genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8167016--8167349	9	38.8	9	71	13	204	46	20	2	31	1.62
8167045--8167349	25	11.9	25	69	17	139	46	20	1	31	1.62
8167065--8167175	43	2.6	41	83	10	134	47	21	0	30	1.51
8167016--8167267	34	7.5	34	73	15	154	47	20	1	30	1.61
8167065--8167163	52	1.9	52	89	0	153	46	23	0	30	1.52
8167155--8167345	61	3.2	60	77	17	193	46	18	2	32	1.63
8167286--8167360	34	2.3	32	86	4	96	46	17	1	34	1.56
8173352--8173607	85	3.0	83	83	10	304	24	20	21	33	1.97
8173352--8173604	43	6.0	41	83	7	278	24	20	21	33	1.97
8173376--8173606	128	1.8	128	85	5	333	23	19	21	35	1.96
8174757--8174789	17	2.0	17	88	5	50	18	3	3	75	1.06
8174925--8174972	18	2.5	19	75	25	55	27	2	2	68	1.11
8178097--8178124	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
8178516--8178710	85	2.2	89	82	5	236	37	14	8	38	1.77
8178734--8178771	20	1.9	20	84	10	51	36	18	13	31	1.89
8178834--8178940	10	11.1	9	71	13	54	67	1	1	28	1.12
8178861--8178943	20	4.2	20	75	9	71	69	1	2	26	1.08
8178833--8178943	59	1.9	58	86	0	150	67	1	1	28	1.11
8179164--8179281	21	5.2	21	75	19	71	60	0	0	38	1.03
8179186--8179252	11	6.4	11	88	11	97	58	0	0	41	0.98
8179164--8179255	21	4.4	22	80	15	97	57	0	0	42	0.98
8179171--8179243	30	2.4	32	88	9	116	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8179198--8179281	21	4.2	20	83	10	82	61	0	1	36	1.04
8179481--8179559	20	3.8	20	78	10	70	29	6	1	63	1.27
8179570--8179614	19	2.5	17	80	13	54	35	2	4	57	1.31
8179576--8179619	19	2.3	19	88	0	61	36	2	4	56	1.32
8179533--8179628	46	2.1	46	80	7	106	30	5	3	61	1.33
8179611--8179690	29	2.8	28	79	11	90	38	3	0	57	1.17
8183077--8183120	22	1.9	24	81	9	56	47	0	11	40	1.39
8183294--8183378	44	1.9	44	92	0	143	38	23	7	30	1.81
8185462--8185495	17	2.0	17	94	0	59	11	55	17	14	1.68
8191815--8192248	44	9.8	45	80	3	362	30	16	23	29	1.97
8191815--8192226	89	4.7	89	88	2	499	30	16	23	29	1.96
8191841--8192226	44	8.7	44	82	2	477	31	15	23	29	1.96
8191815--8192248	133	3.3	132	81	3	467	30	16	23	29	1.97
8192834--8192867	17	2.0	17	94	0	59	11	55	17	14	1.68
8197199--8197251	14	3.8	14	80	9	63	28	0	22	49	1.50
8197206--8197250	15	3.1	15	78	12	58	26	0	22	51	1.49
8197192--8197250	28	2.1	27	87	9	84	27	0	20	52	1.47
8197198--8197260	28	2.2	27	83	10	81	26	1	22	49	1.59
8197533--8197588	28	2.0	29	85	3	78	30	1	7	60	1.33
8208083--8208134	26	2.0	26	100	0	104	34	15	19	30	1.93
8210272--8210324	23	2.3	23	83	3	61	39	15	15	30	1.87
8212457--8212491	5	6.8	5	96	3	61	2	60	37	0	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8215949--8216004	3	18.7	3	89	7	78	37	0	1	60	1.07
8216780--8216871	36	2.5	38	77	10	93	45	1	21	31	1.59
8220518--8220612	41	2.3	41	94	0	163	31	21	24	23	1.98
8220782--8220957	41	4.3	41	94	0	307	28	19	28	23	1.98
8222114--8222178	32	2.0	32	100	0	130	33	18	16	30	1.94
8233381--8233405	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
8234683--8234717	16	2.2	16	90	10	54	45	2	0	51	1.16
8238820--8238857	14	2.6	15	83	8	51	42	15	0	42	1.47
8240434--8240483	20	2.5	19	77	6	55	30	0	18	52	1.46
8241819--8241852	13	2.6	14	86	13	54	38	14	29	17	1.90
8243541--8243732	58	3.3	57	79	7	181	23	15	12	48	1.79
8243541--8243708	58	2.9	58	81	7	198	23	16	12	48	1.80
8243880--8243949	31	2.2	32	89	2	106	20	15	15	48	1.81
8250024--8250069	19	2.3	20	88	3	67	60	2	0	36	1.09
8251479--8251588	52	2.1	51	91	1	175	30	11	13	44	1.80
8251650--8251730	27	3.0	27	74	3	83	20	24	33	20	1.97
8254251--8254362	55	2.0	55	84	3	145	41	9	14	34	1.79
8254665--8254783	60	2.0	60	93	0	202	52	12	0	34	1.39
8256339--8256376	19	2.0	20	90	10	62	47	0	0	52	1.00
8258707--8258741	11	3.1	12	88	12	56	48	0	51	0	1.00
8259803--8260356	44	12.5	46	73	8	323	29	26	16	27	1.97
8259862--8260359	132	3.8	132	91	0	807	29	26	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8260357--8260627	134	2.0	134	95	0	488	28	23	21	26	1.99
8274611--8274667	23	2.5	23	86	8	73	14	7	40	38	1.73
8275389--8275426	18	2.2	18	86	13	53	57	0	0	42	0.98
8290105--8290144	16	2.5	16	91	0	71	35	5	32	27	1.79
8290126--8290218	44	2.1	44	88	6	134	34	3	25	36	1.72
8290313--8290425	21	5.1	21	70	21	88	52	1	0	45	1.17
8290377--8290424	19	2.7	18	90	6	71	56	0	0	43	0.99
8290342--8290448	56	1.9	55	83	7	135	49	3	0	45	1.26
8290687--8290732	23	2.0	23	95	0	83	50	13	0	36	1.41
8292040--8292328	43	6.8	43	85	0	330	29	30	16	22	1.96
8292051--8292302	129	2.0	128	87	3	364	30	30	15	22	1.95
8296718--8296988	147	1.9	142	90	5	427	30	13	14	40	1.85
8297479--8297655	89	2.0	89	90	0	282	43	29	0	25	1.59
8297511--8297686	89	2.0	88	83	4	219	45	27	1	26	1.61
8297636--8297731	43	2.3	41	82	8	106	39	38	1	20	1.60
8297748--8297781	15	2.3	15	95	5	61	35	26	0	38	1.57
8298187--8298380	41	4.7	41	90	1	264	28	23	22	25	1.99
8298417--8298569	40	3.8	38	73	11	119	25	19	20	33	1.96
8298417--8298551	40	3.4	39	77	7	137	23	19	20	36	1.95
8301008--8301139	50	2.6	51	81	2	158	19	30	24	25	1.98
8301474--8301533	29	2.0	30	83	3	77	33	21	10	35	1.87
8303846--8303886	22	1.9	22	90	5	66	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8303852--8303900	21	2.3	22	80	16	59	36	2	0	61	1.08
8304809--8304844	13	2.5	15	86	13	58	55	2	0	41	1.14
8312293--8312366	31	2.4	31	83	0	94	45	4	0	50	1.20
8315392--8315424	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
8322955--8323015	3	20.7	3	86	6	81	32	1	1	63	1.13
8324891--8324943	27	2.0	27	96	3	99	66	7	0	26	1.18
8330877--8330944	31	2.3	31	77	7	79	29	13	17	39	1.88
8349665--8349715	26	1.9	26	84	4	66	60	1	11	25	1.41
8349906--8349930	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
8351184--8351380	98	2.0	99	84	3	254	29	11	16	42	1.83
8355812--8355851	15	2.7	15	92	0	62	30	7	17	45	1.76
8369647--8369717	21	3.4	21	76	0	70	15	25	18	40	1.89
8369589--8369713	42	3.0	42	81	6	137	17	22	16	43	1.88
8377198--8377332	42	3.2	42	86	4	166	17	22	17	42	1.88
8377258--8377340	21	4.0	21	75	0	76	13	22	21	42	1.88
8378336--8378435	42	2.4	42	81	3	112	17	33	30	20	1.95
8380898--8380948	16	3.1	16	73	13	50	31	0	13	54	1.39
8390736--8390787	25	2.1	24	82	3	59	19	3	25	51	1.63
8395491--8395573	24	3.4	24	76	6	69	33	16	27	21	1.95
8397976--8398083	20	5.4	19	69	8	81	33	18	25	23	1.97
8397981--8398166	40	4.7	40	85	2	239	34	17	25	22	1.96
8398105--8398166	20	3.1	20	69	4	54	32	17	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8426692--8426734	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
8426843--8426909	9	7.4	9	91	0	98	23	7	23	44	1.79
8427477--8427515	5	8.0	5	82	5	53	0	23	0	76	0.78
8427476--8427552	14	5.1	14	72	19	57	2	24	1	71	1.06
8436086--8436203	59	2.0	59	96	0	218	42	16	7	33	1.77
8449609--8449662	25	2.2	25	100	0	108	42	16	18	22	1.89
8462442--8462514	26	2.9	26	85	4	96	53	9	0	36	1.34
8462411--8462509	50	1.9	51	84	11	132	52	8	0	39	1.31
8462695--8462731	11	3.5	11	88	7	58	70	0	29	0	0.88
8462758--8462796	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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