genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18870131--18870158	12	2.3	12	100	0	56	35	14	0	50	1.43
18883245--18883303	28	2.2	26	77	16	66	54	8	22	15	1.68
18890957--18890996	21	2.0	20	85	5	53	17	2	20	60	1.48
18903156--18903226	37	1.9	37	94	0	124	42	2	15	39	1.62
18906259--18906397	42	3.3	42	76	6	104	45	15	18	20	1.85
18916672--18916814	21	6.9	21	70	7	85	43	16	21	18	1.88
18916670--18916819	42	3.6	42	77	6	144	44	16	20	18	1.87
18924378--18924451	37	2.0	37	91	0	121	21	6	8	63	1.45
18924559--18924599	19	2.2	19	90	0	64	73	2	2	21	1.07
18925404--18925445	21	2.0	22	90	4	68	35	2	4	57	1.33
18932346--18932374	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
18933301--18933383	25	3.3	25	91	3	123	15	21	22	39	1.91
18935616--18935812	109	1.8	109	97	0	376	35	21	8	35	1.83
18938165--18938281	35	3.3	35	85	1	144	41	30	11	16	1.83
18952450--18952509	31	1.9	32	82	3	77	55	5	20	20	1.62
18954828--18954917	28	3.2	28	82	1	99	30	23	20	26	1.98
18955278--18955598	27	11.9	27	82	2	349	17	18	20	43	1.88
18955278--18955598	81	4.0	81	83	1	385	17	18	20	43	1.88
18957528--18957573	22	2.1	22	95	0	83	21	41	2	34	1.66
18969062--18969107	20	2.3	19	82	17	58	23	21	0	54	1.45
18970798--18970822	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18973117--18973251	31	4.4	31	71	11	98	44	17	10	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18973278--18973423	31	4.7	31	75	16	142	42	17	6	33	1.74
18973258--18973479	92	2.4	92	91	0	356	42	18	6	32	1.76
18976390--18976524	29	4.7	29	81	0	144	26	14	22	35	1.93
18976390--18976524	58	2.3	58	81	0	162	26	14	22	35	1.93
18978880--18978913	16	2.1	16	88	0	50	52	0	23	23	1.47
18980734--18980763	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
18988251--18988288	19	2.0	19	100	0	76	42	26	0	31	1.56
18989280--18989348	27	2.6	27	88	0	93	26	26	10	37	1.88
18992339--18992372	17	1.9	17	88	5	50	44	5	5	44	1.52
18992919--18992971	24	2.2	24	80	9	65	52	5	7	33	1.53
19012625--19012651	10	2.7	10	100	0	54	44	29	18	7	1.77
19013485--19013525	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
19023024--19023058	15	2.3	15	95	0	61	60	25	2	11	1.45
19024555--19024579	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
19029084--19029129	22	2.1	22	84	8	58	63	2	32	2	1.19
19035082--19035143	24	2.5	24	81	2	70	33	8	20	37	1.83
19035614--19035640	14	1.9	14	100	0	54	11	0	22	66	1.22
19037337--19037367	16	1.9	16	93	0	53	38	35	6	19	1.77
19040969--19041003	18	1.9	18	88	0	52	45	28	0	25	1.54
19041009--19041049	8	5.2	8	91	2	57	53	9	2	34	1.47
19045320--19045379	23	2.5	24	86	5	77	43	5	6	45	1.52
19049082--19049114	16	1.9	18	88	11	52	36	0	9	54	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19052884--19052911	12	2.3	12	100	0	56	46	0	0	53	1.00
19052909--19053014	39	2.7	39	86	5	169	32	24	16	26	1.97
19052994--19053113	39	3.1	37	74	9	107	36	15	16	30	1.91
19063241--19063383	44	3.2	45	77	9	109	32	23	16	27	1.96
19063266--19063571	44	6.8	44	75	8	206	28	21	19	30	1.98
19063306--19063478	93	1.9	91	81	10	212	27	24	19	28	1.98
19063305--19063676	139	2.6	139	84	9	423	26	21	19	32	1.97
19063591--19063616	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
19063606--19063722	46	2.5	46	97	0	216	28	17	19	35	1.94
19066883--19066929	22	2.2	21	85	7	60	27	4	8	59	1.45
19069750--19069777	6	4.7	6	100	0	56	64	35	0	0	0.94
19074557--19074599	22	2.0	21	82	13	52	41	0	0	58	0.98
19076050--19076097	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
19080841--19080882	9	4.8	9	91	5	68	78	0	7	14	0.95
19089398--19089427	15	2.0	15	93	0	51	50	36	0	13	1.42
19089920--19089960	19	2.2	19	86	8	57	4	9	0	85	0.73
19089929--19089962	14	2.4	14	86	13	52	5	8	0	85	0.75
19093010--19093101	2	46.5	2	74	6	62	41	6	0	52	1.27
19093010--19093101	26	3.5	25	78	15	105	41	6	0	52	1.27
19095581--19095697	50	2.3	50	82	2	137	24	15	23	36	1.93
19095717--19095988	44	6.2	45	74	6	137	26	25	20	27	1.99
19096126--19096260	44	3.1	44	81	4	164	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19096253--19096791	88	6.1	88	87	0	702	24	25	23	25	2.00
19096301--19096422	45	2.8	44	71	13	101	29	28	20	21	1.98
19098045--19098082	13	2.8	13	92	4	58	10	21	0	68	1.19
19098033--19098093	7	8.1	8	78	17	53	13	21	1	63	1.37
19102036--19102075	15	2.7	15	84	7	55	15	2	5	77	1.04
19103668--19103698	16	1.9	16	93	0	53	25	6	9	58	1.54
19113247--19113376	38	3.1	38	69	24	118	47	1	2	48	1.23
19115363--19115469	53	2.0	53	100	0	214	30	20	16	31	1.95
19118838--19118886	24	2.0	24	100	0	98	24	0	51	24	1.49
19124199--19124668	123	3.8	123	72	13	444	25	23	20	31	1.98
19124341--19124464	43	2.9	43	97	0	230	24	23	20	31	1.98
19124218--19124544	166	2.0	166	93	1	566	24	23	20	31	1.98
19124261--19124624	80	4.5	80	77	11	371	25	23	19	31	1.98
19125879--19125942	7	9.4	7	80	19	82	15	15	0	68	1.21
19125888--19125938	13	3.8	13	97	2	93	13	13	0	72	1.12
19125889--19125930	6	6.7	6	89	10	66	14	14	0	71	1.15
19126908--19126947	21	1.9	21	89	0	62	10	2	7	80	1.00
19132726--19132812	41	2.1	41	100	0	174	42	9	16	32	1.79
19133813--19133879	25	2.7	25	90	0	107	23	23	25	26	2.00
19135674--19135713	19	2.1	19	100	0	80	32	0	15	52	1.43
19137580--19137604	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
19139447--19139471	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19140700--19140763	25	2.6	24	82	4	83	56	12	3	28	1.51
19140803--19141149	145	2.4	146	81	4	405	43	8	8	38	1.68
19143124--19143753	236	2.7	231	81	6	665	31	16	21	30	1.95
19148794--19148831	20	1.9	19	89	5	58	52	7	5	34	1.53
19150226--19150278	27	2.0	27	81	7	63	22	5	24	47	1.73
19150585--19150625	20	2.0	20	100	0	82	14	29	19	36	1.92
19150806--19150848	22	2.0	22	95	0	77	30	37	4	27	1.77
19150828--19151204	142	2.7	141	92	1	619	29	22	17	31	1.96
19150983--19151390	186	2.2	186	94	0	708	27	21	19	31	1.97
19151121--19151532	142	2.9	141	89	3	603	26	20	20	33	1.97
19150833--19151534	328	2.1	328	93	0	1181	27	21	18	32	1.96
19163920--19163959	19	2.1	19	100	0	80	32	0	15	52	1.43
19165826--19165850	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
19167079--19167142	25	2.6	24	82	4	83	56	12	3	28	1.51
19167182--19167528	145	2.4	146	81	4	405	43	8	8	38	1.68
19169503--19170132	236	2.7	231	81	6	665	31	16	21	30	1.95
19174979--19175067	26	3.2	26	64	22	63	44	19	2	33	1.63
19174960--19175074	58	2.0	58	96	0	212	45	19	3	32	1.67
19175231--19175268	20	1.9	19	89	5	58	52	7	5	34	1.53
19176670--19176722	27	2.0	27	81	7	63	22	5	24	47	1.73
19178181--19178225	17	2.6	17	82	0	63	40	4	15	40	1.67
19179518--19179554	17	2.2	17	100	0	74	45	5	21	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19181566--19181600	16	2.2	16	89	0	52	74	2	2	20	1.08
19189018--19189293	5	52.4	5	69	22	72	27	15	1	55	1.49
19189027--19189081	22	2.5	22	90	0	83	25	18	0	56	1.42
19189115--19189162	18	2.7	18	87	6	71	16	14	4	64	1.43
19189206--19189294	23	3.7	23	81	14	83	33	17	0	48	1.48
19189215--19189265	17	3.4	17	65	30	51	35	17	0	47	1.48
19189205--19189293	28	3.2	28	93	3	144	32	17	0	49	1.47
19189368--19189411	16	2.9	15	86	6	61	22	13	0	63	1.29
19189455--19189497	21	2.0	21	82	8	52	32	6	0	60	1.23
19190312--19190358	3	16.0	3	80	12	53	70	0	2	27	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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