genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  7  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1856575--1856687	25	4.6	25	70	12	74	30	19	27	23	1.98
1856902--1856963	24	2.6	24	84	5	72	32	17	32	17	1.94
1858460--1858509	6	8.2	6	82	12	57	46	0	0	54	1.00
1858451--1858497	25	1.9	24	95	4	85	40	0	0	59	0.97
1858510--1858566	29	2.0	29	83	13	73	36	0	1	61	1.07
1862745--1862798	26	2.0	27	85	3	74	70	0	1	27	0.98
1865639--1865680	3	14.0	3	100	0	84	66	0	33	0	0.92
1867551--1867647	33	2.8	35	72	20	89	50	1	3	45	1.24
1867894--1867940	14	3.4	14	91	2	69	14	23	8	53	1.69
1867886--1867932	13	3.5	13	91	5	76	17	23	12	46	1.82
1879615--1879710	31	3.1	31	92	3	165	46	12	9	31	1.73
1884063--1884147	23	3.6	23	70	16	66	67	8	9	15	1.42
1884903--1884965	17	3.8	16	72	8	54	26	28	20	23	1.99
1884922--1885002	17	4.7	17	74	8	65	32	29	17	20	1.96
1884896--1885015	52	2.3	51	83	7	136	30	28	18	23	1.98
1893902--1893960	22	2.6	23	81	5	75	42	10	3	44	1.55
1904721--1904754	16	2.1	16	100	0	68	17	17	23	41	1.90
1905147--1905173	14	1.9	14	100	0	54	29	7	14	48	1.71
1905201--1905246	19	2.4	19	85	7	58	28	19	8	43	1.80
1907793--1907825	6	5.5	6	92	0	57	81	0	18	0	0.68
1909117--1909756	45	14.4	44	80	5	624	30	15	23	30	1.95
1909117--1909786	133	5.0	134	82	3	681	30	15	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1909117--1909756	89	7.2	89	80	7	514	30	15	23	30	1.95
1911280--1911357	25	3.1	25	75	21	74	32	8	8	50	1.65
1911290--1911367	24	3.3	23	79	13	86	28	7	8	55	1.59
1913848--1913904	26	2.2	25	84	9	71	38	5	12	43	1.65
1926313--1926359	3	15.7	3	78	8	51	29	2	2	65	1.15
1928157--1928196	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
1928413--1928446	16	2.1	16	100	0	68	70	11	0	17	1.16
1931894--1931934	13	3.1	14	79	13	50	56	4	0	39	1.21
1936569--1937057	47	10.4	47	96	0	879	30	29	8	31	1.87
1941181--1941352	45	4.0	42	74	10	127	25	16	28	29	1.97
1941743--1941862	61	2.0	61	98	0	231	30	9	25	35	1.87
1942514--1942773	83	3.1	85	85	5	323	31	25	21	21	1.98
1942514--1942773	43	6.1	42	86	4	337	31	25	21	21	1.98
1943095--1943134	21	1.9	21	89	0	62	7	42	12	37	1.71
1943183--1943223	21	2.0	21	95	0	73	7	43	14	34	1.73
1943118--1943285	87	1.9	87	89	4	259	13	30	16	40	1.86
1943189--1943234	21	2.2	21	88	0	65	4	41	17	36	1.69
1948507--1948783	31	8.3	31	79	16	295	37	0	14	48	1.45
1948392--1948566	94	1.9	92	85	9	246	39	2	12	45	1.57
1948583--1948783	103	2.0	96	82	10	237	36	0	15	47	1.46
1948612--1948659	17	3.1	17	80	17	59	37	0	14	47	1.44
1948506--1948767	134	2.0	134	97	0	497	37	0	15	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1948647--1948722	11	7.5	10	75	16	50	35	0	17	47	1.48
1949263--1949356	47	2.0	47	89	0	143	32	22	14	29	1.94
1949926--1949958	12	2.8	12	90	0	57	54	9	6	30	1.56
1950688--1950719	16	2.0	16	100	0	64	25	12	6	56	1.59
1952032--1952083	25	2.0	26	85	3	70	50	21	3	25	1.65
1953903--1953973	35	2.0	35	100	0	142	36	14	19	29	1.91
1970232--1970275	22	2.0	22	86	4	63	52	6	2	38	1.41
1981021--1981076	29	1.9	29	85	0	76	50	8	5	35	1.57
1982401--1982462	31	2.0	31	87	0	88	22	1	24	51	1.57
1982441--1982482	22	1.9	22	90	9	68	16	2	33	47	1.60
1984425--1984464	19	2.1	19	85	0	53	30	5	22	42	1.75
1993620--1993907	105	2.7	105	88	1	416	43	11	7	37	1.70
1994439--1994483	23	2.0	23	86	8	65	48	2	2	46	1.26
2012565--2012595	6	5.3	6	92	7	55	35	0	0	64	0.94
2012569--2012593	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2019870--2019919	22	2.2	24	79	17	61	56	0	2	42	1.11
2020208--2021323	149	7.4	154	86	5	1485	31	9	6	52	1.61
2025990--2026043	27	2.0	28	96	3	101	25	29	24	20	1.99
2025915--2026247	102	3.3	102	94	0	560	30	26	21	21	1.98
2026092--2026145	27	2.0	28	92	3	92	25	27	24	22	2.00
2027845--2027874	11	2.6	12	94	5	53	30	16	0	53	1.44
2027845--2027874	6	5.2	6	92	8	53	30	16	0	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037860--2037927	33	2.1	33	94	0	118	29	29	0	41	1.57
2046047--2046235	59	3.2	59	73	11	222	53	2	1	42	1.22
2045999--2046186	61	3.1	61	73	11	224	51	4	2	42	1.33
2045991--2046236	120	2.0	120	100	0	492	51	3	1	43	1.27
2049590--2049615	11	2.4	11	100	0	52	76	0	15	7	0.99
2049589--2049617	11	2.5	12	88	11	51	75	0	17	6	1.01
2062946--2062978	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
2063058--2063090	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
2062725--2063383	226	2.9	224	97	0	1237	40	3	14	41	1.63
2063170--2063202	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
2063284--2063316	12	2.8	12	90	4	50	36	3	9	51	1.49
2062725--2063383	112	5.8	112	97	1	1237	40	3	14	41	1.63
2063721--2063871	41	3.7	41	85	0	203	28	17	28	25	1.98
2064176--2064539	182	2.0	182	98	0	701	35	8	13	43	1.74
2064557--2064630	38	1.9	38	91	0	121	27	24	21	27	1.99
2069270--2069347	31	2.5	30	83	4	93	26	6	25	41	1.79
2070964--2071037	31	2.5	30	86	4	105	35	6	10	47	1.65
2073786--2074000	25	8.7	25	68	16	85	18	23	21	36	1.95
2073935--2073999	25	2.6	25	85	2	87	21	24	20	33	1.97
2075921--2075965	22	2.1	21	83	4	54	44	17	4	33	1.69
2077536--2077621	28	3.1	27	77	8	91	20	29	13	36	1.92
2077597--2077826	33	7.0	33	76	4	205	16	23	14	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077599--2077825	66	3.4	66	85	3	296	16	22	14	46	1.83
2077601--2077826	99	2.3	99	79	6	226	16	23	14	46	1.83
2078836--2078947	56	2.0	58	83	3	147	19	19	11	49	1.79
2079412--2079453	20	2.0	22	90	9	70	54	14	9	21	1.68
2079534--2079663	20	6.6	19	70	21	65	56	7	15	20	1.64
2079617--2079746	40	3.2	40	71	14	122	56	10	14	18	1.67
2081228--2081276	26	1.9	26	87	4	73	36	0	2	61	1.08
2081186--2081270	38	2.2	39	85	6	111	31	1	1	65	1.07
2089503--2089547	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13
2104049--2104083	16	2.2	16	89	0	52	54	2	14	28	1.54
2104102--2104206	44	2.4	44	90	0	156	36	0	24	39	1.56
2104401--2104448	19	2.5	20	86	6	64	54	0	4	41	1.20
2106621--2106655	19	1.9	17	88	11	52	20	11	0	68	1.20
2108158--2108202	23	2.0	24	82	8	58	22	8	2	66	1.30
2108181--2108370	10	20.3	9	68	22	56	30	2	4	62	1.28
2108309--2108351	17	2.5	17	81	11	52	27	2	4	65	1.25
2114989--2115079	31	3.0	30	80	18	116	42	12	17	27	1.85
2114989--2115068	29	2.7	29	86	11	101	42	10	18	28	1.83
2119621--2119678	9	6.4	9	80	7	64	25	6	20	46	1.75
2131658--2131812	46	3.4	46	85	3	204	24	19	23	32	1.97
2131687--2131835	46	3.3	47	83	3	126	28	18	20	32	1.96
2131658--2131835	92	1.9	92	82	0	221	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136975--2137003	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
2141736--2141765	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
2143331--2143404	37	2.0	37	97	0	139	39	21	18	20	1.93
2144409--2144472	18	3.6	17	75	6	65	51	7	1	39	1.40
2144555--2144614	24	2.4	24	76	20	61	70	1	8	20	1.22
2147281--2147326	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
2152901--2152949	27	1.9	26	88	12	75	30	0	18	51	1.47
2152943--2153024	9	8.6	9	75	17	67	29	1	17	52	1.52
2152952--2152999	14	3.4	14	76	21	55	25	0	18	56	1.42
2152945--2153012	28	2.5	28	92	2	111	29	1	16	52	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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