genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  44  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13107423--13107478	16	3.4	16	80	4	58	28	3	28	39	1.73
13107872--13107902	15	2.1	15	100	0	62	41	6	19	32	1.77
13108487--13108558	23	3.0	24	87	8	101	54	0	2	43	1.15
13108868--13108924	27	2.1	27	100	0	114	24	22	24	28	2.00
13108785--13109007	110	2.0	110	96	0	410	31	22	18	26	1.97
13111949--13112004	26	2.2	26	81	12	64	60	7	1	30	1.33
13111964--13112015	26	1.9	26	84	7	68	63	5	0	30	1.18
13112277--13112328	27	1.9	27	92	0	86	40	0	1	57	1.10
13112284--13112343	13	4.5	13	78	12	68	41	0	0	58	0.98
13112339--13112385	11	4.5	11	82	12	64	21	6	0	72	1.07
13112340--13112385	20	2.3	20	96	0	83	21	6	0	71	1.08
13112479--13112524	21	2.2	21	84	7	58	28	4	4	63	1.33
13115609--13115655	25	1.9	25	86	4	69	34	4	12	48	1.61
13115607--13115661	25	2.2	24	80	3	65	32	5	12	49	1.64
13118278--13118322	23	2.0	23	86	4	65	48	0	6	44	1.29
13119004--13119034	16	1.9	16	93	0	53	58	6	9	25	1.54
13119015--13119106	45	2.1	45	87	6	134	39	2	20	38	1.65
13120413--13120485	38	1.9	38	91	0	119	49	20	13	16	1.79
13127516--13127557	18	2.3	18	88	8	59	9	30	7	52	1.61
13146253--13146380	19	6.7	19	90	0	211	37	8	15	38	1.78
13146253--13146380	38	3.4	38	97	0	238	37	8	15	38	1.78
13149601--13149664	32	2.0	32	100	0	128	46	12	9	31	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13151883--13151919	15	2.5	16	83	16	53	16	5	0	78	0.93
13152689--13152742	3	18.7	3	77	7	58	37	3	0	59	1.15
13154444--13154501	29	2.0	29	83	6	73	36	10	10	43	1.73
13155233--13155325	3	31.3	3	97	2	179	0	33	0	66	0.92
13156145--13156184	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
13156130--13156196	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
13156124--13156200	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
13157773--13157836	34	1.9	33	87	3	92	62	1	9	26	1.35
13161114--13161233	42	2.8	42	86	2	152	29	15	22	32	1.95
13161802--13161877	25	3.1	25	73	7	93	25	15	17	42	1.88
13161775--13162030	48	5.3	48	83	3	298	26	14	14	43	1.84
13161775--13161900	23	5.3	23	69	7	90	25	15	18	41	1.89
13161775--13162007	99	2.4	99	83	3	303	25	14	15	45	1.83
13163439--13163473	3	11.7	3	93	0	61	68	0	31	0	0.90
13163806--13163887	37	2.2	37	86	2	112	31	17	23	28	1.96
13163915--13164195	69	4.1	69	80	2	323	27	19	25	28	1.99
13163928--13164194	138	1.9	138	85	3	367	26	19	25	28	1.99
13172892--13172935	19	2.3	19	84	0	61	36	0	0	63	0.95
13173491--13173630	43	3.3	43	86	0	208	22	30	19	28	1.98
13173972--13174140	66	2.6	66	85	2	207	14	29	17	39	1.89
13175740--13175999	9	30.7	9	68	21	145	33	1	18	46	1.58
13175744--13175970	16	13.9	16	71	20	168	33	0	18	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13175935--13176065	12	11.7	12	65	30	60	31	1	15	51	1.52
13175954--13176033	23	3.7	23	82	11	98	32	2	15	50	1.57
13176009--13176054	8	6.2	8	80	19	64	26	0	15	58	1.37
13175930--13176046	20	5.7	20	79	10	130	30	1	15	52	1.53
13176210--13176353	69	2.1	69	92	0	243	47	2	5	43	1.41
13177414--13177438	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
13177816--13177865	24	2.1	24	92	0	82	30	0	42	28	1.56
13178693--13178741	19	2.5	19	83	3	62	20	2	4	73	1.10
13178694--13178746	25	2.1	26	82	3	63	18	3	3	73	1.14
13179179--13179214	15	2.5	14	91	8	63	30	50	0	19	1.48
13179492--13179545	22	2.5	22	81	3	56	35	42	1	20	1.63
13179050--13179980	311	2.9	310	83	8	1132	41	27	2	29	1.67
13179782--13179857	36	2.1	35	81	11	84	35	43	0	21	1.53
13180271--13180719	41	10.9	41	84	3	537	33	29	18	17	1.94
13186553--13186604	27	1.9	27	88	0	77	17	25	36	21	1.94
13191198--13191391	51	3.8	52	78	8	193	25	15	27	30	1.96
13191400--13191607	42	5.0	43	76	9	200	23	16	23	37	1.94
13191400--13191700	44	7.1	44	79	9	218	22	17	25	34	1.96
13191400--13191610	84	2.5	84	92	0	341	23	17	23	36	1.94
13191584--13191699	44	2.6	44	98	0	223	20	20	29	29	1.98
13196065--13196258	50	3.9	50	84	2	230	27	22	28	21	1.99
13198038--13198323	98	2.8	103	84	9	367	52	17	1	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13198519--13198646	60	2.1	61	89	2	206	53	16	0	30	1.44
13198800--13198882	9	7.3	12	80	16	58	1	28	0	69	0.96
13198825--13198859	3	11.3	3	93	6	61	0	31	0	68	0.90
13199341--13199370	13	2.3	13	100	0	60	50	6	0	43	1.28
13200889--13200970	14	5.6	14	72	11	65	17	7	52	23	1.69
13201096--13201131	6	5.7	6	90	9	54	66	5	0	27	1.13
13201096--13201131	13	2.8	12	91	8	54	66	5	0	27	1.13
13201091--13201137	13	3.8	12	81	13	51	68	8	0	23	1.17
13201313--13201361	20	2.5	19	81	15	55	55	0	2	42	1.11
13208952--13209039	43	2.1	42	87	6	124	54	2	22	20	1.56
13209013--13209053	19	2.2	19	86	4	57	58	2	19	19	1.50
13210978--13211091	25	4.6	25	78	3	97	29	21	25	22	1.99
13211049--13211152	24	4.3	24	75	13	81	33	20	26	19	1.96
13211145--13211211	25	2.7	24	80	17	75	26	19	29	23	1.98
13213117--13213174	25	2.3	25	90	0	98	17	31	37	13	1.89
13216016--13216073	25	2.3	26	81	3	73	56	1	1	39	1.19
13226850--13226945	49	2.0	49	83	4	122	34	11	18	35	1.87
13236417--13236452	15	2.4	15	90	0	63	63	0	0	36	0.94
13237498--13237605	43	2.5	42	82	5	128	22	14	24	38	1.91
13239102--13239162	30	2.0	32	87	6	90	19	39	0	40	1.52
13243341--13243538	41	4.8	41	82	5	204	26	20	25	27	1.99
13243336--13243539	82	2.5	81	80	7	232	27	19	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13251051--13251352	27	11.2	27	83	3	274	41	18	20	18	1.90
13251051--13251354	54	5.6	53	84	4	351	41	18	20	19	1.91
13251063--13251353	81	3.6	80	83	5	356	41	18	20	19	1.91
13251085--13251336	134	1.9	134	85	4	357	42	18	20	19	1.90
13251546--13251645	26	3.8	26	86	5	148	16	23	23	38	1.93
13251761--13251841	30	2.7	30	78	3	83	23	25	22	28	1.99
13252666--13252803	37	3.7	37	73	6	118	34	15	14	34	1.89
13267776--13268111	23	13.9	24	73	10	157	39	18	13	28	1.88
13267776--13268131	47	7.4	47	75	8	277	39	18	13	28	1.89
13267777--13267995	72	2.9	74	80	8	228	40	17	12	29	1.86
13267904--13268131	94	2.4	94	86	3	307	37	20	15	25	1.93
13268962--13269101	42	3.3	42	95	2	246	28	23	9	38	1.86
13269160--13269228	16	4.3	16	92	0	120	40	5	33	20	1.76
13269371--13269457	19	4.6	20	72	20	53	58	0	0	41	0.98
13269381--13269413	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
13269358--13269470	21	5.1	21	69	21	79	54	0	0	43	1.12
13269404--13269494	29	3.2	28	69	16	71	51	3	0	45	1.17
13269371--13269499	56	2.3	57	81	9	156	53	3	0	43	1.16
13271291--13271329	19	2.0	20	90	5	62	38	43	0	17	1.50
13276736--13276777	21	2.0	21	100	0	84	38	19	4	38	1.73
13278690--13278754	32	2.0	33	82	11	82	33	12	3	50	1.55
13279244--13279406	54	3.0	54	100	0	326	40	14	15	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13280550--13281571	511	2.0	511	100	0	2044	28	24	16	30	1.97
13282724--13282780	26	2.2	26	96	3	107	49	7	10	33	1.64
13286749--13286794	19	2.5	18	86	6	65	50	10	0	39	1.38
13293673--13293820	48	3.1	48	66	11	122	48	4	2	43	1.38
13293828--13294018	96	1.9	96	84	5	247	47	2	5	44	1.39
13293952--13293992	19	2.2	19	86	8	57	41	2	0	56	1.13
13294109--13294147	13	3.2	12	89	7	53	66	2	0	30	1.05
13295061--13295098	16	2.2	18	86	9	53	60	7	13	18	1.56
13296049--13296092	11	3.8	11	80	11	52	31	0	4	63	1.14
13298047--13298207	33	4.8	32	69	8	106	31	14	24	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205