genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  10  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2825904--2825945	20	2.1	20	82	8	50	47	0	4	47	1.23
2826383--2826416	16	2.1	16	94	0	59	41	2	5	50	1.42
2826488--2826646	76	2.1	76	100	0	318	54	8	4	32	1.51
2826573--2826688	50	2.3	50	89	4	171	56	9	5	28	1.52
2828008--2828039	8	4.2	8	84	15	50	12	12	50	25	1.75
2828008--2828057	22	2.3	22	86	6	66	16	10	50	24	1.75
2828117--2828156	7	6.1	7	88	11	59	42	0	47	10	1.37
2828117--2828153	18	2.0	19	94	5	67	43	0	48	8	1.32
2829641--2829680	5	7.6	5	83	10	53	40	0	0	60	0.97
2829646--2829675	8	3.8	8	90	0	51	40	0	0	60	0.97
2829640--2829680	16	2.6	16	92	0	73	39	0	0	60	0.96
2830789--2830839	22	2.3	22	89	0	75	19	25	19	35	1.95
2830801--2830854	22	2.5	22	84	0	63	16	24	16	42	1.88
2830986--2831052	22	3.0	22	84	0	89	14	23	20	40	1.90
2830721--2831114	197	2.0	197	97	0	743	24	21	18	35	1.95
2838004--2838052	18	2.6	19	87	6	64	40	0	0	59	0.98
2838276--2838314	11	3.5	11	83	16	53	74	0	2	23	0.94
2838285--2838323	12	3.2	12	85	3	51	74	2	5	17	1.12
2838276--2838336	22	2.8	21	82	12	61	70	3	3	22	1.17
2838327--2838357	15	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
2838327--2838512	10	20.3	9	66	18	64	60	1	2	35	1.18
2838366--2838425	29	2.1	29	90	6	95	65	3	0	31	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2838937--2839052	60	1.9	60	84	5	153	35	0	5	58	1.26
2838963--2839046	21	4.2	20	75	20	77	39	1	4	54	1.29
2838939--2839207	10	28.3	9	68	17	129	35	0	3	60	1.18
2839028--2839073	21	2.2	20	84	3	56	32	0	2	65	1.05
2839150--2839203	27	2.0	27	89	7	83	29	0	3	66	1.09
2847268--2847319	11	5.3	10	78	19	56	36	0	1	61	1.07
2856477--2856513	19	2.1	19	90	10	60	32	0	5	62	1.18
2859332--2859374	20	2.2	20	86	0	59	34	2	9	53	1.46
2865324--2865348	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2868892--2868922	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
2870056--2870097	20	2.1	20	82	8	50	23	2	2	71	1.10
2870061--2870097	15	2.5	16	83	16	53	27	2	0	70	1.01
2874401--2874489	10	9.2	9	73	15	54	39	3	1	56	1.23
2875367--2875442	31	2.6	29	83	8	98	55	13	5	26	1.59
2903139--2903173	17	2.1	17	100	0	70	17	17	5	60	1.55
2903729--2903761	16	2.0	17	88	5	50	57	0	6	36	1.23
2903815--2903864	7	7.6	7	75	20	54	60	0	0	40	0.97
2903951--2904015	34	1.9	34	90	6	105	35	0	1	63	1.04
2918617--2920037	132	10.8	132	89	0	1869	28	24	19	28	1.98
2925287--2925325	20	2.0	20	90	5	62	61	0	20	17	1.34
2936894--2936953	22	2.7	22	97	0	111	18	20	15	46	1.84
2940983--2941149	83	2.0	83	100	0	334	42	10	10	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2947315--2947344	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
2948504--2948647	72	2.0	72	98	0	279	25	15	16	42	1.87
2962114--2962147	14	2.4	14	90	5	50	47	0	0	52	1.00
2962370--2962425	27	2.1	27	89	0	85	30	21	14	33	1.93
2967957--2967990	14	2.4	14	90	0	50	14	0	2	82	0.79
2984525--2985147	310	2.0	310	96	0	1158	22	19	13	44	1.86
2992458--2992631	62	2.8	62	100	0	348	40	22	5	31	1.76
2995448--2996005	44	12.7	43	74	6	363	27	13	26	32	1.94
2995440--2996026	219	2.7	218	84	4	691	28	13	25	32	1.94
2995443--2996049	88	6.9	87	77	7	419	28	13	26	31	1.94
2995628--2996102	132	3.6	131	89	0	635	28	14	26	31	1.94
2996086--2996620	132	4.1	132	92	0	901	28	19	24	27	1.99
2996167--2996660	44	11.3	44	67	13	157	28	19	23	28	1.98
2996590--2996691	40	2.5	40	91	0	159	28	21	19	30	1.98
2996820--2997145	40	7.8	40	77	14	316	33	23	20	22	1.97
2996816--2997154	86	4.0	86	94	1	583	34	23	20	21	1.97
2996816--2997154	170	2.0	170	94	1	588	34	23	20	21	1.97
2997762--2997797	15	2.4	15	90	0	54	72	13	8	5	1.27
3005678--3005743	24	2.8	24	86	4	71	48	13	4	33	1.63
3009941--3009988	24	2.0	24	83	0	60	45	10	6	37	1.64
3012705--3012730	12	2.2	12	100	0	52	26	15	0	57	1.38
3020484--3020520	16	2.1	19	85	14	53	54	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3033226--3033451	44	5.2	44	77	8	219	26	23	19	30	1.98
3033164--3033449	131	2.2	131	91	0	455	26	23	19	30	1.98
3033868--3033925	24	2.4	24	91	5	91	31	24	12	32	1.91
3034399--3034701	91	3.0	98	79	15	316	47	8	16	27	1.74
3045797--3046054	119	2.2	120	81	6	294	25	27	22	25	2.00
3045811--3046054	40	6.1	40	83	6	282	25	27	22	25	2.00
3047969--3048013	19	2.4	19	85	7	56	42	11	22	24	1.86
3050817--3050870	21	2.6	21	79	5	56	50	1	7	40	1.41
3050934--3050984	23	2.3	23	83	10	61	64	7	3	23	1.37
3058815--3058869	27	2.0	27	85	0	74	41	5	14	38	1.69
3062727--3062763	9	4.3	9	83	10	51	13	0	29	56	1.37
3062878--3063192	127	2.5	126	89	3	447	29	17	23	29	1.97
3064437--3064513	13	5.9	13	89	0	118	25	10	24	38	1.87
3066567--3066621	2	27.5	2	96	0	101	52	0	47	0	1.00
3069862--3069916	21	2.6	21	83	13	76	21	0	30	47	1.51
3070656--3071027	192	1.9	192	82	5	457	42	19	9	29	1.82
3071290--3071332	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
3073230--3073312	27	3.2	28	66	22	81	30	4	2	62	1.28
3073207--3073312	49	2.2	49	93	1	178	32	4	2	60	1.32
3076604--3076665	31	2.0	31	90	0	97	22	17	19	40	1.91
3076753--3076896	72	2.0	72	98	0	279	45	24	1	28	1.61
3076889--3076998	34	3.2	33	83	11	150	41	17	0	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3078416--3078449	12	2.8	12	86	0	50	61	0	8	29	1.26
3084360--3084574	89	2.4	89	100	0	430	40	19	13	26	1.89
3090564--3090721	44	3.6	44	85	1	203	46	15	20	17	1.84
3090585--3090703	21	5.4	23	63	11	79	45	15	22	16	1.85
3090564--3090739	44	4.1	42	81	5	183	46	15	22	16	1.84
3093466--3093503	15	2.3	17	82	17	53	68	5	2	23	1.23
3107108--3107152	22	2.0	22	91	0	72	13	8	13	64	1.49
3107374--3107427	14	3.6	14	73	22	56	66	5	0	27	1.13
3107373--3107431	31	1.9	31	100	0	118	66	6	0	27	1.17
3109575--3109630	22	2.6	22	85	2	69	25	3	12	58	1.50
3109583--3109638	22	2.6	22	83	5	71	25	1	10	62	1.37
3115664--3115709	12	3.8	12	81	16	58	69	0	0	30	0.89
3115654--3115710	25	2.2	26	84	12	73	68	0	0	31	0.90
3116518--3116576	28	2.1	28	84	6	75	40	1	0	57	1.09
3116575--3116622	21	2.3	23	75	20	59	52	2	0	45	1.12
3126218--3126265	20	2.4	20	85	0	60	41	12	22	22	1.88
3150994--3151044	24	2.2	22	80	10	57	60	0	7	31	1.25
3151000--3151044	24	1.9	23	86	4	63	62	0	6	31	1.21
3156154--3156224	27	2.6	27	84	4	81	29	23	12	33	1.92
3158494--3158532	16	2.4	16	91	0	60	53	2	7	35	1.43
3161028--3161083	19	2.8	21	79	17	73	39	5	0	55	1.23
3166593--3166669	21	3.7	21	71	13	68	35	9	33	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3171821--3171936	47	2.3	47	84	12	135	43	0	5	50	1.30
3175980--3176065	3	29.3	3	73	19	60	29	3	1	66	1.16
3175980--3176069	18	4.7	18	77	13	83	30	3	1	65	1.16
3176271--3176327	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
3176409--3176438	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
3187499--3187622	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
3187499--3187770	37	6.8	45	89	7	198	26	20	16	37	1.93
3187585--3187797	37	5.8	37	97	0	390	25	20	14	39	1.90
3195237--3195360	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
3195237--3195471	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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