genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14533455--14534155	3	233.7	3	100	0	1402	33	0	0	66	0.92
14535138--14535265	64	2.0	63	90	4	204	32	14	34	18	1.91
14552565--14552615	25	2.0	25	96	0	93	27	13	23	35	1.93
14553927--14554035	47	2.3	47	93	0	182	16	13	22	47	1.81
14553927--14554064	47	2.9	47	84	4	118	18	15	19	46	1.84
14573435--14573477	21	2.1	20	86	4	59	16	6	25	51	1.69
14583312--14583346	12	2.9	12	91	0	52	25	40	25	8	1.84
14590209--14590254	11	4.1	11	83	5	56	78	4	4	13	1.05
14595583--14595637	28	2.0	28	89	7	85	56	1	9	32	1.41
14595629--14595706	41	1.9	41	82	10	97	67	1	14	16	1.29
14596793--14596838	23	2.0	22	83	12	56	45	13	10	30	1.77
14599563--14599878	157	2.0	157	96	0	578	26	12	20	40	1.88
14600517--14600556	5	8.0	5	89	10	64	40	0	60	0	0.97
14606442--14606972	265	2.0	265	99	0	1053	26	19	17	35	1.94
14609608--14609648	19	2.2	19	86	8	57	46	2	0	51	1.14
14613197--14613222	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
14618928--14619018	45	2.0	47	91	4	150	45	2	7	45	1.44
14619084--14619143	25	2.3	27	83	11	72	58	3	1	36	1.25
14637491--14637546	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
14641086--14641261	30	5.9	30	92	5	279	36	9	0	52	1.39
14641086--14641261	62	3.0	61	89	8	267	36	9	0	52	1.39
14641646--14641691	23	2.0	23	95	0	83	13	10	19	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14644584--14644656	21	3.4	21	80	1	83	52	17	28	1	1.54
14647259--14647580	153	2.1	152	88	5	490	29	8	6	55	1.56
14650238--14650331	46	2.0	46	95	0	170	37	10	11	40	1.77
14655987--14656053	25	2.6	27	81	11	86	22	22	20	34	1.97
14656687--14656745	3	19.3	3	96	3	109	0	33	0	66	0.92
14660344--14660381	18	2.1	18	85	9	51	63	0	2	34	1.09
14661534--14661571	18	2.1	19	85	9	53	50	2	0	47	1.15
14661503--14661554	25	2.0	26	85	3	70	38	1	0	59	1.08
14662790--14662866	29	2.7	29	87	0	109	48	12	10	28	1.75
14663914--14663972	26	2.1	27	81	9	66	33	1	0	64	1.04
14673666--14673722	29	2.0	29	89	0	87	59	8	3	28	1.44
14676045--14676235	59	3.2	59	98	0	364	18	15	7	58	1.61
14676326--14676364	7	5.6	7	100	0	78	25	0	0	74	0.82
14677117--14677423	79	3.9	79	99	0	605	32	14	20	31	1.93
14678369--14678411	14	2.9	15	86	10	61	79	6	0	13	0.93
14678384--14678412	9	3.3	9	95	4	51	82	6	0	10	0.83
14680658--14681846	132	9.0	132	85	4	1350	30	17	23	29	1.97
14680714--14681338	44	14.2	44	66	12	210	29	16	23	29	1.97
14681637--14681933	131	2.3	131	86	2	418	30	21	23	24	1.99
14683657--14683709	22	2.6	20	82	8	63	22	3	5	67	1.28
14683676--14683741	31	2.2	31	81	7	84	27	6	3	63	1.32
14687282--14687334	25	2.1	25	82	0	61	20	28	11	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14696562--14696617	29	1.9	29	82	7	69	25	16	19	39	1.91
14696910--14696934	12	2.1	12	100	0	50	0	44	8	48	1.32
14697568--14697625	30	1.9	30	89	6	91	43	18	15	22	1.88
14699957--14699999	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
14700071--14700291	43	5.2	43	88	0	284	27	29	17	25	1.97
14700071--14700315	85	2.9	84	85	4	287	26	29	17	26	1.97
14704874--14704914	21	2.0	21	95	0	73	29	43	0	26	1.55
14705112--14705165	22	2.3	24	84	9	76	62	0	0	37	0.95
14705195--14705257	22	2.9	22	85	4	83	38	42	0	19	1.51
14705270--14705310	14	2.9	15	82	10	59	39	31	0	29	1.57
14705273--14705319	15	3.3	15	82	8	53	42	29	0	27	1.56
14705543--14705658	41	2.8	40	87	7	162	28	31	20	19	1.97
14705694--14705772	39	2.0	39	90	2	122	24	20	16	39	1.92
14705694--14705847	40	3.8	40	74	5	141	22	22	17	37	1.94
14706851--14706921	35	2.0	35	100	0	142	49	11	8	30	1.68
14708055--14708085	15	2.1	15	93	0	53	22	16	0	61	1.34
14708198--14708229	17	1.9	17	93	6	57	25	0	6	68	1.12
14715380--14715412	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
14729203--14729266	13	4.8	13	76	5	56	32	0	10	56	1.34
14729202--14729266	27	2.4	26	82	7	76	33	0	10	55	1.35
14730981--14731037	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
14731210--14731301	13	7.1	13	87	0	130	36	18	8	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14734973--14735028	16	3.5	16	85	0	76	39	8	23	28	1.85
14735010--14735102	44	2.1	46	85	4	127	35	6	21	36	1.79
14736742--14736801	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
14737015--14737051	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
14737106--14737136	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
14742618--14742666	23	2.1	23	84	0	62	36	0	2	61	1.08
14743134--14743189	29	2.0	28	82	10	69	60	3	7	28	1.40
14746836--14746897	24	2.4	25	78	7	63	27	1	1	69	1.07
14746836--14746897	25	2.5	26	81	7	74	27	1	1	69	1.07
14746866--14746904	18	2.1	19	85	4	53	30	2	0	66	1.05
14748740--14748838	49	2.0	49	94	0	171	34	9	17	39	1.81
14751333--14751365	13	2.7	12	90	9	57	36	12	15	36	1.84
14757377--14757493	58	2.0	57	93	3	207	37	8	17	35	1.80
14757712--14757746	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
14763895--14763936	20	2.0	20	82	13	50	59	19	2	19	1.49
14765739--14765786	24	2.0	25	95	4	89	54	2	25	18	1.55
14779739--14779771	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
14782178--14782218	22	1.9	21	85	14	57	70	19	2	7	1.22
14794295--14794359	28	2.3	28	89	0	103	20	21	24	33	1.97
14816293--14816375	24	3.5	24	75	3	78	43	12	15	28	1.83
14816296--14816422	47	2.7	47	81	6	132	42	11	16	29	1.84
14816770--14816914	54	2.7	54	91	0	227	41	15	17	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14835000--14835461	231	2.0	232	96	0	845	39	14	12	33	1.85
14838748--14838791	21	2.1	21	95	0	79	47	0	27	25	1.52
14865916--14865953	5	7.6	5	100	0	76	81	0	0	18	0.69
14866407--14866463	23	2.5	24	77	13	66	66	7	0	26	1.17
14866513--14866555	3	14.0	3	80	4	50	65	4	2	27	1.25
14866450--14866549	22	4.6	21	74	12	78	64	3	9	24	1.37
14867926--14868197	128	2.1	128	90	0	436	23	23	21	30	1.99
14868193--14869170	88	11.1	88	86	2	1293	23	25	24	27	2.00
14869032--14869169	43	3.2	43	68	11	118	22	25	25	26	2.00
14868991--14869126	44	3.1	44	64	12	107	21	25	25	28	1.99
14870300--14870370	21	3.4	21	64	21	58	21	28	14	36	1.92
14870268--14870371	42	2.5	42	93	1	172	24	27	13	34	1.93
14870464--14870503	13	2.9	14	81	11	55	7	22	0	70	1.12
14871406--14871431	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
14879565--14879606	21	2.0	21	90	0	66	52	19	7	21	1.69
14880444--14880563	49	2.4	49	92	0	195	29	36	17	16	1.92
14883455--14883508	23	2.3	23	100	0	108	38	12	16	31	1.87
14885398--14885430	16	2.1	16	100	0	66	51	6	12	30	1.63
14886357--14886397	21	2.0	22	90	9	68	31	9	9	48	1.69
14891918--14891948	16	1.9	16	100	0	62	29	38	0	32	1.57
14896474--14896534	31	2.0	29	84	9	77	50	0	1	47	1.10
14903553--14903795	101	2.4	101	99	0	477	34	16	15	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14907899--14908047	78	1.9	78	84	0	199	32	16	20	29	1.95
14908006--14908179	71	2.5	71	80	1	197	31	17	20	31	1.95
14909728--14909786	13	4.5	13	76	19	68	25	22	22	30	1.99
14910228--14910312	30	2.8	30	90	0	134	21	0	47	31	1.51
14917475--14917502	14	2.0	14	100	0	56	21	21	7	50	1.72
14918740--14919026	87	3.3	85	77	7	283	42	11	10	35	1.77
14918805--14919026	88	2.5	88	79	2	234	43	12	11	33	1.78
14922232--14922824	44	13.7	43	67	15	264	30	20	22	27	1.98
14922217--14922824	217	2.8	217	93	1	1040	30	20	22	26	1.98
14922792--14922910	45	2.6	45	82	2	150	30	24	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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