genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  79  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23480356--23480402	12	3.9	12	85	0	58	23	42	19	14	1.88
23480356--23480416	24	2.5	24	83	0	77	22	40	21	14	1.90
23490299--23490363	22	2.9	22	82	8	78	50	6	6	36	1.52
23490735--23490774	20	2.0	20	85	0	53	47	22	0	30	1.52
23502005--23502054	22	2.4	21	78	18	52	32	6	6	56	1.48
23505763--23505826	33	1.9	33	100	0	128	34	32	12	20	1.90
23506788--23506828	8	5.1	8	81	18	50	73	0	2	24	0.96
23506780--23506828	24	2.1	23	88	11	73	75	0	2	22	0.90
23513475--23513531	18	3.2	17	80	9	51	26	5	3	64	1.30
23515936--23516406	211	2.2	211	95	0	843	26	29	21	22	1.99
23516727--23516925	92	2.2	92	93	0	335	45	23	9	22	1.80
23521986--23522011	12	2.2	12	100	0	52	30	23	0	46	1.53
23525198--23525236	19	2.1	19	90	4	62	33	5	2	58	1.33
23533479--23533507	12	2.4	12	100	0	58	34	17	10	37	1.84
23539995--23540048	25	2.2	25	93	0	90	48	9	9	33	1.67
23545135--23545219	21	3.9	22	71	15	77	41	14	20	24	1.89
23545305--23545385	34	2.4	34	87	0	108	43	14	9	32	1.79
23545321--23545391	34	2.1	34	94	0	124	42	15	11	30	1.82
23545329--23545402	34	2.2	34	90	4	114	41	17	10	29	1.83
23550033--23550090	16	3.7	15	86	6	80	51	0	0	48	1.00
23550038--23550100	18	3.8	18	74	23	57	50	1	0	47	1.10
23550066--23550210	47	3.2	46	72	16	156	49	3	2	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23550064--23550186	44	2.7	43	71	17	106	48	2	2	46	1.28
23550188--23550221	16	2.1	16	89	10	52	50	5	0	44	1.26
23550462--23550592	66	2.0	66	93	0	226	35	20	10	32	1.87
23556951--23556987	14	2.6	15	79	12	51	75	2	21	0	0.92
23560514--23560625	47	2.4	48	84	1	127	25	22	16	35	1.95
23560526--23560625	47	2.1	47	84	1	128	25	23	17	35	1.95
23564409--23564439	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
23568131--23568216	46	1.9	44	83	4	109	29	5	25	39	1.79
23568360--23568961	120	5.0	120	95	0	1037	50	4	2	42	1.37
23571132--23571175	6	7.2	6	86	2	61	0	59	0	40	0.98
23571132--23571175	18	2.4	18	96	3	79	0	59	0	40	0.98
23574291--23574425	18	8.0	17	70	19	95	40	0	1	57	1.13
23574306--23574364	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
23574319--23574374	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
23574149--23574391	120	2.0	120	97	0	459	42	1	4	51	1.30
23574227--23574410	41	4.6	40	67	23	118	41	1	3	53	1.29
23574589--23574643	21	2.6	21	88	8	85	29	38	9	23	1.85
23577714--23577899	50	3.7	51	81	3	207	25	16	25	32	1.96
23577714--23577899	101	1.8	101	86	4	268	25	16	25	32	1.96
23577906--23577993	45	2.0	45	90	0	140	27	18	21	32	1.96
23583230--23583354	51	2.5	51	86	2	162	25	16	24	32	1.96
23589458--23589709	43	5.9	43	88	0	369	29	30	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23590086--23590215	66	2.0	65	85	8	174	15	27	15	41	1.87
23595846--23595912	35	1.9	35	93	0	116	37	5	10	46	1.63
23596913--23597098	99	1.9	99	88	2	284	43	13	7	36	1.72
23597023--23597245	72	3.1	72	72	3	225	47	12	5	34	1.65
23599277--23599411	41	3.4	38	83	5	128	16	22	17	42	1.88
23599297--23599411	41	2.8	41	87	0	158	18	22	17	41	1.90
23600815--23600853	7	5.6	7	82	11	53	35	35	0	28	1.58
23600812--23600853	21	2.0	21	100	0	84	38	33	0	28	1.58
23608986--23609023	20	2.0	20	89	5	60	28	7	7	55	1.57
23608991--23609032	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
23615333--23615761	44	9.8	44	76	8	383	27	16	26	29	1.97
23615299--23615764	133	3.6	131	92	2	742	27	16	26	30	1.97
23620054--23620567	44	11.7	44	72	8	359	28	15	26	30	1.96
23620020--23620568	265	2.1	260	89	1	828	28	15	26	30	1.96
23620020--23620555	132	4.1	132	91	1	810	28	14	26	30	1.95
23620138--23620682	265	2.1	264	82	4	641	27	17	26	27	1.98
23620549--23620855	88	3.5	88	94	0	524	28	27	23	20	1.99
23620867--23621031	44	3.7	43	86	1	204	28	19	24	27	1.99
23621006--23621140	44	3.1	44	68	8	130	28	23	24	23	2.00
23621684--23622025	44	8.0	43	74	13	206	29	19	22	28	1.98
23621774--23621875	40	2.5	40	92	3	170	26	21	18	33	1.96
23623823--23623864	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23629854--23629923	25	2.7	25	74	14	70	48	2	1	47	1.25
23641665--23641694	14	2.1	15	93	6	53	50	6	10	33	1.62
23647403--23647430	6	4.7	6	100	0	56	71	14	0	14	1.15
23647409--23647469	31	1.9	32	86	3	88	68	9	13	8	1.38
23647864--23647909	21	2.2	21	84	7	58	71	2	15	10	1.23
23649237--23649322	45	1.9	45	90	4	138	25	18	26	29	1.98
23649144--23649409	132	2.0	131	91	2	426	29	22	22	25	1.99
23649282--23649671	87	4.5	87	89	0	555	30	21	22	25	1.98
23649832--23649953	44	2.8	44	79	2	120	29	18	22	29	1.97
23654148--23654184	15	2.5	15	95	0	65	54	18	10	16	1.71
23655230--23655267	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
23655423--23655477	24	2.3	24	83	0	65	61	1	0	36	1.06
23655480--23655611	28	4.8	28	67	11	76	37	40	1	19	1.61
23655564--23655604	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
23655971--23656108	41	3.4	41	89	2	206	28	27	21	22	1.99
23655971--23656124	41	3.8	41	87	1	193	31	27	18	22	1.97
23656185--23656261	38	2.0	40	84	5	104	25	22	14	37	1.92
23657773--23657843	33	2.2	33	81	0	79	16	8	8	66	1.43
23659148--23659174	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
23660522--23660852	41	8.0	41	85	2	414	23	20	27	28	1.99
23661801--23661845	14	3.1	15	87	9	67	17	0	48	33	1.48
23661804--23661843	7	5.7	7	85	8	55	12	0	55	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23661803--23661850	14	3.4	14	81	16	55	14	0	50	35	1.44
23662544--23662608	31	2.1	31	100	0	130	49	6	6	38	1.53
23664730--23664973	23	10.7	23	75	11	207	30	5	23	39	1.78
23664761--23664975	46	4.7	46	80	5	247	30	5	24	40	1.78
23664711--23664918	114	1.8	114	91	2	346	29	5	24	40	1.77
23665576--23665867	43	6.8	43	88	0	415	19	19	31	29	1.96
23665939--23665981	22	2.0	22	90	0	68	44	27	16	11	1.82
23666004--23666098	41	2.3	40	82	7	102	38	8	1	51	1.39
23666079--23666121	22	2.0	22	85	0	59	34	6	2	55	1.39
23666281--23666314	16	2.1	16	88	0	50	17	5	2	73	1.16
23678029--23678061	17	1.9	17	100	0	66	21	6	0	72	1.05
23678034--23678090	11	4.9	11	76	23	55	22	1	5	70	1.17
23678033--23678091	14	4.1	14	79	16	68	22	1	5	71	1.15
23678033--23678094	25	2.4	26	76	17	67	22	1	4	70	1.14
23678076--23678109	12	2.8	12	86	4	50	17	2	8	70	1.25
23679740--23679776	12	2.8	13	88	12	58	18	2	8	70	1.25
23689561--23689615	21	2.6	21	85	8	67	67	1	9	21	1.28
23690151--23690211	20	3.1	20	79	13	56	37	9	1	50	1.45
23690812--23690886	3	24.7	3	86	2	96	58	0	5	36	1.21
23692333--23692379	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
23693852--23693924	27	2.6	28	89	2	112	9	34	17	38	1.83
23694002--23694401	44	9.2	44	74	10	301	23	23	22	31	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23694002--23694376	87	4.3	86	83	6	361	24	22	22	30	1.99
23694044--23694289	131	1.9	131	96	0	456	24	22	22	30	1.99
23694044--23694401	131	2.7	131	86	3	427	23	23	21	31	1.99
23694365--23695176	44	18.3	43	71	10	282	27	22	20	29	1.98
23694784--23695090	134	2.3	134	91	1	481	26	23	21	29	1.99
23694365--23695176	358	2.3	350	83	6	987	27	22	20	29	1.98
23694520--23695043	224	2.3	220	83	5	701	28	24	20	27	1.99
23696405--23696458	7	8.0	7	81	8	67	14	16	0	68	1.21
23696405--23696458	20	2.7	20	85	0	81	14	16	0	68	1.21
23701563--23701609	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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