genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26824650--26824857	25	8.8	24	68	21	127	47	12	0	40	1.41
26824675--26824925	71	3.6	71	91	5	429	48	11	0	39	1.40
26824886--26824933	25	1.9	25	91	8	80	39	18	0	41	1.51
26826041--26826072	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
26829156--26829281	51	2.5	51	84	2	182	45	0	23	30	1.59
26829259--26829298	11	3.6	11	86	0	62	52	0	30	17	1.45
26831030--26831082	19	3.0	17	78	10	61	35	9	18	35	1.84
26831054--26831098	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
26831064--26831108	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
26832873--26833354	241	2.0	240	97	0	919	29	20	17	32	1.96
26837318--26837351	17	1.9	17	88	5	50	47	0	8	44	1.34
26842982--26843009	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
26845545--26845593	24	2.1	23	84	3	62	53	6	2	38	1.38
26850688--26850713	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
26855325--26855352	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
26855726--26855779	20	2.8	19	83	5	72	33	0	0	66	0.92
26857120--26857194	31	2.4	32	84	6	100	38	13	6	41	1.70
26863647--26863676	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
26874561--26874607	18	2.6	18	80	6	51	40	19	2	38	1.63
26881053--26881095	21	2.0	22	90	4	70	44	34	4	16	1.68
26882685--26882732	10	4.9	10	80	14	55	35	6	0	58	1.23
26885389--26885474	41	2.1	41	100	0	172	39	16	22	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26886791--26886893	31	3.2	32	75	13	97	68	8	6	15	1.36
26887725--26887767	9	4.7	9	82	5	59	88	0	9	2	0.60
26887724--26887767	19	2.3	19	92	0	70	88	0	9	2	0.59
26887727--26887782	17	3.7	16	79	13	57	82	0	12	5	0.83
26889455--26889673	44	4.8	44	71	14	172	32	18	21	27	1.96
26889451--26889806	142	2.5	142	94	0	615	32	18	21	27	1.96
26891720--26891767	10	4.9	10	80	14	55	35	6	0	58	1.23
26892907--26892969	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
26893298--26893350	18	2.9	17	80	5	61	37	18	1	41	1.62
26898696--26898736	19	2.2	19	91	4	66	29	4	0	65	1.13
26898703--26898742	19	2.2	19	86	4	55	35	2	0	62	1.09
26913263--26913301	20	1.9	21	84	5	53	35	10	15	38	1.81
26914173--26914228	22	2.5	22	76	0	58	39	19	7	33	1.79
26917035--26917087	28	2.0	26	82	14	63	60	3	1	33	1.26
26917918--26917955	14	2.7	14	91	0	58	47	13	15	23	1.81
26919591--26919965	44	8.2	44	73	10	189	29	19	17	34	1.94
26919745--26919965	88	2.5	88	78	7	216	28	20	17	33	1.95
26931635--26931664	5	6.2	5	92	7	53	80	0	0	20	0.72
26931625--26931664	14	2.9	14	85	10	55	80	0	2	17	0.83
26933973--26934073	42	2.4	43	83	1	132	33	28	15	21	1.95
26934007--26934137	67	1.9	68	80	7	151	33	29	12	24	1.93
26939346--26939374	8	3.8	8	90	9	51	37	48	0	13	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26939355--26939395	21	1.9	22	85	5	57	39	39	0	21	1.54
26939593--26939631	16	2.4	17	95	4	71	46	0	0	53	1.00
26939739--26939802	21	3.0	21	82	11	76	35	42	0	21	1.54
26939783--26939963	14	12.9	14	68	15	54	45	27	1	25	1.60
26940219--26940264	20	2.4	20	82	7	51	63	4	4	28	1.33
26940271--26940380	41	2.7	41	84	1	132	29	26	24	20	1.99
26940577--26940622	20	2.4	20	82	7	51	63	4	4	28	1.33
26940629--26940739	41	2.7	41	94	0	195	31	28	22	17	1.96
26940027--26940719	358	1.9	358	97	0	1296	40	14	9	35	1.79
26943381--26943423	14	3.1	14	82	0	50	65	0	0	34	0.93
26943386--26943433	22	2.2	22	85	7	62	64	0	0	35	0.94
26943486--26943540	7	7.9	7	100	0	110	72	14	0	12	1.12
26944881--26944930	24	2.0	25	84	3	66	64	4	0	32	1.12
26944988--26945021	7	4.9	7	88	0	50	73	8	0	17	1.08
26944989--26945021	14	2.4	14	100	0	66	75	6	0	18	1.00
26946395--26946434	20	2.0	20	85	9	55	62	0	0	37	0.95
26947843--26947889	20	2.4	20	89	3	69	68	0	0	31	0.90
26947859--26947901	19	2.3	18	81	14	52	62	0	0	37	0.95
26950213--26950708	248	2.0	248	99	0	974	27	16	8	47	1.76
26957706--26957753	24	2.0	25	84	12	64	47	2	6	43	1.40
26960653--26960699	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
26964821--26964890	35	2.2	30	85	14	88	25	10	15	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26966102--26966158	21	2.8	21	94	2	98	26	14	14	45	1.82
26966233--26966276	20	2.2	20	91	0	70	29	6	13	50	1.68
26970272--26970391	40	3.0	40	97	0	222	50	15	20	15	1.79
26971099--26971142	18	2.3	20	76	11	56	18	15	38	27	1.91
26972776--26972943	50	3.2	49	78	9	149	28	19	27	25	1.98
26973228--26973298	32	2.2	32	100	0	142	52	2	29	15	1.57
26973229--26973281	16	3.3	16	70	19	56	50	1	30	16	1.56
26973245--26973297	16	3.3	16	70	19	56	50	3	30	15	1.61
26980164--26980201	13	2.7	14	84	12	51	39	7	0	52	1.31
26987122--26987169	22	2.2	22	92	3	80	6	8	22	62	1.46
26987133--26987171	11	3.5	11	78	0	51	7	12	20	58	1.58
26996778--26996819	15	2.8	15	85	7	50	57	2	9	30	1.44
27003026--27003058	13	2.5	13	95	0	57	33	39	0	27	1.57
27004655--27004696	17	2.6	16	85	10	59	73	2	7	16	1.15
27013145--27013194	24	2.1	24	100	0	100	38	22	20	20	1.94
27014304--27014358	22	2.5	22	96	0	101	60	25	3	10	1.47
27029733--27029896	29	5.6	29	77	11	165	21	26	13	37	1.91
27029733--27029917	58	3.2	58	81	9	207	22	26	12	38	1.90
27034555--27034598	14	3.1	15	90	6	65	0	29	4	65	1.12
27056245--27056274	4	7.2	4	96	3	51	26	0	0	73	0.84
27056594--27056626	17	2.0	17	88	5	50	60	18	0	21	1.36
27058956--27059002	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27064050--27064091	22	1.9	22	85	0	57	45	11	19	23	1.83
27064108--27064257	32	4.7	32	83	9	166	36	23	21	19	1.95
27064260--27064313	26	2.1	26	85	0	72	37	24	20	18	1.94
27064295--27064360	27	2.5	26	80	9	71	33	24	24	18	1.97
27064508--27064789	27	10.5	27	83	4	252	26	21	17	34	1.95
27064508--27064789	54	5.3	54	80	5	288	26	21	17	34	1.95
27078813--27079074	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
27082210--27082252	21	2.0	21	82	8	52	20	18	18	41	1.90
27082633--27082663	4	8.0	4	92	7	55	0	0	22	77	0.77
27087811--27087887	32	2.4	32	82	0	100	14	9	49	27	1.73
27090463--27090633	32	5.4	32	73	10	127	40	16	18	23	1.90
27090669--27090723	27	2.0	28	82	10	69	32	21	21	23	1.98
27090805--27090886	24	3.4	24	84	0	101	50	21	6	21	1.71
27090805--27090913	24	4.5	24	83	2	94	47	22	6	23	1.74
27090959--27091222	27	9.9	27	78	8	200	20	16	18	43	1.88
27091040--27091234	27	7.2	27	82	6	216	21	17	16	44	1.87
27093318--27093348	15	2.0	16	93	6	55	35	12	6	45	1.68
27096191--27096222	13	2.5	13	94	0	55	25	25	37	12	1.91
27098358--27098388	16	1.9	16	100	0	62	9	12	0	77	0.99
27104853--27104880	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
27110675--27110752	3	27.3	3	74	10	65	29	2	3	64	1.25
27110776--27110853	27	2.8	28	77	14	99	30	8	7	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27110768--27110858	27	3.4	26	73	19	96	29	8	7	53	1.59
27118342--27118390	18	2.7	18	80	0	62	38	16	2	42	1.60
27127867--27128125	85	3.0	84	84	2	286	31	13	15	40	1.85
27128121--27128355	78	3.0	77	79	6	269	31	16	11	41	1.83
27128363--27128668	84	3.7	84	82	7	324	32	10	10	45	1.74
27140967--27141602	328	1.9	327	87	6	930	47	8	8	35	1.65
27146758--27146818	24	2.5	24	79	12	72	63	6	11	18	1.47
27148673--27149165	132	3.7	132	90	0	754	27	22	17	31	1.97
27148837--27149212	44	8.5	44	67	16	179	27	22	17	31	1.97
27149254--27149533	51	5.5	51	66	8	203	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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