genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  47  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14017903--14018032	40	3.3	40	90	3	192	26	29	20	23	1.99
14025913--14026148	40	5.9	40	78	1	222	21	30	15	32	1.94
14026074--14026131	20	2.9	20	70	10	55	20	32	17	29	1.95
14025907--14026153	120	2.1	120	83	1	307	21	31	14	32	1.94
14028639--14028705	34	2.0	34	90	0	107	28	5	23	41	1.78
14030157--14030306	38	3.9	38	84	5	167	34	28	20	17	1.95
14030157--14030306	78	1.9	76	85	2	201	34	28	20	17	1.95
14030753--14030935	94	1.9	94	83	8	239	38	19	11	31	1.87
14034472--14034547	29	2.7	28	78	8	82	27	28	18	25	1.98
14034733--14035036	43	7.1	43	91	0	482	32	33	22	11	1.90
14036078--14036151	37	2.0	37	97	0	139	37	13	12	36	1.82
14036621--14036769	38	3.9	38	79	7	140	34	27	19	18	1.95
14036621--14036769	76	1.9	77	82	4	185	34	27	19	18	1.95
14041372--14041433	21	3.0	21	79	9	81	14	20	20	43	1.87
14041593--14041645	26	2.0	26	96	0	97	32	3	24	39	1.73
14044338--14044416	34	2.3	33	86	2	104	11	24	8	55	1.63
14045655--14045916	27	9.7	26	80	10	260	39	20	8	30	1.83
14045655--14045916	81	3.2	80	84	5	314	39	20	8	30	1.83
14047842--14047873	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
14048080--14048408	50	6.6	50	74	7	222	31	26	17	24	1.97
14048075--14048262	101	1.9	98	87	6	279	30	25	19	25	1.98
14048082--14048414	150	2.2	150	92	1	560	31	26	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14048225--14048408	100	1.8	100	84	2	253	31	26	18	23	1.97
14048082--14048413	49	6.6	50	75	5	285	31	26	17	24	1.97
14048762--14048808	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
14052033--14052077	24	1.9	23	86	4	63	42	4	37	15	1.67
14058034--14058070	11	3.2	12	85	11	51	27	29	8	35	1.85
14058574--14058655	31	2.6	31	86	5	103	60	19	3	15	1.49
14058887--14058962	21	3.6	21	78	7	91	2	50	18	28	1.61
14060099--14060135	11	3.2	12	85	11	51	27	29	8	35	1.85
14060639--14060720	31	2.6	31	86	5	103	60	19	3	15	1.49
14060952--14061068	21	5.6	21	74	9	114	2	49	18	29	1.61
14060952--14061058	41	2.6	41	89	1	151	2	49	18	28	1.62
14061663--14061700	19	2.1	19	90	9	62	52	0	5	42	1.24
14066701--14067063	9	41.2	9	77	5	321	36	2	13	47	1.57
14066737--14067056	44	7.3	44	92	1	482	36	3	12	48	1.57
14066702--14067063	35	10.3	36	80	4	328	36	2	13	47	1.57
14066706--14067071	44	8.5	44	87	6	231	36	2	13	47	1.57
14067187--14067256	29	2.4	29	87	0	104	52	2	1	42	1.24
14067428--14067474	24	2.0	24	86	0	67	42	6	23	27	1.78
14067522--14067655	64	2.1	64	97	0	250	47	3	11	38	1.57
14068438--14068463	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
14070327--14070371	19	2.3	20	84	7	65	35	0	37	26	1.57
14071583--14071640	29	2.0	29	100	0	116	20	6	37	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14072204--14072334	41	3.2	41	89	6	187	23	18	22	35	1.95
14086368--14086425	28	2.1	28	100	0	116	25	3	3	67	1.22
14113850--14113929	38	2.1	39	90	2	126	15	20	31	33	1.93
14114612--14114643	12	2.7	12	95	0	55	9	0	37	53	1.34
14115334--14115395	25	2.5	25	83	0	79	29	9	20	40	1.84
14118083--14118108	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
14132529--14132567	19	2.1	19	95	0	69	28	25	7	38	1.83
14137883--14137907	12	2.1	12	100	0	50	0	52	0	48	1.00
14142915--14142958	22	2.0	23	90	4	72	59	6	0	34	1.24
14145224--14145252	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
14146597--14146777	6	29.3	6	68	17	95	48	13	17	20	1.81
14146606--14146692	37	2.4	37	86	0	111	51	12	16	19	1.75
14146673--14146774	25	3.8	25	74	14	105	45	14	20	19	1.86
14146618--14146777	56	2.8	56	85	5	194	47	13	18	20	1.82
14146618--14146777	31	5.4	31	69	17	122	47	13	18	20	1.82
14147354--14147428	27	2.8	27	80	8	80	34	8	24	33	1.84
14148579--14148620	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
14148755--14148909	43	3.7	42	75	6	127	25	14	27	31	1.95
14151325--14151395	25	2.8	25	77	12	65	63	1	2	32	1.18
14152118--14152159	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
14153494--14153686	27	7.3	26	72	8	113	39	19	10	30	1.85
14153515--14153804	27	10.9	27	78	3	273	39	18	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14153494--14153804	81	3.9	79	80	5	331	39	19	9	30	1.85
14153788--14154412	27	23.2	27	84	5	683	36	16	20	26	1.94
14153788--14154413	54	11.6	54	84	2	774	35	16	20	26	1.94
14153788--14154415	81	7.8	81	86	1	774	35	16	20	26	1.94
14154705--14154745	20	2.0	20	90	0	64	14	14	29	41	1.86
14154978--14155081	27	3.9	26	86	6	127	20	23	20	36	1.95
14155232--14155333	6	16.7	6	75	15	84	16	17	15	50	1.79
14155236--14155312	31	2.5	30	78	15	77	15	19	15	49	1.80
14155242--14155312	25	2.8	25	84	0	88	15	19	15	49	1.80
14159166--14159601	218	2.0	218	99	0	854	21	17	31	29	1.96
14165569--14166061	246	2.0	246	95	0	880	27	16	29	26	1.96
14166347--14166474	64	2.0	64	93	0	220	34	25	9	31	1.87
14167082--14167187	53	2.0	53	98	0	203	26	23	26	23	2.00
14167656--14167735	25	3.0	25	66	26	65	22	26	22	28	1.99
14167656--14167765	55	2.0	55	96	0	202	22	24	22	30	1.99
14168786--14169076	27	10.8	26	74	10	221	38	19	9	31	1.84
14168766--14169021	81	3.2	81	79	6	263	39	21	8	30	1.83
14168786--14169078	161	1.8	161	81	7	371	38	19	9	32	1.85
14169062--14169683	27	23.1	27	83	6	708	34	16	20	27	1.94
14168766--14169101	161	2.1	161	79	7	362	38	19	10	30	1.85
14168789--14169129	188	1.8	188	80	3	418	39	19	10	30	1.86
14169974--14170014	20	2.0	20	90	0	64	12	17	31	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14170031--14170089	22	2.7	22	81	0	64	20	23	22	33	1.97
14170247--14170347	27	3.7	27	84	5	98	22	23	17	35	1.95
14170247--14170350	54	1.9	53	82	5	129	22	23	18	36	1.95
14170475--14170536	25	2.5	25	83	0	70	19	17	12	50	1.78
14170586--14170637	6	8.7	6	76	0	50	19	17	11	51	1.75
14170494--14170605	31	3.6	31	74	11	102	21	17	14	46	1.84
14172640--14172930	27	10.8	26	75	9	219	38	20	9	30	1.85
14172619--14172926	80	3.8	80	82	4	363	39	20	10	30	1.85
14172619--14172930	53	5.8	53	75	9	242	39	20	9	30	1.85
14172914--14173513	27	22.3	27	85	1	691	36	17	19	26	1.94
14174078--14174151	27	2.7	27	72	15	71	20	22	17	39	1.92
14174352--14174475	6	20.3	6	68	12	56	20	16	12	50	1.78
14174333--14174406	37	2.0	37	89	0	112	17	17	14	50	1.79
14174333--14174430	31	3.2	31	71	16	94	19	19	12	48	1.79
14174306--14174424	62	1.9	62	85	0	166	19	18	13	48	1.80
14174361--14174430	25	2.8	25	84	0	86	18	18	12	50	1.78
14174463--14174496	18	1.9	17	88	5	50	17	11	14	55	1.68
14185105--14185142	10	3.6	10	86	13	58	60	0	0	39	0.97
14185105--14185137	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
14193731--14193926	40	4.9	40	83	3	225	24	28	23	23	2.00
14193722--14193926	80	2.6	79	89	4	288	24	27	23	24	2.00
14195319--14195741	40	10.6	40	91	2	584	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14195673--14195750	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
14196812--14196842	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14196809--14196848	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
14197034--14197288	55	4.8	53	80	8	245	21	24	18	35	1.95
14197080--14197280	108	1.8	110	89	4	318	21	25	18	33	1.97
14197769--14197874	55	1.9	55	98	0	203	29	20	13	36	1.91
14202598--14202628	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
14202595--14202634	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
14202820--14203075	55	4.8	54	80	6	256	19	25	18	35	1.95
14204959--14204983	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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