genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19190307--19190357	12	4.1	12	80	14	59	72	0	1	25	0.95
19190553--19190602	19	2.7	19	82	11	61	76	6	4	14	1.13
19192081--19192520	44	9.8	44	73	10	273	29	21	19	30	1.98
19192140--19192520	45	8.5	44	71	11	168	28	21	20	29	1.98
19192135--19192520	89	4.3	89	71	11	293	28	21	20	30	1.98
19192539--19192682	52	2.8	52	78	1	155	26	25	17	30	1.97
19192660--19192703	21	2.1	21	86	0	61	20	34	6	38	1.79
19192942--19193140	88	2.3	88	81	0	236	29	22	17	31	1.96
19193443--19193500	24	2.4	24	91	2	89	27	22	13	36	1.92
19193973--19194195	108	2.1	109	86	0	304	48	8	17	26	1.74
19199488--19199556	3	23.0	3	86	5	95	68	1	1	28	1.07
19199775--19199824	19	2.7	19	82	11	61	76	6	4	14	1.13
19201065--19201101	16	2.3	16	95	0	65	10	35	35	18	1.86
19201120--19201176	5	10.6	5	82	14	69	19	22	0	57	1.40
19201120--19201176	22	2.6	21	91	5	87	19	22	0	57	1.40
19201120--19201176	27	2.1	27	93	0	96	19	22	0	57	1.40
19201167--19201493	49	6.8	48	88	5	432	24	12	0	61	1.37
19201167--19201493	96	3.4	96	87	5	480	24	12	0	61	1.37
19201330--19201465	23	5.9	21	66	22	60	20	14	0	63	1.34
19201185--19201467	22	12.0	22	67	25	100	24	12	0	62	1.34
19201414--19201489	22	3.2	22	68	22	64	22	15	1	60	1.42
19201220--19201493	27	11.2	26	65	25	125	24	13	1	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19201425--19201504	27	3.2	25	67	18	67	17	16	2	63	1.41
19201542--19201611	22	3.2	22	67	15	63	37	0	12	50	1.41
19201537--19201688	44	3.5	44	92	3	261	36	1	10	50	1.48
19204940--19205075	61	2.2	63	86	5	197	33	22	23	21	1.98
19206214--19206263	22	2.3	22	92	0	82	10	10	14	66	1.46
19211702--19211760	31	2.0	30	83	9	77	45	8	10	35	1.68
19213023--19213061	20	2.0	20	84	0	51	38	2	0	58	1.12
19213582--19213621	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
19218301--19218330	14	2.1	14	93	0	51	33	6	10	50	1.62
19223781--19223912	68	1.9	68	96	0	246	13	31	20	34	1.91
19232618--19232764	41	3.6	40	78	11	154	27	20	24	27	1.99
19233440--19233474	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
19234175--19234709	99	5.4	99	82	5	571	23	21	23	31	1.98
19234269--19234709	50	8.9	50	72	4	293	22	20	24	32	1.98
19234269--19234709	149	3.0	148	71	7	388	22	20	24	32	1.98
19247148--19247231	43	2.0	43	82	11	104	48	0	14	36	1.44
19249173--19249579	203	2.0	201	93	2	708	46	9	10	32	1.71
19251198--19251227	15	2.0	15	93	0	51	26	0	23	50	1.50
19253230--19253260	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19253314--19253350	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
19256792--19257015	48	4.6	48	89	1	315	31	8	12	47	1.70
19257468--19257504	12	3.1	12	88	0	56	13	29	32	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19259078--19259135	25	2.3	25	79	5	64	37	15	24	22	1.93
19259312--19259348	18	2.1	18	100	0	74	67	10	0	21	1.21
19264327--19264365	21	1.9	20	84	5	51	64	5	15	15	1.46
19268935--19269006	16	4.5	16	67	25	53	65	13	0	20	1.27
19269379--19270222	3	281.7	3	99	0	1672	0	33	0	66	0.92
19272517--19273583	533	2.0	533	100	0	2134	31	14	14	39	1.86
19277715--19277985	125	2.2	125	85	6	361	29	18	15	36	1.92
19278045--19278162	34	3.6	32	81	13	143	44	15	0	39	1.46
19281127--19281358	43	5.5	41	80	9	225	35	26	15	22	1.94
19281122--19281358	85	2.8	85	88	0	323	35	25	16	22	1.94
19284150--19284445	44	6.7	44	76	6	292	24	22	22	30	1.99
19284232--19284488	46	5.7	46	77	7	292	25	21	22	30	1.99
19284188--19284484	90	3.3	90	99	0	576	23	22	22	30	1.99
19293098--19293171	37	2.0	36	97	2	139	22	35	16	24	1.94
19297371--19297405	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
19299054--19299351	46	6.8	45	72	12	221	25	21	21	31	1.98
19299023--19299351	44	7.6	44	72	12	202	25	20	21	31	1.98
19308323--19308386	31	2.1	31	87	0	92	12	29	15	42	1.84
19315462--19315516	19	2.9	19	81	10	67	30	7	23	38	1.82
19316111--19316177	29	2.4	28	85	9	84	22	10	17	49	1.77
19318867--19318908	21	2.0	21	100	0	84	38	4	19	38	1.73
19318890--19320093	528	2.3	526	88	1	1829	35	18	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19328486--19328524	20	1.9	21	84	5	53	41	12	0	46	1.42
19331132--19331261	3	43.7	3	82	1	118	60	0	33	6	1.22
19331726--19332243	258	2.0	258	82	5	638	33	18	15	33	1.91
19332348--19333231	258	3.4	257	77	6	693	31	16	17	35	1.92
19335101--19335144	22	2.0	22	100	0	88	54	13	4	27	1.58
19336726--19337231	258	2.0	259	82	7	618	30	16	16	35	1.92
19337132--19337331	102	2.0	102	84	2	267	29	14	16	40	1.87
19336878--19337589	359	2.0	359	83	3	887	30	16	16	36	1.91
19337276--19338348	256	4.2	252	78	6	933	29	17	17	35	1.93
19337234--19338348	513	2.2	513	78	6	1084	29	17	17	35	1.93
19342193--19342227	9	3.9	9	89	10	54	77	0	0	22	0.78
19342195--19342237	10	4.3	10	85	5	52	79	2	0	18	0.85
19342192--19342227	19	1.9	18	94	5	63	75	0	0	25	0.81
19342232--19342266	13	2.7	13	100	0	70	54	5	0	40	1.24
19342327--19342442	21	5.4	21	78	16	130	56	2	0	41	1.13
19342327--19342446	45	2.8	41	85	12	145	56	2	0	40	1.13
19344106--19344151	22	2.1	22	84	8	58	52	23	0	23	1.48
19344863--19344895	6	5.5	6	96	0	57	30	0	18	51	1.46
19349035--19349075	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
19354142--19354210	16	4.6	16	68	17	58	46	0	5	47	1.26
19354139--19354222	15	5.7	15	72	9	66	47	0	5	46	1.27
19354137--19354224	44	2.0	44	100	0	176	47	0	6	45	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19354267--19354306	12	3.2	12	86	13	62	60	0	0	40	0.97
19354268--19354307	14	3.0	14	80	20	50	57	0	0	42	0.98
19354785--19354844	31	1.9	32	83	6	79	21	36	0	41	1.54
19360010--19360069	27	2.2	27	100	0	120	33	25	23	18	1.97
19362201--19362228	14	2.0	14	100	0	56	71	0	7	21	1.09
19362433--19362534	53	1.9	53	97	0	195	43	5	4	46	1.49
19363584--19363730	75	2.0	75	91	0	240	26	19	18	35	1.95
19370165--19370209	18	2.5	18	81	0	54	28	37	13	20	1.90
19370372--19370417	18	2.6	17	83	10	56	36	23	8	30	1.85
19370400--19370459	21	2.9	21	82	0	75	36	20	5	38	1.74
19371639--19371691	22	2.4	22	74	0	61	26	22	26	24	2.00
19387889--19387919	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
19390164--19390190	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
19391597--19391811	93	2.3	93	88	4	308	44	3	4	46	1.41
19391721--19391781	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
19391942--19391976	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19391933--19392201	144	1.8	146	92	4	463	47	2	3	46	1.34
19392086--19392120	18	2.0	18	88	5	54	48	0	0	51	1.00
19392282--19392376	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
19392355--19392387	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
19392368--19392410	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
19394896--19394945	3	16.7	3	95	0	91	0	30	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396712--19396982	138	2.0	138	88	4	404	18	23	12	46	1.83
19397954--19398024	37	1.9	36	85	2	97	5	22	1	70	1.16
19397964--19398025	15	4.3	14	76	11	63	3	22	0	74	0.96
19404924--19405084	65	2.4	64	81	11	171	35	8	14	40	1.77
19405243--19405339	41	2.4	41	87	0	140	28	18	19	32	1.96
19406788--19407447	330	2.0	330	100	0	1320	38	12	12	36	1.81
19407638--19407735	49	2.0	49	89	0	151	31	8	9	51	1.63
19410195--19410234	15	2.6	16	84	11	57	2	27	45	25	1.66
19410197--19410246	15	3.4	14	86	5	55	4	24	44	28	1.72
19410884--19411042	29	5.4	30	80	3	171	40	2	20	35	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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