genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29293524--29293565	21	2.0	21	85	0	57	64	0	30	4	1.14
29294548--29294613	28	2.4	28	86	0	96	37	0	13	48	1.43
29294850--29295091	29	8.4	29	79	5	199	35	13	26	25	1.92
29294850--29295066	57	3.8	58	74	10	194	34	13	27	24	1.93
29294850--29295057	86	2.4	86	84	4	260	35	12	26	25	1.92
29294899--29295177	115	2.4	116	84	3	357	35	14	26	23	1.94
29294958--29295177	29	7.6	29	75	7	151	36	14	26	22	1.93
29295073--29295193	59	2.1	58	84	4	154	36	14	24	23	1.93
29295099--29295193	29	3.2	28	78	8	93	36	16	22	24	1.94
29296227--29296265	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
29297381--29297434	27	2.0	27	82	7	65	27	20	27	24	1.99
29318948--29319027	37	2.2	37	86	0	106	45	28	8	17	1.78
29320800--29320840	19	2.2	20	86	8	59	51	2	9	36	1.48
29332374--29332428	26	2.1	26	82	0	65	40	20	18	21	1.92
29332565--29332651	27	3.2	26	81	12	70	17	16	19	47	1.83
29337401--29337498	42	2.4	42	81	11	114	32	24	19	23	1.97
29338944--29338982	6	6.5	6	81	0	51	41	2	56	0	1.13
29338943--29338989	24	2.0	24	82	0	58	42	4	53	0	1.20
29339869--29339937	35	2.0	35	91	0	111	18	23	23	34	1.96
29343808--29343907	48	2.1	48	96	0	182	33	25	14	28	1.94
29345192--29345536	51	6.8	50	82	4	336	29	25	15	28	1.96
29345193--29345536	102	3.4	102	86	2	424	29	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29350481--29350666	100	1.9	100	95	0	336	39	10	22	26	1.87
29358883--29359119	40	5.9	40	84	2	305	34	18	29	18	1.95
29359038--29359102	20	3.3	19	70	8	58	33	20	33	12	1.89
29365622--29365757	42	3.2	42	79	7	132	29	22	19	28	1.98
29365621--29365757	41	3.3	41	79	7	141	29	22	19	28	1.98
29369299--29369569	79	3.4	79	82	3	312	35	14	26	23	1.93
29369339--29369569	119	1.9	119	88	0	345	34	14	27	23	1.93
29369301--29369569	40	6.8	39	80	3	288	34	14	27	23	1.93
29375448--29375790	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
29383498--29383720	40	5.6	40	85	3	245	25	21	27	26	1.99
29383573--29383755	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
29386202--29386282	38	2.1	39	88	4	121	34	19	2	43	1.65
29386473--29386767	51	5.8	51	75	6	251	29	25	14	30	1.94
29386528--29386766	102	2.3	102	90	1	372	30	25	12	30	1.93
29393546--29393639	46	2.0	46	89	0	143	23	19	22	35	1.96
29395496--29395788	50	5.8	50	87	0	397	22	31	19	26	1.98
29396878--29396903	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
29397768--29397832	21	3.1	21	77	18	73	70	1	18	9	1.21
29402219--29402283	20	3.3	20	93	2	105	27	29	16	26	1.97
29406712--29406753	18	2.3	19	80	12	52	59	9	7	23	1.53
29415237--29415394	80	2.0	79	81	3	183	39	20	20	19	1.93
29415316--29415391	40	1.9	40	81	5	91	39	22	18	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29419536--29419832	27	11.0	27	79	9	261	19	16	20	43	1.88
29419536--29419828	54	5.4	54	81	2	345	19	16	20	43	1.89
29419563--29419825	137	1.9	135	88	1	391	18	16	21	43	1.88
29422349--29422408	29	2.1	29	90	0	93	33	40	16	10	1.82
29423086--29423118	14	2.4	14	100	0	66	48	15	6	30	1.69
29424691--29424727	11	3.4	11	92	0	56	21	5	43	29	1.75
29431236--29431314	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
29431433--29431871	47	9.1	47	78	11	415	28	28	9	32	1.89
29431557--29431619	30	2.1	30	93	0	108	31	23	12	31	1.92
29431510--29431743	77	3.0	77	97	0	432	30	26	10	32	1.90
29431634--29431696	30	2.1	30	93	0	108	31	23	12	31	1.92
29431433--29431808	124	3.1	118	75	16	377	29	28	9	32	1.88
29442808--29442848	22	1.9	21	90	5	64	17	24	46	12	1.82
29444601--29444641	21	2.0	21	90	0	64	68	0	24	7	1.15
29445624--29445689	28	2.4	28	86	0	96	37	0	13	48	1.43
29445926--29446167	29	8.4	29	78	5	190	35	13	26	24	1.93
29445930--29446142	57	3.7	57	73	9	166	34	14	26	24	1.93
29445926--29446133	86	2.4	86	84	4	251	35	13	26	24	1.92
29446005--29446253	29	8.6	29	74	11	136	36	14	25	22	1.93
29445975--29446253	115	2.4	116	83	4	350	35	15	25	23	1.94
29446034--29446253	29	7.6	29	74	7	142	36	14	25	22	1.93
29446149--29446269	59	2.1	58	84	4	154	36	14	24	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29446175--29446269	29	3.2	28	78	8	93	36	16	22	24	1.94
29447303--29447341	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
29448457--29448510	27	2.0	27	85	0	72	29	18	27	24	1.98
29470073--29470152	37	2.2	37	86	0	106	45	28	8	17	1.78
29471615--29471649	18	2.0	18	88	5	54	54	8	14	22	1.67
29471926--29471966	19	2.2	20	86	8	59	51	2	9	36	1.48
29483380--29483434	26	2.1	26	86	0	74	40	21	18	20	1.92
29483571--29483657	27	3.2	27	85	6	88	16	14	21	47	1.82
29488407--29488504	42	2.4	42	81	11	114	32	24	19	23	1.97
29510563--29510630	26	2.6	26	78	0	73	41	19	17	22	1.91
29510795--29510907	27	4.2	27	78	8	131	19	17	18	44	1.87
29510795--29510907	54	2.1	54	86	6	158	19	17	18	44	1.87
29520457--29520489	13	2.4	14	90	5	50	6	12	3	78	1.04
29524513--29524545	12	2.6	13	90	9	59	54	12	0	33	1.37
29527193--29527223	15	2.1	15	100	0	62	74	0	0	25	0.82
29531306--29531337	4	8.0	4	92	0	55	21	0	0	78	0.76
29531691--29531750	19	3.0	20	71	24	63	26	5	35	33	1.78
29531672--29531750	40	2.0	40	97	0	149	26	6	35	31	1.82
29531672--29531737	21	3.2	21	70	23	68	28	6	37	27	1.80
29538013--29538083	28	2.4	29	81	11	92	54	4	1	39	1.28
29538967--29539009	12	3.3	12	79	17	50	48	2	2	46	1.27
29541975--29542117	61	2.3	60	83	2	160	25	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29543126--29543160	14	2.4	14	90	4	52	48	0	0	51	1.00
29550577--29550663	34	2.6	34	90	0	129	42	27	12	17	1.85
29552656--29552686	12	2.6	12	94	0	53	16	16	3	64	1.42
29567507--29567533	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
29567752--29567784	16	2.1	16	94	0	57	57	0	24	18	1.40
29580117--29580161	22	2.0	22	83	8	56	51	22	0	26	1.49
29596841--29596928	44	2.0	44	93	4	151	42	18	5	34	1.74
29605110--29606009	446	2.0	446	94	0	1566	31	14	18	35	1.91
29611512--29611558	23	2.0	24	84	12	62	55	0	2	42	1.12
29612419--29612598	28	6.5	28	85	3	220	30	22	21	26	1.98
29612419--29612598	56	3.2	56	86	2	256	30	22	21	26	1.98
29612961--29613050	27	3.3	27	88	0	135	20	14	21	44	1.86
29614324--29614573	28	8.9	28	80	2	252	34	21	20	24	1.97
29614675--29614781	26	4.1	26	95	0	178	37	19	22	20	1.94
29615016--29615221	107	1.9	108	82	3	254	18	16	21	42	1.89
29615016--29615222	27	7.7	27	85	1	245	18	16	21	42	1.89
29636355--29636673	40	8.0	40	90	1	462	26	27	21	23	1.99
29636355--29636673	120	2.7	120	93	1	525	26	27	21	23	1.99
29639356--29639463	26	4.2	26	92	0	180	36	25	7	31	1.83
29640998--29641116	29	4.2	29	82	2	134	29	26	13	30	1.94
29640998--29641116	58	2.1	58	84	3	152	29	26	13	30	1.94
29641185--29641220	18	2.0	18	88	0	54	19	41	13	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29654076--29654252	40	4.4	40	89	2	268	23	20	26	29	1.99
29655913--29656016	27	3.9	27	79	2	102	38	18	11	31	1.86
29655944--29656070	27	4.7	27	70	5	78	39	22	8	29	1.84
29656488--29656535	8	6.0	8	85	0	60	25	25	37	12	1.91
29656717--29656826	55	2.0	55	98	0	211	24	9	28	38	1.86
29656845--29656896	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
29665638--29665747	27	4.1	27	79	2	114	37	23	10	29	1.87
29665697--29665795	27	3.7	28	73	8	80	37	23	9	30	1.86
29665779--29665832	27	2.0	27	88	0	81	38	14	20	25	1.91
29666486--29666537	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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