genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  48  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14205891--14206009	43	2.8	42	78	5	123	29	25	15	29	1.96
14215634--14215670	16	2.3	16	100	0	74	21	0	10	67	1.21
14215906--14215953	17	2.7	18	83	9	62	62	0	0	37	0.95
14217772--14217830	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
14220416--14220593	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14220417--14220572	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14220413--14220593	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14220498--14220604	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
14222190--14222248	23	2.6	22	82	10	75	44	20	3	32	1.68
14227687--14227744	22	2.6	22	79	12	66	43	20	3	32	1.69
14228783--14228816	13	2.6	13	85	0	50	41	38	0	20	1.53
14228932--14228983	9	5.8	9	88	0	77	28	11	23	36	1.90
14228931--14229008	18	4.3	18	88	3	95	26	8	23	41	1.84
14228932--14229008	27	2.9	27	86	3	102	27	9	23	40	1.84
14228932--14229008	9	8.6	9	80	5	75	27	9	23	40	1.84
14254871--14254935	24	2.7	24	97	0	121	35	13	29	21	1.92
14264939--14264996	9	6.4	9	87	0	71	39	20	12	27	1.88
14265600--14265635	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
14265872--14265906	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14265964--14266054	26	3.4	26	73	11	94	51	2	1	45	1.20
14269573--14269645	23	3.3	23	62	11	62	49	4	2	43	1.36
14270715--14271052	52	6.0	52	71	20	270	43	20	9	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14270715--14271012	116	2.6	116	97	0	560	42	20	9	27	1.83
14271223--14271277	22	2.5	22	88	5	76	41	23	12	21	1.88
14277550--14277646	43	2.3	43	82	7	108	20	16	22	40	1.91
14279069--14279145	13	5.8	13	83	13	104	77	0	19	2	0.88
14279081--14279152	35	2.1	35	100	0	144	77	0	19	2	0.88
14279069--14279153	17	4.9	17	82	13	102	76	0	21	2	0.90
14280321--14280357	6	6.2	6	100	0	74	32	0	16	51	1.45
14280452--14280524	35	2.1	36	94	2	130	36	1	16	45	1.56
14284547--14284711	3	55.0	3	100	0	330	66	0	33	0	0.92
14291328--14291382	27	2.0	27	100	0	110	45	10	14	29	1.79
14295200--14295238	20	2.0	20	89	0	60	41	12	5	41	1.65
14299532--14299597	21	3.2	21	66	12	55	25	28	10	34	1.89
14299506--14299754	41	6.1	41	82	1	275	21	28	14	36	1.92
14299603--14299710	20	5.3	20	64	6	56	16	29	13	39	1.88
14299506--14299748	82	3.0	82	83	0	306	20	28	14	36	1.92
14320985--14321226	50	4.7	50	78	6	184	23	27	20	28	1.99
14322153--14322265	40	2.8	40	81	5	111	34	29	15	21	1.93
14327540--14327581	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
14331851--14331915	33	2.0	33	96	0	121	21	10	24	43	1.84
14336942--14336990	11	4.5	11	81	0	62	18	4	10	67	1.36
14337645--14337689	21	2.1	21	100	0	90	35	17	26	20	1.95
14348809--14348846	20	1.9	20	88	0	58	71	0	26	2	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14349198--14349320	16	7.4	16	64	26	60	21	1	12	64	1.36
14349198--14349327	50	2.6	49	93	2	215	21	2	13	62	1.42
14349198--14349343	50	2.9	47	85	9	168	22	2	12	63	1.39
14350883--14350979	33	3.0	33	84	4	117	20	46	12	20	1.83
14356859--14356922	33	1.9	33	96	0	119	40	17	3	39	1.65
14373152--14373209	30	1.9	31	85	3	82	25	18	5	50	1.68
14373368--14373418	23	2.2	23	92	0	84	27	9	21	41	1.84
14373688--14373878	30	6.4	30	79	6	149	38	14	25	21	1.92
14373688--14373908	60	3.7	59	77	6	221	37	14	26	22	1.92
14373688--14373850	90	1.8	89	89	1	254	37	13	26	22	1.91
14373688--14373908	90	2.5	89	82	3	248	37	14	26	22	1.92
14374525--14374556	16	2.0	16	93	0	55	28	6	25	40	1.79
14388833--14389102	78	3.5	78	100	0	540	30	14	21	33	1.93
14395176--14395202	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
14401041--14401135	41	2.3	41	85	0	127	31	21	21	26	1.98
14406451--14406635	51	3.7	49	85	5	239	24	17	28	29	1.97
14406451--14406640	50	3.8	49	84	4	247	24	17	27	29	1.98
14410503--14410544	21	2.0	22	90	9	70	28	2	14	54	1.52
14413183--14414012	30	27.7	30	96	1	1400	41	13	23	21	1.88
14414000--14414072	30	2.4	30	93	0	119	39	8	23	28	1.83
14415261--14415300	21	1.9	21	85	10	55	32	10	5	52	1.56
14416264--14416331	31	2.3	30	82	5	75	38	11	8	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14417442--14417471	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
14420398--14420429	13	2.5	13	94	0	55	34	46	18	0	1.49
14424212--14424385	43	4.0	43	91	0	249	30	31	16	21	1.95
14426383--14426430	23	2.1	23	96	0	87	43	18	0	37	1.51
14428020--14428111	46	2.0	45	93	2	157	36	14	27	20	1.91
14428660--14428745	40	2.2	39	80	2	100	24	22	19	33	1.97
14436087--14436153	13	5.0	13	77	13	73	52	1	10	35	1.45
14436084--14436171	41	2.1	41	91	0	140	47	1	15	35	1.53
14436087--14436156	28	2.6	27	74	14	81	52	1	11	34	1.46
14436129--14436207	13	6.0	13	74	14	54	40	0	17	41	1.50
14437750--14437796	24	2.0	24	83	8	60	76	0	19	4	0.95
14441554--14441589	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
14467631--14467703	21	3.2	23	75	18	71	75	2	1	20	1.00
14467925--14467956	14	2.3	14	94	0	55	46	15	0	37	1.46
14473006--14473266	97	2.7	97	84	7	350	40	7	1	50	1.41
14474095--14474166	32	2.3	31	92	4	126	44	9	6	38	1.64
14474209--14474253	12	3.4	12	78	21	54	13	8	2	75	1.13
14476572--14476906	40	8.7	40	67	14	166	28	19	22	29	1.98
14476478--14476862	114	3.4	114	94	0	646	31	17	21	29	1.96
14476800--14476901	38	2.6	39	89	4	143	28	19	23	28	1.98
14476949--14477056	40	2.7	40	85	0	144	28	21	20	29	1.98
14476686--14477165	147	3.2	146	83	7	606	30	20	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14477580--14477691	7	15.7	7	77	7	73	20	0	34	44	1.52
14477580--14477691	50	2.2	50	80	0	116	20	0	34	44	1.52
14477531--14477690	14	11.2	14	73	8	81	23	0	30	45	1.57
14477599--14477671	29	2.6	28	82	6	76	19	0	35	45	1.51
14478665--14478698	16	2.1	16	94	0	59	35	0	35	29	1.58
14478828--14478869	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14479111--14479137	13	2.1	13	100	0	54	22	0	29	48	1.51
14484922--14485192	43	6.3	44	78	5	261	25	14	24	35	1.94
14484921--14485179	87	3.0	86	84	3	351	25	14	24	35	1.93
14484921--14485192	86	3.2	86	84	4	352	25	14	24	35	1.93
14488127--14488173	21	2.2	22	88	3	69	21	19	36	23	1.95
14497958--14498022	21	3.2	20	72	12	60	43	3	0	53	1.16
14498588--14498656	27	2.6	27	83	4	86	1	34	0	63	1.03
14498604--14498653	22	2.3	22	80	12	59	2	38	0	60	1.09
14498588--14498666	27	3.0	26	72	20	74	2	36	0	60	1.10
14499054--14499100	20	2.4	20	85	3	60	63	2	2	31	1.18
14499352--14499451	10	10.6	9	69	18	60	30	2	3	65	1.19
14499352--14499395	19	2.3	19	88	7	63	25	4	2	68	1.20
14506598--14506632	12	2.9	12	82	0	52	14	17	0	68	1.21
14516792--14517240	181	2.5	181	86	1	641	31	17	20	29	1.96
14517206--14517328	44	2.8	45	77	13	114	29	17	23	30	1.97
14517353--14517481	41	3.0	41	80	7	132	31	17	23	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14517597--14517754	44	3.6	44	77	5	126	27	20	22	30	1.98
14520276--14520333	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
14520289--14520365	19	3.8	19	87	6	100	40	16	6	36	1.75
14520875--14522028	132	8.8	132	96	0	2049	24	23	19	31	1.98
14521153--14521509	88	4.1	88	66	13	214	26	24	18	30	1.98
14522014--14522239	44	5.2	45	82	4	266	32	26	14	26	1.95
14527443--14527500	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
14527456--14527553	19	4.8	19	82	9	106	40	16	6	36	1.73
14527490--14527552	21	3.1	21	86	9	94	41	14	6	38	1.71
14533368--14533399	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205