genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8670342--8670403	12	5.2	12	75	16	51	43	4	1	50	1.33
8672006--8672070	27	2.4	28	82	5	80	69	0	23	7	1.14
8671932--8672055	44	2.8	45	82	6	144	62	2	27	8	1.36
8673162--8673196	17	2.1	17	88	0	52	34	8	5	51	1.56
8677359--8677440	26	3.1	25	87	8	119	71	2	0	25	0.98
8677356--8677440	25	3.2	26	82	14	111	71	2	0	25	0.98
8677356--8677411	19	2.8	19	76	17	51	75	1	0	23	0.90
8677495--8677541	24	2.0	24	86	0	67	78	0	2	19	0.85
8679645--8679808	44	3.9	44	84	6	180	27	23	20	28	1.99
8681186--8681225	19	2.0	19	85	9	53	0	25	2	72	0.97
8688126--8688186	24	2.6	24	79	5	72	63	3	1	31	1.20
8688241--8688288	16	3.0	15	79	11	51	77	0	2	20	0.88
8688243--8688288	23	2.0	24	86	4	67	78	0	2	19	0.86
8689478--8689724	124	2.0	124	99	0	485	34	21	8	36	1.83
8691467--8691648	43	4.2	43	96	0	337	30	29	19	19	1.97
8694933--8695013	24	3.4	23	72	16	67	35	20	27	16	1.94
8703134--8703177	22	2.0	22	82	8	54	45	2	2	50	1.27
8703718--8703764	18	2.6	18	77	16	53	55	2	4	38	1.31
8707635--8707662	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
8718398--8718447	14	3.5	14	75	20	50	40	0	0	60	0.97
8725114--8725145	10	3.1	10	95	4	55	43	18	9	28	1.81
8734362--8734435	29	2.5	30	80	14	91	44	13	14	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8747642--8747707	31	2.2	31	86	5	91	63	4	1	30	1.23
8747828--8747889	32	1.9	32	90	6	99	64	6	8	20	1.43
8751397--8751442	19	2.3	21	78	14	53	32	0	2	65	1.05
8761419--8761459	12	3.2	13	77	16	50	46	0	0	53	1.00
8761418--8761458	20	2.0	20	86	9	57	46	0	0	53	1.00
8761418--8761517	24	4.2	24	77	12	109	51	0	2	47	1.12
8761446--8761486	17	2.3	18	84	12	50	53	0	2	43	1.13
8761463--8761534	27	2.7	26	81	12	83	51	0	2	45	1.15
8762778--8762828	23	2.2	23	86	6	68	60	1	0	37	1.08
8780244--8780288	16	2.8	16	82	3	54	75	0	6	17	1.01
8781392--8781425	17	2.1	16	88	5	50	76	2	0	20	0.92
8781392--8781425	18	2.0	17	88	11	52	76	2	0	20	0.92
8782339--8782440	25	4.3	24	79	13	97	38	19	24	17	1.93
8783428--8783472	23	2.0	23	90	0	72	46	11	4	37	1.60
8788703--8788751	24	2.0	24	100	0	98	38	4	20	36	1.72
8794973--8795005	16	2.1	16	100	0	66	51	6	12	30	1.63
8796546--8796588	11	4.0	11	78	6	52	20	44	4	30	1.72
8799582--8799612	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
8800617--8800646	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
8801236--8801274	17	2.3	17	90	0	60	17	15	0	66	1.25
8804021--8804071	22	2.3	22	89	0	84	27	29	0	43	1.55
8805400--8805589	94	2.0	94	97	0	362	44	10	13	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8807718--8808067	123	2.8	125	93	2	616	32	21	16	29	1.95
8808263--8808328	29	2.3	29	81	0	78	40	19	16	22	1.91
8808768--8808797	15	2.0	15	100	0	60	26	0	20	53	1.46
8814604--8814650	22	2.1	22	100	0	94	57	4	8	29	1.48
8816193--8816285	18	5.2	18	88	0	132	29	23	15	32	1.95
8816197--8816287	36	2.5	36	90	0	146	29	23	15	31	1.95
8820899--8820991	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
8825749--8825791	15	2.9	14	83	12	52	72	4	2	20	1.14
8826577--8826638	31	2.0	31	93	6	108	41	16	9	32	1.80
8828003--8828039	12	3.2	12	88	7	58	75	0	5	18	0.99
8828015--8828068	20	2.6	20	83	16	74	70	0	5	24	1.08
8828003--8828086	11	8.2	11	72	20	58	71	0	4	23	1.05
8828027--8828087	28	2.2	28	91	5	97	68	0	3	27	1.05
8828285--8828355	36	2.0	36	86	5	99	29	2	4	63	1.27
8834220--8834371	64	2.4	64	87	3	218	28	18	30	23	1.97
8836637--8836694	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
8836906--8836937	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
8837032--8837273	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
8837032--8837281	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
8842365--8842459	23	4.2	23	90	2	156	31	25	22	21	1.98
8842369--8842457	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
8842685--8842723	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8852721--8852783	26	2.4	27	74	10	69	33	12	12	41	1.81
8863979--8864035	28	2.0	28	100	0	114	28	14	21	36	1.92
8864412--8864436	10	2.5	10	100	0	50	16	8	12	64	1.49
8866117--8866161	5	8.2	5	81	18	54	22	6	0	71	1.09
8866117--8866161	23	1.9	24	95	4	83	22	6	0	71	1.09
8876747--8876799	27	2.0	27	88	0	79	20	13	22	43	1.86
8894244--8894314	36	2.0	35	86	2	97	25	19	18	36	1.94
8896068--8896150	25	3.3	25	86	6	123	30	24	21	24	1.99
8896065--8896175	50	2.2	50	83	3	143	31	23	20	24	1.98
8906151--8906644	244	2.0	243	93	1	837	24	16	19	40	1.91
8917844--8917912	31	2.2	31	84	0	102	36	8	18	36	1.82
8919089--8919120	16	2.0	16	100	0	64	37	6	6	50	1.53
8919532--8919587	29	1.9	29	92	0	94	32	28	10	28	1.90
8922488--8922529	15	2.8	15	75	13	50	54	0	0	45	0.99
8923256--8923293	17	2.1	19	85	9	53	68	5	0	26	1.11
8923358--8923423	27	2.4	27	89	0	105	24	28	36	10	1.89
8923432--8923934	149	3.3	153	84	8	704	28	11	7	51	1.66
8924077--8924142	27	2.4	27	92	0	114	13	39	24	22	1.90
8924200--8924244	11	3.9	12	77	19	51	22	0	6	71	1.09
8930747--8930776	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
8932390--8932420	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
8932390--8932420	11	2.9	11	95	4	55	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8947856--8947980	45	2.7	46	87	2	171	40	16	22	20	1.91
8957834--8958168	172	1.9	172	93	0	580	41	19	10	28	1.85
8960892--8961172	51	5.6	50	78	5	287	32	27	15	24	1.95
8960986--8961168	101	1.8	101	89	3	287	32	25	15	25	1.96
8960891--8961172	152	1.9	152	98	0	546	32	26	15	25	1.95
8960936--8961179	101	2.4	99	79	9	271	31	27	15	25	1.95
8963509--8963614	55	1.9	55	98	0	203	36	14	24	24	1.92
8963564--8963653	42	2.1	42	87	4	128	40	13	25	21	1.89
8971514--8971538	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
8974168--8974207	3	13.3	3	89	0	62	72	0	0	27	0.85
8974379--8974411	15	2.1	16	94	5	59	60	0	9	30	1.27
8974686--8974739	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
8974663--8974739	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
8978046--8978208	61	2.6	62	84	9	210	53	1	1	42	1.22
8990684--8990721	18	2.2	17	82	13	51	60	0	2	36	1.11
9003932--9003975	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
9005498--9005591	41	2.3	41	88	0	143	53	5	21	20	1.65
9005560--9005656	24	4.0	24	82	4	115	53	6	21	18	1.66
9005560--9005654	48	2.0	49	89	4	149	54	6	21	17	1.65
9005575--9005658	24	3.5	24	86	1	116	52	4	22	20	1.65
9007205--9007286	42	2.0	42	82	0	101	23	28	25	23	2.00
9007472--9007516	21	2.1	21	100	0	90	28	0	8	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9008244--9008325	42	2.0	42	82	0	101	23	28	25	23	2.00
9008511--9008555	21	2.1	21	100	0	90	28	0	8	62	1.25
9011616--9011644	11	2.7	11	94	5	51	6	13	0	79	0.93
9012873--9012942	36	1.9	36	100	0	140	20	24	17	38	1.93
9013248--9013345	30	3.3	30	81	8	119	53	18	11	17	1.73
9013257--9013371	30	4.3	24	71	21	70	53	17	12	16	1.72
9013327--9013377	24	2.1	24	81	0	57	56	15	15	11	1.66
9020489--9020537	26	1.9	25	83	4	62	65	2	4	28	1.22
9020514--9020556	16	2.6	17	79	13	54	69	4	0	25	1.07
9023947--9024102	26	6.3	26	71	12	112	19	21	20	38	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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