genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  111  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33173375--33173667	146	2.0	146	97	0	550	38	11	15	34	1.84
33175504--33175538	16	2.1	17	94	5	63	34	0	5	60	1.21
33188103--33188807	44	16.2	42	70	13	324	29	19	22	27	1.98
33188017--33188806	217	3.6	217	95	0	1355	29	19	22	28	1.98
33190311--33190345	18	1.9	18	100	0	70	28	0	5	65	1.15
33197925--33197975	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
33203319--33203361	18	2.4	18	92	0	68	60	6	2	30	1.35
33204698--33204753	22	2.5	22	83	11	78	37	12	3	46	1.59
33208676--33208727	24	2.2	24	100	0	104	17	15	21	46	1.84
33210354--33210400	21	2.2	21	85	7	60	25	19	19	36	1.95
33210374--33210509	45	3.0	45	85	2	193	25	23	16	33	1.96
33210409--33210480	21	3.0	26	65	32	70	27	22	15	34	1.94
33214621--33214737	56	2.1	56	100	0	234	17	8	34	40	1.80
33225808--33225859	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
33230356--33230540	40	4.7	40	83	5	205	24	20	27	28	1.99
33233165--33233219	24	2.3	24	83	0	65	47	10	5	36	1.62
33234727--33234977	131	1.9	130	80	8	285	37	11	10	40	1.76
33240395--33240432	19	2.0	20	94	5	69	18	34	10	36	1.85
33240626--33240665	16	2.6	15	80	4	53	25	5	5	65	1.34
33245824--33245861	19	2.0	20	94	5	69	18	34	10	36	1.85
33246055--33246094	16	2.6	15	80	4	53	25	5	5	65	1.34
33251113--33251189	13	5.9	13	90	0	127	38	25	10	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33252181--33252931	251	3.0	252	96	0	1369	23	21	15	38	1.92
33254754--33254798	18	2.4	20	82	14	60	57	0	4	37	1.19
33261255--33261307	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
33261479--33261516	14	2.7	14	88	8	51	44	0	10	44	1.38
33262121--33262172	25	2.1	25	100	0	104	19	13	34	32	1.90
33263457--33263482	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
33266909--33266942	12	2.9	11	87	12	50	17	2	0	79	0.86
33273119--33273381	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
33280785--33281127	40	8.6	40	91	2	485	27	27	20	24	1.99
33297858--33297882	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
33299935--33300003	32	2.2	32	82	12	83	31	0	4	63	1.14
33304744--33304808	19	3.4	19	72	16	71	61	7	0	30	1.24
33304741--33304817	38	2.0	38	97	0	145	62	9	0	28	1.26
33305297--33305323	14	1.9	14	100	0	54	48	29	0	22	1.51
33306305--33306437	66	2.0	66	95	0	239	31	25	18	24	1.98
33306493--33306660	45	3.7	45	84	3	212	17	21	17	43	1.88
33309101--33309140	17	2.2	18	82	13	55	45	2	5	47	1.38
33309107--33309140	17	2.0	17	94	0	59	47	2	5	44	1.42
33309370--33309406	4	9.0	4	88	5	56	75	0	0	24	0.80
33315670--33315763	27	3.5	28	84	8	124	18	22	14	44	1.86
33318147--33318411	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
33318114--33318411	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33318343--33318420	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
33326091--33326262	40	4.3	40	87	2	213	25	28	21	24	1.99
33326091--33326315	80	2.8	79	80	7	231	25	28	21	24	1.99
33326247--33326324	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
33328319--33328446	51	2.5	51	89	0	193	22	25	11	39	1.88
33330441--33330487	19	2.3	22	82	14	64	68	0	4	27	1.08
33330453--33330612	17	9.1	17	72	16	98	60	1	5	33	1.27
33330452--33330600	9	16.0	9	68	18	67	61	1	4	32	1.25
33330441--33330533	10	9.6	10	70	10	52	63	1	4	31	1.21
33330482--33330663	20	9.6	20	69	12	82	56	2	4	36	1.31
33330691--33330747	21	2.7	21	78	13	55	63	1	7	28	1.30
33330692--33330734	21	2.1	20	86	4	59	60	2	6	30	1.35
33330721--33330747	10	2.7	10	100	0	54	74	0	7	18	1.05
33330925--33330956	3	10.7	3	93	0	55	31	3	65	0	1.08
33331087--33331111	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
33331799--33331831	17	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
33332305--33332523	79	2.7	80	80	9	234	46	17	7	28	1.75
33333850--33333889	17	2.4	17	87	8	55	65	0	2	32	1.06
33334700--33334823	62	2.0	61	90	1	194	50	11	8	29	1.69
33334717--33334809	28	3.1	27	66	25	62	51	12	7	27	1.67
33335070--33335117	21	2.3	21	77	0	51	25	14	16	43	1.86
33345688--33345765	37	2.1	37	92	0	129	51	8	5	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33348195--33348264	35	2.0	35	97	0	131	38	14	21	25	1.91
33351965--33352009	19	2.3	18	82	17	54	53	4	6	35	1.47
33353503--33353637	63	2.2	63	82	4	157	25	22	25	25	2.00
33356593--33356777	40	4.7	40	80	6	207	25	22	27	24	2.00
33356649--33356810	79	2.1	79	81	6	186	27	19	27	25	1.99
33367220--33367257	10	3.8	10	83	10	51	50	18	7	23	1.73
33369713--33369813	45	2.2	45	87	0	148	44	17	14	22	1.86
33373541--33373585	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
33375069--33375134	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
33375866--33376173	153	2.0	154	98	1	591	39	19	11	28	1.87
33380574--33380608	16	2.2	16	100	0	70	22	37	14	25	1.92
33384246--33384364	51	2.3	51	81	2	150	42	18	18	21	1.90
33393340--33393456	61	2.0	58	86	5	162	41	3	4	51	1.38
33393358--33393481	58	2.1	62	82	11	152	40	4	6	49	1.47
33395604--33395629	12	2.2	12	100	0	52	26	0	7	65	1.20
33398944--33398989	23	1.9	25	82	8	60	30	21	4	43	1.72
33399913--33400098	46	4.0	46	94	0	300	29	26	7	36	1.84
33401292--33401338	17	2.8	17	83	3	60	53	21	2	23	1.57
33407253--33407393	47	3.2	42	83	14	144	34	8	29	28	1.87
33407269--33407393	47	2.7	47	94	0	214	32	9	29	28	1.89
33413143--33413198	17	3.4	17	68	9	53	60	12	12	14	1.59
33417140--33417259	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33421106--33422143	40	26.0	40	97	0	1842	25	20	27	27	1.99
33424786--33424815	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
33428123--33428156	17	2.0	17	94	0	59	26	23	20	29	1.99
33429960--33430137	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33429961--33430116	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33429957--33430137	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33432985--33433028	21	2.1	21	95	0	79	15	4	38	40	1.68
33448317--33448354	19	2.0	19	94	0	67	31	7	0	60	1.25
33450534--33450585	21	2.4	22	84	12	72	51	3	3	40	1.38
33454537--33454578	18	2.3	18	95	0	75	26	28	2	42	1.67
33454924--33455102	59	3.1	58	86	4	234	35	5	6	53	1.50
33456166--33456217	15	3.5	15	100	0	104	55	11	5	26	1.58
33457973--33458054	29	2.8	29	79	0	92	36	19	6	37	1.77
33459625--33459719	43	2.2	43	77	5	104	26	17	27	28	1.98
33459929--33459977	20	2.6	18	78	15	53	57	4	8	30	1.47
33462630--33462676	25	1.9	24	82	4	58	53	10	14	21	1.71
33463419--33463447	15	1.9	15	100	0	58	31	13	0	55	1.39
33465225--33465352	44	2.9	44	88	4	168	17	23	17	41	1.90
33465225--33465354	45	2.9	45	88	4	192	17	23	16	42	1.89
33468058--33468235	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33468059--33468214	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33468055--33468235	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33475917--33476107	96	2.0	96	88	0	283	34	25	19	20	1.96
33477709--33477756	20	2.4	20	100	0	96	12	22	31	33	1.91
33480875--33481052	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
33480896--33481051	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
33495883--33495912	14	2.1	14	100	0	60	20	50	6	23	1.71
33510288--33510344	29	2.0	29	100	0	114	42	5	24	28	1.76
33512550--33512580	7	4.4	7	91	0	53	16	51	0	32	1.44
33519406--33519590	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
33519407--33519590	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
33519459--33519623	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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