genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28349110--28349322	60	3.5	59	80	5	178	10	6	58	24	1.54
28349212--28349378	78	2.1	78	84	2	210	12	5	59	22	1.54
28349289--28349339	24	2.1	24	85	0	66	9	3	58	27	1.47
28349290--28349329	15	2.7	15	80	0	53	7	5	60	27	1.45
28349306--28349351	24	1.9	24	86	8	67	6	6	58	28	1.48
28356347--28356531	50	3.7	50	86	1	228	22	29	21	26	1.99
28360056--28360342	144	2.0	144	97	0	538	28	21	7	42	1.79
28367928--28367999	28	2.6	28	91	4	110	38	8	1	51	1.41
28368128--28368254	4	31.0	4	76	19	72	69	0	29	0	0.94
28368119--28368285	22	8.0	22	72	18	94	68	0	30	0	0.94
28368132--28368186	18	2.9	18	79	15	67	63	0	34	1	1.05
28368148--28368316	39	4.6	38	78	16	144	69	0	29	0	0.93
28368151--28368322	40	4.1	43	77	18	159	70	0	28	0	0.91
28368133--28368321	63	3.0	62	73	17	149	70	0	29	0	0.92
28368151--28368319	83	2.0	84	85	8	231	71	0	28	0	0.91
28368845--28368875	15	2.1	15	93	0	53	74	3	0	22	0.96
28372817--28372845	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
28373085--28373143	27	2.2	27	84	0	73	18	30	23	27	1.98
28373202--28373269	27	2.6	27	95	2	120	47	0	10	42	1.37
28373323--28373348	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
28374185--28374245	13	4.7	13	81	0	77	36	26	4	32	1.78
28376156--28376209	24	2.3	24	80	3	65	29	5	18	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28376958--28376999	21	2.0	21	90	9	68	52	4	4	38	1.44
28377304--28377370	29	2.4	28	85	9	93	4	7	20	67	1.34
28379093--28379226	62	2.2	62	84	0	169	25	26	26	20	1.99
28384334--28384576	50	4.9	50	87	2	328	27	21	30	21	1.98
28384334--28384576	99	2.4	100	84	2	328	27	21	30	21	1.98
28399433--28399575	49	2.9	50	90	2	216	25	23	31	20	1.98
28406418--28406483	32	2.1	32	97	0	123	37	19	12	30	1.88
28414084--28414126	16	2.7	16	82	7	52	44	2	16	37	1.60
28419439--28419471	17	1.9	17	93	0	57	63	3	18	15	1.43
28422660--28422732	36	2.0	36	94	0	128	35	13	10	39	1.80
28429838--28429870	17	1.9	17	93	0	57	63	3	18	15	1.43
28433059--28433131	36	2.0	36	94	0	128	35	13	10	39	1.80
28444939--28444974	18	2.0	18	94	0	63	41	27	8	22	1.82
28446619--28446670	21	2.5	22	71	6	54	17	9	21	51	1.73
28451242--28451346	20	5.2	20	74	6	86	13	30	16	40	1.86
28451242--28451345	40	2.5	41	81	9	106	13	30	16	39	1.87
28474478--28474609	40	3.3	40	87	3	187	25	21	28	25	1.99
28474478--28474642	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
28482065--28482327	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
28489278--28489540	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
28489278--28489540	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
28489472--28489549	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28494021--28494069	20	2.5	20	78	15	57	12	22	6	59	1.55
28494275--28494468	50	3.7	51	80	5	203	24	28	21	25	1.99
28494676--28494717	21	2.0	21	100	0	84	42	23	4	28	1.74
28508228--28508548	160	2.0	160	98	0	624	36	21	12	30	1.90
28516735--28516789	23	2.4	23	90	6	85	27	18	21	32	1.96
28516868--28516979	28	4.0	28	73	6	75	25	27	19	26	1.99
28522599--28522675	31	2.5	31	84	0	100	46	20	19	12	1.83
28527135--28527217	38	2.2	38	97	0	157	46	25	9	18	1.79
28547258--28547308	21	2.4	21	90	0	84	31	19	23	25	1.98
28549687--28549777	39	2.3	39	94	0	155	20	5	29	43	1.74
28550779--28550808	15	2.1	14	93	6	51	53	13	6	26	1.64
28554309--28554337	15	2.0	15	93	6	51	41	0	3	55	1.17
28560832--28560997	41	4.0	41	77	1	154	22	29	16	31	1.96
28561226--28561253	14	2.0	14	100	0	56	21	0	28	50	1.49
28573422--28573705	50	5.7	50	86	2	358	26	22	29	21	1.99
28578801--28578833	17	1.9	17	88	11	50	60	3	3	33	1.27
28579512--28579559	17	2.8	16	81	15	51	29	8	4	58	1.46
28580767--28580791	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
28583472--28583612	32	4.4	32	75	0	138	36	21	20	21	1.96
28583474--28583600	64	2.0	64	82	3	157	37	20	21	21	1.95
28587967--28587999	17	1.9	17	88	11	50	60	3	3	33	1.27
28588678--28588725	17	2.8	16	81	15	51	29	8	4	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28589933--28589957	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
28592637--28592802	32	5.2	32	76	0	161	33	24	24	17	1.96
28592632--28592805	64	2.7	64	91	0	276	33	23	24	18	1.97
28592878--28593183	27	11.5	27	78	6	243	25	21	16	37	1.93
28592904--28593195	80	3.7	79	77	8	202	24	20	16	38	1.92
28595714--28595761	20	2.6	18	83	6	51	18	41	4	35	1.70
28596460--28596493	16	2.1	16	100	0	68	38	0	11	50	1.39
28599741--28599799	24	2.5	24	94	0	100	42	0	27	30	1.56
28599849--28599946	17	5.4	17	66	13	61	33	3	11	52	1.53
28599840--28599952	37	3.1	37	94	1	192	33	4	12	49	1.60
28599953--28600087	9	14.3	9	84	9	153	22	7	31	37	1.82
28599953--28600087	20	7.2	18	85	6	153	22	7	31	37	1.82
28599956--28600087	29	4.6	29	85	5	164	21	7	32	37	1.82
28602842--28602874	16	1.9	18	88	11	52	66	0	0	33	0.92
28603591--28603736	73	2.0	72	82	6	179	43	6	4	46	1.47
28604794--28604831	20	1.9	20	89	10	60	28	5	13	52	1.61
28624145--28624311	42	3.9	41	78	7	154	25	16	27	31	1.96
28641880--28642057	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28641881--28642036	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28641877--28642057	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28649375--28649401	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
28649889--28650066	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28649890--28650045	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28649886--28650066	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28658555--28658620	25	2.6	25	84	13	91	24	21	22	31	1.98
28661474--28661512	21	1.9	20	84	5	51	56	10	7	25	1.59
28662547--28662815	121	2.2	123	82	5	323	34	15	27	22	1.94
28662547--28662812	41	6.5	41	79	6	272	34	15	27	22	1.95
28668698--28668759	29	2.2	28	88	2	88	22	30	24	22	1.99
28669739--28669882	72	2.0	72	89	5	220	23	18	15	42	1.89
28673172--28673236	25	2.6	25	70	4	60	18	7	3	70	1.24
28673208--28673261	19	2.7	20	80	13	58	22	3	5	68	1.26
28685028--28685375	115	3.0	115	96	0	626	25	8	28	36	1.86
28692008--28692044	14	2.6	14	100	0	74	0	48	0	51	1.00
28692768--28692807	12	3.4	12	89	3	55	0	45	0	55	0.99
28692778--28692815	3	12.7	3	94	0	58	0	39	0	60	0.97
28692883--28692929	21	2.1	21	88	7	67	38	17	34	10	1.84
28694044--28694093	26	1.9	26	100	0	100	44	14	6	36	1.69
28694196--28694238	6	7.2	6	100	0	86	32	0	16	51	1.45
28696586--28696639	26	2.1	26	86	3	74	31	0	3	64	1.11
28700146--28700432	144	2.0	144	82	5	357	39	4	10	44	1.61
28700178--28700456	143	2.0	143	80	5	323	40	5	10	43	1.62
28700547--28700585	6	6.5	6	93	0	60	61	0	38	0	0.96
28701362--28701427	27	2.5	26	87	2	69	34	9	13	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28701371--28701427	27	2.1	27	93	0	96	36	10	10	42	1.74
28704072--28704117	24	2.0	23	91	4	74	8	6	13	71	1.29
28705169--28705218	9	5.6	9	87	0	73	46	20	8	26	1.78
28705169--28705226	9	6.4	9	87	0	53	43	20	8	27	1.81
28705169--28705226	18	3.2	19	83	9	77	43	20	8	27	1.81
28705234--28705296	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
28705225--28705299	37	2.0	37	94	0	132	45	14	4	36	1.64
28705429--28705543	39	3.0	38	94	3	203	18	2	28	50	1.60
28705524--28705548	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
28714601--28714637	18	2.1	18	89	0	56	24	24	8	43	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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