genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  75  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22421258--22421323	28	2.4	28	97	2	125	62	3	0	34	1.11
22421350--22421430	33	2.4	32	78	13	74	61	0	6	32	1.20
22421526--22421580	18	2.9	19	76	10	60	65	0	3	30	1.10
22423789--22423836	14	3.4	14	79	0	51	20	4	31	43	1.71
22428926--22428960	18	1.9	18	100	0	70	31	5	22	40	1.78
22438594--22438813	116	1.9	116	86	1	316	18	15	22	44	1.87
22438973--22439004	16	2.0	16	93	0	55	18	0	34	46	1.49
22445487--22445610	45	2.8	45	83	0	158	37	16	22	22	1.93
22450793--22450846	28	1.9	28	84	0	72	29	22	18	29	1.97
22450806--22450846	14	2.9	14	81	0	55	24	21	24	29	1.99
22464242--22464271	11	2.7	11	94	0	51	33	0	3	63	1.11
22464264--22464350	20	4.2	20	78	11	88	41	2	3	52	1.31
22467083--22467154	10	7.3	10	73	19	53	27	4	4	63	1.31
22467996--22468028	16	2.1	16	94	0	57	48	6	0	45	1.27
22473710--22473764	23	2.3	24	81	3	67	49	1	1	47	1.23
22474528--22474566	19	2.2	17	90	9	60	71	0	10	17	1.12
22474516--22474566	17	2.8	18	85	8	68	66	0	9	23	1.21
22475235--22475263	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
22475891--22476034	78	1.9	74	82	13	177	25	0	24	50	1.49
22476022--22476089	28	2.5	27	81	6	84	41	2	25	30	1.70
22492319--22492349	16	1.9	16	100	0	62	29	12	19	38	1.89
22495275--22495439	43	3.9	43	71	12	133	31	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22508973--22509018	3	15.7	3	82	13	60	30	2	0	67	1.03
22509039--22509107	23	3.0	23	76	12	70	36	7	5	50	1.54
22509590--22509659	35	2.0	35	97	0	131	52	8	1	37	1.41
22516591--22516654	27	2.4	26	76	5	65	17	14	9	59	1.60
22521516--22521633	50	2.4	50	77	5	112	23	22	23	29	1.99
22521702--22521986	50	5.7	50	70	0	219	28	20	24	25	1.99
22521708--22522019	100	3.1	100	93	0	507	29	20	23	25	1.99
22521758--22522019	50	5.2	50	69	5	197	30	20	22	26	1.98
22522144--22522250	42	2.6	41	82	5	126	28	21	19	29	1.98
22522010--22522343	127	2.7	121	83	5	397	33	16	19	29	1.94
22523644--22523692	3	16.3	3	79	8	55	30	4	0	65	1.11
22523705--22523769	21	3.0	21	70	20	53	35	7	6	50	1.56
22523709--22523755	25	1.9	24	86	4	67	36	8	6	48	1.59
22523753--22523786	11	2.8	12	91	8	52	32	0	0	67	0.91
22524076--22524115	21	1.9	21	89	0	62	7	10	5	77	1.11
22524654--22524693	20	2.0	20	85	0	53	30	10	2	57	1.45
22524739--22524835	3	32.3	3	91	4	160	31	1	0	67	0.98
22528139--22528197	24	2.4	25	80	8	68	69	3	5	22	1.23
22536374--22536468	3	30.7	3	75	14	77	27	6	1	65	1.23
22536476--22536509	16	2.2	16	89	5	52	29	0	5	64	1.17
22539152--22539195	20	2.2	20	87	0	61	15	25	34	25	1.95
22552397--22552465	26	2.6	27	83	6	95	27	1	1	69	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22552383--22552415	7	4.7	7	96	0	57	15	0	0	84	0.61
22553952--22553998	19	2.4	19	85	3	58	31	0	6	61	1.21
22553943--22553994	9	5.7	9	75	4	50	28	0	5	65	1.16
22557454--22557508	4	13.8	4	100	0	110	50	0	25	23	1.49
22557506--22557558	2	27.0	2	96	3	99	50	0	49	0	1.00
22560607--22560670	21	3.3	21	66	20	66	37	0	18	43	1.51
22560586--22560668	37	2.2	37	95	0	148	39	1	18	40	1.58
22563145--22563192	24	2.0	24	88	8	71	37	12	2	47	1.53
22563159--22563192	12	2.8	13	86	13	54	38	11	0	50	1.39
22564513--22564721	108	1.9	108	98	0	400	40	12	15	31	1.85
22569549--22569580	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
22571126--22571154	12	2.3	13	94	5	51	72	0	3	24	1.00
22571215--22571266	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
22571467--22571513	20	2.3	20	85	0	67	55	0	8	36	1.31
22571362--22571575	102	2.0	106	88	4	319	52	4	8	34	1.53
22571504--22571547	16	2.6	18	78	10	56	52	4	6	36	1.49
22573047--22573168	45	2.7	45	76	17	137	27	28	18	26	1.98
22573040--22573727	44	15.9	43	69	13	237	28	24	19	27	1.98
22573226--22573770	89	6.3	87	67	15	254	28	24	19	27	1.99
22573040--22573774	216	3.4	215	93	0	1218	27	24	19	27	1.99
22573618--22573727	43	2.5	44	82	4	125	31	22	19	26	1.97
22578572--22579542	485	2.0	485	100	0	1942	21	28	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22586042--22586110	16	4.3	16	71	12	61	73	10	2	13	1.19
22586214--22586267	21	2.6	21	79	2	65	55	1	9	33	1.42
22586360--22586406	18	2.6	19	83	6	62	53	4	6	36	1.46
22586216--22586433	102	2.1	104	81	9	246	52	4	8	33	1.53
22587693--22587725	15	2.1	16	88	5	50	18	3	3	75	1.06
22590916--22590949	15	2.3	15	89	0	50	55	0	11	32	1.36
22592710--22592749	21	1.9	21	84	0	53	30	27	12	30	1.93
22596519--22596594	39	1.9	39	83	0	98	39	7	17	35	1.78
22609129--22609166	19	1.9	19	94	5	67	28	5	2	63	1.30
22609065--22609171	12	8.8	12	74	13	60	23	3	4	68	1.25
22609079--22609171	25	3.9	24	76	13	77	20	4	5	69	1.25
22620876--22620912	17	2.1	19	85	10	51	32	8	24	35	1.85
22622508--22622601	43	2.2	43	86	0	125	23	20	24	31	1.98
22634660--22634774	35	3.2	35	69	9	104	27	25	20	26	1.99
22634663--22634806	74	1.9	74	87	0	207	29	21	20	27	1.98
22637139--22637335	98	2.0	98	95	0	358	37	24	9	27	1.87
22638636--22638767	19	6.8	19	90	3	210	36	15	9	38	1.80
22638629--22638766	59	2.4	59	90	4	212	36	14	9	39	1.79
22647344--22647381	17	2.4	17	86	8	53	52	0	0	47	1.00
22647630--22647912	158	1.8	154	90	4	460	27	8	9	53	1.63
22647910--22648716	152	5.3	152	90	4	1191	50	8	11	29	1.67
22651205--22651238	13	2.5	13	90	4	50	64	2	0	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22651246--22651326	42	1.9	43	80	12	96	48	3	1	46	1.27
22655796--22655824	15	1.9	15	100	0	58	0	17	0	82	0.66
22655796--22655833	12	3.3	12	85	7	53	0	15	0	84	0.63
22655796--22655826	7	4.3	7	92	8	53	0	16	0	83	0.64
22656703--22657373	87	7.6	87	88	5	961	23	23	22	30	1.99
22656949--22657085	43	3.2	43	63	13	100	23	21	24	29	1.99
22656972--22657336	185	2.0	184	90	2	581	22	23	23	30	1.99
22658925--22659020	29	3.1	29	74	14	86	9	10	8	71	1.30
22658968--22659044	35	2.2	35	88	4	111	5	9	9	76	1.14
22661815--22662347	265	2.0	265	95	0	960	20	18	39	22	1.93
22666353--22666594	50	4.8	50	84	1	315	21	30	21	26	1.99
22666353--22666595	99	2.4	100	89	1	353	21	30	21	26	1.99
22672296--22672639	50	6.8	50	80	1	382	23	28	20	27	1.99
22672298--22672639	101	3.4	100	80	3	310	23	28	20	27	1.99
22672296--22672634	151	2.2	151	98	0	660	23	28	20	27	1.99
22677282--22677320	18	2.2	18	85	0	51	20	2	20	56	1.54
22677314--22677369	27	2.0	28	93	3	96	26	0	3	69	1.04
22677314--22677379	27	2.4	27	87	7	89	25	1	3	69	1.11
22684088--22684126	19	2.1	19	90	0	60	28	5	15	51	1.64
22687865--22687895	15	2.1	15	93	0	53	32	0	6	61	1.21
22694457--22694581	63	2.0	63	85	0	169	38	15	22	24	1.92
22698625--22698654	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22708937--22708976	21	2.0	20	86	13	57	22	25	0	52	1.47
22714087--22714232	54	2.7	54	81	0	157	21	27	25	25	2.00
22717220--22717244	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
22727666--22727695	16	1.9	16	93	6	53	13	30	13	43	1.82
22729590--22729667	25	3.1	25	79	3	102	26	16	21	34	1.95
22729589--22729664	26	3.0	25	78	3	89	26	17	22	34	1.96
22730167--22730283	55	2.1	55	82	4	137	43	0	3	52	1.24
22730202--22730237	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
22743516--22743561	23	2.0	23	91	0	74	41	19	15	23	1.89
22743961--22743990	3	10.3	3	92	7	53	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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