genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26025061--26025227	86	2.0	84	86	5	237	24	16	29	29	1.97
26028227--26028405	95	1.9	95	82	0	223	32	16	23	27	1.96
26030548--26030678	50	2.6	51	78	14	146	23	18	25	32	1.97
26032331--26032378	12	3.9	12	97	2	87	81	2	0	16	0.79
26032421--26032457	15	2.5	15	90	0	56	72	0	5	21	1.04
26035651--26035739	45	2.0	45	93	0	151	24	16	24	33	1.96
26040710--26040856	65	2.3	65	91	2	242	42	28	10	18	1.83
26043073--26043105	4	8.2	4	100	0	66	75	24	0	0	0.80
26045176--26045224	22	2.2	22	78	7	55	36	4	16	42	1.67
26046875--26046932	27	2.1	27	96	0	107	20	37	3	37	1.70
26048655--26048689	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
26053274--26053368	28	3.4	28	72	10	79	65	1	5	28	1.21
26053282--26053333	18	2.8	19	75	16	54	69	1	3	25	1.16
26053282--26053374	37	2.5	38	79	10	102	65	1	6	26	1.23
26053300--26053402	53	1.9	54	88	4	154	63	0	6	29	1.27
26053640--26053701	26	2.4	27	81	5	65	25	1	3	69	1.13
26053705--26053759	28	2.0	28	85	7	76	38	1	1	58	1.20
26068648--26068698	21	2.4	21	80	0	66	74	0	1	23	0.92
26069683--26069729	25	1.9	24	82	4	58	38	0	34	27	1.57
26072603--26072634	7	4.6	7	100	0	64	28	12	43	15	1.83
26072594--26072634	21	2.0	21	90	0	64	29	9	43	17	1.80
26076340--26076381	21	2.0	21	81	9	50	73	2	16	7	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26079099--26079130	14	2.4	14	90	10	50	65	0	6	28	1.16
26079907--26079968	31	2.0	31	83	0	79	24	12	29	33	1.92
26080006--26080105	41	2.5	41	81	1	112	21	13	31	35	1.91
26080520--26080615	7	13.7	7	73	7	70	23	1	26	48	1.57
26080456--26080624	14	11.9	14	73	9	92	27	1	24	46	1.60
26080609--26080668	21	2.9	21	75	9	61	21	0	43	35	1.53
26080781--26080835	16	3.5	16	80	14	69	47	0	0	52	1.00
26080788--26080844	16	3.5	16	92	7	89	50	1	0	47	1.11
26080788--26080851	16	3.9	15	78	15	56	50	1	1	46	1.20
26080363--26081270	502	1.8	480	84	7	1207	34	1	17	46	1.60
26084605--26084665	27	2.3	27	100	0	122	26	31	22	19	1.98
26086685--26086733	21	2.3	22	82	10	57	38	6	14	40	1.71
26088147--26088217	21	3.5	21	77	11	76	64	1	1	32	1.11
26088170--26088297	11	13.0	10	69	18	72	62	0	0	35	1.06
26088173--26088229	30	1.9	30	88	0	87	63	1	1	33	1.15
26088146--26088297	40	3.8	39	83	7	191	62	0	1	35	1.08
26088262--26088306	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
26088828--26089228	93	4.3	93	99	0	784	21	29	11	37	1.89
26089176--26089331	78	2.0	78	98	0	303	16	35	9	38	1.81
26090671--26090698	10	2.8	10	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26092244--26092284	20	2.0	20	85	0	55	39	14	12	34	1.84
26093432--26093503	12	6.3	11	75	10	56	62	2	5	29	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26093711--26093749	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
26093943--26094017	19	3.8	19	87	6	105	37	16	9	37	1.80
26093954--26094016	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
26093946--26094027	19	4.3	18	86	8	67	37	15	10	35	1.83
26098170--26098371	43	4.7	43	88	4	282	25	30	16	27	1.97
26099590--26099735	73	2.0	73	97	0	274	32	19	14	33	1.92
26102948--26103002	24	2.3	23	87	3	83	60	1	0	38	1.08
26103122--26103162	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
26103101--26103178	22	3.6	22	72	8	72	38	34	0	26	1.57
26103535--26103671	41	3.3	41	86	4	179	30	31	19	18	1.96
26104455--26104553	39	2.5	39	80	3	110	44	23	6	26	1.76
26117692--26117739	6	8.5	6	77	13	57	29	0	2	68	1.01
26117694--26117736	21	2.0	21	90	0	68	32	0	2	65	1.06
26119393--26119429	16	2.3	16	95	0	65	40	5	8	45	1.56
26126931--26127021	16	5.5	16	75	10	85	15	4	3	76	1.07
26126936--26127024	6	15.7	6	74	15	64	15	4	3	76	1.08
26129920--26129964	20	2.2	20	84	7	56	68	11	0	20	1.19
26136734--26136764	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
26136818--26136863	19	2.3	20	85	10	60	58	0	0	41	0.98
26137704--26137748	23	2.0	23	100	0	90	57	17	0	24	1.40
26142454--26142493	14	2.9	14	96	0	71	60	2	0	37	1.11
26143436--26143516	25	3.3	25	67	19	80	44	9	8	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26143425--26143522	48	2.0	48	100	0	196	41	10	10	37	1.73
26144035--26144082	20	2.5	19	86	6	62	45	2	0	52	1.12
26144354--26144388	16	2.2	17	90	10	56	71	0	0	28	0.86
26148972--26149005	13	2.5	13	85	4	50	17	8	2	70	1.25
26149963--26150027	22	2.8	22	86	6	85	72	9	1	16	1.18
26149983--26150048	28	2.2	29	78	7	71	68	10	4	16	1.35
26152826--26152905	3	26.7	3	71	9	56	30	5	5	60	1.40
26156876--26156942	17	3.7	17	74	22	57	17	5	5	70	1.29
26156868--26156909	22	2.0	21	85	4	57	19	2	4	73	1.12
26163247--26163297	15	3.4	15	83	0	57	31	3	1	62	1.24
26163260--26163356	3	32.3	3	70	8	63	29	5	4	60	1.37
26163731--26163796	17	3.6	17	73	22	55	18	6	6	69	1.30
26164714--26164814	30	3.4	30	80	10	100	59	6	5	27	1.47
26164798--26164827	6	5.0	6	95	0	51	50	0	13	36	1.42
26171505--26171769	43	6.2	43	81	5	277	32	24	16	27	1.96
26171493--26171769	129	2.2	128	83	5	328	32	23	16	27	1.96
26173724--26174154	215	2.0	215	100	0	862	43	13	7	34	1.74
26177852--26178082	9	24.0	9	68	16	90	33	2	17	46	1.61
26177856--26177960	51	2.1	51	98	0	201	34	0	19	46	1.50
26180099--26180146	14	3.4	14	77	5	60	47	27	0	25	1.52
26180078--26180146	29	2.4	29	87	4	95	49	28	0	21	1.50
26180107--26180148	22	1.9	22	85	0	57	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26180382--26180551	84	2.0	84	90	0	268	32	17	19	30	1.94
26180483--26180674	101	1.9	101	86	0	276	29	16	19	34	1.94
26180598--26180823	124	1.8	124	83	1	301	34	15	15	34	1.89
26180598--26180838	123	2.0	124	82	4	299	34	15	15	34	1.89
26185010--26185040	15	2.1	15	100	0	62	25	6	12	54	1.62
26185324--26185448	43	2.9	43	83	1	144	29	18	24	28	1.98
26185341--26185466	43	2.9	43	83	1	144	31	19	22	26	1.97
26189929--26189957	14	2.1	14	100	0	58	31	34	0	34	1.58
26194402--26194466	33	2.0	33	81	0	76	35	4	38	21	1.74
26194953--26194991	5	7.2	5	86	13	51	74	0	0	25	0.82
26194955--26194991	17	2.1	18	90	5	58	75	0	0	24	0.80
26199860--26199916	27	2.1	27	84	9	73	33	24	24	17	1.96
26200107--26200166	26	2.3	26	85	0	75	25	15	21	38	1.92
26200524--26200850	170	1.9	172	87	2	480	34	23	12	29	1.91
26205759--26205794	17	2.1	17	94	0	63	75	0	0	25	0.81
26205734--26205794	23	2.8	22	78	7	70	68	1	3	26	1.14
26210798--26210893	28	3.2	28	68	13	66	29	23	21	25	1.99
26211225--26211337	26	4.3	25	81	9	93	24	13	19	42	1.87
26211263--26211337	26	2.9	26	90	4	107	25	13	18	42	1.87
26212194--26212240	23	2.1	21	84	7	58	74	8	8	8	1.22
26218121--26218196	33	2.5	28	75	18	80	31	21	21	26	1.98
26218586--26218698	26	4.3	26	85	4	138	23	14	22	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26221208--26221431	79	2.8	78	82	9	256	25	26	22	25	2.00
26221208--26221431	39	5.7	40	85	8	257	25	26	22	25	2.00
26226109--26226176	35	1.9	35	96	0	127	33	5	11	48	1.64
26226302--26226938	59	10.8	59	89	1	857	43	4	5	45	1.48
26226333--26226888	32	18.8	31	63	18	154	43	4	5	46	1.47
26226535--26226572	19	2.0	20	89	5	60	52	5	0	42	1.24
26226653--26226690	19	2.0	20	89	5	60	47	5	7	39	1.55
26229172--26229222	24	2.2	24	96	3	95	0	11	17	70	1.16
26229339--26229466	25	5.1	25	81	3	150	27	17	35	19	1.94
26229985--26230011	7	3.9	7	100	0	54	11	14	14	59	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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