genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  82  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24358657--24358725	35	2.0	35	97	0	129	20	24	20	34	1.96
24361695--24361737	22	2.0	22	90	9	70	18	34	0	46	1.50
24361863--24362144	140	2.0	141	98	0	548	35	14	15	33	1.89
24367508--24367588	41	2.0	41	95	0	144	17	27	14	40	1.88
24368633--24368825	98	2.0	98	93	0	332	36	25	10	27	1.88
24369087--24369111	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
24370603--24370635	14	2.4	14	100	0	66	18	18	30	33	1.94
24376655--24376955	150	2.0	150	97	0	566	40	20	7	31	1.80
24378789--24378899	42	2.6	44	78	8	122	27	30	20	21	1.98
24378795--24378899	44	2.5	42	82	6	122	27	29	20	21	1.98
24380477--24380513	17	2.1	18	90	5	58	13	43	29	13	1.82
24384395--24384443	24	2.0	24	100	0	98	34	20	16	28	1.94
24386213--24386264	20	2.8	18	72	16	52	59	1	3	34	1.27
24389099--24389146	17	2.5	20	83	12	66	60	0	0	39	0.97
24389634--24389666	15	2.2	15	100	0	66	57	6	6	30	1.47
24389878--24389924	16	3.1	16	72	9	53	51	0	0	48	1.00
24390730--24390769	21	1.9	21	85	10	55	35	0	10	55	1.34
24394082--24394147	29	2.2	29	82	12	73	28	15	7	48	1.72
24398607--24398696	6	15.0	6	91	0	135	27	0	21	51	1.48
24399094--24399160	34	1.9	35	84	3	91	31	10	14	43	1.80
24399800--24399849	26	1.9	25	84	15	66	52	10	4	34	1.54
24401039--24401084	24	1.9	24	95	0	83	34	0	10	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24403615--24404181	125	4.5	123	86	4	762	31	16	21	29	1.96
24403615--24404181	250	2.3	250	91	0	909	31	16	21	29	1.96
24405260--24405313	15	3.7	15	70	25	53	22	0	35	42	1.54
24405196--24405319	27	4.2	27	78	17	140	23	0	37	39	1.55
24405195--24405291	21	4.6	23	72	19	70	24	0	37	38	1.56
24405286--24405329	22	2.0	21	83	12	54	25	2	31	40	1.68
24406738--24406775	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
24407696--24407795	51	2.0	50	84	7	130	46	1	27	26	1.60
24408855--24408888	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
24412340--24412372	16	2.1	16	100	0	66	18	6	39	36	1.75
24412458--24412493	18	2.0	18	100	0	72	33	5	0	61	1.19
24412820--24412856	8	4.6	8	96	0	65	64	0	2	32	1.07
24437874--24437905	15	2.1	15	94	0	55	12	50	0	37	1.41
24437874--24437905	7	4.2	8	88	11	50	12	50	0	37	1.41
24447581--24447822	26	9.2	26	75	13	192	25	17	17	40	1.91
24447581--24447792	80	2.7	78	79	10	232	25	16	17	40	1.90
24447581--24447818	80	3.0	78	72	14	200	25	16	17	40	1.90
24447581--24447822	106	2.3	105	82	5	292	25	17	17	40	1.91
24448316--24448363	23	2.1	23	84	7	62	47	10	31	10	1.71
24455703--24455756	29	2.0	26	82	10	63	29	20	29	20	1.98
24455921--24456148	26	8.7	26	76	11	187	23	17	18	40	1.91
24455921--24456148	53	4.3	52	77	10	232	23	17	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24455921--24456148	105	2.2	105	86	3	316	23	17	18	40	1.91
24460675--24460884	42	5.0	41	74	11	183	39	24	15	20	1.91
24460676--24460884	84	2.5	84	90	1	312	39	24	14	21	1.91
24460891--24461077	51	3.7	51	80	5	209	30	27	17	25	1.97
24460889--24461073	101	1.8	101	87	3	273	30	27	17	24	1.97
24474982--24475043	26	2.4	26	91	0	97	33	11	14	40	1.82
24483044--24483154	47	2.4	47	81	14	131	45	20	12	20	1.83
24485907--24485942	15	2.4	15	90	0	54	30	16	19	33	1.94
24486519--24486626	33	3.2	33	88	3	146	38	37	9	14	1.79
24488999--24489049	5	10.2	5	76	6	50	72	5	1	19	1.15
24489005--24489049	10	4.6	10	94	2	74	73	6	2	17	1.15
24495823--24495865	17	2.5	17	96	0	77	30	32	11	25	1.91
24496370--24496481	25	4.5	24	73	13	77	35	22	25	16	1.95
24496410--24496493	25	3.4	24	79	9	62	40	21	22	15	1.91
24503308--24503370	28	2.2	28	86	5	83	26	25	23	23	2.00
24503373--24503429	28	2.0	28	82	0	69	33	22	19	24	1.97
24503760--24503886	27	4.7	27	76	7	125	19	19	17	43	1.88
24503781--24503902	27	4.6	27	79	6	113	18	18	14	47	1.82
24503792--24503893	53	1.9	53	85	0	141	18	18	15	47	1.83
24506539--24506613	24	3.0	24	84	7	80	38	21	28	12	1.89
24506539--24506613	25	3.0	25	84	3	89	38	21	28	12	1.89
24506594--24506656	24	2.6	24	74	20	60	34	20	25	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24506550--24506656	25	4.4	25	75	15	73	37	21	26	14	1.92
24513697--24513738	20	2.2	19	87	12	59	28	2	7	61	1.35
24513696--24513765	27	2.5	26	78	17	70	27	1	7	64	1.28
24520383--24520417	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24520270--24520586	157	2.0	157	95	0	571	45	3	4	47	1.37
24520520--24520561	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24520529--24520570	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24520555--24520742	61	3.1	61	69	17	201	48	6	1	43	1.38
24520523--24520815	120	2.4	121	95	1	527	50	4	2	42	1.36
24520639--24520690	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24520831--24521038	91	2.3	91	87	4	276	47	3	3	45	1.39
24523351--24523376	13	2.0	13	100	0	52	61	7	30	0	1.24
24526964--24526995	12	2.7	12	95	0	55	50	6	31	12	1.65
24527782--24527979	64	3.0	63	70	13	177	36	16	15	31	1.90
24527756--24527962	67	3.1	65	70	12	188	36	17	15	30	1.91
24527885--24528088	95	2.1	95	85	1	275	39	16	13	30	1.87
24528013--24528224	64	3.3	63	70	13	178	39	13	13	33	1.84
24527691--24528221	226	2.3	226	85	1	704	37	15	14	32	1.88
24528013--24528313	131	2.3	131	89	0	449	37	13	14	33	1.86
24529408--24529436	15	2.0	15	93	6	51	41	13	6	37	1.72
24534411--24534455	15	2.8	17	80	19	60	26	0	4	68	1.08
24534555--24534581	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24537128--24537155	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
24539242--24539276	17	2.1	17	100	0	70	22	11	37	28	1.89
24545431--24545548	41	2.9	41	84	0	155	21	27	14	37	1.92
24545912--24546041	66	2.0	66	85	0	179	23	23	22	30	1.99
24553798--24553960	41	4.0	40	80	4	173	20	30	15	34	1.93
24556213--24556238	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
24558706--24558743	20	1.9	19	85	15	51	47	7	2	42	1.46
24558705--24558746	19	2.2	19	79	12	50	52	7	2	38	1.42
24560817--24560850	2	17.0	2	93	0	59	47	2	0	50	1.16
24561255--24561292	7	5.4	7	87	0	58	31	28	13	26	1.93
24561221--24561292	21	3.5	21	76	14	69	31	31	12	23	1.92
24566043--24566108	27	2.4	27	94	0	114	60	4	28	6	1.40
24567748--24567823	33	2.3	32	86	2	98	21	34	26	18	1.96
24568458--24568494	5	7.6	5	88	11	51	83	0	0	16	0.64
24569366--24569406	20	2.0	20	100	0	82	17	9	19	53	1.70
24594625--24594656	16	2.0	16	93	0	55	46	18	15	18	1.84
24599362--24599633	41	6.6	41	83	1	330	18	29	18	33	1.95
24599513--24599619	21	5.2	21	71	8	94	18	30	16	33	1.94
24600665--24600710	22	2.1	22	88	8	67	41	2	0	56	1.11
24603675--24603724	25	2.0	25	100	0	100	36	12	16	36	1.85
24605179--24605223	10	4.6	9	86	13	54	44	2	0	53	1.13
24607771--24607806	17	2.1	18	89	5	56	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24608688--24608714	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
24617083--24617116	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
24617834--24617868	17	2.0	18	88	5	54	28	5	2	62	1.32
24619572--24619813	27	9.0	26	78	8	211	21	16	19	42	1.89
24619572--24619813	54	4.5	53	81	6	249	21	16	19	42	1.89
24619575--24619813	107	2.2	107	87	3	329	21	15	19	43	1.88
24619575--24619804	80	2.8	80	83	3	257	22	16	18	43	1.88
24628660--24628749	25	3.6	25	80	5	94	23	22	20	34	1.97
24632824--24632848	13	1.9	13	100	0	50	40	4	24	32	1.73
24639148--24639172	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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