genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24989445--24989490	21	2.2	21	96	0	83	30	30	0	39	1.57
24999736--24999867	67	2.0	67	95	0	237	21	19	31	27	1.98
25004936--25005069	50	2.6	51	83	3	164	23	19	27	29	1.98
25005073--25005164	45	2.0	45	89	0	139	29	17	20	32	1.96
25005211--25005254	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
25012150--25012221	13	5.5	13	82	9	74	31	25	1	41	1.64
25012141--25012220	27	3.0	27	78	10	85	32	22	1	43	1.61
25012265--25012333	25	2.8	25	84	0	93	33	23	18	24	1.97
25014223--25014298	23	3.3	22	82	8	89	26	21	28	23	1.99
25018845--25018904	21	2.9	21	80	5	68	46	20	8	25	1.78
25018890--25018937	24	2.0	25	83	4	62	41	16	6	35	1.74
25022733--25022818	27	3.2	27	81	3	111	48	18	13	18	1.80
25022743--25022818	27	2.8	27	88	4	118	46	19	14	19	1.84
25022677--25022847	54	3.1	54	76	14	163	47	17	12	22	1.81
25023184--25023251	28	2.5	28	92	2	120	22	23	23	30	1.99
25024234--25024266	17	1.9	18	88	11	52	45	6	15	33	1.70
25025840--25025908	31	2.3	30	82	9	86	53	0	2	43	1.15
25027816--25027857	15	2.9	15	82	3	50	59	21	4	14	1.53
25028594--25028646	13	4.1	13	97	0	97	32	7	20	39	1.81
25044965--25045019	23	2.3	24	90	3	85	67	0	32	0	0.91
25044965--25045036	20	3.5	20	83	11	76	68	0	31	0	0.90
25045075--25045532	107	4.1	107	80	9	494	24	0	14	59	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25045469--25045642	75	2.3	75	96	2	314	31	0	13	55	1.38
25045959--25045988	12	2.5	12	94	0	51	6	3	13	76	1.11
25048101--25048163	32	2.0	32	87	0	90	39	15	19	25	1.91
25048189--25048261	29	2.5	29	95	0	137	23	13	17	45	1.84
25053949--25054007	25	2.4	25	82	0	73	57	6	5	30	1.46
25053989--25054029	21	2.0	21	85	4	57	56	7	0	36	1.27
25054114--25054145	14	2.2	15	94	5	57	68	0	6	25	1.12
25056272--25056318	20	2.4	20	79	10	53	40	0	2	57	1.11
25056274--25056318	19	2.4	19	82	10	56	40	0	2	57	1.11
25056318--25056365	25	1.9	25	86	0	69	47	0	0	52	1.00
25058306--25058343	17	2.3	17	86	4	51	55	2	2	39	1.28
25058999--25059060	26	2.5	24	73	12	63	61	0	1	37	1.06
25059051--25059108	27	2.1	28	87	3	82	53	10	0	36	1.35
25059051--25059096	14	3.4	14	77	17	51	54	10	0	34	1.36
25075637--25075922	48	5.9	47	71	4	185	20	31	18	30	1.96
25075637--25075848	96	2.2	96	87	0	307	20	31	16	31	1.95
25076205--25076256	23	2.3	23	83	6	61	36	17	17	28	1.92
25077558--25077589	3	10.7	3	93	0	55	28	0	0	71	0.86
25077788--25077834	16	2.8	17	78	12	53	51	2	0	46	1.13
25085625--25086142	275	1.9	272	88	1	784	32	17	19	31	1.95
25090371--25090419	20	2.5	20	90	9	75	44	4	0	51	1.20
25090414--25090506	42	2.2	42	82	1	105	32	29	11	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25103119--25103143	11	2.3	11	100	0	50	24	0	52	24	1.48
25105296--25105340	23	1.9	24	90	4	74	22	13	8	55	1.65
25106020--25106046	7	3.9	7	100	0	54	44	29	0	25	1.54
25106043--25106125	7	11.7	7	78	6	51	33	45	1	19	1.58
25106079--25106128	21	2.4	21	86	6	75	34	46	0	20	1.51
25107145--25107378	40	5.8	41	82	6	239	30	24	19	24	1.98
25107145--25107333	81	2.3	80	87	0	261	29	23	21	25	1.99
25107145--25107378	81	2.9	80	81	5	213	30	24	19	24	1.98
25122322--25122363	17	2.5	17	96	0	75	23	19	4	52	1.65
25123047--25123102	27	2.1	27	89	0	85	39	21	21	17	1.93
25125924--25125973	17	2.9	17	87	0	82	24	26	4	46	1.70
25126379--25126428	25	2.0	25	100	0	100	48	12	16	24	1.79
25127144--25127174	16	1.9	16	93	0	53	48	6	19	25	1.72
25139971--25140062	39	2.4	39	83	3	114	43	20	4	31	1.71
25140879--25140903	12	2.1	12	100	0	50	52	32	8	8	1.60
25148985--25149033	16	3.1	16	93	0	80	34	2	36	26	1.68
25149012--25149106	45	2.1	44	84	5	120	30	4	27	37	1.76
25149247--25149288	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25149256--25149297	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25149387--25149420	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
25149453--25149647	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
25151053--25151090	11	3.5	11	96	0	67	50	21	7	21	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25151319--25151354	15	2.4	15	100	0	72	44	11	8	36	1.70
25151597--25151718	41	3.1	41	65	21	114	36	4	14	43	1.67
25151815--25151920	52	2.1	51	87	8	153	33	12	6	47	1.67
25153432--25153561	65	2.0	65	98	0	251	18	20	10	50	1.77
25158897--25158947	14	3.4	16	75	20	56	13	3	7	74	1.18
25162641--25162691	14	3.4	16	75	20	56	13	3	7	74	1.18
25166362--25166419	28	2.1	28	93	0	98	29	24	13	32	1.94
25167800--25167839	14	2.9	14	85	7	55	15	25	35	25	1.94
25167770--25167839	28	2.5	28	86	4	88	21	22	30	25	1.99
25167879--25167943	22	3.0	22	76	0	76	40	16	15	27	1.89
25167891--25167986	22	4.3	22	72	7	77	36	13	18	31	1.90
25171171--25171228	16	3.8	16	75	11	68	55	0	0	44	0.99
25171221--25171280	26	2.3	25	86	11	77	56	1	3	38	1.26
25171351--25171389	19	2.0	20	90	10	62	48	5	0	46	1.24
25172093--25172150	17	3.4	17	71	4	62	53	5	3	37	1.40
25172080--25172150	35	2.0	35	97	0	133	50	5	7	36	1.53
25175941--25175971	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
25175975--25176000	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
25190597--25190661	27	2.4	27	80	12	71	23	3	9	64	1.37
25193298--25193327	10	3.1	10	95	4	53	70	0	0	30	0.88
25193517--25193562	20	2.2	21	84	7	58	43	0	0	56	0.99
25197281--25197348	16	4.2	16	88	3	93	29	0	32	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25197281--25197348	32	2.1	32	91	0	109	29	0	32	38	1.58
25197564--25197618	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
25197584--25197618	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25197704--25197738	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25197599--25197789	61	3.2	60	68	18	162	48	5	2	44	1.37
25197562--25197845	120	2.4	120	91	2	455	48	4	1	44	1.33
25199757--25199793	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
25201413--25201460	23	2.0	24	84	4	62	27	8	14	50	1.71
25203297--25203635	177	1.9	178	88	1	511	28	22	23	26	1.99
25204184--25204254	14	5.3	14	76	10	76	22	0	26	50	1.49
25204172--25204279	39	2.8	39	98	0	207	23	0	24	51	1.54
25204331--25204372	21	2.0	21	81	9	50	26	0	35	38	1.57
25204562--25204593	14	2.3	14	94	0	55	18	0	37	43	1.51
25205520--25205544	13	1.9	13	100	0	50	40	24	12	24	1.88
25208231--25208269	19	2.1	19	85	9	53	66	0	0	33	0.92
25209829--25209888	22	2.7	22	84	7	77	26	26	0	46	1.53
25209850--25209947	51	1.9	51	83	4	126	26	25	2	45	1.64
25211680--25211719	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
25211981--25212021	21	2.0	21	85	0	55	31	39	26	2	1.70
25212212--25212237	8	3.2	8	100	0	52	57	0	0	42	0.98
25212264--25213097	22	37.0	22	73	14	539	46	26	1	25	1.60
25212264--25213097	43	18.5	43	75	13	632	46	26	1	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25212310--25213091	117	7.0	109	73	16	486	46	26	1	25	1.60
25212385--25212449	15	4.3	15	70	14	53	52	27	0	20	1.47
25212264--25213097	89	9.2	88	75	16	414	46	26	1	25	1.60
25212488--25212521	16	2.2	16	94	5	61	52	29	0	17	1.45
25212576--25212784	52	4.2	51	75	18	190	46	25	1	26	1.61
25212293--25212876	117	5.1	115	77	13	489	47	25	1	26	1.59
25212701--25212750	15	3.3	15	76	20	59	50	22	0	28	1.49
25212577--25213059	74	7.0	73	71	20	217	45	25	1	26	1.62
25212701--25212762	30	2.0	31	90	3	99	48	24	0	27	1.51
25212293--25212989	182	3.9	180	78	14	606	46	26	1	25	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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