genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  42  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12599999--12600072	26	2.8	28	80	10	75	20	18	22	37	1.94
12600183--12600248	28	2.4	28	92	5	107	24	24	24	27	2.00
12600180--12600256	28	2.5	33	75	22	101	24	22	23	29	1.99
12606100--12606134	18	1.9	18	100	0	70	28	28	17	25	1.97
12617125--12617152	14	2.0	14	100	0	56	28	28	7	35	1.84
12626501--12626553	21	2.5	21	84	0	70	67	5	5	20	1.32
12626598--12626704	51	2.1	51	83	10	130	74	2	1	20	1.03
12626607--12626702	14	7.2	13	71	14	79	76	3	2	18	1.03
12626639--12626704	24	3.0	22	75	22	66	77	1	1	19	0.93
12632104--12632148	17	2.6	17	85	3	54	20	0	2	77	0.87
12637486--12637529	18	2.4	18	88	0	70	31	29	25	13	1.94
12638859--12638884	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
12640586--12640639	9	6.1	9	77	14	51	33	1	1	62	1.16
12640750--12640855	9	12.1	9	67	18	55	37	0	0	60	1.10
12640739--12640800	17	3.8	17	76	16	51	35	1	1	61	1.16
12640754--12640830	16	4.7	16	72	8	57	38	1	1	58	1.15
12640845--12640879	18	1.9	18	88	0	52	31	17	2	48	1.61
12640919--12640980	20	3.4	20	75	18	64	30	4	0	64	1.14
12641852--12641893	19	2.2	19	95	0	75	76	0	7	16	1.00
12648362--12648414	19	2.8	18	85	5	70	39	0	7	52	1.30
12650846--12650894	20	2.5	20	96	0	89	44	12	16	26	1.82
12668137--12668176	21	1.9	21	100	0	80	20	10	27	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12668730--12668816	28	3.1	28	93	0	138	32	26	20	20	1.97
12669016--12669081	22	3.0	22	72	16	73	46	24	18	10	1.80
12669246--12669336	27	3.4	26	76	11	94	20	16	17	45	1.86
12669301--12669415	27	4.3	27	78	0	113	21	15	17	45	1.85
12669301--12669415	54	2.1	54	83	0	140	21	15	17	45	1.85
12671372--12671413	21	2.0	21	90	0	66	16	16	28	38	1.91
12671928--12671993	28	2.4	28	92	0	105	30	25	22	21	1.99
12672406--12672460	27	2.1	26	87	12	78	20	20	20	40	1.92
12672421--12672726	27	11.3	27	81	3	269	17	18	19	44	1.87
12672421--12672727	81	3.8	80	79	7	298	17	18	19	44	1.87
12672449--12672727	80	3.4	80	80	8	246	17	18	19	44	1.87
12679321--12679363	19	2.1	21	87	8	63	37	9	0	53	1.33
12686873--12687081	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
12687009--12687056	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
12687098--12687145	18	2.7	20	82	17	54	47	4	0	47	1.21
12687111--12687405	91	3.2	91	100	0	590	40	2	9	48	1.46
12687528--12687562	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
12687644--12687748	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
12687642--12687762	45	2.8	42	80	9	131	33	29	6	30	1.83
12688942--12689043	39	2.6	39	93	0	168	16	19	25	38	1.92
12689077--12689120	21	2.0	21	86	8	61	61	9	13	15	1.56
12696450--12696488	5	7.8	5	91	0	60	0	2	12	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12697084--12697108	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
12698969--12699011	21	2.0	23	82	17	56	46	9	9	34	1.68
12703253--12703456	39	5.2	39	69	10	137	44	15	5	34	1.70
12703208--12703456	79	3.2	79	86	1	331	45	14	5	34	1.67
12703286--12703404	40	3.0	40	73	11	127	46	17	4	31	1.67
12703209--12703428	39	5.6	39	69	13	137	44	14	5	35	1.68
12703489--12703543	23	2.4	23	82	11	60	52	0	3	43	1.18
12707512--12707673	51	3.2	51	97	0	297	32	14	22	30	1.94
12712167--12712392	39	5.8	38	73	11	197	42	15	7	34	1.77
12712122--12712380	78	3.3	78	87	2	358	42	15	7	34	1.75
12712410--12712451	22	2.0	22	90	4	68	57	0	0	42	0.99
12724208--12724264	24	2.3	25	83	16	75	45	0	1	52	1.11
12729719--12729762	13	3.5	13	78	12	56	70	0	2	27	0.99
12733899--12733952	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
12733876--12733952	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
12734009--12734057	25	2.0	25	95	0	89	26	22	32	18	1.97
12734573--12735118	217	2.5	217	94	0	932	25	23	21	28	1.99
12734803--12735338	173	3.1	173	80	7	683	27	22	21	29	1.99
12734883--12735387	89	5.8	87	71	13	301	26	22	21	29	1.99
12735007--12735247	129	1.9	129	84	1	331	25	22	21	29	1.99
12734528--12735511	44	22.7	44	68	15	356	26	22	21	29	1.99
12734883--12735410	173	3.1	173	78	6	663	26	22	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12734883--12735469	173	3.4	172	77	6	628	26	21	21	30	1.98
12734790--12735511	346	2.1	346	87	1	1054	26	22	21	30	1.99
12735098--12735526	217	2.0	218	87	1	628	27	21	20	30	1.98
12735880--12735998	44	2.7	44	82	10	145	29	25	18	26	1.98
12735998--12736575	88	6.6	88	89	0	859	21	24	26	27	1.99
12736059--12736288	43	5.3	43	65	10	133	20	26	26	26	1.99
12737775--12737820	23	2.0	23	82	0	56	2	23	0	73	0.94
12737904--12737936	14	2.3	15	89	5	50	27	30	12	30	1.92
12738743--12738803	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
12742175--12742228	3	17.0	3	77	11	54	74	0	0	25	0.83
12742175--12742226	6	8.0	7	93	6	76	75	0	0	25	0.81
12742256--12742299	23	1.9	23	90	0	70	61	0	0	38	0.96
12742255--12742305	23	2.2	22	83	10	66	60	1	0	37	1.08
12742900--12742953	3	17.0	3	77	11	54	74	0	0	25	0.83
12742900--12742951	6	8.0	7	93	6	76	75	0	0	25	0.81
12743427--12743480	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
12743404--12743480	38	1.9	40	87	10	113	38	16	7	36	1.78
12745336--12745379	23	1.9	23	85	0	61	31	0	2	65	1.05
12749236--12749266	12	2.6	12	94	0	53	3	16	3	77	1.03
12762714--12763038	87	3.7	87	89	0	445	33	23	21	21	1.97
12763615--12763650	12	3.1	12	88	4	56	5	13	2	77	1.05
12767532--12767592	25	2.4	25	80	0	68	27	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12776327--12776381	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
12776675--12776715	3	13.3	3	89	5	64	65	0	0	34	0.93
12776678--12776715	19	2.0	19	94	0	67	65	0	0	34	0.93
12777562--12777630	35	2.0	35	100	0	138	20	11	50	17	1.76
12778680--12778712	12	2.8	12	86	4	50	57	0	0	42	0.98
12782534--12782570	14	2.5	15	84	16	51	35	0	2	62	1.10
12782618--12782665	8	6.1	8	92	2	80	62	0	12	25	1.30
12784561--12784610	26	2.0	25	84	7	66	60	0	12	28	1.32
12790929--12790957	14	2.1	14	100	0	58	41	34	0	24	1.55
12791774--12791818	22	1.9	24	86	13	67	31	0	2	66	1.04
12791780--12791829	16	3.1	15	81	18	57	30	0	4	66	1.10
12793277--12793496	87	2.5	87	81	2	253	35	17	20	25	1.95
12794620--12794889	42	6.4	42	87	4	400	35	20	20	23	1.96
12794620--12794890	84	3.2	84	93	2	454	35	20	20	23	1.96
12794620--12794889	127	2.1	126	88	3	400	35	20	20	23	1.96
12794962--12795015	21	2.6	21	85	5	65	3	44	20	31	1.69
12796313--12796357	21	2.1	21	95	0	81	37	11	8	42	1.72
12796840--12796879	19	2.1	19	100	0	80	25	30	30	15	1.95
12797393--12797459	25	2.7	25	85	0	80	22	19	37	20	1.95
12797853--12797966	41	2.8	41	84	1	129	31	19	15	33	1.93
12797892--12797970	41	1.9	41	92	0	131	31	18	13	35	1.91
12806688--12807676	112	8.8	112	98	0	1906	26	30	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12807641--12807757	40	2.9	40	92	0	189	20	29	15	34	1.93
12828395--12828796	31	13.1	30	71	10	249	42	21	7	28	1.81
12828395--12828796	93	4.4	92	76	6	377	42	21	7	28	1.81
12828379--12828795	184	2.3	184	92	0	708	42	21	7	27	1.80
12828776--12828815	20	2.0	20	85	0	53	50	22	0	27	1.50
12833033--12833095	28	2.1	31	85	11	87	33	4	3	58	1.35
12833152--12833213	21	2.9	21	72	16	56	32	4	0	62	1.16
12833144--12833200	29	2.0	29	85	0	78	31	5	0	63	1.17
12836432--12836460	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
12836884--12836914	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205