genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  1  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11229--11395	68	2.4	68	84	3	201	29	13	23	33	1.92
11408--11753	73	4.5	73	81	11	390	29	17	21	31	1.96
11983--12070	43	2.0	43	88	0	131	30	12	19	37	1.89
12054--13395	72	18.2	72	94	3	2015	28	15	20	35	1.93
13537--13791	73	3.5	72	90	4	377	33	17	18	30	1.94
15844--15886	15	2.6	17	78	10	54	16	44	18	20	1.87
41448--41496	20	2.4	20	80	12	55	71	6	6	16	1.27
41448--41495	21	2.3	21	78	7	53	72	6	6	14	1.24
57386--57506	60	2.0	60	100	0	242	31	18	18	32	1.95
59548--59583	17	2.1	18	89	5	56	55	0	2	41	1.14
60127--60188	30	2.1	30	82	11	74	48	6	0	45	1.28
60363--60387	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
79732--79850	59	2.0	60	86	1	168	42	5	10	41	1.63
81389--81413	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
92544--92586	18	2.4	18	88	0	68	16	13	39	30	1.87
92544--92586	12	3.6	12	83	0	59	16	13	39	30	1.87
92850--92942	46	2.0	46	97	0	177	22	9	15	52	1.71
97150--97183	16	2.1	16	89	10	52	64	0	0	35	0.94
101105--101138	17	1.9	18	88	5	52	64	0	2	32	1.08
108250--108285	16	2.1	17	90	10	56	27	11	22	38	1.88
110648--110697	25	2.0	25	100	0	100	56	16	4	24	1.57
110693--110730	18	2.1	18	95	0	67	28	26	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117461--117492	17	1.9	16	93	6	55	68	0	0	31	0.90
120830--120880	14	3.7	14	79	7	52	41	11	3	43	1.60
132332--132508	59	3.0	59	99	0	345	38	12	8	39	1.74
132711--132744	11	3.1	11	100	0	68	38	0	35	26	1.57
134250--134287	20	1.9	20	89	10	60	57	5	0	36	1.21
135597--135654	29	2.0	29	96	0	107	36	1	20	41	1.63
138376--138554	90	2.0	90	96	0	331	38	20	16	24	1.92
138607--139293	98	7.0	98	99	0	1338	36	25	10	26	1.89
139305--139607	152	2.0	152	94	1	536	38	16	16	29	1.90
139533--139683	75	2.0	75	100	0	302	37	11	17	33	1.86
139564--139719	75	2.1	74	80	7	172	38	15	16	30	1.89
140048--140252	110	1.8	112	85	3	288	48	5	12	33	1.63
146910--146946	17	2.1	19	85	10	51	37	0	0	62	0.96
146870--146952	19	4.3	20	68	17	61	42	0	2	55	1.13
150530--150558	12	2.3	13	94	5	51	72	0	3	24	1.00
150619--150670	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
150767--150968	108	1.9	108	83	5	264	50	5	10	33	1.61
151924--152376	44	10.5	44	74	12	280	27	24	20	27	1.99
151924--152258	89	3.8	87	76	13	305	27	24	20	28	1.99
151929--152373	217	2.1	216	91	1	721	27	24	20	27	1.99
152371--153069	132	5.3	131	92	0	1110	30	22	18	29	1.97
152679--153024	44	7.9	44	64	5	124	29	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156625--156670	24	1.9	24	90	0	74	13	23	17	45	1.83
159041--159146	52	2.0	53	89	3	162	39	2	11	46	1.55
168382--168418	17	2.1	19	85	10	51	2	45	0	51	1.15
168382--168426	19	2.3	20	84	3	56	2	44	0	53	1.13
175187--175237	20	2.6	19	82	11	59	52	7	1	37	1.42
175305--175367	20	3.3	18	81	14	65	65	1	1	31	1.12
187722--187788	33	2.0	33	91	5	109	8	25	22	43	1.82
190630--190664	17	2.1	17	94	5	63	40	0	5	54	1.24
194358--194407	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
198997--199046	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
203570--203686	58	2.0	60	89	3	184	27	12	18	41	1.87
214703--214768	30	2.2	31	81	5	73	50	7	1	40	1.40
214758--214817	18	3.3	18	79	11	68	41	0	0	58	0.98
214780--214827	18	2.9	16	76	11	51	37	0	2	60	1.09
215600--215738	5	27.6	5	99	0	269	59	0	0	39	1.02
216262--216295	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
220901--220934	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
226968--227014	20	2.3	21	85	7	62	72	4	6	17	1.22
229016--229063	23	2.2	22	85	7	62	39	2	10	47	1.49
231812--231881	33	2.2	32	82	5	79	22	11	10	55	1.65
233155--233185	15	2.1	15	93	0	53	35	9	6	48	1.62
240922--240981	27	2.2	27	78	0	66	70	0	1	28	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240936--240979	21	2.2	20	91	4	70	77	0	0	22	0.77
241436--241467	14	2.3	14	94	0	55	50	9	21	18	1.75
241950--241990	21	2.0	20	90	4	64	34	21	21	21	1.97
245169--245231	29	2.2	28	82	5	72	25	12	14	47	1.79
245479--245520	13	3.3	13	78	18	52	59	0	2	38	1.10
246950--247008	29	2.0	30	86	3	84	28	6	15	49	1.70
251242--251328	42	2.0	43	86	2	122	31	13	22	32	1.93
251641--251708	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
251689--251798	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
251924--251965	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
251933--251974	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
256577--256649	18	4.6	16	72	17	64	42	13	13	30	1.83
256577--256659	17	5.2	17	74	20	81	42	12	13	32	1.81
256701--256773	18	3.9	18	75	15	58	46	8	13	31	1.73
256709--256768	19	3.1	19	75	15	59	51	8	11	28	1.67
256845--256903	18	3.5	17	72	19	52	47	6	11	33	1.67
257803--257871	21	3.4	19	80	11	75	1	13	10	75	1.11
257803--257854	21	2.4	21	90	3	77	0	13	9	76	1.01
258262--258418	59	2.7	59	78	4	174	38	3	24	33	1.74
258262--258418	29	5.3	29	82	2	152	38	3	24	33	1.74
259364--259431	29	2.3	31	82	5	86	17	17	13	51	1.76
260179--260204	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281254--281501	137	1.8	137	92	0	424	45	4	7	42	1.51
289251--289298	25	2.0	24	91	4	78	52	14	25	8	1.69
291041--291107	27	2.5	28	80	7	84	56	0	1	41	1.08
293803--293836	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
298442--298475	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
299745--299784	15	2.7	14	85	11	53	0	2	17	80	0.83
306697--306755	28	2.1	28	81	9	66	54	0	3	42	1.17
311755--311783	6	4.8	6	100	0	58	0	0	13	86	0.58
312941--313059	43	2.8	42	89	7	177	26	27	16	28	1.97
313405--313540	66	2.1	66	91	2	220	14	27	17	40	1.89
318902--319383	9	53.0	9	80	4	520	31	2	18	47	1.61
318925--319383	55	8.4	54	79	7	360	31	2	18	47	1.61
318902--319384	64	7.7	64	84	6	571	31	2	18	47	1.61
319437--319506	12	6.0	12	80	6	81	31	2	17	48	1.61
319599--319655	9	6.7	9	76	9	57	43	1	12	42	1.52
319601--319632	16	2.0	16	93	0	55	40	0	12	46	1.42
319785--319842	29	2.0	29	100	0	116	41	3	24	31	1.71
323952--323992	22	1.9	21	85	14	57	56	24	0	19	1.42
324009--324083	23	3.2	23	72	10	71	50	21	1	26	1.56
324019--324094	23	3.3	23	73	23	77	48	21	1	28	1.58
324536--324679	41	3.5	41	88	2	227	38	28	17	15	1.90
326253--326365	60	1.9	60	100	0	226	30	39	7	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332048--332091	21	2.1	21	91	0	70	70	2	0	27	0.99
332051--332091	16	2.7	15	81	7	55	70	2	0	26	0.99
332183--332223	3	13.7	3	89	0	64	0	39	0	60	0.96
351901--352058	78	2.0	78	100	0	316	35	18	13	31	1.91
363453--363528	34	2.3	33	88	4	109	31	5	9	53	1.55
363504--364345	47	17.9	47	99	0	1630	30	10	12	47	1.75
363564--363593	14	2.1	15	93	6	53	43	0	13	43	1.43
363612--363640	14	2.0	15	93	6	51	44	0	13	41	1.44
363659--363687	14	2.0	15	93	6	51	44	0	13	41	1.44
363706--363734	14	2.0	15	93	6	51	44	0	13	41	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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