genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  74  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22143154--22143597	82	5.4	82	91	2	642	14	23	27	34	1.93
22148014--22148060	23	2.0	23	95	0	85	44	25	2	27	1.65
22148009--22148061	16	3.3	16	82	15	65	43	24	1	30	1.65
22148069--22148571	31	15.6	30	71	20	288	45	12	1	40	1.53
22148048--22148301	56	4.3	58	82	12	236	44	12	1	41	1.51
22148194--22148623	9	49.7	9	70	21	135	45	13	2	38	1.56
22148203--22148300	22	4.6	22	68	21	66	47	12	2	37	1.52
22148326--22148363	7	5.1	7	87	12	58	44	26	0	28	1.54
22148321--22148381	16	3.8	16	83	16	90	44	24	0	31	1.54
22148321--22148381	23	2.5	24	89	10	97	44	24	0	31	1.54
22148493--22148538	22	2.1	22	87	0	65	47	10	4	36	1.58
22148559--22148621	16	3.8	16	85	8	90	44	23	1	30	1.63
22148625--22148681	26	2.2	25	84	3	69	47	15	3	33	1.63
22148659--22148692	16	2.1	16	88	0	50	52	14	0	32	1.42
22154208--22154272	21	3.1	21	75	0	67	36	18	40	4	1.71
22154259--22154312	21	2.6	21	93	0	90	35	14	46	3	1.63
22154609--22154859	43	5.9	42	75	7	139	24	18	27	29	1.98
22154651--22154872	86	2.6	86	79	7	236	23	18	28	28	1.98
22154651--22154871	43	5.1	43	76	6	162	23	18	28	28	1.98
22158027--22158051	11	2.3	11	100	0	50	36	8	8	48	1.62
22159636--22159739	52	2.0	52	98	0	199	33	18	21	26	1.96
22173693--22173723	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22173777--22173813	9	4.1	9	86	13	58	45	10	10	32	1.74
22175272--22175349	36	2.2	36	88	0	111	26	25	5	42	1.76
22183029--22183112	11	7.3	11	71	22	57	10	4	5	78	1.07
22183029--22183112	34	2.4	36	88	4	118	10	4	5	78	1.07
22183062--22183121	25	2.4	25	81	8	61	16	1	5	76	1.04
22183061--22183114	11	4.6	12	78	19	60	12	1	7	77	1.05
22183080--22183123	22	2.0	22	82	8	54	22	0	4	72	1.02
22183112--22183179	22	3.0	22	82	4	73	42	1	0	55	1.08
22183258--22183296	13	2.7	15	80	15	55	43	0	0	56	0.99
22189632--22189707	30	2.6	29	79	4	91	26	19	26	27	1.99
22192527--22192572	22	2.1	22	84	4	58	8	13	2	76	1.11
22194690--22194727	19	2.0	19	90	10	60	36	0	10	52	1.36
22194719--22194762	22	1.9	24	86	9	65	52	4	4	38	1.42
22200707--22200794	40	2.2	40	83	4	115	32	21	22	22	1.98
22200766--22200939	66	2.4	72	83	9	198	32	16	24	26	1.96
22201065--22201125	7	8.6	7	76	3	50	19	1	29	49	1.58
22201151--22201202	21	2.5	21	80	0	59	17	0	32	50	1.47
22201065--22201203	14	9.9	14	72	9	68	20	0	28	51	1.53
22207010--22207054	22	2.2	20	84	8	54	73	0	4	22	1.01
22214818--22214944	43	3.1	43	72	17	144	25	14	28	30	1.95
22214831--22214901	35	2.0	35	88	0	106	29	18	26	25	1.98
22216354--22216902	110	5.0	110	95	1	973	33	18	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22216919--22216954	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
22217031--22217059	12	2.3	13	94	5	51	82	3	0	13	0.79
22221575--22221599	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
22229462--22229521	26	2.4	24	78	10	66	38	15	3	43	1.63
22229625--22229663	16	2.4	16	83	12	53	30	7	0	61	1.24
22230026--22230067	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
22235103--22235145	21	2.0	21	100	0	86	20	13	27	37	1.91
22235705--22235744	11	3.3	13	76	20	50	35	0	0	65	0.93
22235919--22235959	11	3.7	11	80	0	55	53	2	17	26	1.56
22245995--22246087	46	2.0	46	89	0	141	36	12	26	23	1.91
22250573--22250647	21	3.6	21	74	0	69	18	24	25	32	1.97
22255322--22255738	220	1.9	218	91	2	683	29	13	12	44	1.81
22256394--22256484	47	1.9	47	95	0	164	46	5	16	31	1.70
22265567--22265610	21	2.1	21	100	0	88	36	43	9	11	1.72
22266640--22266755	35	3.3	35	87	0	169	41	29	12	17	1.85
22269428--22269463	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22269698--22269733	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22269301--22270386	270	4.0	270	94	0	1877	37	15	5	41	1.70
22269968--22270003	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22270241--22270276	17	2.1	18	90	10	58	50	11	0	38	1.38
22270801--22270833	17	1.9	17	93	0	57	30	12	15	42	1.83
22272017--22272069	20	2.7	20	82	2	72	33	16	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22273592--22273622	15	2.1	15	93	0	53	16	6	9	67	1.39
22275216--22275288	37	2.0	36	84	10	96	36	0	4	58	1.17
22275275--22275328	20	2.9	18	77	22	58	38	0	5	55	1.23
22275429--22275541	29	3.9	29	79	4	120	34	19	5	40	1.74
22275428--22275550	58	2.1	59	83	4	151	35	19	4	39	1.73
22275894--22275963	3	23.0	3	77	13	56	67	0	32	0	0.91
22276190--22276225	15	2.4	15	90	0	63	25	52	19	2	1.59
22276223--22276267	14	3.1	15	84	12	58	37	31	28	2	1.69
22276269--22276337	9	7.8	9	78	12	72	81	0	18	0	0.70
22276264--22276335	26	2.8	26	85	8	87	83	0	16	0	0.65
22276264--22276326	7	8.9	7	76	20	60	84	0	15	0	0.63
22276658--22276692	16	2.2	16	89	0	52	31	11	5	51	1.61
22276813--22277108	17	16.2	18	70	16	148	33	13	9	43	1.77
22276861--22276966	56	1.9	55	90	1	167	34	14	9	41	1.78
22276925--22277153	37	6.1	38	75	11	188	37	13	8	41	1.75
22276963--22277168	72	2.8	72	81	13	219	36	12	9	41	1.76
22277138--22277170	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
22290535--22290564	12	2.5	12	100	0	60	6	16	13	63	1.50
22291876--22291930	23	2.4	23	81	0	65	25	30	16	27	1.96
22291909--22291982	27	2.7	27	87	4	105	22	27	14	35	1.94
22297246--22297275	15	2.0	15	100	0	60	66	6	20	6	1.38
22308559--22308590	12	2.6	13	90	9	50	21	15	12	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22309879--22309918	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
22310089--22310139	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
22310951--22312260	655	2.0	655	99	0	2584	38	16	18	26	1.92
22324140--22324215	23	3.3	23	88	0	116	21	19	27	31	1.97
22332858--22333212	27	13.2	27	79	4	319	44	20	14	20	1.86
22340363--22340596	40	5.9	40	77	2	211	40	24	19	15	1.90
22346900--22347093	51	3.8	50	79	3	219	30	28	16	23	1.96
22346907--22347091	101	1.8	101	89	3	291	31	28	16	23	1.96
22349580--22349614	18	1.9	18	88	11	54	25	14	14	45	1.82
22357712--22357742	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
22366366--22366426	30	2.0	30	100	0	122	47	6	16	29	1.72
22379341--22379384	18	2.4	18	85	7	54	29	0	2	68	1.02
22379515--22379549	15	2.2	16	90	5	54	34	2	0	62	1.10
22379951--22380008	19	3.0	20	73	19	59	36	5	1	56	1.32
22386035--22386820	44	18.1	45	67	17	210	27	22	21	29	1.99
22386150--22386820	44	15.5	44	69	16	291	27	22	21	28	1.99
22386101--22386383	128	2.2	128	94	1	496	26	22	22	27	1.99
22386226--22386822	217	2.7	217	95	0	1050	27	23	21	28	1.99
22406072--22406636	50	11.3	50	72	4	404	24	19	21	35	1.96
22406057--22406654	100	6.0	100	88	0	820	24	20	21	34	1.96
22406849--22406972	43	2.9	43	82	1	167	29	26	16	28	1.97
22406849--22406970	44	2.8	44	85	3	167	29	27	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22406972--22407162	88	2.2	88	83	1	222	23	24	24	28	2.00
22407169--22407611	44	10.1	43	64	19	130	25	23	20	30	1.98
22407153--22407630	131	3.6	131	91	2	753	25	23	21	30	1.99
22409954--22409983	7	4.4	7	95	4	53	0	13	0	86	0.57
22409996--22410051	22	2.5	22	83	11	62	10	5	7	76	1.14
22411091--22411141	25	2.0	25	85	7	68	64	0	15	19	1.29
22414336--22414388	11	4.6	11	76	15	54	60	5	5	28	1.42
22418232--22418277	20	2.4	18	82	10	56	2	21	0	76	0.90
22421217--22421291	18	4.2	17	75	17	55	64	2	1	32	1.16
22421230--22421286	20	2.9	19	75	10	53	63	1	1	33	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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