genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  61  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18276895--18276930	17	2.1	17	90	10	56	36	2	13	47	1.58
18278411--18278441	15	2.1	15	93	0	53	41	0	16	41	1.48
18295434--18295619	42	4.5	41	78	6	160	40	17	22	19	1.91
18295468--18295622	84	1.9	83	84	4	213	40	16	23	19	1.91
18295962--18295996	15	2.3	15	90	0	52	51	14	25	8	1.70
18297892--18297917	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
18304725--18304815	31	2.9	30	76	15	96	61	1	2	35	1.15
18304750--18304826	18	4.7	17	74	18	74	61	0	2	36	1.10
18304743--18304784	9	4.7	9	80	11	50	64	0	0	35	0.94
18306491--18306566	37	2.0	38	97	2	145	30	18	13	38	1.89
18307617--18307648	16	2.0	16	93	0	55	6	18	28	46	1.73
18309118--18309185	29	2.4	29	85	2	102	36	2	1	58	1.22
18309134--18309170	17	2.1	19	90	10	60	40	2	2	54	1.29
18309129--18309219	40	2.3	40	86	3	121	38	3	1	57	1.23
18309147--18309243	40	2.4	40	94	3	169	32	2	0	64	1.05
18309114--18309250	69	2.0	69	84	2	177	34	2	0	62	1.12
18312184--18312260	27	2.9	27	77	9	68	28	25	10	35	1.89
18330575--18330665	11	8.5	11	71	17	57	36	2	0	61	1.08
18330567--18330654	41	2.2	39	95	4	158	34	2	0	63	1.07
18330586--18330650	31	2.1	31	83	8	80	32	3	0	64	1.09
18330625--18330664	21	1.9	21	84	0	53	35	2	0	62	1.09
18341256--18341302	13	3.4	14	80	11	51	25	6	2	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18341489--18341517	12	2.4	12	100	0	58	41	10	0	48	1.37
18341606--18341644	18	2.1	19	85	4	53	43	15	2	38	1.60
18345773--18345854	5	16.4	5	79	14	89	59	0	2	37	1.11
18345861--18345922	22	2.7	23	78	14	65	46	0	1	51	1.10
18345885--18345928	14	2.9	16	80	13	56	50	0	0	50	1.00
18345897--18345952	22	2.5	21	77	13	58	51	1	0	46	1.11
18345959--18346041	5	16.6	5	79	14	91	37	2	0	60	1.10
18346113--18346151	17	2.3	17	90	0	60	23	0	5	71	1.05
18348290--18348388	43	2.3	43	85	3	137	33	26	17	23	1.96
18354164--18354233	9	8.0	9	78	9	65	32	1	18	47	1.58
18354357--18354396	21	1.9	21	100	0	80	55	5	10	30	1.54
18355925--18355980	28	2.0	29	85	3	78	50	0	39	10	1.37
18356157--18356377	114	1.9	114	81	4	268	34	22	15	27	1.94
18356945--18357116	7	24.1	7	71	13	66	44	34	0	19	1.55
18357019--18357198	72	2.5	72	82	5	215	46	28	1	23	1.59
18356994--18357198	14	14.4	14	69	7	99	45	31	0	22	1.59
18357749--18357878	40	3.2	40	78	2	118	22	19	23	34	1.96
18358238--18358280	20	2.2	20	91	0	68	27	2	20	48	1.62
18358831--18358864	11	3.0	11	87	8	50	29	0	0	70	0.87
18358831--18358863	12	2.8	12	90	4	50	27	0	0	72	0.85
18360272--18360310	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
18360599--18360701	50	2.1	50	84	0	134	18	31	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18362115--18362153	19	2.0	20	90	5	62	30	10	0	58	1.31
18362070--18362187	60	2.0	60	86	6	168	38	8	0	52	1.32
18362115--18362154	20	2.0	20	85	9	55	32	10	0	57	1.32
18371453--18371500	19	2.5	19	89	0	69	20	20	27	31	1.98
18374807--18374831	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
18385940--18386077	66	2.1	66	86	2	188	16	22	18	42	1.89
18387065--18387154	45	2.0	45	95	0	162	47	13	6	32	1.68
18392075--18392146	27	2.9	24	72	11	72	50	2	4	43	1.36
18392234--18392276	5	8.2	5	85	10	59	44	0	0	55	0.99
18400715--18400747	11	3.0	11	90	0	57	18	0	24	57	1.40
18402152--18402247	37	2.6	38	86	3	140	30	37	15	16	1.90
18405108--18405150	19	2.3	18	80	11	50	67	2	9	20	1.30
18407201--18407345	3	48.0	3	98	1	281	33	0	0	66	0.92
18413410--18413560	50	3.0	50	70	7	153	29	20	23	25	1.99
18413427--18413594	50	3.4	50	74	0	174	31	20	23	23	1.98
18413588--18414035	132	3.4	132	94	0	736	28	20	24	26	1.99
18421763--18421829	22	2.9	22	80	6	62	37	22	25	14	1.93
18421786--18421868	25	3.3	25	91	3	123	39	22	21	15	1.91
18422169--18422202	11	3.2	11	87	4	52	20	2	0	76	0.92
18422698--18422729	12	2.6	13	85	14	50	40	25	0	34	1.56
18422906--18422931	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
18422991--18423025	5	6.8	5	87	6	52	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18422982--18423025	21	2.0	22	95	4	81	59	0	0	40	0.98
18423782--18423992	64	3.3	65	67	13	175	36	14	16	32	1.89
18423780--18424083	130	2.3	130	90	2	477	36	14	16	32	1.89
18427288--18427351	24	2.7	24	82	0	74	50	15	12	21	1.77
18428595--18428672	42	1.9	42	89	5	124	66	10	11	11	1.45
18431220--18431426	112	1.8	109	83	7	245	32	17	16	32	1.93
18434424--18434473	24	2.1	24	88	0	73	56	2	6	36	1.36
18434428--18434480	24	2.2	23	80	9	61	56	1	5	35	1.34
18437561--18437838	90	3.1	88	75	8	272	50	12	7	28	1.69
18457436--18457475	13	3.0	13	85	3	53	37	0	0	62	0.95
18457418--18457478	24	2.7	23	76	16	65	40	0	0	59	0.98
18458147--18458283	51	2.7	51	79	0	175	39	6	13	40	1.71
18461829--18461853	11	2.3	11	100	0	50	20	16	20	44	1.87
18464254--18464300	16	2.8	16	90	6	67	51	2	0	46	1.13
18464347--18464399	19	2.7	19	85	8	63	69	0	5	24	1.09
18466376--18466416	12	3.1	13	80	19	57	58	2	0	39	1.11
18470862--18470979	44	2.7	43	82	5	130	30	22	18	27	1.98
18470994--18471174	100	1.8	100	92	0	308	26	19	22	31	1.98
18471019--18471195	50	3.5	50	65	11	119	24	21	22	32	1.98
18471286--18471422	51	2.7	50	79	4	139	27	27	16	29	1.97
18471185--18471653	169	2.8	169	91	0	749	26	25	17	30	1.97
18471678--18471812	44	3.1	44	89	5	193	30	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18472406--18472430	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
18477964--18478100	51	2.7	50	79	4	139	27	27	16	29	1.97
18477863--18478331	169	2.8	169	91	0	749	26	25	17	30	1.97
18478356--18478490	44	3.1	44	89	5	193	30	23	17	28	1.97
18479084--18479108	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
18491695--18491721	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
18494504--18494544	16	2.3	18	80	12	50	58	0	2	39	1.11
18494889--18494960	26	2.8	26	77	8	74	56	5	0	37	1.22
18495167--18495201	18	1.9	18	94	0	61	74	0	0	25	0.82
18505814--18506031	46	4.8	46	82	4	253	27	17	22	31	1.97
18505818--18506028	92	2.3	90	87	1	287	27	17	22	32	1.96
18513176--18513221	15	3.1	15	83	0	56	82	2	2	13	0.85
18517048--18517094	24	2.0	24	83	8	60	25	2	2	70	1.10
18517552--18517598	22	2.2	20	82	10	58	55	0	0	44	0.99
18519612--18519691	3	26.7	3	86	9	110	65	1	2	31	1.14
18528645--18528970	43	7.6	43	78	7	288	32	23	19	24	1.97
18528645--18528970	129	2.5	129	79	4	331	32	23	19	24	1.97
18531701--18531726	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
18537311--18537406	30	3.3	29	69	16	72	23	20	21	33	1.97
18553901--18553953	26	2.0	26	85	0	70	39	24	16	18	1.91
18554147--18554532	27	14.3	26	80	9	359	18	18	19	43	1.88
18554148--18554532	54	7.1	54	84	2	429	18	18	19	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18554148--18554532	81	4.8	81	84	2	463	18	18	19	43	1.88
18561499--18561581	30	2.9	28	82	7	87	27	20	25	26	1.99
18561707--18561782	26	2.9	26	88	0	98	38	22	21	18	1.94
18562014--18562336	27	12.0	27	82	4	357	18	20	17	43	1.88
18561975--18562336	54	6.7	54	80	6	342	19	19	17	43	1.89
18563023--18563048	13	2.0	13	100	0	52	69	0	23	7	1.14
18574875--18574907	16	1.9	18	88	11	52	9	3	27	60	1.42
18576801--18576852	22	2.4	22	84	9	70	28	17	23	30	1.97
18582687--18582711	6	4.2	6	100	0	50	68	0	16	16	1.22
18584027--18584092	33	2.0	33	82	11	82	25	22	24	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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