genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  203  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60194047--60194093	20	2.3	20	81	0	58	55	0	6	38	1.26
60193959--60194120	50	3.1	50	68	21	118	52	3	9	34	1.51
60193939--60194151	100	2.1	104	86	7	301	53	3	7	34	1.47
60194711--60194802	19	4.8	19	87	0	121	38	11	9	40	1.75
60194688--60194795	38	2.7	38	85	5	126	39	12	8	39	1.72
60202705--60202750	20	2.5	17	83	13	56	36	2	0	60	1.09
60202707--60202750	18	2.3	19	88	7	63	34	2	0	63	1.07
60202742--60202792	13	4.6	11	76	23	54	27	0	7	64	1.21
60202754--60202792	12	3.2	12	82	10	53	25	0	7	66	1.18
60202754--60202792	13	3.1	13	92	3	62	25	0	7	66	1.18
60208678--60208702	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
60208853--60208896	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
60215420--60215492	38	1.9	38	94	5	130	38	20	12	28	1.89
60230037--60230076	20	2.0	20	85	0	53	67	2	2	27	1.16
60230958--60231003	15	2.9	16	81	12	51	65	6	0	28	1.17
60234358--60234425	16	4.2	16	92	0	109	29	0	35	35	1.58
60234406--60234515	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
60234641--60234682	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
60234650--60234691	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
60234760--60234811	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
60237815--60237840	11	2.4	11	100	0	52	46	7	38	7	1.61
60247773--60247828	18	3.2	17	78	12	51	73	1	1	23	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60247966--60247994	6	4.8	6	100	0	58	51	0	13	34	1.42
60248241--60248308	28	2.4	28	76	14	68	47	0	14	38	1.45
60250831--60250878	23	2.1	23	100	0	96	41	12	4	41	1.62
60252278--60252440	43	3.8	43	85	1	229	28	22	21	27	1.99
60252280--60252439	86	1.9	86	93	2	277	28	21	21	28	1.99
60252751--60252800	21	2.4	21	100	0	100	0	42	18	40	1.50
60258294--60258445	43	3.6	43	80	8	188	34	2	17	46	1.62
60258328--60258489	9	17.7	9	69	14	73	32	1	19	46	1.61
60258279--60258468	82	2.3	81	85	5	256	36	2	16	45	1.59
60258294--60258477	43	4.3	44	75	18	124	33	2	17	46	1.61
60258614--60258678	34	1.9	34	87	0	94	61	0	3	35	1.12
60260511--60260544	12	2.8	12	95	4	59	58	26	8	5	1.51
60260655--60260776	23	5.3	22	74	14	113	42	1	36	19	1.61
60260653--60260776	46	2.7	46	84	0	167	41	1	35	20	1.62
60260894--60261032	74	1.9	75	90	1	226	43	19	12	23	1.86
60260929--60261298	116	3.3	115	80	9	422	39	21	13	25	1.90
60261070--60261285	103	2.1	104	86	0	299	39	20	13	26	1.89
60261485--60261859	7	52.7	7	66	11	109	43	32	2	20	1.67
60261484--60261608	22	5.8	22	73	10	80	44	33	2	20	1.64
60261549--60261616	20	3.2	21	81	12	77	47	30	0	22	1.52
60261551--60261665	48	2.4	48	81	5	142	48	29	0	21	1.50
60261674--60261794	22	5.5	22	74	5	102	38	37	5	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60261716--60261758	15	2.9	16	83	13	56	41	30	2	25	1.68
60261675--60261815	22	6.5	21	74	11	97	38	35	4	21	1.75
60261806--60261866	21	2.9	21	78	9	70	54	27	1	16	1.52
60266763--60266860	46	2.1	46	92	0	160	27	18	21	32	1.96
60268026--60269013	494	2.0	494	100	0	1976	28	15	21	34	1.94
60274376--60274434	30	2.0	30	100	0	118	20	3	15	61	1.48
60274842--60275164	46	7.0	46	92	0	513	30	26	8	34	1.87
60281791--60281911	60	2.0	60	82	3	145	37	14	18	30	1.90
60289013--60289059	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
60294837--60294917	3	27.0	3	84	0	54	53	1	9	35	1.42
60296622--60296664	21	2.0	21	86	0	59	4	25	27	41	1.75
60297932--60298013	29	2.8	29	86	1	119	19	26	32	20	1.97
60298286--60298343	29	2.0	29	100	0	116	51	24	0	24	1.48
60304472--60304519	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
60307366--60307455	23	4.0	23	80	7	105	21	20	21	37	1.94
60307367--60307454	46	2.0	43	86	6	122	19	20	21	38	1.93
60314609--60314675	32	2.1	30	82	17	75	58	1	1	38	1.17
60317854--60317891	18	2.1	18	100	0	76	5	5	36	52	1.47
60322482--60322509	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
60326036--60326070	15	2.2	16	90	5	54	68	0	2	28	1.04
60329652--60329685	16	2.1	16	94	0	59	70	0	17	11	1.16
60332141--60332187	14	3.5	14	72	21	55	34	12	0	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60334441--60334471	1	31.0	1	93	0	53	3	0	96	0	0.21
60337440--60337473	16	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
60341521--60341608	44	2.0	44	97	0	167	40	19	20	19	1.91
60352057--60352102	19	2.6	18	83	12	60	45	0	13	41	1.43
60365775--60365848	36	2.1	36	97	0	139	33	5	14	45	1.68
60374296--60374414	31	3.8	31	80	3	105	30	27	15	26	1.96
60376444--60376495	19	2.7	19	80	11	70	30	28	21	19	1.97
60388108--60388147	22	1.9	20	85	10	53	25	7	2	65	1.32
60388252--60388278	13	2.1	13	100	0	54	48	7	14	29	1.71
60388398--60388431	17	2.0	17	100	0	68	41	0	5	52	1.25
60394111--60394229	42	2.8	42	79	8	143	40	17	23	18	1.91
60394128--60394233	21	5.0	21	67	4	61	41	17	21	18	1.90
60395956--60396012	15	3.8	15	76	13	55	61	0	1	36	1.07
60401482--60401549	20	3.3	20	69	15	59	26	5	11	55	1.58
60404174--60404751	20	29.2	20	66	16	149	19	17	7	55	1.64
60404174--60404653	59	8.1	60	69	16	234	19	16	6	56	1.61
60404233--60404339	42	2.6	42	77	2	101	19	14	5	60	1.53
60404342--60404374	16	2.1	16	94	0	57	27	21	0	51	1.48
60404469--60404566	39	2.5	40	80	11	112	19	16	4	60	1.51
60404726--60404770	20	2.2	20	88	4	63	26	15	2	55	1.52
60404611--60404758	77	1.9	75	81	10	176	20	18	9	51	1.74
60405020--60405068	22	2.2	22	96	0	89	10	16	20	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60405084--60405173	21	4.4	21	72	14	55	17	13	5	63	1.48
60405118--60405158	21	2.0	20	95	4	73	24	17	0	58	1.38
60405448--60405496	20	2.4	21	79	6	55	26	8	6	59	1.50
60405467--60405521	20	2.8	20	80	0	56	29	12	3	54	1.55
60429088--60429220	43	3.0	44	75	12	130	51	2	9	37	1.46
60429088--60429171	45	1.9	43	83	9	107	51	1	9	38	1.42
60429187--60429256	22	3.2	22	72	27	60	47	1	11	40	1.49
60430600--60430632	7	5.0	7	92	7	52	84	0	0	15	0.61
60430599--60430629	6	5.0	6	92	7	53	83	0	0	16	0.64
60430553--60430628	36	2.1	36	85	4	100	69	0	1	28	0.96
60437611--60437666	16	3.4	16	74	18	53	30	0	1	67	1.01
60437621--60437684	22	2.9	22	81	4	65	29	3	0	67	1.06
60445441--60445487	23	2.0	23	83	0	58	51	27	2	19	1.58
60449827--60449866	21	1.9	21	89	0	62	12	55	17	15	1.70
60450028--60450069	18	2.3	18	87	0	57	11	64	9	14	1.50
60450239--60450263	3	8.3	3	100	0	50	0	68	32	0	0.90
60453415--60453782	124	3.0	124	89	1	569	28	15	22	32	1.95
60456635--60456814	25	7.6	25	69	17	134	47	12	0	39	1.46
60456635--60456824	70	2.7	70	96	0	346	47	12	0	38	1.46
60458114--60458151	20	1.9	20	89	10	60	55	5	2	36	1.37
60459144--60459185	12	3.7	12	78	12	52	38	0	30	30	1.58
60463132--60463177	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60463080--60463438	120	3.0	120	95	0	641	42	1	3	52	1.27
60463279--60463337	26	2.3	25	85	8	82	42	0	0	57	0.98
60463318--60463364	23	2.0	24	84	15	64	40	2	4	53	1.32
60463330--60463401	37	1.9	36	83	10	92	45	1	5	47	1.34
60463542--60463575	14	2.3	15	90	10	61	20	8	0	70	1.13
60466250--60466326	29	2.6	29	79	8	84	37	1	12	48	1.50
60471182--60471248	27	2.5	27	95	0	116	31	22	32	13	1.92
60471244--60471354	19	5.6	19	69	26	88	34	0	13	52	1.41
60471350--60471471	60	2.0	60	85	3	165	30	0	14	54	1.47
60471504--60471585	38	2.2	38	100	0	164	54	2	2	40	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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