genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  9  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403485--2403572	23	4.0	23	79	5	92	37	22	20	19	1.94
2403895--2403944	25	2.0	25	84	11	66	34	22	0	44	1.53
2404545--2404576	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
2417975--2418014	16	2.4	17	87	8	55	62	15	2	20	1.43
2422620--2422657	16	2.4	16	90	0	58	28	34	2	34	1.71
2422814--2422942	56	2.3	56	80	9	145	51	4	0	43	1.28
2433578--2433634	6	9.5	6	90	5	89	0	15	0	84	0.63
2434605--2434665	18	3.5	17	81	16	72	78	1	8	11	1.02
2434608--2434658	25	2.1	24	85	10	68	80	1	5	11	0.97
2441714--2441802	25	3.5	25	71	13	74	33	20	25	20	1.97
2441714--2441792	27	3.0	27	76	8	76	34	20	27	17	1.95
2441918--2441972	24	2.3	24	83	0	65	29	18	32	20	1.96
2449966--2450034	31	2.2	31	89	0	102	43	15	5	34	1.71
2450928--2450987	26	2.3	27	97	2	113	41	8	0	50	1.33
2451049--2451133	27	3.1	27	82	0	107	24	24	35	15	1.94
2451049--2451149	27	3.7	27	77	7	98	24	24	33	16	1.96
2451198--2451223	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
2451242--2451296	18	2.9	18	74	15	58	61	1	36	0	1.06
2451234--2451344	24	4.9	22	75	9	80	65	0	33	0	0.99
2451272--2451338	24	2.8	23	82	10	82	65	0	34	0	0.93
2451561--2451627	27	2.4	27	87	7	91	55	0	13	31	1.39
2451576--2451629	27	2.0	27	96	0	99	53	0	14	31	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451720--2452294	161	3.6	160	71	12	394	51	7	11	30	1.64
2451720--2452236	161	3.2	158	71	11	451	51	7	10	30	1.64
2451733--2452294	160	3.5	159	71	13	452	51	6	11	30	1.64
2452416--2452471	27	2.1	27	96	0	103	42	14	33	8	1.77
2452731--2452760	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
2455209--2455235	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
2457481--2457525	18	2.5	18	88	0	63	15	46	4	33	1.66
2458317--2458375	3	19.7	3	100	0	118	67	32	0	0	0.91
2458375--2458404	15	1.9	16	93	6	53	66	6	0	26	1.16
2458556--2458581	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
2458630--2458723	27	3.5	26	80	12	100	17	31	25	25	1.97
2458646--2458730	27	3.1	27	87	0	125	14	34	25	25	1.94
2475891--2475935	20	2.2	20	88	7	65	33	26	4	35	1.77
2479901--2479945	20	2.2	20	92	0	72	33	28	4	33	1.77
2486355--2486392	16	2.3	17	86	4	51	68	13	7	10	1.39
2487828--2487876	18	2.6	19	75	12	57	20	8	0	71	1.11
2488052--2488077	8	3.2	8	100	0	52	26	11	0	61	1.30
2488993--2489060	25	2.6	25	86	4	91	38	7	16	38	1.76
2494027--2494081	28	1.9	29	81	3	67	32	10	23	32	1.90
2494468--2494540	29	2.5	29	86	0	101	43	20	12	23	1.85
2495401--2495497	48	2.0	48	93	0	167	45	18	5	30	1.71
2500738--2500765	9	3.1	9	100	0	56	42	0	21	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2502360--2502573	111	1.9	111	100	0	428	35	25	9	28	1.88
2520177--2520220	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
2520408--2520449	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2524670--2524707	19	2.1	19	95	5	69	60	0	0	39	0.97
2526181--2526239	31	1.9	31	86	6	84	33	6	11	47	1.67
2540774--2540812	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
2541041--2541090	23	2.2	23	92	0	82	22	18	28	32	1.97
2543457--2543898	88	5.0	88	100	0	884	36	13	20	29	1.91
2547599--2547632	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2552378--2552411	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
2554290--2554326	16	2.3	16	90	0	56	27	27	13	32	1.94
2557918--2557957	15	2.7	14	85	11	53	47	2	2	47	1.29
2559646--2559775	68	1.9	68	91	0	215	33	32	1	32	1.67
2560337--2560455	53	2.3	53	95	1	213	41	33	10	15	1.80
2566365--2566393	13	2.1	14	93	6	51	62	3	0	34	1.12
2569487--2569537	25	2.0	25	100	0	102	19	13	19	47	1.83
2572721--2572822	21	4.9	21	67	0	60	42	18	22	16	1.89
2572721--2572822	42	2.4	42	86	0	132	42	18	22	16	1.89
2572747--2572867	21	5.8	21	72	1	91	44	17	19	19	1.87
2581195--2581242	24	2.1	23	92	7	80	45	10	14	29	1.78
2584614--2584643	14	2.1	14	93	0	51	30	13	33	23	1.93
2598667--2598709	13	3.2	13	80	6	50	27	2	0	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2608388--2608652	75	3.5	75	99	0	521	32	7	15	44	1.75
2611015--2611057	19	2.2	20	80	12	54	32	16	0	51	1.45
2611234--2611425	45	4.3	46	84	4	248	41	19	18	21	1.91
2611242--2611429	90	2.1	90	88	2	279	42	19	17	21	1.90
2611629--2611695	21	3.3	21	66	16	59	37	19	8	34	1.83
2613223--2613251	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
2631250--2631352	42	2.5	42	84	10	140	40	12	26	20	1.88
2642800--2643854	82	12.9	82	98	0	2020	28	20	14	36	1.92
2643748--2643820	36	2.0	36	94	0	128	26	20	15	38	1.92
2649592--2649649	11	5.1	11	79	8	62	63	3	0	32	1.11
2653189--2653231	21	2.0	21	86	8	61	25	16	6	51	1.69
2653274--2653669	108	3.7	106	85	5	555	30	17	19	32	1.95
2653274--2653669	215	1.8	215	96	0	729	30	17	19	32	1.95
2659280--2659444	51	3.3	51	91	2	244	32	14	24	28	1.94
2660594--2660683	42	2.1	42	100	0	180	36	0	16	46	1.47
2661837--2661872	18	2.0	18	94	0	63	47	5	0	47	1.25
2663367--2663507	44	3.2	44	87	3	194	41	22	4	31	1.73
2673538--2673577	16	2.6	16	84	7	57	65	0	7	27	1.20
2683571--2683610	19	2.2	17	86	8	53	42	0	7	50	1.30
2697821--2697858	13	2.9	13	88	7	51	28	0	0	71	0.87
2697821--2697858	20	1.9	20	84	10	51	28	0	0	71	0.87
2699104--2699178	29	2.5	29	82	4	87	48	14	12	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701430--2701468	20	2.0	20	90	10	62	30	10	2	56	1.46
2717105--2717150	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
2736211--2736637	104	4.0	104	79	11	472	40	13	15	30	1.86
2738220--2738279	26	2.3	25	80	8	66	40	1	3	55	1.27
2741435--2741470	17	2.1	17	89	5	54	27	0	0	72	0.85
2749049--2749198	73	2.1	73	97	0	282	24	19	9	47	1.78
2750758--2750843	24	3.4	24	66	25	68	29	24	6	39	1.81
2763047--2763087	19	2.1	20	86	4	57	56	0	9	34	1.32
2764661--2764693	18	1.9	17	88	11	50	48	0	15	36	1.45
2765973--2766326	178	2.0	178	99	0	699	41	9	20	29	1.83
2766254--2766369	46	2.6	46	90	4	175	33	14	24	27	1.94
2768763--2768919	78	2.0	78	100	0	314	29	11	15	43	1.82
2769085--2769123	19	2.0	21	85	10	55	61	5	0	33	1.18
2773198--2773231	7	4.9	7	100	0	68	70	0	0	29	0.87
2779979--2780248	35	7.4	35	72	12	193	29	22	21	26	1.99
2779936--2780272	74	4.6	74	90	0	478	31	21	21	26	1.98
2782574--2782598	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2784145--2784172	14	2.0	14	100	0	56	14	0	42	42	1.45
2786687--2786716	16	1.9	16	93	6	53	63	3	20	13	1.43
2787229--2788041	28	29.0	28	100	0	1626	28	17	14	39	1.89
2800124--2800219	45	2.3	40	75	15	95	41	17	16	23	1.89
2801143--2801172	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802217--2802284	32	2.2	31	94	2	118	42	2	30	23	1.69
2804871--2804909	17	2.4	16	87	8	60	69	7	0	23	1.14
2812032--2812087	22	2.5	21	77	16	60	25	1	5	67	1.21
2812428--2812534	53	2.0	53	92	0	178	26	8	25	40	1.84
2816695--2816737	12	3.6	12	80	0	50	67	6	11	13	1.41
2818892--2820042	128	9.0	128	91	1	1709	31	18	24	24	1.98
2820114--2820487	44	8.7	43	68	10	192	28	17	25	28	1.98
2820327--2820481	84	1.8	85	90	1	249	29	18	21	30	1.97
2824104--2824166	33	1.9	33	83	0	81	44	11	4	39	1.61
2825664--2825789	60	2.1	60	80	4	137	37	11	21	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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