genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  26  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7925383--7925414	12	2.8	11	90	9	55	0	21	0	78	0.76
7936722--7936764	21	2.1	21	82	4	52	34	4	20	39	1.74
7939220--7939293	21	3.5	22	85	10	100	35	27	22	14	1.94
7940207--7940238	14	2.3	14	100	0	64	59	0	0	40	0.97
7941954--7941985	15	2.2	15	94	5	57	43	0	0	56	0.99
7942081--7942117	15	2.5	15	90	0	56	45	0	2	51	1.15
7945838--7945898	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
7946073--7946114	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7946064--7946105	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7946330--7946397	16	4.2	16	100	0	136	38	36	0	25	1.56
7957404--7957644	43	5.6	43	84	1	313	33	28	15	22	1.95
7957404--7957645	85	2.8	85	87	1	313	33	28	15	22	1.94
7958324--7958366	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
7961933--7962081	7	21.1	7	73	9	97	44	33	2	19	1.62
7961934--7962081	21	7.3	20	75	12	108	45	33	2	19	1.62
7969916--7970224	9	35.3	9	72	17	242	31	1	21	45	1.60
7969920--7969980	19	3.4	18	88	6	63	31	3	21	44	1.68
7970086--7970163	19	4.4	19	64	26	62	30	0	19	50	1.48
7970086--7970200	26	4.4	26	91	7	173	30	0	19	50	1.48
7970103--7970202	33	2.9	33	71	18	87	31	0	18	51	1.46
7970096--7970193	19	5.5	19	67	23	79	30	0	18	51	1.47
7970388--7970421	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7970736--7970806	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
7970735--7970806	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
7972825--7972904	39	2.1	39	90	0	124	40	37	2	20	1.66
7973184--7973224	17	2.6	15	85	11	55	34	48	0	17	1.47
7973579--7973609	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7973663--7973699	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
7973913--7973972	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
7974613--7974638	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
7974966--7975175	113	1.9	113	81	6	255	25	24	23	26	2.00
7976675--7976754	37	2.2	37	97	2	153	30	16	10	43	1.80
7981525--7981559	17	2.1	17	89	10	54	71	5	2	20	1.19
7981731--7981772	15	3.2	13	78	15	50	57	0	2	40	1.12
7982985--7983042	28	2.1	28	100	0	116	37	10	22	29	1.87
7984708--7984739	13	2.5	13	94	0	55	59	0	3	37	1.13
7986678--7986717	21	2.0	20	85	5	53	55	5	35	5	1.44
7989526--7989590	29	2.3	29	78	19	75	33	1	0	64	1.03
7989533--7989601	31	2.2	33	84	5	88	34	2	1	60	1.20
7993865--7993910	20	2.4	20	82	13	53	82	2	15	0	0.76
7993852--7993910	18	3.4	18	75	9	61	81	3	15	0	0.82
7996015--7996196	50	3.6	50	71	0	157	31	24	22	21	1.98
7995990--7996233	100	2.4	100	82	4	287	29	23	24	22	1.99
7997623--7997692	32	2.1	36	84	10	94	35	2	1	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7999464--7999538	22	3.4	22	79	0	78	58	16	12	13	1.63
8001747--8001790	20	2.2	20	88	8	63	56	4	2	36	1.32
8002313--8002380	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
8002361--8002470	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
8002596--8002637	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8002605--8002646	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8002831--8002876	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
8002831--8002885	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
8002594--8002981	120	3.2	120	94	2	667	49	5	2	42	1.39
8011166--8011203	15	2.6	15	83	4	51	26	10	7	55	1.61
8016633--8016661	13	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
8017756--8017793	17	2.3	17	90	4	60	57	2	0	39	1.12
8019165--8019442	94	3.0	93	86	3	378	41	24	13	21	1.89
8020745--8020864	33	3.7	33	85	3	156	40	33	10	16	1.82
8026547--8026669	42	3.0	43	79	9	139	43	17	20	18	1.88
8030191--8030257	23	3.1	23	62	24	54	43	13	11	31	1.80
8030185--8030271	42	2.1	42	95	0	156	45	14	9	29	1.76
8035156--8035200	22	2.0	23	82	8	56	28	2	11	57	1.45
8046630--8046689	25	2.3	26	88	5	95	23	25	25	26	2.00
8050088--8050118	15	2.1	14	94	5	53	80	0	19	0	0.71
8051859--8051906	6	8.0	6	100	0	96	16	0	33	50	1.46
8053346--8053371	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8058097--8058127	2	15.5	2	93	0	53	48	0	48	3	1.17
8062638--8062909	136	2.0	136	94	0	472	35	16	20	27	1.94
8063900--8063950	23	2.2	23	82	6	68	47	31	0	21	1.51
8064766--8064910	46	3.2	45	81	6	159	20	20	13	45	1.85
8064890--8065046	45	3.5	45	84	5	185	24	19	17	38	1.92
8065034--8065134	45	2.2	45	92	0	166	16	20	20	41	1.90
8064884--8065094	90	2.3	89	78	6	210	22	20	18	38	1.93
8066025--8066090	23	2.8	24	80	13	75	36	0	1	62	1.05
8066025--8066077	24	2.2	23	86	6	70	32	0	1	66	1.03
8075175--8075219	24	1.9	24	86	4	65	20	0	26	53	1.46
8079766--8079805	14	2.6	16	88	11	57	60	2	0	37	1.11
8079835--8079882	9	5.6	9	85	12	57	68	6	2	22	1.23
8079835--8079883	17	2.9	17	85	14	66	69	6	2	22	1.21
8095888--8095929	15	2.6	16	82	17	52	61	2	0	35	1.09
8095887--8095933	17	2.8	16	83	6	58	63	2	0	34	1.06
8108343--8108435	48	2.0	47	89	6	143	18	25	21	34	1.96
8110448--8110474	6	4.5	6	100	0	54	0	14	33	51	1.43
8115170--8115231	30	2.3	27	81	18	67	32	4	1	61	1.27
8116058--8116105	21	2.3	21	78	7	53	33	6	12	47	1.66
8119343--8119405	29	2.2	29	80	5	74	46	6	12	34	1.68
8121461--8121552	22	4.0	22	67	25	64	44	1	1	53	1.15
8131846--8131888	11	4.0	11	82	11	54	18	30	0	51	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8131859--8131903	20	2.2	20	84	7	56	24	26	0	48	1.51
8131870--8131990	51	2.4	51	84	5	158	30	21	1	46	1.61
8133645--8133682	18	2.1	18	90	0	58	23	31	5	39	1.77
8133724--8134057	25	13.9	25	71	18	228	41	0	14	44	1.48
8133729--8133911	71	2.6	70	96	3	334	39	0	13	46	1.44
8133798--8134057	121	2.1	121	94	0	475	41	0	14	43	1.49
8134062--8134151	23	3.9	23	91	0	144	46	21	4	27	1.70
8136101--8136341	125	1.9	125	89	3	378	32	21	16	29	1.95
8140801--8140863	29	2.1	29	81	16	76	53	1	9	34	1.43
8140803--8140863	30	2.0	30	84	12	81	52	1	9	36	1.45
8141331--8141408	22	3.5	22	85	1	111	30	26	0	42	1.56
8141595--8141625	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
8144248--8144950	29	23.9	29	88	3	987	46	29	0	23	1.54
8144949--8145285	37	9.1	37	96	0	602	40	11	2	46	1.51
8148160--8148503	123	2.8	124	91	0	564	33	22	15	28	1.94
8149405--8149445	9	4.6	9	84	0	55	41	19	12	26	1.87
8149652--8149758	39	2.8	39	89	1	162	19	2	27	50	1.61
8149755--8149788	13	2.8	12	86	8	50	14	0	44	41	1.45
8149762--8149790	13	2.2	13	100	0	58	13	0	48	37	1.43
8150837--8150880	23	1.9	23	90	0	70	2	31	0	65	1.05
8153639--8154067	108	4.0	107	91	2	662	34	17	16	31	1.93
8157199--8157238	21	1.9	21	84	0	53	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8159250--8159288	20	2.0	20	89	0	60	28	28	20	23	1.99
8160957--8160986	15	2.0	15	93	0	51	36	10	6	46	1.64
8161608--8161769	81	2.0	81	82	1	198	14	21	26	37	1.92
8161613--8161786	41	4.3	40	77	4	152	15	23	26	34	1.95
8162272--8162339	14	4.9	14	71	16	61	29	0	29	41	1.57
8166214--8166251	13	2.9	13	100	0	76	23	0	13	63	1.30
8166730--8166782	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
8166899--8166937	20	1.9	21	94	5	71	48	20	0	30	1.50
8166813--8166980	55	3.0	55	75	14	155	49	16	0	34	1.46
8166864--8166980	59	1.9	62	87	5	177	48	16	0	35	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205