genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  18  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5584933--5585002	28	2.4	31	73	9	74	41	1	0	57	1.08
5585058--5585092	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5585046--5585468	148	2.9	148	98	0	803	47	3	3	46	1.35
5585205--5585239	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5585353--5585387	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5585549--5585643	45	2.1	45	86	1	129	31	27	6	34	1.82
5585624--5585675	16	3.2	16	91	0	77	34	34	0	30	1.58
5593508--5593561	23	2.4	22	76	14	56	24	1	5	68	1.21
5598109--5598180	30	2.4	29	74	4	72	44	5	15	34	1.70
5599639--5600066	234	1.8	235	89	1	671	41	15	28	14	1.86
5599621--5600092	117	4.0	117	79	9	514	41	15	29	14	1.86
5600222--5600301	35	2.2	36	80	12	94	36	8	2	52	1.46
5600528--5600562	16	2.1	17	89	10	54	31	5	5	57	1.46
5611633--5611659	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
5611676--5611704	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
5611633--5611720	45	2.0	45	100	0	176	72	4	13	9	1.24
5612025--5612059	17	2.0	18	88	5	54	8	25	0	65	1.21
5612922--5613206	46	6.6	44	72	14	186	31	20	20	27	1.97
5613135--5613246	43	2.6	44	81	5	138	30	16	22	30	1.96
5615921--5617354	240	6.0	236	83	6	1616	42	14	28	14	1.85
5616181--5617337	111	9.9	111	71	15	681	42	14	28	14	1.85
5616526--5616766	129	1.9	129	84	5	326	44	12	29	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5615919--5617354	474	3.0	469	83	5	1718	42	14	28	14	1.85
5616991--5617354	123	3.0	119	75	16	381	41	15	29	13	1.85
5617149--5617368	117	1.9	114	87	2	323	41	16	29	12	1.85
5618467--5618492	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5619578--5620169	297	2.0	297	99	0	1175	29	22	14	33	1.94
5620233--5620755	111	4.7	111	83	3	613	40	15	27	16	1.88
5620216--5622342	222	9.4	219	74	12	1150	41	14	28	14	1.86
5620688--5621196	72	7.1	71	74	10	363	42	13	30	14	1.83
5620688--5621025	138	2.4	139	83	5	396	42	12	30	14	1.83
5620687--5621069	210	1.8	210	87	1	570	41	13	30	14	1.84
5621087--5622342	111	10.9	111	73	12	871	42	14	28	14	1.86
5621066--5622342	240	5.5	235	83	7	1264	41	14	28	14	1.86
5622275--5623733	72	20.4	72	78	4	1133	41	12	30	15	1.84
5622275--5623733	144	10.2	144	80	2	1386	41	12	30	15	1.84
5622275--5623752	216	6.9	216	78	5	1322	41	12	30	15	1.84
5632008--5632060	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
5639897--5639943	7	6.4	7	80	14	51	44	2	0	53	1.12
5640072--5640127	27	2.1	27	83	6	69	37	0	5	57	1.22
5643898--5643966	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
5646326--5646419	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
5648422--5648472	17	3.1	17	68	2	50	47	0	1	50	1.12
5653756--5653825	32	2.2	32	84	2	97	34	7	8	50	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5654500--5654540	18	2.3	18	86	0	55	24	0	4	70	1.06
5657057--5657217	46	3.6	45	94	3	272	32	15	23	28	1.95
5658627--5658997	104	3.6	104	96	0	654	30	30	20	18	1.97
5668712--5668845	46	3.0	46	94	3	229	32	16	22	29	1.96
5669991--5670043	24	2.2	25	83	10	65	45	3	5	45	1.45
5670772--5670821	24	2.0	25	84	3	66	64	6	6	24	1.39
5674377--5674450	31	2.4	31	86	0	103	45	10	14	28	1.79
5677102--5677148	22	2.1	23	88	4	69	42	2	4	51	1.33
5694545--5694587	16	2.7	16	83	16	54	53	6	0	39	1.28
5694879--5694926	25	1.9	25	86	0	69	25	20	2	52	1.58
5697300--5697328	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
5698053--5698081	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
5698042--5698109	34	2.0	34	82	5	84	38	8	2	50	1.49
5701890--5701930	12	3.3	12	90	6	64	80	7	0	12	0.90
5701904--5701943	21	1.9	21	94	0	71	82	7	0	10	0.84
5701890--5701930	13	3.2	13	86	3	57	80	7	0	12	0.90
5701935--5702002	10	6.5	10	74	15	66	82	0	16	1	0.75
5701900--5701966	20	3.3	20	83	8	75	83	4	5	5	0.90
5701891--5701956	33	1.9	34	84	6	89	81	6	3	9	0.95
5701933--5701966	13	2.7	13	95	4	61	88	0	11	0	0.52
5701933--5701966	7	5.1	7	89	10	54	88	0	11	0	0.52
5702840--5702930	6	13.8	6	85	11	58	74	0	17	7	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5702839--5702932	7	14.0	7	89	8	83	73	0	18	8	1.08
5704096--5704181	45	1.9	45	83	4	111	29	22	22	26	1.99
5704140--5704398	87	3.0	86	82	7	283	28	20	24	26	1.99
5704445--5704960	44	11.7	43	69	9	215	31	19	21	28	1.97
5704402--5704970	175	3.3	175	93	0	967	30	19	21	28	1.97
5710379--5710424	23	2.0	23	95	0	83	45	0	15	39	1.46
5716598--5716628	3	10.3	3	92	0	53	0	29	3	67	1.06
5718159--5718198	21	2.0	20	85	5	53	60	2	2	35	1.24
5718735--5718767	13	2.4	14	85	10	50	21	15	33	30	1.94
5723785--5723809	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
5726075--5726108	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
5730456--5730509	25	2.1	26	82	3	65	48	9	7	35	1.63
5734580--5734630	25	2.1	24	82	10	59	60	3	21	13	1.49
5757847--5757878	14	2.4	14	90	10	50	0	18	0	81	0.70
5768858--5768942	44	1.9	44	95	0	152	45	14	12	27	1.81
5770825--5770915	44	2.1	44	87	8	132	50	9	9	29	1.68
5771794--5771833	16	2.5	16	79	0	53	30	10	22	37	1.87
5775577--5775602	11	2.4	11	100	0	52	65	7	7	19	1.43
5777339--5777397	31	1.9	31	82	6	75	44	13	6	35	1.71
5782324--5782367	21	2.2	20	92	8	72	54	4	2	38	1.33
5785407--5785448	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
5785416--5785457	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5785526--5785577	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
5785410--5785674	120	2.2	120	100	0	530	49	5	2	42	1.39
5793888--5794046	50	3.2	50	100	0	318	43	9	9	37	1.70
5795456--5795488	16	1.9	18	88	11	52	39	0	0	60	0.97
5796766--5796805	18	2.2	19	90	4	64	40	0	5	55	1.22
5803416--5803569	40	3.8	39	77	7	148	38	19	21	20	1.94
5803603--5803748	41	3.6	41	89	3	206	23	20	26	29	1.99
5803603--5803755	81	1.9	81	86	5	220	23	20	26	29	1.99
5804426--5804505	14	5.6	14	78	8	72	23	2	38	35	1.69
5804776--5804868	25	3.7	25	79	13	111	52	0	6	40	1.27
5804769--5804843	23	2.9	27	78	15	104	52	0	5	42	1.24
5806165--5806977	366	2.2	366	98	0	1583	30	10	23	36	1.88
5807589--5807622	18	1.9	17	88	5	50	73	0	0	26	0.83
5807525--5807622	27	3.7	26	69	16	67	65	3	3	28	1.23
5809664--5809934	43	6.3	43	88	2	357	23	19	29	27	1.98
5813384--5813648	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
5813351--5813648	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
5813580--5813657	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
5816385--5816411	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
5818737--5818784	23	2.1	23	84	7	62	70	2	2	25	1.09
5818749--5818782	14	2.4	14	90	0	59	76	0	0	23	0.79
5818972--5819025	26	2.1	26	82	0	63	62	5	1	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5819013--5819065	23	2.3	23	86	3	70	66	3	0	30	1.10
5824430--5824476	3	16.0	3	86	4	51	61	0	38	0	0.96
5838489--5838559	21	3.4	21	82	0	88	2	46	18	32	1.63
5843908--5844218	9	35.9	9	69	20	191	32	1	20	45	1.60
5843897--5844001	25	4.2	25	81	11	133	33	1	20	44	1.62
5843965--5844140	26	6.7	26	80	14	186	32	1	20	46	1.58
5843980--5844143	51	3.1	52	78	16	146	32	1	20	45	1.59
5844232--5844275	18	2.4	19	84	3	54	56	13	15	13	1.67
5844512--5845105	296	2.0	296	97	0	1125	39	12	12	35	1.82
5845452--5845862	198	2.1	197	92	2	691	32	19	17	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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