genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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This is table  6  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1631952--1631996	15	3.2	13	90	9	63	71	0	13	15	1.15
1631952--1631994	21	2.1	20	95	4	77	72	0	13	13	1.13
1633250--1633699	44	10.8	42	71	12	248	28	18	24	29	1.98
1633251--1633889	124	5.1	124	91	1	922	28	17	23	30	1.97
1633474--1633645	41	4.2	41	68	18	113	29	19	22	29	1.98
1635460--1635496	3	12.0	3	88	5	56	32	2	0	64	1.07
1636005--1636396	109	3.6	109	88	1	545	32	14	18	34	1.91
1646386--1646421	10	3.5	10	85	7	54	36	0	0	63	0.94
1646411--1646543	56	2.3	57	82	10	155	43	0	3	51	1.24
1646653--1646745	45	2.1	44	88	6	134	36	25	4	33	1.76
1655758--1655803	22	2.1	22	100	0	92	54	8	8	28	1.61
1656154--1656204	6	8.5	6	82	18	54	78	0	5	15	0.93
1666403--1666467	22	3.2	20	79	18	71	40	6	6	47	1.53
1671364--1671388	10	2.5	10	100	0	50	64	8	12	16	1.49
1673288--1673350	30	2.0	31	81	6	74	22	19	11	47	1.80
1678041--1678233	41	4.7	41	94	0	314	23	28	20	27	1.99
1683669--1683693	11	2.3	11	100	0	50	44	0	16	40	1.47
1685194--1685746	114	4.8	114	74	13	380	29	18	25	26	1.98
1686844--1686890	7	6.7	7	95	0	85	2	0	53	44	1.12
1686844--1686902	21	2.8	21	84	5	75	3	0	47	49	1.18
1689099--1689134	16	2.2	16	95	0	63	27	11	8	52	1.65
1689194--1689399	67	3.1	67	95	1	369	35	4	13	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1689535--1689756	34	6.0	34	72	16	165	40	7	4	47	1.51
1689524--1689756	76	3.1	76	98	0	439	40	7	4	47	1.52
1689787--1689835	13	3.8	12	82	15	53	44	10	2	42	1.49
1690176--1690406	9	26.4	9	70	14	162	46	20	1	31	1.61
1690218--1690268	25	2.0	25	88	0	75	52	19	0	27	1.46
1690188--1690310	43	2.8	45	79	10	121	48	21	0	28	1.56
1690340--1690419	25	3.2	25	73	7	54	43	20	3	32	1.69
1694922--1696347	713	2.0	713	99	0	2798	33	12	19	33	1.90
1696635--1696684	21	2.4	21	86	0	73	36	18	44	2	1.61
1697239--1697375	42	3.3	41	92	2	222	25	21	21	31	1.98
1697470--1697513	21	2.1	21	86	0	61	40	27	20	11	1.86
1699073--1699123	16	3.3	15	74	17	50	13	49	7	29	1.70
1699793--1699833	19	2.0	21	90	9	68	46	0	7	46	1.30
1701637--1701790	77	2.0	77	97	0	290	39	18	13	27	1.89
1709861--1710011	78	1.9	78	94	0	266	34	21	18	25	1.96
1712861--1712888	14	2.0	14	100	0	56	50	14	14	21	1.78
1715466--1715516	18	2.8	18	77	11	59	39	9	0	50	1.35
1715427--1715527	40	2.6	39	82	4	105	39	8	0	51	1.33
1717118--1717197	24	3.6	23	76	21	80	43	0	0	56	0.99
1717154--1717195	6	7.0	6	100	0	84	33	0	0	66	0.92
1718198--1718305	50	2.2	50	89	0	162	24	12	16	46	1.82
1721562--1721617	18	3.2	18	80	10	80	67	0	5	26	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721944--1721978	18	1.9	18	94	0	61	8	37	25	28	1.85
1723604--1723643	16	2.6	15	92	7	71	57	5	0	37	1.21
1723882--1724000	56	2.1	57	87	6	170	41	12	13	32	1.82
1724306--1724424	60	2.0	60	91	0	193	55	12	0	31	1.37
1724592--1724625	16	2.1	16	88	5	50	2	23	0	73	0.97
1727864--1728022	43	3.7	43	78	8	130	30	26	18	24	1.98
1729209--1729248	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
1729177--1729233	22	2.6	22	85	0	69	50	1	1	45	1.22
1729241--1729398	59	2.5	67	83	14	217	41	5	7	46	1.54
1729259--1729428	59	2.9	59	96	0	304	41	5	8	44	1.60
1730450--1730650	43	4.7	43	86	3	278	27	15	24	32	1.96
1743160--1743191	16	2.0	17	88	11	50	53	3	0	43	1.16
1743287--1743376	44	2.0	46	82	8	114	34	3	4	57	1.35
1752890--1752940	17	3.1	16	77	11	50	62	3	0	33	1.13
1759367--1759407	21	2.0	21	95	0	73	34	12	31	21	1.91
1760032--1760092	30	2.1	30	88	8	92	24	14	14	45	1.83
1760796--1760852	29	2.0	29	86	10	82	56	1	0	42	1.10
1760888--1760990	22	4.4	22	76	20	91	37	0	32	30	1.58
1760891--1760989	51	1.9	51	91	0	162	38	0	32	29	1.58
1760942--1760997	22	2.5	22	97	2	103	41	0	30	28	1.57
1761742--1761794	26	2.0	26	100	0	106	30	3	3	62	1.30
1765688--1765741	27	2.1	26	82	6	65	46	9	3	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1768238--1768262	7	3.6	7	100	0	50	16	28	0	56	1.41
1769780--1769823	23	2.0	23	86	4	63	50	6	0	43	1.29
1774569--1774600	12	2.4	14	90	10	50	78	3	3	15	1.01
1777236--1777834	37	16.4	36	81	6	550	34	20	15	28	1.94
1777249--1777834	109	5.4	110	84	4	686	34	20	15	28	1.94
1777253--1777914	37	17.9	39	78	9	273	35	20	15	28	1.93
1778494--1778877	205	1.9	205	100	0	768	29	9	26	35	1.87
1780118--1780248	9	15.9	9	70	17	79	45	17	3	34	1.64
1780124--1780243	16	7.9	16	67	19	87	45	17	2	34	1.62
1780110--1780235	25	5.2	25	75	9	100	47	16	2	33	1.60
1780315--1780418	49	2.1	49	98	0	199	25	14	34	25	1.94
1785082--1786202	579	1.9	579	100	0	2242	30	13	17	38	1.88
1786301--1786436	66	2.1	66	86	5	186	40	19	27	12	1.87
1789120--1789165	22	2.1	22	87	0	65	23	10	34	30	1.89
1791507--1791556	8	6.1	8	78	15	50	74	2	0	24	0.93
1791600--1791699	26	3.8	26	75	10	96	59	3	5	33	1.34
1793051--1793958	44	20.3	45	71	11	499	27	21	19	30	1.98
1793245--1793956	133	5.3	133	74	11	417	27	22	18	30	1.98
1794286--1794341	24	2.3	24	90	6	87	30	25	12	32	1.92
1795204--1795259	7	8.1	7	82	6	62	3	14	1	80	0.93
1799612--1799655	22	1.9	23	90	9	72	65	4	2	27	1.23
1802580--1802659	39	2.0	40	85	7	110	52	7	2	37	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1806428--1806471	21	2.2	20	87	4	61	13	11	0	75	1.06
1807030--1807054	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
1808831--1808864	16	2.1	16	94	0	59	17	14	23	44	1.86
1809308--1809353	24	1.9	24	82	8	58	30	21	6	41	1.78
1811242--1811282	19	2.2	19	90	0	64	12	12	7	68	1.39
1812204--1812243	7	5.7	7	88	11	64	72	0	15	12	1.12
1812204--1812259	21	2.7	20	84	15	62	69	0	16	14	1.19
1812204--1812250	14	3.4	14	77	16	53	72	0	14	12	1.13
1813546--1814222	44	15.2	45	74	15	399	32	16	22	28	1.96
1813664--1814184	89	5.8	89	91	1	837	31	17	23	27	1.96
1813546--1814222	133	5.1	134	80	6	680	32	16	22	28	1.96
1815124--1815167	21	2.2	20	87	4	61	13	11	0	75	1.06
1815726--1815750	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
1820248--1820374	9	14.0	9	71	11	53	24	4	5	65	1.34
1820290--1820365	3	25.3	3	75	10	66	26	2	6	64	1.31
1820600--1820634	17	2.1	17	88	0	52	17	5	0	77	0.96
1820645--1820679	18	1.9	18	88	0	52	25	17	5	51	1.67
1821811--1821841	16	2.0	15	93	6	53	70	0	29	0	0.87
1824875--1825024	41	3.7	41	91	1	230	23	28	19	29	1.98
1824874--1825073	82	2.4	82	83	9	232	24	27	19	30	1.98
1825290--1825355	34	1.9	34	81	6	80	39	13	6	40	1.69
1829076--1829112	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1829912--1829955	20	2.1	21	87	8	63	45	0	2	52	1.13
1839467--1839517	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
1847850--1847888	20	2.0	20	100	0	78	35	5	17	41	1.72
1849251--1849281	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
1849888--1850082	42	4.6	42	74	6	153	18	22	16	42	1.89
1849902--1850082	21	8.6	21	67	11	84	19	20	16	43	1.88
1849884--1850080	84	2.3	84	78	8	211	18	21	16	43	1.88
1850602--1850648	25	2.0	24	84	16	62	34	0	23	42	1.54
1855642--1855688	13	3.6	13	82	0	58	38	38	19	4	1.71
1856633--1856819	24	7.6	24	68	13	69	34	22	25	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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