genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7281704--7281742	19	2.1	19	85	9	53	53	0	2	43	1.14
7282807--7282862	22	2.5	22	83	11	78	66	8	7	17	1.42
7282853--7282877	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
7286491--7286520	5	5.8	5	96	4	51	36	20	0	43	1.52
7291040--7291083	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
7293654--7294053	90	4.4	90	90	5	640	50	10	9	30	1.67
7293649--7294040	186	2.1	187	92	3	659	50	9	9	30	1.67
7294358--7294409	17	3.1	17	94	0	86	38	7	1	51	1.42
7294973--7295002	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
7295745--7295835	44	2.1	44	89	0	137	52	6	7	32	1.56
7303432--7303508	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
7303448--7303487	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
7303436--7303502	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
7304915--7305054	40	3.5	40	76	6	142	31	25	17	26	1.97
7306015--7306051	3	12.7	3	94	5	67	64	0	0	35	0.94
7307336--7307389	26	2.1	26	100	0	108	27	20	25	25	1.99
7314550--7314584	14	2.5	14	90	0	52	25	5	5	62	1.40
7316085--7316166	40	2.0	40	100	0	164	15	24	26	32	1.95
7316975--7317115	60	2.3	60	83	9	180	22	17	15	44	1.86
7317570--7317648	31	2.5	31	85	0	104	49	12	11	26	1.75
7318491--7318517	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
7321005--7321153	18	7.7	20	70	20	113	46	0	52	0	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7321050--7321206	3	52.3	3	75	5	111	45	0	54	0	1.04
7321006--7321206	15	13.6	15	75	13	141	47	0	51	0	1.08
7321003--7321206	24	8.4	24	77	7	171	47	0	51	0	1.08
7321001--7321163	21	8.4	20	68	24	91	46	0	52	0	1.09
7325015--7325199	94	1.9	97	83	9	245	33	9	18	38	1.84
7325764--7325819	29	1.9	29	85	7	78	62	5	8	23	1.45
7325984--7326047	27	2.3	28	86	2	85	21	21	3	53	1.60
7342398--7342426	15	1.9	15	100	0	58	17	13	13	55	1.70
7357980--7358036	14	4.4	12	78	12	51	77	1	3	17	1.00
7357979--7358036	22	2.6	22	84	10	66	77	1	3	17	0.99
7358447--7358497	17	3.1	17	80	2	59	13	1	9	74	1.15
7364051--7364361	43	7.3	43	80	2	304	27	30	16	26	1.97
7364051--7364257	85	2.4	86	87	0	290	26	31	16	24	1.97
7364051--7364363	128	2.4	129	82	6	368	27	30	16	26	1.97
7364637--7364727	43	2.1	43	85	2	121	42	9	10	36	1.73
7368829--7369091	83	3.2	83	83	3	311	31	15	13	39	1.85
7369214--7369241	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7369311--7369357	17	2.8	17	83	0	58	51	10	0	38	1.37
7370017--7370156	7	19.7	7	68	10	61	46	32	0	20	1.51
7370017--7370156	14	9.9	14	71	8	86	46	32	0	20	1.51
7370015--7370083	36	1.9	35	82	2	84	44	31	0	23	1.53
7370337--7370620	41	6.9	41	90	0	451	28	28	23	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7374243--7374293	5	9.8	5	89	6	75	39	3	54	1	1.30
7381481--7381615	67	2.0	67	97	0	252	31	14	22	31	1.94
7381908--7381961	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
7389632--7389667	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
7391873--7391930	17	3.1	17	69	21	53	24	32	15	27	1.95
7400702--7400745	13	3.4	13	93	6	72	38	31	0	29	1.58
7401387--7401484	48	2.0	48	100	0	196	16	12	6	65	1.45
7410724--7410767	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
7414105--7414154	24	2.2	24	82	10	61	42	14	6	38	1.70
7414593--7414636	21	2.1	21	87	8	63	45	11	9	34	1.72
7417326--7417351	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7419868--7420045	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7419889--7420044	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7427932--7428109	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
7427953--7428108	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
7435017--7435067	22	2.3	23	83	10	61	70	7	0	21	1.12
7435017--7435067	23	2.2	23	82	6	59	70	7	0	21	1.12
7437163--7437193	3	10.7	3	93	6	55	0	35	0	64	0.94
7437412--7437456	9	4.6	10	81	13	58	17	0	11	71	1.14
7437415--7437452	19	2.0	20	89	5	60	18	0	7	73	1.06
7437937--7438004	10	7.0	9	78	15	57	70	1	1	26	1.04
7437936--7437999	29	2.2	28	83	10	76	70	1	1	26	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7437949--7437999	9	5.4	10	80	17	56	70	1	1	25	1.08
7437948--7438004	19	2.9	18	82	10	60	70	1	1	26	1.07
7438195--7438232	18	2.1	18	85	9	51	65	2	0	31	1.06
7446692--7446735	19	2.3	19	88	0	61	29	11	2	56	1.46
7451928--7451989	27	2.3	27	91	2	97	32	1	0	66	1.02
7451939--7452006	27	2.6	27	85	2	84	29	1	1	67	1.08
7453121--7453162	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
7457846--7457887	20	2.1	20	90	0	66	40	11	16	30	1.85
7457896--7457926	15	2.1	15	100	0	62	22	12	25	38	1.90
7459732--7459769	19	2.0	19	89	0	58	50	13	5	31	1.63
7467161--7467501	169	2.0	169	90	0	529	39	17	10	32	1.84
7468931--7468956	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
7475928--7475958	7	4.4	7	100	0	62	16	0	38	45	1.47
7477821--7477863	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
7477844--7477876	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
7477855--7477949	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
7478111--7478145	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7478069--7478141	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
7478030--7478301	144	1.9	147	94	3	487	46	3	2	47	1.34
7478255--7478289	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7481802--7481841	11	3.5	11	86	6	62	15	0	7	77	0.98
7481792--7481834	12	3.6	12	84	9	61	9	2	9	79	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7481792--7481846	23	2.3	24	93	3	94	12	1	7	78	1.04
7481903--7481941	14	2.7	15	84	4	53	30	0	0	69	0.89
7482456--7482559	53	2.0	52	81	5	120	34	6	14	44	1.72
7483060--7483207	68	2.2	68	96	1	271	41	2	20	35	1.64
7484435--7484515	36	2.3	34	83	12	101	49	0	2	48	1.14
7485256--7485310	24	2.2	26	78	12	62	36	0	18	45	1.49
7488431--7488590	25	6.6	25	82	9	167	38	18	23	20	1.93
7489533--7489561	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
7492242--7492271	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
7498883--7498919	9	4.0	9	89	3	56	62	0	0	37	0.96
7498947--7499002	19	2.9	19	73	23	55	50	0	1	48	1.11
7499011--7499140	15	8.5	15	65	20	54	49	4	2	43	1.36
7499497--7499569	33	2.2	34	80	9	89	50	17	6	24	1.70
7499586--7499625	14	2.9	14	92	0	62	30	20	5	45	1.72
7501481--7501561	37	2.2	37	79	12	89	45	3	18	32	1.67
7504179--7504296	41	2.9	41	92	0	200	31	22	21	25	1.98
7507334--7507465	40	3.4	39	74	11	110	25	19	24	31	1.98
7511712--7511766	25	2.2	25	87	3	76	27	29	10	32	1.91
7511733--7511809	25	3.1	25	77	5	68	23	24	22	29	1.99
7517219--7517252	6	5.7	6	89	0	50	50	44	0	5	1.26
7518032--7518058	8	3.4	8	100	0	54	62	0	0	37	0.95
7519054--7519091	19	2.0	19	100	0	76	21	10	15	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7523053--7523105	24	2.2	24	86	6	72	37	1	7	52	1.41
7525702--7525785	38	2.2	37	87	8	116	54	2	7	35	1.41
7527792--7527843	18	2.9	18	94	0	86	26	15	15	42	1.87
7528387--7528427	20	2.0	20	95	0	73	17	0	21	60	1.35
7531564--7531630	30	2.2	32	84	10	86	46	0	2	50	1.16
7531709--7531733	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7538196--7538317	62	2.0	64	80	8	144	46	9	14	29	1.75
7541085--7541227	75	1.9	75	98	0	277	30	31	11	25	1.92
7546428--7546464	7	5.4	7	90	6	58	27	43	10	18	1.83
7559734--7559763	15	1.9	16	93	6	53	36	0	10	53	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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