genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  85  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25212898--25212965	7	9.3	7	77	16	50	45	32	0	22	1.52
25212898--25212965	14	4.6	15	78	12	70	45	32	0	22	1.52
25212897--25212965	8	9.2	8	74	15	58	46	31	0	21	1.52
25216269--25216585	124	2.5	126	88	3	453	28	23	16	31	1.96
25218187--25218265	9	8.6	9	71	23	58	32	3	0	63	1.12
25222060--25222164	51	2.0	51	81	5	122	55	6	6	31	1.52
25222690--25222728	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
25222899--25222948	24	2.2	22	85	7	64	38	16	6	40	1.73
25224447--25224476	13	2.2	14	94	5	53	53	3	0	43	1.17
25224723--25224771	20	2.5	20	89	0	71	40	18	10	30	1.84
25231138--25231382	99	2.5	98	80	6	287	38	22	16	22	1.92
25231156--25231383	49	4.6	49	80	1	258	38	23	16	21	1.93
25231508--25231608	50	2.0	51	94	1	177	24	22	11	40	1.88
25249146--25249229	30	2.8	30	81	3	98	30	25	19	25	1.98
25250482--25250597	29	4.0	29	83	4	153	25	22	33	18	1.97
25253745--25253942	102	1.9	102	86	4	283	23	9	28	39	1.85
25259906--25259956	26	2.0	26	92	0	84	39	7	11	41	1.71
25268360--25268401	21	2.0	21	86	9	59	28	23	7	40	1.81
25270304--25270343	21	1.9	21	84	0	53	32	7	20	40	1.80
25279746--25279780	17	2.1	17	94	0	61	22	14	0	62	1.31
25285490--25285694	27	7.7	28	80	8	178	42	20	18	18	1.89
25285490--25285696	53	3.9	53	79	3	202	42	20	17	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25285490--25285684	107	1.8	107	83	2	257	43	21	16	18	1.88
25285489--25285696	80	2.6	80	80	3	240	43	20	17	18	1.88
25285490--25285712	107	2.1	107	81	3	252	41	21	17	19	1.90
25290154--25290495	27	12.7	27	85	1	400	44	19	19	17	1.87
25290686--25290761	26	2.9	26	82	0	98	17	22	21	39	1.92
25290868--25290958	28	3.2	28	81	6	119	21	28	20	28	1.99
25290868--25290955	30	3.0	30	85	3	117	22	29	20	27	1.99
25290883--25290985	30	3.4	30	81	11	104	23	29	24	23	1.99
25299949--25300033	26	3.2	26	80	6	89	28	20	23	28	1.99
25299968--25300033	28	2.5	26	80	9	78	28	22	24	24	1.99
25302582--25302606	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25302750--25302822	26	2.8	26	86	10	105	42	8	15	34	1.76
25304101--25304199	48	2.1	48	98	0	189	28	19	4	48	1.67
25309926--25309950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
25311109--25311521	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
25316119--25316161	16	2.6	16	88	3	59	18	0	25	55	1.42
25316392--25316435	14	3.1	14	80	6	52	31	2	11	54	1.48
25316718--25316776	30	2.0	30	93	0	100	18	8	22	50	1.73
25320467--25320597	39	3.4	39	84	4	174	30	2	19	47	1.62
25320824--25320977	50	3.1	50	100	0	308	21	17	24	36	1.95
25326072--25326140	3	23.3	3	89	2	68	0	37	0	62	0.96
25328233--25328328	8	12.1	8	66	22	51	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25328221--25328294	33	2.2	35	95	4	134	44	4	0	51	1.20
25328218--25328333	47	2.5	46	78	10	121	42	3	0	54	1.17
25328267--25328310	22	2.0	22	87	12	65	40	2	0	56	1.11
25328280--25328340	30	1.9	33	87	9	92	42	1	0	55	1.09
25328280--25328346	33	2.0	33	83	11	84	43	1	0	55	1.09
25335287--25335334	15	3.0	15	88	11	69	27	6	2	64	1.28
25335288--25335336	24	2.1	23	85	11	64	28	4	2	65	1.22
25335404--25335440	4	9.2	4	87	0	56	27	0	2	70	1.01
25335509--25335595	3	28.7	3	80	6	86	34	1	4	59	1.25
25342328--25342780	89	4.9	89	77	7	424	35	15	18	30	1.92
25342316--25343331	96	10.9	96	70	13	516	33	16	19	30	1.94
25342316--25342755	185	2.4	185	87	0	648	35	15	18	30	1.92
25342690--25343039	189	1.8	189	82	3	452	33	16	20	29	1.95
25343072--25343367	44	6.6	44	71	10	152	32	18	19	30	1.96
25344912--25344969	3	18.7	3	80	19	66	29	3	1	65	1.19
25344911--25344969	24	2.5	24	89	8	86	28	5	1	64	1.24
25345155--25345201	3	15.7	3	95	0	85	29	0	2	68	1.02
25345764--25345794	16	1.9	16	100	0	62	64	9	0	25	1.24
25350889--25350930	20	2.1	20	100	0	84	11	14	14	59	1.61
25356449--25356490	18	2.3	18	87	0	57	42	4	47	4	1.45
25359714--25359757	23	2.0	22	82	13	54	34	4	0	61	1.16
25360152--25360295	73	2.0	73	87	2	209	30	23	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25360195--25360522	114	2.9	113	86	3	421	28	21	23	26	1.99
25360431--25360594	72	2.3	71	83	1	202	29	21	25	24	1.99
25360495--25360705	113	1.9	113	86	2	307	27	20	24	27	1.99
25360140--25360704	299	1.9	300	93	0	970	28	22	24	25	1.99
25360309--25360890	185	3.1	185	87	2	846	26	21	25	27	1.99
25360608--25360779	72	2.4	72	93	0	299	26	22	25	26	2.00
25360680--25361018	113	3.0	114	88	1	509	25	20	24	29	1.99
25361224--25361290	22	3.0	21	80	8	80	14	5	43	35	1.71
25361333--25361422	22	4.2	22	72	16	64	20	3	31	45	1.67
25361339--25361540	7	29.0	7	71	10	74	18	2	32	46	1.62
25361528--25361843	103	3.1	103	98	0	614	27	2	30	39	1.71
25362003--25362288	115	2.5	114	80	4	306	21	15	20	42	1.89
25362420--25362488	25	2.8	25	76	20	83	21	33	0	44	1.53
25363789--25364089	9	34.3	9	73	15	247	45	20	0	32	1.58
25363788--25364049	88	3.0	86	87	5	332	46	20	0	32	1.56
25369596--25369664	21	3.3	21	86	8	70	36	18	40	4	1.71
25370048--25370231	42	4.4	42	81	8	205	26	17	21	33	1.96
25370068--25370231	40	4.0	40	85	7	204	27	19	21	31	1.98
25371219--25371258	9	4.7	9	79	20	50	42	0	10	47	1.37
25371209--25371264	20	2.8	20	78	10	62	44	0	10	44	1.38
25372192--25372245	16	3.4	16	72	27	60	51	20	0	27	1.47
25372191--25372253	32	2.0	32	100	0	126	50	22	0	26	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373256--25373400	29	5.0	29	77	7	141	40	11	23	24	1.88
25373256--25373401	58	2.5	58	82	3	159	40	11	23	24	1.88
25383632--25383689	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
25384374--25384431	26	2.3	25	82	14	66	31	8	1	58	1.38
25384393--25384435	22	2.0	22	86	9	61	32	6	2	58	1.38
25384613--25384675	3	21.0	3	93	0	108	30	0	3	66	1.07
25384980--25385203	112	2.0	112	96	0	412	30	14	15	39	1.88
25386640--25386682	17	2.5	17	88	0	59	48	9	18	23	1.76
25393760--25393803	23	1.9	24	86	9	65	61	6	9	22	1.50
25395767--25395818	25	2.1	25	89	7	79	46	3	3	46	1.39
25395755--25395824	25	2.7	27	75	20	76	50	2	2	44	1.31
25401144--25401174	15	2.1	15	100	0	62	12	19	12	54	1.70
25405417--25405481	10	6.5	10	71	13	53	64	3	0	32	1.09
25405424--25405477	20	2.7	20	77	11	65	62	3	0	33	1.12
25405724--25405752	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
25411083--25411200	21	5.6	21	82	6	123	16	27	28	27	1.97
25411078--25411200	63	2.0	63	85	6	169	16	27	30	26	1.97
25411260--25411304	21	2.1	21	91	0	72	17	37	26	17	1.93
25417399--25417428	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
25418138--25418167	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
25421207--25421267	30	2.0	29	90	6	95	45	9	9	34	1.70
25425313--25425665	87	4.1	87	90	0	526	24	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25426847--25426894	13	3.3	15	77	14	55	12	12	0	75	1.06
25426845--25426892	20	2.3	21	79	10	55	14	14	0	70	1.16
25427273--25427344	27	2.6	27	86	4	90	9	8	11	70	1.33
25427309--25427363	12	4.2	13	77	13	51	12	1	7	78	1.04
25427302--25427367	33	2.0	33	82	8	80	12	3	7	77	1.09
25434752--25434827	26	3.0	26	80	12	72	42	0	6	51	1.28
25434862--25434895	17	2.0	17	94	0	59	41	2	0	55	1.15
25434943--25434977	18	2.0	17	88	5	52	40	0	2	57	1.14
25434885--25434997	26	4.2	26	64	20	70	43	0	3	52	1.24
25434943--25435346	145	2.8	144	97	0	720	47	2	2	46	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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