genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28013655--28013724	16	4.4	16	94	0	104	34	34	0	31	1.58
28013742--28013792	24	2.1	24	85	0	66	39	3	7	49	1.51
28018159--28018210	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
28022359--28022389	3	10.0	3	93	6	53	0	35	0	64	0.94
28022358--28022389	13	2.5	13	95	5	57	0	37	0	62	0.95
28022524--28022585	19	3.2	19	76	13	72	19	16	14	50	1.79
28022975--28023026	17	3.1	17	91	0	86	50	1	9	38	1.46
28023332--28023726	90	4.4	89	85	8	519	32	9	9	48	1.68
28023345--28023702	183	1.9	185	90	2	578	32	8	9	48	1.66
28030162--28030226	27	2.4	27	97	0	121	21	38	23	16	1.93
28031545--28031685	76	1.9	76	82	5	178	41	13	19	25	1.88
28032903--28032956	15	3.5	15	82	10	56	0	42	1	55	1.10
28033918--28033980	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
28034101--28034128	11	2.5	11	100	0	56	75	0	0	25	0.81
28036027--28036176	62	2.5	61	81	8	157	48	2	2	46	1.30
28036781--28036838	30	1.9	30	92	0	98	24	6	13	55	1.63
28039391--28039491	19	5.3	19	69	9	53	33	24	21	19	1.97
28039399--28039509	38	2.9	38	73	5	107	30	25	25	18	1.98
28039408--28039506	19	5.2	19	72	9	58	30	25	25	19	1.98
28039702--28039747	21	2.2	21	84	7	58	45	13	2	39	1.55
28041232--28041276	21	2.3	19	80	7	54	46	0	2	51	1.13
28052291--28052339	24	2.0	24	100	0	98	36	26	8	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28069951--28070005	18	2.9	18	78	5	56	32	0	0	67	0.91
28069951--28070005	12	4.2	14	73	13	55	32	0	0	67	0.91
28082746--28082884	42	3.3	41	82	4	152	43	17	20	17	1.89
28082767--28082944	21	8.6	21	68	8	105	43	15	20	20	1.87
28084454--28084484	13	2.5	13	94	5	55	25	3	0	70	1.02
28084454--28084484	4	7.5	4	92	7	53	25	3	0	70	1.02
28092095--28092173	25	3.2	25	96	0	140	20	13	50	15	1.77
28093529--28093618	27	3.4	26	83	4	117	45	22	8	23	1.80
28096986--28097182	44	4.5	42	75	9	166	28	25	20	25	1.99
28097025--28097204	44	4.2	44	76	8	122	26	23	21	28	1.99
28097274--28097470	88	2.2	88	80	1	216	23	22	22	31	1.98
28097395--28098022	88	7.1	88	68	11	417	27	23	19	30	1.98
28097406--28098149	176	4.2	176	89	2	1070	27	23	18	30	1.98
28097512--28098790	44	29.2	44	77	8	364	28	24	17	29	1.97
28098070--28098809	44	16.9	44	88	3	992	30	24	16	29	1.96
28100050--28100148	50	2.0	50	90	2	155	16	20	18	45	1.86
28101015--28101055	21	2.0	21	95	0	73	12	0	7	80	0.90
28102065--28102130	25	2.6	25	85	9	80	57	6	16	19	1.60
28106866--28106907	18	2.3	18	88	8	59	76	2	0	21	0.90
28106874--28106908	13	2.8	13	91	8	56	74	0	0	25	0.82
28107308--28107595	27	10.7	27	78	3	247	43	20	15	21	1.88
28109019--28109078	26	2.3	27	88	5	88	41	13	10	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28125000--28125200	40	5.0	40	84	2	269	19	29	17	33	1.95
28125054--28125159	20	5.3	20	65	13	65	14	32	18	34	1.91
28125000--28125200	80	2.5	80	86	3	298	19	29	17	33	1.95
28125465--28125508	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
28127919--28127973	4	13.8	4	100	0	110	50	23	0	25	1.49
28128954--28129025	21	3.2	21	72	27	76	45	4	33	16	1.67
28129127--28129160	14	2.4	14	95	0	59	14	2	58	23	1.50
28129237--28129296	29	2.0	30	93	3	104	53	1	10	35	1.44
28131769--28131820	27	1.9	27	84	0	68	30	25	15	28	1.96
28135802--28135838	13	2.7	14	76	23	51	62	2	0	35	1.10
28144002--28144064	24	2.6	24	79	0	72	66	1	0	31	1.01
28144565--28144638	37	2.0	37	97	0	139	44	5	17	32	1.71
28145655--28145711	21	2.7	21	86	0	78	22	24	15	36	1.94
28147450--28147595	20	7.3	20	67	10	93	30	19	30	18	1.96
28147436--28147648	40	5.3	40	85	1	257	30	18	29	22	1.97
28147405--28147634	120	1.9	120	83	1	300	31	17	28	22	1.97
28161579--28161788	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
28161526--28161788	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
28161579--28161823	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
28168748--28168934	101	1.8	101	85	5	259	28	16	25	30	1.96
28168924--28168979	23	2.5	22	78	16	69	78	1	1	17	0.92
28169875--28171562	843	2.0	842	94	0	2973	27	19	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28181511--28181565	21	2.6	21	91	0	92	21	9	40	29	1.84
28185460--28185500	16	2.5	16	84	4	55	9	56	2	31	1.45
28185480--28185662	60	3.1	59	77	15	223	14	49	4	31	1.64
28185538--28185637	28	3.4	28	70	15	94	11	51	6	32	1.62
28185448--28185665	118	1.8	118	95	1	393	14	48	4	33	1.63
28185622--28185684	6	10.2	6	81	8	65	19	44	1	34	1.60
28190004--28190072	9	7.8	9	72	15	54	63	0	1	34	1.03
28190034--28190226	19	9.9	18	65	21	63	61	3	3	31	1.30
28189956--28190063	25	4.0	26	71	14	78	63	1	2	31	1.19
28190049--28190095	22	2.1	22	88	4	67	68	0	2	29	1.02
28190072--28190178	29	3.8	28	73	11	92	58	4	3	32	1.36
28190033--28190199	58	2.9	58	78	11	148	61	3	4	30	1.32
28190359--28190430	36	2.0	36	86	5	101	33	2	2	61	1.25
28190393--28190472	30	2.6	29	80	9	79	38	2	2	56	1.26
28190510--28190686	93	1.9	94	85	2	250	35	10	19	35	1.86
28197226--28197275	25	2.0	26	84	4	66	12	10	10	68	1.41
28198450--28198540	34	2.8	32	86	5	121	30	2	20	46	1.63
28207597--28207647	10	4.6	11	81	15	61	43	0	3	52	1.19
28207596--28207642	23	2.0	23	100	0	94	44	0	4	51	1.21
28214207--28214341	50	2.7	50	82	0	162	25	17	28	28	1.97
28215250--28215291	15	2.8	15	96	0	75	30	0	40	28	1.57
28215244--28215291	5	9.6	5	83	0	60	31	0	41	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28226740--28226797	19	3.0	20	75	12	66	17	36	15	31	1.91
28226740--28226834	39	2.4	39	82	0	109	18	31	15	33	1.93
28236343--28236398	28	1.9	29	82	13	71	64	1	5	28	1.26
28239707--28239774	28	2.4	28	85	4	93	36	4	10	48	1.57
28241412--28241448	11	3.5	11	92	3	58	21	29	0	48	1.50
28241412--28241457	22	2.1	22	84	8	58	19	28	2	50	1.60
28246250--28246293	23	1.9	23	85	0	61	40	15	22	20	1.90
28250647--28250687	14	3.0	14	96	3	75	14	0	12	73	1.11
28267690--28267715	10	2.6	10	100	0	52	19	19	11	50	1.77
28279338--28279385	6	7.5	6	77	13	51	79	6	2	12	1.01
28280624--28280678	26	2.1	26	86	3	74	69	1	10	18	1.27
28280732--28280759	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
28297848--28297915	10	6.7	10	73	15	50	4	11	2	80	0.96
28302318--28302424	53	2.0	53	98	0	205	32	10	11	45	1.73
28311434--28311486	18	2.9	19	81	10	67	39	15	0	45	1.46
28318033--28318133	7	14.4	7	86	4	96	42	0	28	27	1.62
28318079--28318147	14	4.9	15	87	7	74	47	0	23	28	1.52
28318079--28318146	21	3.2	21	85	4	84	48	0	22	29	1.51
28318925--28318973	26	1.9	25	83	4	62	40	46	4	8	1.52
28320607--28320653	6	8.0	6	97	2	87	0	14	0	85	0.61
28327970--28328095	62	2.0	61	92	1	207	34	19	11	33	1.89
28330105--28330154	3	16.7	3	95	0	91	32	2	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28330591--28330621	16	1.9	16	93	0	53	22	6	3	67	1.28
28330748--28331286	111	4.9	111	92	3	887	31	16	17	33	1.93
28330747--28331286	219	2.5	221	93	3	903	31	16	17	33	1.93
28331860--28331912	26	2.0	26	100	0	106	18	11	30	39	1.86
28343051--28343843	101	7.9	101	89	1	1153	32	25	20	21	1.97
28346258--28346901	109	5.9	109	91	0	1015	31	16	16	35	1.91
28346258--28346901	219	3.0	218	92	1	1060	31	16	16	35	1.91
28349152--28349275	18	6.6	18	69	12	61	8	6	59	25	1.51
28349098--28349192	30	3.2	30	72	8	77	8	5	57	28	1.50
28349169--28349258	42	2.1	42	85	0	117	8	4	62	24	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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