genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21239598--21239696	39	2.5	39	78	0	108	44	19	6	30	1.74
21243671--21243841	32	5.4	32	75	2	139	40	18	18	22	1.91
21244013--21244123	24	4.6	24	78	4	80	42	17	10	29	1.83
21244139--21244421	27	10.5	27	86	3	320	24	22	18	34	1.96
21244139--21244421	54	5.2	54	88	1	379	24	22	18	34	1.96
21244143--21244421	81	3.4	81	88	0	396	24	23	18	34	1.96
21245927--21245991	27	2.5	26	80	9	78	44	16	7	30	1.76
21251508--21251540	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21258579--21258628	24	2.1	24	100	0	100	28	4	12	56	1.54
21259320--21259363	12	3.7	12	87	0	61	29	29	0	40	1.57
21259324--21259363	18	2.2	18	86	8	55	30	30	0	40	1.57
21259968--21260032	15	4.1	15	79	13	76	64	1	3	30	1.18
21259971--21260044	34	2.2	34	90	2	114	62	1	4	32	1.22
21262628--21262866	51	4.7	51	84	3	261	31	26	17	24	1.97
21269258--21269382	58	2.1	59	91	8	198	44	8	17	29	1.77
21269596--21269639	17	2.6	17	85	10	63	65	2	2	29	1.16
21271071--21271129	28	2.0	31	87	9	88	25	0	8	66	1.20
21271071--21271131	33	1.9	31	90	6	95	27	0	8	63	1.22
21274931--21275017	22	4.0	22	87	0	120	44	19	24	11	1.83
21276551--21276614	31	2.1	31	100	0	128	31	17	21	29	1.96
21281521--21281545	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21283827--21283986	33	4.7	33	75	19	127	30	28	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21283939--21283988	26	1.9	26	95	0	91	30	32	22	16	1.95
21284016--21284206	51	3.8	51	79	10	221	30	28	17	23	1.97
21284014--21284198	101	1.8	102	89	5	295	30	28	18	22	1.97
21293560--21293586	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21293899--21293934	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
21295370--21295400	13	2.4	13	94	0	53	29	0	29	41	1.56
21302152--21302177	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
21304149--21304243	45	2.1	45	90	0	154	27	20	22	30	1.98
21317607--21317635	10	2.9	10	100	0	58	51	17	20	10	1.74
21319092--21319124	16	2.1	16	94	0	57	45	18	15	21	1.85
21319270--21319553	85	3.3	85	84	4	324	35	20	21	22	1.96
21319325--21319557	127	1.8	127	83	7	312	36	18	21	23	1.95
21319265--21319577	42	7.4	41	77	7	263	32	20	21	24	1.97
21319914--21319975	31	2.0	31	96	0	115	9	20	25	43	1.83
21320044--21320071	12	2.3	12	100	0	56	0	42	17	39	1.50
21320056--21320124	21	3.3	21	83	0	84	4	42	18	34	1.71
21325583--21325671	9	10.6	9	79	13	91	32	1	20	46	1.58
21325583--21325671	25	3.5	26	77	11	89	32	1	20	46	1.58
21325583--21325698	34	3.2	34	81	7	133	33	1	18	45	1.60
21325659--21325719	12	5.2	11	84	7	77	34	1	19	44	1.61
21325660--21325842	24	7.6	24	70	11	133	31	3	17	46	1.66
21325779--21325842	12	5.3	12	90	0	101	35	0	17	46	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325664--21325913	119	2.1	119	90	0	392	30	4	17	48	1.65
21325792--21325920	34	3.6	35	72	14	97	30	2	16	51	1.57
21325664--21325943	119	2.3	120	86	3	332	30	3	17	48	1.65
21326097--21326174	9	8.7	9	73	16	63	38	1	15	44	1.55
21326101--21326179	16	5.0	16	75	14	74	37	1	16	44	1.56
21326201--21326282	35	2.3	35	95	0	146	58	2	4	34	1.32
21326223--21326284	19	3.4	19	66	20	60	62	1	3	32	1.20
21330169--21330211	19	2.3	19	95	0	77	25	20	34	18	1.96
21331403--21331559	9	18.6	9	79	12	154	32	1	20	45	1.59
21331403--21331586	34	5.2	34	83	4	224	33	1	19	45	1.60
21331407--21331559	68	2.2	68	100	0	306	32	1	20	46	1.59
21331547--21331607	12	5.2	11	84	7	77	34	1	19	44	1.61
21331548--21331730	24	7.6	24	70	11	133	31	3	17	46	1.66
21331667--21331730	12	5.3	12	90	0	101	35	0	17	46	1.48
21331552--21331801	119	2.1	119	90	0	392	30	4	17	48	1.65
21331680--21331808	34	3.6	35	72	14	97	30	2	16	51	1.57
21331552--21331831	119	2.3	120	86	3	332	30	3	17	48	1.65
21331927--21331965	19	2.0	20	95	5	62	56	0	0	43	0.99
21331989--21332066	9	8.7	9	73	16	63	38	1	15	44	1.55
21331993--21332071	16	5.0	16	75	14	74	37	1	16	44	1.56
21332093--21332174	35	2.3	35	95	0	146	58	2	4	34	1.32
21332115--21332176	19	3.4	19	66	20	60	62	1	3	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21333799--21333892	44	2.1	44	92	0	152	34	8	34	23	1.85
21334522--21334573	17	3.1	17	81	10	54	48	1	0	50	1.12
21335317--21335529	115	1.9	115	81	5	261	30	23	18	28	1.97
21335466--21335894	229	1.9	228	85	4	605	26	23	18	31	1.97
21335296--21335929	114	5.5	111	73	9	449	27	22	18	30	1.98
21335845--21335986	75	1.9	75	88	0	212	28	22	14	34	1.94
21335836--21336003	75	2.3	75	81	5	205	27	24	14	33	1.95
21335914--21336189	113	2.4	113	81	3	313	27	22	16	33	1.95
21339290--21339315	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
21343412--21343450	17	2.1	19	86	13	55	71	7	0	20	1.10
21344574--21344598	6	4.2	6	100	0	50	36	16	0	48	1.46
21345367--21345423	29	2.0	28	83	10	71	54	3	0	42	1.17
21355524--21355557	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
21360126--21360418	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
21360251--21360292	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21360380--21360421	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21360371--21360412	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21360355--21360671	157	2.0	157	94	1	555	47	5	3	43	1.41
21360723--21360813	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
21360794--21360846	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
21377857--21377900	18	2.5	18	92	3	72	38	4	15	40	1.68
21378720--21378751	14	2.3	14	94	0	55	34	0	12	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21388658--21388909	26	9.5	27	83	7	295	40	20	18	20	1.91
21388658--21388909	53	4.8	51	83	8	299	40	20	18	20	1.91
21388658--21388909	79	3.2	77	85	5	308	40	20	18	20	1.91
21395487--21395530	15	2.9	15	83	13	54	40	4	0	54	1.21
21402703--21402750	22	2.0	22	84	11	60	22	10	4	62	1.44
21406786--21406844	32	1.9	29	83	16	75	3	44	1	50	1.28
21418330--21418433	42	2.5	42	96	0	190	19	34	25	20	1.96
21419242--21419405	41	4.0	41	87	1	213	34	17	28	20	1.95
21421659--21421707	16	2.9	17	81	9	55	48	0	8	42	1.32
21441225--21441256	14	2.3	14	100	0	64	25	28	6	40	1.79
21443075--21443426	27	13.1	27	88	0	436	37	20	19	22	1.95
21443650--21443833	32	5.8	32	79	8	162	22	20	21	36	1.95
21443664--21443896	96	2.4	96	79	5	265	22	19	21	36	1.95
21452180--21452275	40	2.4	40	85	5	131	43	18	22	14	1.87
21452341--21452467	48	2.6	48	84	9	170	18	27	7	46	1.75
21454387--21454436	22	2.3	22	85	0	64	46	18	16	20	1.85
21454485--21454663	32	5.6	32	90	0	277	38	22	20	18	1.93
21454456--21454663	64	3.2	64	90	0	290	37	20	20	21	1.94
21454706--21454770	27	2.5	26	78	14	71	33	21	23	21	1.97
21454854--21454916	24	2.6	24	84	0	81	47	19	4	28	1.69
21454933--21455212	27	10.4	27	81	3	305	23	23	20	32	1.98
21458511--21458668	32	4.9	32	83	1	192	37	20	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21458710--21458773	27	2.4	27	82	12	71	31	21	25	21	1.98
21458852--21458900	24	2.0	24	84	0	62	42	20	8	28	1.80
21458917--21459187	27	10.1	27	81	0	265	23	18	21	36	1.95
21458933--21459187	54	4.7	54	84	0	303	23	18	22	35	1.96
21458917--21459191	81	3.4	81	83	0	354	23	18	21	36	1.95
21463895--21463962	22	3.0	22	66	19	59	42	14	8	33	1.77
21472299--21472498	43	4.7	42	77	7	199	34	28	15	22	1.94
21472273--21472498	85	2.7	85	84	2	285	34	28	14	23	1.93
21472472--21472524	26	2.0	26	86	13	74	26	33	22	16	1.96
21477251--21477302	26	2.0	26	96	0	95	25	23	13	38	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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