genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28715114--28715154	18	2.3	18	91	0	64	46	17	7	29	1.74
28715170--28715232	17	3.5	17	69	12	54	49	14	3	33	1.59
28715420--28715457	17	2.2	18	95	4	69	15	0	42	42	1.47
28715769--28715887	62	2.0	59	83	8	150	40	4	8	47	1.53
28717781--28717910	64	2.0	64	98	0	251	33	19	13	33	1.91
28718903--28718930	13	2.2	13	100	0	56	14	17	7	60	1.55
28718986--28719346	125	2.9	126	84	2	386	29	17	14	38	1.90
28719472--28719550	33	2.4	33	83	12	108	43	18	1	36	1.59
28719523--28719605	27	3.0	27	83	13	98	34	15	4	44	1.68
28727465--28727499	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
28728179--28728272	48	2.0	48	100	0	188	38	13	20	27	1.90
28729796--28730433	318	2.0	319	94	0	1127	34	14	13	36	1.86
28737838--28737891	17	3.2	17	89	0	81	35	7	20	37	1.81
28737876--28737922	23	2.0	23	87	4	67	34	6	17	42	1.74
28739314--28739350	9	4.1	9	100	0	74	32	10	24	32	1.90
28742101--28742175	30	2.5	30	80	2	89	26	24	10	38	1.88
28742161--28742353	30	6.5	30	72	9	103	22	28	11	37	1.90
28742278--28742351	29	2.5	29	86	8	105	17	31	12	39	1.86
28742099--28742379	119	2.4	119	86	4	372	23	27	12	37	1.90
28744820--28744889	27	2.7	27	82	4	72	28	22	24	24	1.99
28749435--28749491	18	3.2	18	89	0	78	12	36	33	17	1.87
28752140--28752172	14	2.5	13	90	9	57	36	0	30	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28755617--28755663	24	2.0	23	88	12	69	31	4	17	46	1.67
28755617--28755663	23	2.0	24	88	12	71	31	4	17	46	1.67
28756544--28756609	34	1.9	34	90	0	105	62	6	1	30	1.29
28760839--28760886	25	1.9	25	82	0	60	47	2	6	43	1.40
28761840--28762342	248	2.0	248	98	0	970	32	14	16	37	1.88
28764823--28764867	18	2.6	18	86	10	58	42	6	15	35	1.73
28771552--28771680	40	3.2	40	68	22	115	19	12	22	45	1.83
28771552--28771714	81	2.0	81	97	0	308	19	12	23	45	1.83
28771579--28771707	43	3.1	43	69	22	139	19	10	21	48	1.79
28773010--28773035	6	4.3	6	100	0	52	50	19	15	15	1.79
28773917--28774149	27	8.6	27	88	0	304	33	23	18	24	1.96
28773917--28774149	81	2.9	81	86	0	340	33	23	18	24	1.96
28777442--28777482	11	3.8	11	83	3	57	58	0	0	41	0.98
28777486--28777510	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
28777507--28777556	16	2.9	17	80	19	68	38	0	4	58	1.17
28777507--28777564	15	3.6	16	84	11	66	37	0	3	58	1.15
28777523--28777574	15	3.4	15	91	2	77	40	0	3	55	1.18
28783142--28783186	3	15.0	3	95	0	81	68	0	0	31	0.89
28790395--28790459	31	2.1	31	91	0	103	43	9	12	35	1.74
28794769--28794833	28	2.2	30	83	8	80	20	21	15	43	1.88
28795233--28795623	98	4.0	98	98	0	746	36	24	10	27	1.89
28795899--28795931	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28796363--28796400	19	2.0	19	100	0	76	42	5	10	42	1.62
28796366--28796406	19	2.3	18	87	8	57	48	4	14	31	1.65
28797802--28797882	33	2.5	33	80	10	94	14	20	20	43	1.88
28799887--28800079	50	3.7	50	79	4	197	23	26	21	28	1.99
28799887--28800084	100	1.9	105	81	6	244	23	26	20	29	1.99
28805971--28806033	31	2.1	28	83	13	74	34	11	4	49	1.59
28810047--28810122	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
28811401--28811640	90	2.6	90	81	5	250	32	19	15	32	1.93
28814917--28814964	22	2.1	23	85	11	64	62	14	6	16	1.51
28815320--28815382	28	2.2	27	83	10	81	42	20	20	15	1.89
28819405--28819524	24	5.0	24	85	0	150	44	26	14	15	1.84
28829939--28830011	36	2.0	36	100	0	146	38	16	10	34	1.84
28840982--28841507	260	2.0	261	94	1	921	34	18	9	38	1.82
28843390--28843432	21	2.0	21	86	0	59	51	2	13	32	1.54
28846727--28846817	40	2.2	42	84	7	114	50	7	5	36	1.54
28864360--28864546	62	3.0	62	80	1	196	24	26	24	25	2.00
28864399--28864566	62	2.7	62	80	3	178	24	27	25	22	1.99
28866056--28866091	16	2.2	16	90	0	54	16	13	22	47	1.82
28866328--28866361	17	2.1	17	94	5	61	38	0	0	61	0.96
28866818--28866855	19	2.0	20	84	5	51	63	5	0	31	1.17
28870218--28870313	50	2.0	50	83	4	124	27	25	27	20	1.99
28876440--28876516	23	3.3	23	88	1	118	22	20	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28880382--28880776	42	9.3	42	75	11	335	33	28	17	21	1.95
28880384--28880779	85	4.7	85	92	2	575	33	28	16	21	1.95
28888144--28888298	43	3.6	42	78	10	181	38	25	16	20	1.93
28888116--28888339	43	5.3	40	75	11	180	37	25	16	20	1.93
28888116--28888343	85	2.7	85	86	2	307	36	26	16	21	1.94
28892510--28892624	50	2.3	50	80	5	126	25	21	31	21	1.98
28907069--28907102	16	2.1	16	88	0	50	67	2	20	8	1.31
28910180--28910631	200	2.2	201	92	1	728	33	21	13	32	1.92
28913144--28913235	28	2.9	33	71	15	95	28	20	23	27	1.99
28913332--28913412	26	3.1	26	87	0	117	37	24	18	19	1.94
28913576--28914096	27	19.4	27	78	6	436	19	16	20	42	1.89
28914345--28914386	20	2.2	19	86	4	57	16	42	21	19	1.89
28921378--28921483	41	2.6	41	95	0	185	21	21	25	31	1.98
28929137--28929444	92	3.3	92	79	4	327	28	15	20	35	1.94
28933078--28933112	16	2.2	16	89	0	52	45	20	20	14	1.85
28933443--28933557	27	4.3	27	83	2	115	42	19	14	23	1.88
28937382--28937733	179	2.0	180	93	4	611	36	11	16	34	1.86
28951796--28951990	50	3.9	50	78	6	223	30	29	15	23	1.96
28951798--28951981	101	1.8	101	88	2	280	30	28	16	23	1.97
28954748--28954829	42	2.0	42	85	4	112	32	23	13	30	1.93
28957495--28957678	51	3.6	51	78	5	203	30	29	16	23	1.96
28957488--28957674	101	1.8	101	88	3	286	31	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28965718--28965895	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28965719--28965874	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28965715--28965895	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28973326--28973351	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
28973833--28974010	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
28973834--28973989	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
28973830--28974010	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
28977213--28977311	50	2.0	50	84	6	121	23	25	13	37	1.91
28977708--28977742	11	3.1	11	95	4	61	8	8	2	80	1.01
28978740--28978819	39	2.1	39	97	0	151	30	7	32	30	1.85
28982089--28982151	28	2.3	27	83	8	83	33	31	9	25	1.88
28982105--28982161	28	2.0	28	90	6	89	31	28	7	33	1.84
28985513--28985735	101	2.2	102	79	7	249	26	14	27	31	1.95
28985544--28985729	51	3.7	49	77	5	185	24	16	26	32	1.96
28985958--28985989	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
28997324--28997468	47	3.1	47	69	16	131	44	2	4	48	1.35
28997305--28997512	91	2.3	91	92	0	335	45	2	4	47	1.37
28997427--28997487	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
28997345--28997487	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
28997529--28997935	59	6.8	57	66	22	196	43	2	5	48	1.39
28997769--28997803	18	2.0	17	94	5	61	48	0	0	51	1.00
28997893--28997934	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28997528--28997937	120	3.4	119	94	3	691	43	2	5	48	1.39
28998123--28998155	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
29022318--29022390	29	2.5	29	88	2	110	24	28	12	34	1.92
29022198--29022390	30	6.5	30	71	7	124	23	25	13	37	1.91
29022376--29022451	29	2.6	29	85	2	98	22	30	7	39	1.82
29043449--29043487	20	1.9	21	89	5	62	30	2	15	51	1.57
29047089--29047230	28	5.1	28	81	3	133	27	23	11	37	1.89
29047072--29047230	56	2.9	56	74	6	144	28	25	11	34	1.91
29050347--29050395	22	2.3	21	82	10	55	44	14	0	40	1.45
29053068--29053092	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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