genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
660927--661029	48	2.1	50	85	3	138	47	28	0	23	1.58
661175--661224	16	2.8	19	66	27	54	50	12	0	38	1.40
661063--661259	104	1.9	102	86	4	279	43	10	6	39	1.65
664260--664576	125	2.5	124	91	3	510	28	21	17	33	1.95
664787--664864	40	2.0	40	84	0	102	23	30	23	23	1.99
666525--666551	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
667135--667199	3	21.3	3	76	14	62	32	1	4	61	1.26
667130--667199	14	4.9	14	81	11	63	31	2	5	60	1.35
668735--668775	3	14.0	3	82	14	50	34	0	2	63	1.08
675580--675776	109	1.8	108	89	1	313	24	17	11	46	1.80
676286--676481	97	2.0	96	94	1	340	30	18	22	29	1.97
676451--676646	46	4.3	46	67	14	154	26	18	23	31	1.97
676381--676705	136	2.4	136	92	1	537	27	19	23	29	1.98
676755--676906	40	3.8	40	80	6	171	30	22	21	26	1.99
676757--676907	82	1.8	82	88	0	230	30	22	21	25	1.99
677817--677849	11	3.0	11	95	0	57	0	48	0	51	1.00
678310--678380	3	23.3	3	71	8	54	30	2	5	60	1.34
678323--678383	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
678346--678391	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
678623--678659	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
681051--681146	43	2.3	43	94	1	167	35	5	11	47	1.62
690925--690961	17	2.1	19	90	10	60	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691922--692009	46	1.9	46	83	4	115	38	18	20	22	1.93
692169--692233	22	3.0	21	76	13	60	46	16	18	18	1.85
692334--692387	26	2.1	26	92	0	90	35	18	22	24	1.96
692503--692584	24	3.4	24	82	0	101	50	21	6	21	1.71
692515--692613	24	4.1	24	81	0	108	48	21	6	24	1.72
692644--692881	27	8.8	27	71	10	146	24	18	20	36	1.94
692634--692881	81	3.1	79	79	6	248	23	19	19	37	1.94
697957--697991	18	1.9	18	94	0	61	22	45	8	22	1.79
703855--703923	15	4.6	15	85	0	75	11	17	13	57	1.64
703849--703933	45	1.9	44	85	2	116	9	15	16	58	1.61
703848--703931	30	2.8	30	83	1	98	9	15	16	58	1.62
706441--706621	91	2.0	91	98	0	353	34	8	22	34	1.85
708509--708577	15	4.6	15	85	0	75	11	17	13	57	1.64
708503--708587	45	1.9	44	85	2	116	9	15	16	58	1.61
708502--708585	30	2.8	30	83	1	98	9	15	16	58	1.62
710917--711115	52	3.9	52	83	5	239	25	16	28	30	1.96
713354--713388	13	2.7	13	100	0	70	42	8	0	48	1.33
719573--719734	19	8.4	19	70	9	105	20	23	24	30	1.99
719573--719734	77	2.1	77	89	0	243	20	23	24	30	1.99
719698--719755	19	3.1	19	75	9	64	13	18	31	36	1.90
719573--719755	39	4.8	38	75	2	150	19	22	25	31	1.98
720658--720682	12	2.1	12	100	0	50	24	0	16	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729305--729402	42	2.3	43	82	5	110	31	25	20	22	1.98
730043--730583	273	2.0	273	93	0	920	46	12	13	28	1.79
730588--730630	21	2.1	21	83	12	54	55	20	4	18	1.60
732582--732640	26	2.3	25	85	2	82	42	6	18	32	1.77
733113--733150	17	2.2	18	86	13	53	0	23	15	60	1.35
735621--735684	31	2.1	31	96	0	119	18	34	15	31	1.93
740985--741018	13	2.6	13	90	0	50	79	2	0	17	0.86
743195--743235	20	2.0	20	86	9	57	12	2	2	82	0.86
743857--743895	10	3.9	10	82	0	51	38	2	0	58	1.12
750657--750681	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
751381--751449	22	3.1	22	78	17	72	26	8	2	62	1.39
751738--751832	38	2.5	37	78	13	97	37	12	0	49	1.41
752302--752502	106	1.9	106	95	0	366	31	19	18	30	1.96
757359--757384	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
769312--769336	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
769347--769371	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
785776--785820	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
786158--786252	44	2.2	44	92	0	163	35	30	4	29	1.77
789880--789946	34	2.1	31	81	13	82	29	7	13	49	1.69
789853--789947	32	3.0	32	83	10	124	29	7	14	48	1.71
790115--790287	48	3.6	48	84	3	240	30	18	22	28	1.97
790240--790363	42	2.9	43	80	2	142	28	15	24	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791327--791448	57	2.1	57	92	0	199	36	8	19	35	1.82
803546--803626	21	3.9	21	70	12	67	41	17	22	18	1.90
803531--803618	42	2.1	42	85	4	115	39	17	25	18	1.91
803546--803705	42	3.8	41	77	8	146	44	18	19	18	1.87
805161--805533	187	2.0	189	94	1	660	35	10	24	28	1.89
806875--806913	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
808520--808560	20	2.0	20	90	0	64	34	39	14	12	1.84
809721--809815	46	2.1	46	97	0	181	31	21	14	32	1.93
810155--810204	22	2.2	23	89	3	75	48	8	10	34	1.66
810166--810212	22	2.1	22	84	0	58	53	12	6	27	1.63
814080--814227	74	2.0	74	97	0	278	30	16	24	29	1.96
819765--819789	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
820912--820998	30	3.2	26	82	9	75	60	4	2	32	1.29
820950--821006	11	5.4	11	74	21	59	57	0	3	38	1.16
820943--821013	30	2.4	30	97	0	133	60	1	2	35	1.20
823079--823203	46	2.7	46	91	2	205	48	5	17	28	1.69
823110--823183	24	3.2	24	65	27	68	48	6	12	32	1.66
830728--830756	14	2.1	14	100	0	58	48	13	0	37	1.43
832450--832548	49	2.0	50	82	5	123	61	7	2	29	1.33
832565--832604	20	1.9	20	85	10	53	60	5	0	35	1.19
832834--832879	19	2.4	19	82	10	58	47	10	2	39	1.51
833594--833636	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843392--843463	34	2.1	32	76	18	74	37	9	5	47	1.60
846196--846228	7	4.9	7	92	3	50	63	6	0	30	1.18
846577--847346	76	10.1	76	99	0	1524	38	5	9	47	1.58
847406--847456	25	2.0	25	84	3	66	39	3	9	47	1.55
847261--847493	109	2.1	109	99	0	457	36	4	7	51	1.50
849474--849594	60	2.0	60	98	0	233	28	23	19	28	1.98
859464--859519	29	2.0	27	86	6	76	28	12	16	42	1.84
859713--859995	126	2.3	125	89	6	430	29	16	21	31	1.96
861804--862544	29	25.5	29	83	4	922	29	1	24	43	1.64
861804--862534	59	12.6	59	88	3	1047	29	1	24	43	1.64
878820--879103	157	1.8	157	90	1	462	45	3	3	46	1.38
878857--879106	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
878840--879161	157	2.0	155	81	5	349	46	4	4	44	1.44
890410--890832	44	9.6	44	76	5	316	34	15	18	31	1.92
890440--890832	89	4.4	87	79	6	353	33	15	18	32	1.92
890427--890832	133	3.1	133	80	3	462	34	15	17	32	1.92
890454--890864	221	1.9	221	80	3	486	33	16	18	31	1.93
896400--896440	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
905796--905847	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
913868--913895	8	3.5	8	100	0	56	64	0	0	35	0.94
914274--914321	17	2.8	17	87	6	62	47	2	2	47	1.25
921545--921632	47	1.9	44	93	4	140	7	30	44	15	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926921--926996	29	2.7	27	77	16	73	64	1	3	30	1.20
926831--926996	9	17.4	9	70	17	88	60	1	3	34	1.20
927428--927501	27	2.7	28	82	10	82	29	1	2	66	1.14
927508--927564	17	3.3	17	77	17	55	31	7	0	61	1.23
930895--930919	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
930744--930918	9	18.1	9	68	18	77	62	2	2	32	1.22
931248--931418	28	6.4	26	70	20	90	33	1	2	61	1.21
931267--931418	27	5.8	25	74	18	96	33	1	2	62	1.17
931268--931426	19	8.9	17	71	15	76	33	1	2	62	1.16
947846--947876	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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