genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  81  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24004800--24004891	28	3.4	28	72	22	79	59	3	2	34	1.25
24006796--24006927	50	2.6	50	78	7	151	28	22	28	20	1.99
24007189--24007227	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
24014032--24014122	43	2.1	43	97	0	173	45	7	27	19	1.78
24014383--24014527	50	2.9	50	81	0	155	25	22	30	22	1.99
24014776--24014814	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
24016853--24016914	30	2.1	30	82	8	74	56	14	9	19	1.65
24017795--24018145	124	2.8	124	91	0	542	29	15	21	33	1.94
24020628--24020652	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
24020701--24020856	30	5.3	30	94	2	280	28	0	25	45	1.54
24020701--24020856	59	2.6	60	93	2	280	28	0	25	45	1.54
24021377--24021411	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
24021430--24021500	36	2.0	35	94	0	115	25	11	36	25	1.89
24022099--24022123	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
24023201--24023258	31	1.9	31	96	3	109	58	0	0	41	0.98
24023289--24023377	29	3.3	28	62	20	64	41	0	29	29	1.56
24023266--24023387	51	2.4	51	91	4	192	42	0	29	27	1.56
24023356--24023385	12	2.5	12	100	0	60	43	0	30	26	1.55
24023829--24023865	17	2.2	17	90	0	56	62	0	10	27	1.28
24024576--24024655	11	7.4	11	73	17	60	35	2	1	61	1.18
24024559--24024637	42	1.9	41	94	2	140	34	1	0	64	1.02
24024567--24024670	42	2.5	41	84	9	129	35	1	0	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24024609--24024677	21	3.3	20	72	20	61	37	1	1	59	1.15
24025795--24025870	36	2.1	36	80	11	84	51	1	9	38	1.42
24026400--24026457	22	2.6	22	78	7	55	37	17	8	36	1.80
24026727--24026773	24	2.0	24	95	0	85	23	23	12	40	1.89
24031255--24031294	20	2.0	20	100	0	80	40	20	15	25	1.90
24033845--24033924	26	3.1	26	90	0	124	30	16	21	32	1.95
24035846--24035910	26	2.5	26	85	5	78	38	12	13	35	1.83
24035846--24035921	26	2.9	26	84	7	75	39	10	17	32	1.83
24039431--24039534	38	2.7	38	75	1	100	43	21	5	29	1.75
24040985--24041230	122	2.0	122	100	0	492	28	20	21	29	1.98
24041197--24041465	43	6.3	43	82	2	299	29	27	16	26	1.97
24044750--24044826	40	1.9	40	89	5	120	49	11	5	33	1.62
24044756--24044842	40	2.2	40	83	6	104	47	12	5	34	1.66
24044901--24045179	86	3.2	85	88	3	380	43	17	7	31	1.78
24046485--24046532	15	3.3	15	76	5	53	45	33	0	20	1.52
24076908--24076968	32	1.9	31	86	3	86	24	0	6	68	1.13
24082742--24082863	41	3.1	41	69	14	103	36	19	15	28	1.93
24083372--24083407	18	1.9	19	88	5	56	33	27	0	38	1.57
24083395--24083451	30	2.0	28	82	6	69	36	21	3	38	1.70
24088079--24088163	33	2.6	32	79	3	107	21	24	16	37	1.93
24106727--24106806	41	2.0	41	82	5	99	21	12	21	45	1.84
24110219--24110289	37	1.9	37	88	0	106	28	14	16	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24115422--24115609	34	5.5	34	81	0	205	36	28	11	24	1.90
24115424--24115609	68	2.7	68	84	1	230	36	27	11	24	1.90
24118271--24118345	26	2.9	25	82	7	78	29	17	12	41	1.85
24132250--24132336	42	2.1	42	100	0	174	36	14	18	29	1.91
24132969--24133014	18	2.6	18	82	3	67	63	4	0	32	1.14
24133243--24133276	15	2.4	14	90	9	59	14	0	5	79	0.91
24134213--24134271	29	2.0	30	93	3	102	27	3	13	55	1.54
24136396--24136440	21	2.1	21	87	0	63	48	2	46	2	1.26
24137448--24137511	9	7.2	9	91	1	85	40	23	10	25	1.87
24144845--24145439	105	5.7	105	87	0	787	34	16	18	30	1.93
24144845--24145439	315	1.9	315	88	1	897	34	16	18	30	1.93
24156717--24156764	21	2.3	20	85	3	60	64	2	2	31	1.16
24160680--24160736	29	2.1	26	87	9	78	66	0	0	33	0.92
24160701--24160726	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
24162182--24162217	15	2.5	14	86	8	54	58	2	0	38	1.13
24165210--24165330	63	1.9	63	89	0	188	25	22	24	27	2.00
24167302--24167409	53	2.0	53	87	3	155	33	4	9	52	1.54
24169073--24169119	20	2.4	20	75	13	53	27	6	6	59	1.46
24170280--24170306	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24172633--24172675	22	2.0	22	85	0	59	34	20	25	18	1.96
24179835--24179939	3	35.0	3	68	24	55	30	1	3	63	1.22
24179830--24179938	11	9.2	11	72	18	69	28	2	3	65	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24183152--24183189	20	1.9	20	84	10	51	65	10	21	2	1.35
24186946--24187009	27	2.4	25	82	10	74	71	1	1	25	1.03
24187199--24187234	12	3.0	12	91	0	54	58	2	5	33	1.36
24189187--24189219	16	1.9	18	88	11	52	39	0	6	54	1.25
24189364--24189403	22	1.9	21	85	10	55	55	0	0	45	0.99
24195486--24195518	15	2.2	15	94	0	57	63	0	6	30	1.18
24196282--24196330	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
24196817--24196974	73	2.2	73	95	0	280	36	8	24	31	1.85
24198178--24198273	49	2.0	49	91	0	156	42	5	26	26	1.76
24199724--24199791	20	3.5	19	76	11	66	39	16	25	19	1.91
24200148--24200263	61	1.9	58	86	5	160	42	3	4	50	1.39
24200150--24200284	58	2.3	60	82	8	152	42	3	5	48	1.45
24210677--24210805	50	2.5	51	87	6	190	25	24	29	20	1.99
24216592--24216745	43	3.6	43	80	4	179	31	15	24	28	1.96
24220094--24220166	35	2.1	35	92	0	119	16	12	10	60	1.59
24222710--24222761	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
24226322--24228413	347	6.0	347	98	0	4031	19	16	14	49	1.79
24226322--24228413	695	3.0	695	98	0	4069	19	16	14	49	1.79
24231867--24231941	31	2.5	29	77	14	80	37	4	5	53	1.43
24233079--24233114	16	2.2	16	100	0	72	61	0	5	33	1.19
24234875--24234949	20	3.7	20	73	8	71	57	0	0	42	0.98
24234908--24234932	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24235366--24235413	21	2.3	21	85	3	62	58	8	6	27	1.51
24238417--24238500	37	2.3	37	84	10	109	14	16	32	36	1.89
24242548--24242614	31	2.2	31	83	0	80	40	14	29	14	1.87
24242564--24242625	31	2.0	31	100	0	124	32	19	32	16	1.94
24258415--24258443	5	5.8	5	100	0	58	17	0	20	62	1.33
24258457--24258491	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
24264260--24264298	20	2.0	20	89	0	60	28	2	12	56	1.50
24265069--24265698	75	8.4	75	82	1	670	22	23	17	36	1.94
24267182--24267230	25	1.9	26	84	12	66	42	0	2	55	1.11
24273295--24273559	131	2.0	131	93	0	449	29	14	11	44	1.81
24277533--24277783	85	3.0	84	80	6	265	21	31	26	20	1.98
24277611--24277753	42	3.4	42	75	5	144	23	32	24	19	1.97
24278952--24279135	101	1.8	101	85	4	264	30	16	17	35	1.92
24280936--24281269	163	2.0	162	96	1	614	27	21	8	42	1.81
24284314--24284354	20	2.0	20	90	0	64	31	14	4	48	1.65
24285792--24285832	21	2.0	21	95	0	73	53	2	19	24	1.57
24291591--24291644	6	9.0	6	97	0	99	68	16	0	14	1.21
24295976--24296066	36	2.5	36	80	0	101	35	21	20	21	1.96
24296012--24296152	76	1.9	76	81	3	176	35	20	19	24	1.96
24302489--24302534	23	2.0	22	83	4	56	39	2	17	41	1.62
24306821--24307085	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
24306788--24307085	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24307017--24307094	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24323287--24323333	16	3.0	16	87	3	69	31	36	14	17	1.90
24332717--24332766	26	1.9	26	91	0	82	46	14	12	28	1.79
24336501--24336572	27	2.7	27	86	2	101	30	18	25	26	1.98
24343030--24343096	30	2.3	31	82	7	77	41	4	11	41	1.62
24354289--24354478	98	1.9	98	92	2	319	37	24	11	27	1.89
24354743--24354767	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
24356250--24356282	14	2.4	14	100	0	66	18	18	30	33	1.94
24356636--24357122	44	11.1	44	67	13	232	25	25	18	30	1.98
24356612--24357196	132	4.4	132	95	0	1044	25	25	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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