025--27917062	5	7.8	5	94	5	69	57	0	0	42	0.98
27918863--27918937	23	3.3	23	92	0	123	18	20	28	33	1.96
27926235--27926309	23	3.3	23	96	0	132	17	21	28	33	1.96
27932742--27932789	20	2.4	21	79	6	55	50	0	6	43	1.27
27933639--27933663	6	4.2	6	100	0	50	0	0	16	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27934313--27934491	60	3.1	54	65	22	137	48	7	1	43	1.41
27934272--27934687	120	3.5	120	94	2	721	49	5	2	42	1.39
27934533--27934566	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
27934333--27934633	61	5.1	56	64	19	164	48	6	2	42	1.44
27940327--27940382	29	1.9	29	82	7	69	39	12	12	35	1.81
27940871--27940911	21	2.0	21	95	0	73	31	7	0	60	1.24
27942043--27942093	22	2.4	21	81	12	59	72	7	7	11	1.28
27944903--27944946	21	2.2	21	84	8	56	63	4	22	9	1.42
27944903--27944957	21	2.5	22	78	21	53	67	3	21	7	1.31
27947317--27947373	18	3.1	19	80	10	64	57	3	0	38	1.16
27953022--27953073	24	2.2	24	92	0	86	36	1	9	51	1.46
27953039--27953085	24	2.0	24	83	8	60	36	8	6	48	1.59
27956529--27956623	43	2.2	43	98	1	183	40	12	12	34	1.81
27958374--27958482	42	2.6	43	91	2	177	10	20	17	52	1.73
27965209--27965404	96	2.0	96	92	0	320	27	9	24	39	1.85
27972809--27972837	14	2.0	15	93	6	51	27	3	6	62	1.37
27973028--27973072	23	2.0	23	81	0	54	42	0	2	55	1.12
27980211--27980593	133	2.8	133	87	3	561	56	14	2	27	1.50
27980212--27980593	138	2.8	138	86	5	555	56	14	2	27	1.49
27980615--27980871	114	2.2	114	82	3	293	59	17	2	19	1.49
27980887--27980952	34	1.9	35	87	9	100	56	7	0	36	1.28
27988398--27988425	11	2.5	11	100	0	56	17	7	0	75	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27991968--27991992	13	1.9	13	100	0	50	20	0	24	56	1.43
27993708--27993761	23	2.3	23	96	0	99	22	51	3	22	1.63
28003689--28003724	5	6.8	5	93	6	54	19	0	0	80	0.71
28015254--28015297	23	1.9	23	95	0	79	13	27	25	34	1.93
28020527--28020582	28	2.0	28	89	3	85	50	7	10	32	1.64
28025145--28025391	50	4.8	50	81	8	241	27	22	26	22	1.99
28027663--28027819	42	3.7	43	78	7	151	26	17	26	29	1.98
28027665--28027819	43	3.6	42	79	7	136	27	18	25	29	1.98
28028318--28028365	23	2.1	23	96	0	87	22	4	14	58	1.54
28029662--28030430	386	2.0	386	95	0	1385	30	22	15	30	1.95
28034241--28034279	16	2.4	17	83	16	55	56	7	0	35	1.28
28045345--28045499	61	2.5	61	86	6	208	43	1	2	52	1.26
28047905--28047983	28	2.8	28	84	5	88	20	22	17	39	1.92
28048056--28048184	60	2.2	60	81	0	141	31	24	13	31	1.94
28054849--28054915	12	5.6	12	70	5	55	64	2	5	26	1.31
28055516--28055571	23	2.4	24	84	3	69	69	7	17	5	1.31
28056423--28056455	17	2.1	16	88	11	50	42	0	18	39	1.50
28056836--28056915	13	6.0	13	73	13	65	46	2	16	35	1.60
28057010--28057091	40	2.0	40	85	0	110	47	2	14	35	1.58
28057196--28057779	50	11.7	50	70	2	373	25	17	23	32	1.97
28057140--28057809	100	6.7	100	88	1	846	25	18	23	32	1.97
28059268--28059307	7	5.9	7	83	16	57	15	15	0	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28059292--28059359	6	11.7	6	81	9	61	14	5	8	70	1.31
28060044--28060083	7	5.7	7	88	11	64	15	15	0	70	1.18
28060106--28060152	23	2.1	22	88	4	67	10	2	6	80	0.96
28059176--28060747	791	2.0	776	93	2	2709	26	21	15	36	1.93
28064241--28064300	31	2.0	30	86	3	84	63	5	5	26	1.36
28064255--28064314	25	2.5	24	81	5	66	65	3	5	26	1.29
28064255--28064314	12	4.9	12	75	4	57	65	3	5	26	1.29
28066161--28066242	40	2.0	40	88	0	119	46	2	14	36	1.58
28066226--28066292	27	2.4	27	82	7	82	46	2	19	31	1.65
28066207--28066292	13	6.5	13	71	16	61	47	2	17	32	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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