genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  60  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17918023--17918066	22	2.0	23	86	4	63	50	0	11	38	1.39
17918034--17918151	55	2.2	54	84	7	150	54	2	6	36	1.41
17924420--17924471	25	2.1	25	100	0	104	46	11	15	26	1.80
17925507--17925547	20	1.9	23	85	14	61	48	14	9	26	1.75
17927572--17927722	26	5.8	26	85	1	153	30	16	23	29	1.96
17927571--17927722	52	2.9	52	88	1	189	30	16	24	28	1.96
17927572--17927732	78	2.1	79	81	5	184	31	16	22	29	1.96
17931570--17931600	7	4.4	7	100	0	62	29	12	25	32	1.93
17931879--17931963	4	21.2	4	97	0	161	24	1	24	49	1.57
17932786--17932855	27	2.6	27	90	0	113	30	21	20	28	1.98
17944856--17944904	15	3.3	15	76	20	50	28	2	0	69	1.00
17944932--17944964	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
17949279--17949340	27	2.3	27	91	0	97	25	25	30	17	1.97
17949475--17949523	3	17.3	3	76	19	52	67	0	32	0	0.91
17949473--17949519	8	6.4	8	83	16	66	65	0	34	0	0.93
17949669--17950599	122	7.6	121	98	1	1749	28	1	13	55	1.47
17949768--17950591	21	40.4	22	69	19	272	28	1	13	55	1.48
17950576--17950697	60	2.0	60	89	6	185	31	0	12	55	1.42
17956021--17956095	27	2.8	27	81	4	71	24	33	22	20	1.97
17959667--17959693	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
17963207--17963364	29	5.2	29	66	15	88	27	26	18	27	1.99
17963010--17963544	61	8.8	61	84	0	640	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17963855--17963892	15	2.5	16	83	8	53	31	28	15	23	1.96
17983577--17983621	23	2.0	23	100	0	90	22	8	22	46	1.79
18001808--18001969	63	2.6	63	100	0	324	22	31	18	27	1.97
18001982--18002016	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
18035202--18035240	10	3.9	10	82	0	51	25	2	23	48	1.63
18037072--18037350	69	4.0	69	99	0	540	35	9	14	40	1.79
18044196--18044246	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
18046612--18046655	23	1.9	23	95	0	79	36	6	15	40	1.74
18047386--18047556	27	6.3	26	80	4	153	20	17	17	44	1.87
18047388--18047548	54	3.0	54	86	3	216	19	18	18	44	1.88
18047861--18047922	27	2.3	27	80	0	70	19	33	29	17	1.95
18048005--18048040	10	3.5	10	88	3	54	72	0	27	0	0.85
18048003--18048043	10	3.7	11	79	20	50	70	0	29	0	0.87
18052903--18053514	286	2.1	286	95	0	1100	31	12	5	50	1.63
18053757--18053802	23	2.0	23	87	4	67	39	10	6	43	1.66
18053920--18053989	19	3.5	19	70	25	56	1	28	0	70	0.96
18053926--18054034	44	2.5	44	90	3	166	1	28	0	69	0.98
18053940--18054034	22	4.3	23	71	25	80	2	30	0	67	1.02
18054000--18054034	18	1.9	18	88	0	52	0	31	0	68	0.90
18054746--18054790	10	4.5	10	88	0	72	66	2	31	0	1.04
18054746--18054794	15	3.3	15	82	0	71	67	2	30	0	1.02
18054738--18054789	20	2.8	18	83	13	70	63	1	34	0	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18073019--18073188	48	3.5	49	86	4	227	31	20	23	24	1.98
18073018--18073188	73	2.3	73	79	9	186	32	20	23	23	1.98
18073019--18073188	25	6.9	25	82	9	174	31	20	23	24	1.98
18078973--18079056	39	2.2	39	88	0	123	20	11	32	35	1.89
18079898--18079974	38	2.0	38	90	5	120	24	18	28	28	1.98
18094045--18094153	40	2.7	40	80	5	121	38	14	28	18	1.90
18096460--18096590	51	2.6	51	86	1	165	29	25	18	27	1.98
18103964--18104142	50	3.6	50	79	8	186	28	26	17	27	1.98
18103968--18104098	47	2.7	47	83	9	138	28	26	18	26	1.98
18115527--18115668	73	1.9	74	88	1	214	20	19	15	44	1.87
18118092--18118281	24	7.8	24	72	8	132	28	20	19	31	1.97
18118077--18118302	98	2.3	98	100	0	452	27	22	18	30	1.97
18118077--18118302	25	9.2	25	75	7	194	27	22	18	30	1.97
18118077--18118322	49	5.0	49	81	0	294	27	21	19	30	1.98
18118089--18118347	25	10.5	25	72	12	126	27	20	20	30	1.98
18118499--18118560	31	2.1	29	82	17	74	46	8	16	29	1.75
18126905--18126945	7	5.9	7	97	0	73	26	12	29	31	1.92
18151633--18151669	15	2.5	15	95	0	65	62	24	2	10	1.41
18156226--18156267	21	2.0	22	85	4	59	28	0	19	52	1.46
18156569--18156625	26	2.2	26	83	0	69	22	22	19	35	1.96
18156619--18156666	23	2.1	23	84	0	60	20	27	20	31	1.98
18156567--18156748	25	7.4	25	67	15	76	21	25	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18156640--18156863	25	8.9	25	70	12	120	21	26	19	32	1.97
18168683--18168859	13	13.4	13	70	18	84	34	16	2	46	1.59
18168683--18168849	79	2.1	80	88	4	257	35	16	2	45	1.61
18168683--18168849	40	4.2	40	84	4	230	35	16	2	45	1.61
18168905--18168968	25	2.5	25	87	2	83	32	25	18	23	1.97
18170040--18170073	17	1.9	18	88	5	52	55	5	0	38	1.24
18177459--18177518	31	1.9	32	82	3	77	45	8	10	36	1.68
18182809--18182841	16	2.0	17	88	5	50	51	12	3	33	1.54
18182895--18182961	20	3.5	19	74	6	64	31	4	1	62	1.24
18182892--18182959	9	7.3	9	69	18	50	33	4	1	60	1.26
18182968--18183018	20	2.5	20	90	6	77	37	0	5	56	1.23
18183104--18183138	18	1.9	18	88	0	52	20	5	20	54	1.64
18184665--18184709	3	15.0	3	100	0	90	66	0	33	0	0.92
18187012--18187065	24	2.2	25	83	6	67	70	5	5	18	1.27
18189761--18189814	27	2.0	27	85	0	72	31	31	22	14	1.94
18189775--18189828	27	2.0	27	85	0	72	31	25	22	20	1.98
18191190--18191372	38	4.8	37	84	4	195	18	18	26	36	1.94
18191190--18191372	76	2.4	76	85	1	233	18	18	26	36	1.94
18195428--18195508	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
18195821--18195899	31	2.6	31	95	2	142	37	12	0	49	1.41
18195710--18196076	189	1.9	188	98	0	716	37	13	5	43	1.68
18196010--18196076	30	2.2	30	100	0	134	38	11	0	49	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18198985--18199019	18	1.9	18	94	0	61	57	5	2	34	1.37
18199210--18199294	21	4.0	21	84	3	98	52	16	29	1	1.51
18202982--18203226	87	2.8	86	88	3	348	28	15	21	34	1.94
18205372--18205404	7	4.7	7	100	0	66	15	30	12	42	1.83
18211034--18211063	4	7.2	4	96	3	51	53	23	0	23	1.46
18211787--18211844	29	2.0	28	86	3	80	44	13	18	22	1.85
18214141--18214192	27	1.9	27	92	0	86	46	7	7	38	1.61
18214453--18214501	25	2.0	25	84	11	66	46	2	6	44	1.39
18214452--18214511	23	2.6	23	80	17	70	46	1	5	46	1.34
18227428--18227470	7	6.1	7	100	0	86	86	0	0	13	0.58
18227423--18227475	14	4.0	12	88	11	61	83	0	1	15	0.74
18228534--18228623	44	2.0	44	87	4	128	28	12	12	46	1.77
18230624--18230660	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
18236007--18236068	16	3.9	16	79	8	72	46	0	20	32	1.51
18241598--18241696	23	4.3	23	88	0	135	32	25	20	22	1.98
18241598--18241696	46	2.2	46	88	0	153	32	25	20	22	1.98
18248097--18248131	17	2.1	17	88	0	52	40	5	20	34	1.76
18250377--18250432	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
18250408--18250447	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
18250615--18250706	22	4.2	22	88	0	112	30	27	0	42	1.56
18250656--18250758	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
18250708--18250749	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18250792--18250845	27	2.0	28	92	3	92	38	0	1	59	1.08
18250784--18250843	27	2.3	26	83	11	77	40	1	1	56	1.19
18250793--18250852	27	2.1	28	87	6	86	38	0	1	60	1.07
18250943--18250997	24	2.3	22	77	17	56	29	0	5	65	1.15
18257530--18257576	6	7.7	6	81	11	51	21	2	2	74	1.03
18257533--18257576	19	2.3	19	92	0	70	22	2	2	72	1.07
18257530--18257577	13	3.8	13	82	15	57	22	2	2	72	1.05
18257716--18257783	28	2.4	28	90	0	100	27	4	23	44	1.72
18272400--18272479	38	2.1	38	97	0	151	41	5	25	28	1.76
18276613--18276691	40	2.0	40	82	5	97	20	25	20	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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