genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15905645--15905757	36	3.3	33	73	13	97	37	2	6	53	1.40
15916196--15916319	50	2.5	50	85	0	149	25	25	17	30	1.97
15916212--15916319	25	4.3	25	70	4	83	25	25	18	30	1.98
15923512--15923579	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
15927723--15927765	21	2.0	21	81	0	50	55	23	4	16	1.59
15932883--15932921	19	2.0	20	90	5	62	28	23	5	43	1.75
15934250--15934348	51	1.9	51	87	4	146	37	11	18	33	1.86
15934211--15934462	95	2.8	89	80	7	240	32	13	21	32	1.91
15934175--15934463	44	6.4	44	73	6	164	33	13	21	31	1.92
15934301--15934473	89	1.9	89	84	2	231	32	13	22	31	1.93
15935893--15936152	73	3.7	72	74	11	207	30	7	3	58	1.42
15935942--15936151	66	3.1	66	76	14	219	30	7	3	59	1.42
15936017--15936121	35	3.1	33	67	20	83	32	9	1	56	1.43
15935859--15936180	73	4.6	70	74	13	187	29	9	3	58	1.44
15936954--15937005	24	2.2	24	100	0	104	32	19	13	34	1.90
15941189--15941234	11	4.4	10	86	8	56	47	0	0	52	1.00
15941189--15941231	20	2.1	20	87	12	61	48	0	0	51	1.00
15944398--15944438	22	1.9	22	85	5	57	21	7	0	70	1.11
15944505--15944606	52	2.0	52	88	3	152	38	0	9	50	1.42
15948442--15948504	30	2.1	31	84	3	83	38	3	3	55	1.32
15949949--15950005	26	2.2	25	84	9	71	54	1	10	33	1.45
15949949--15950009	25	2.4	26	81	10	81	54	3	9	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15956579--15956608	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
15957156--15957215	30	2.0	30	90	6	95	41	11	1	45	1.50
15965468--15965532	27	2.4	27	84	0	85	29	15	12	43	1.83
15965514--15965771	27	9.6	27	82	3	286	31	10	19	39	1.85
15965485--15965750	81	3.3	80	85	4	320	31	10	18	39	1.84
15966054--15966132	28	2.8	28	84	0	86	29	35	13	21	1.92
15974427--15974567	57	2.5	57	91	2	230	33	17	22	26	1.96
15977702--15977761	26	2.3	26	94	0	102	35	5	25	35	1.78
15979379--15979483	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
15982120--15982349	48	4.9	47	76	16	224	27	18	25	28	1.98
16000455--16000686	120	1.9	120	93	0	401	36	13	20	29	1.91
16013997--16014111	29	4.0	29	78	2	117	26	14	27	31	1.95
16014010--16014120	57	1.9	58	83	1	143	25	15	28	30	1.96
16016017--16016131	29	4.0	29	78	2	117	26	14	27	31	1.95
16016030--16016140	57	1.9	58	83	1	143	25	15	28	30	1.96
16018193--16018227	8	4.4	8	85	0	52	82	0	5	11	0.82
16022412--16022443	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
16023731--16023889	43	3.7	44	78	10	175	27	13	24	33	1.93
16025311--16025374	13	4.9	13	84	0	92	28	7	28	35	1.85
16025311--16025374	26	2.5	26	89	0	110	28	7	28	35	1.85
16026213--16026443	48	4.9	48	75	10	183	26	19	24	29	1.98
16029374--16029406	11	2.8	12	86	4	50	33	6	9	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16034528--16034569	21	2.0	21	100	0	84	47	4	9	38	1.57
16038279--16038908	313	2.0	312	98	0	1215	32	20	20	26	1.97
16050448--16050519	26	2.8	26	83	10	94	34	16	9	38	1.82
16050662--16050697	12	2.9	12	87	4	54	16	13	0	69	1.19
16050782--16050810	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
16052203--16052247	17	2.5	17	92	7	72	22	6	2	68	1.24
16053142--16053196	22	2.5	22	82	2	67	18	36	29	16	1.92
16060763--16060801	6	6.3	6	83	16	53	33	0	0	66	0.92
16068003--16068089	27	3.2	27	88	0	120	29	22	6	40	1.80
16068082--16068222	27	5.2	27	88	0	192	39	19	9	31	1.83
16068068--16068248	81	2.2	81	82	0	218	38	20	8	33	1.82
16068251--16068332	27	3.0	27	85	0	101	31	18	24	25	1.97
16083080--16083111	16	2.0	16	100	0	64	56	12	0	31	1.37
16084326--16084360	18	2.0	18	88	5	54	40	5	17	37	1.73
16085086--16085355	47	5.8	44	73	12	195	28	20	29	21	1.98
16087069--16087218	57	2.6	56	78	9	160	30	22	19	28	1.98
16094817--16094849	17	1.9	17	93	0	57	48	0	12	39	1.40
16097076--16097167	30	3.1	30	83	0	130	28	40	19	11	1.87
16097772--16097856	39	2.2	39	81	6	102	41	4	5	48	1.48
16097843--16097874	9	3.6	9	91	0	55	34	0	0	65	0.93
16100908--16101174	126	2.1	126	87	2	376	28	19	16	35	1.94
16106302--16106368	35	1.9	35	87	0	98	37	20	7	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16109326--16109381	25	2.2	25	96	0	103	51	0	7	41	1.29
16110967--16111017	20	2.5	20	87	3	66	60	13	3	21	1.49
16111031--16111100	21	3.2	20	72	18	59	65	7	7	20	1.41
16110967--16111150	45	4.3	43	78	10	178	61	13	5	19	1.52
16111067--16111142	21	3.7	20	71	15	64	63	11	5	19	1.47
16111030--16111148	42	2.7	43	75	12	116	63	12	5	17	1.47
16114839--16114871	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
16114918--16114976	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
16114947--16114994	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
16116538--16116580	18	2.4	18	80	0	50	30	0	13	55	1.39
16117068--16117122	23	2.4	23	93	0	92	20	38	7	34	1.80
16120787--16120811	11	2.3	11	100	0	50	84	8	0	8	0.79
16125821--16125859	19	2.1	19	95	0	69	58	7	5	28	1.47
16134216--16134269	26	2.1	26	92	0	90	35	22	14	27	1.93
16134441--16134571	33	4.0	33	74	11	115	25	42	0	30	1.61
16135353--16135389	16	2.3	16	90	0	56	27	2	27	43	1.68
16135422--16135476	17	3.4	16	78	9	58	30	5	25	38	1.79
16139761--16139823	25	2.5	26	84	7	76	38	1	1	58	1.17
16139773--16139825	25	2.0	27	89	7	83	37	1	0	60	1.08
16139919--16139995	21	3.6	21	68	13	59	23	3	2	70	1.17
16139942--16140012	29	2.4	31	80	4	83	29	4	2	63	1.27
16146739--16146865	64	2.0	64	84	0	164	22	20	22	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16146842--16146900	25	2.4	25	86	11	77	16	22	23	37	1.94
16162561--16162632	3	25.3	3	74	16	64	69	0	26	4	1.06
16162559--16162652	17	5.9	17	75	12	92	69	0	26	4	1.07
16164392--16164429	17	2.1	19	85	9	53	39	2	0	57	1.12
16180892--16181066	46	3.8	46	97	1	316	37	15	24	22	1.93
16191789--16192018	40	5.8	40	93	1	347	26	28	22	22	1.99
16191763--16192018	80	3.2	78	89	3	345	26	27	22	23	1.99
16199839--16200094	40	6.4	39	90	3	313	26	27	21	24	1.99
16201302--16201390	44	2.0	44	97	0	169	17	28	8	44	1.79
16209258--16209295	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
16210580--16210647	18	3.8	17	77	14	66	13	39	8	38	1.75
16214240--16214330	46	2.0	46	97	2	175	28	28	4	38	1.76
16215676--16215761	22	3.9	22	83	6	111	44	13	11	30	1.80
16217989--16218043	23	2.6	23	86	11	73	20	32	29	18	1.96
16222883--16222952	28	2.5	28	85	0	104	37	8	24	30	1.85
16224801--16224845	22	2.0	23	95	4	83	42	22	17	17	1.89
16225039--16225150	23	4.3	26	86	6	119	45	32	4	17	1.69
16225051--16225153	51	1.9	55	86	11	151	43	31	4	20	1.73
16225051--16225156	28	3.9	28	84	7	123	44	30	4	20	1.72
16228920--16229237	47	6.7	46	77	10	272	23	29	19	27	1.99
16228920--16229235	141	2.2	140	82	7	363	23	29	19	27	1.99
16228920--16229236	94	3.4	93	78	10	322	23	29	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16241291--16241371	37	2.2	37	82	6	94	33	14	22	29	1.94
16241414--16241712	69	4.3	70	78	2	282	29	18	22	29	1.97
16241414--16241716	138	2.2	138	79	2	324	29	18	22	30	1.97
16244300--16244341	22	1.9	22	95	0	75	23	16	40	19	1.91
16252534--16252638	3	35.7	3	91	3	133	62	0	36	0	1.02
16253994--16254046	23	2.5	21	80	16	65	35	0	0	64	0.94
16264346--16264391	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
16265956--16265986	14	2.2	14	100	0	62	35	22	6	35	1.80
16266988--16267025	20	1.9	20	88	0	58	18	28	23	28	1.98
16268623--16268659	17	2.2	17	100	0	74	45	5	0	48	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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