genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  99  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29056925--29057022	24	3.9	24	78	10	88	46	11	1	40	1.46
29056949--29057031	28	3.1	27	77	13	82	44	9	2	43	1.50
29056888--29057031	52	2.7	53	80	5	168	42	11	3	42	1.58
29056948--29057032	24	3.4	24	69	12	62	43	9	2	44	1.49
29062387--29062445	22	2.6	22	86	7	75	35	6	1	55	1.36
29067462--29067519	10	5.6	10	76	15	64	81	6	3	8	0.98
29067464--29067512	19	2.5	20	90	6	73	85	4	4	6	0.81
29067464--29067519	20	2.6	22	86	13	82	83	5	3	7	0.88
29069950--29070452	131	3.9	131	88	2	701	32	20	22	24	1.98
29070625--29070794	50	3.4	50	74	3	180	34	21	19	25	1.96
29072265--29072323	22	2.6	22	86	7	75	35	6	1	55	1.36
29085666--29085709	15	3.1	15	77	12	56	25	9	4	61	1.45
29089442--29089471	11	2.7	11	94	0	51	20	3	13	63	1.43
29091681--29091712	8	4.0	8	100	0	64	37	25	0	37	1.56
29092125--29092158	16	2.1	17	94	5	61	47	17	0	35	1.48
29092884--29093403	258	2.0	260	91	1	839	38	16	16	28	1.90
29093491--29093544	5	10.8	5	95	0	99	61	16	0	22	1.35
29093682--29093789	27	4.0	27	83	6	130	53	12	10	23	1.69
29093682--29093789	54	2.0	55	87	5	157	53	12	10	23	1.69
29094815--29094858	5	8.8	5	92	0	52	36	27	0	36	1.57
29097819--29097857	18	2.2	18	86	4	53	64	7	12	15	1.49
29105301--29105346	16	2.8	16	83	3	56	60	2	2	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29105783--29105930	47	3.1	50	60	21	116	44	16	7	31	1.75
29105743--29105937	94	2.1	93	98	1	374	44	15	8	31	1.76
29105906--29105959	19	2.8	19	88	0	90	38	16	7	37	1.77
29106650--29106761	44	2.5	44	77	11	113	31	17	17	33	1.94
29106602--29106992	217	1.8	216	92	2	660	27	21	20	30	1.98
29107341--29107462	44	2.8	44	86	5	149	27	26	18	27	1.98
29107473--29108126	88	7.4	88	89	0	977	21	24	26	27	1.99
29107671--29107814	44	3.3	43	64	7	110	27	24	22	25	2.00
29109346--29109376	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
29114647--29114678	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
29114626--29114763	72	1.9	72	91	5	224	52	8	10	27	1.65
29115204--29115260	19	2.7	22	76	15	66	40	17	7	35	1.77
29115194--29115266	19	3.5	22	80	10	64	42	16	5	35	1.71
29115230--29115283	19	2.8	19	91	0	90	35	16	11	37	1.84
29119669--29119703	11	3.2	11	87	0	52	28	25	17	28	1.97
29120277--29120328	22	2.4	22	86	0	77	28	13	23	34	1.92
29127603--29127655	25	2.1	25	96	0	97	32	11	13	43	1.79
29130135--29130312	27	6.6	27	82	3	178	30	28	14	26	1.95
29130135--29130312	54	3.3	55	82	3	200	30	28	14	26	1.95
29133055--29133197	71	2.0	71	98	0	277	29	14	9	46	1.77
29140559--29140619	24	2.6	24	86	2	88	54	0	0	45	1.00
29143008--29143093	40	2.3	36	80	13	93	32	5	9	52	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29145381--29145800	159	2.7	153	76	12	447	31	12	6	49	1.65
29145508--29146087	285	2.0	286	93	0	1000	31	12	5	50	1.63
29146478--29146566	14	6.6	14	73	16	82	1	30	0	68	0.97
29146492--29146557	24	2.7	26	83	11	93	1	28	0	69	0.97
29146486--29146565	24	3.2	25	80	7	92	1	28	0	70	0.96
29146517--29146577	28	2.2	28	84	0	77	0	32	0	67	0.91
29146519--29146582	14	4.8	13	73	22	53	0	35	0	64	0.94
29146619--29146687	27	2.6	27	85	0	84	18	28	34	17	1.94
29149084--29149181	39	2.5	38	78	6	97	37	15	14	32	1.87
29149487--29149515	15	1.9	15	100	0	58	41	27	0	31	1.56
29154139--29154163	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
29157243--29157286	8	5.2	8	78	10	52	25	2	4	68	1.20
29163241--29164413	89	13.0	88	68	11	441	32	17	21	27	1.96
29163294--29163401	45	2.4	45	82	1	128	35	19	16	28	1.94
29163242--29164409	44	25.8	44	72	6	375	32	17	21	27	1.96
29163442--29163944	139	3.7	139	82	4	549	32	17	22	28	1.96
29163610--29163790	95	1.9	95	81	4	222	33	17	22	27	1.96
29163294--29163991	139	5.2	133	74	7	339	32	17	22	28	1.96
29163897--29164284	139	2.8	138	86	3	528	32	16	23	27	1.96
29163294--29164413	455	2.5	455	89	2	1725	32	17	21	28	1.96
29166120--29166313	73	2.7	71	82	2	219	28	10	2	58	1.42
29166345--29166371	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29178377--29178570	73	2.7	73	80	2	205	28	8	2	59	1.40
29178729--29178761	6	5.5	6	100	0	66	15	15	0	69	1.19
29179416--29179469	23	2.4	23	81	6	76	42	7	11	38	1.68
29184981--29185019	20	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
29185520--29185572	22	2.4	22	83	3	61	58	1	11	28	1.43
29186567--29186610	22	2.0	21	91	4	70	63	22	2	11	1.38
29186701--29186759	31	1.9	31	89	0	91	18	16	5	59	1.55
29198760--29199102	85	4.0	85	100	0	686	41	9	10	37	1.73
29199447--29199471	10	2.5	10	100	0	50	64	20	0	16	1.30
29204529--29204649	59	2.1	59	81	4	138	38	5	15	39	1.72
29205942--29205981	17	2.4	17	88	12	64	67	0	7	25	1.16
29222558--29223083	82	6.4	83	83	6	539	31	24	20	23	1.98
29222560--29223082	164	3.2	164	82	12	596	31	24	20	23	1.98
29222561--29223075	206	2.5	205	89	4	756	31	25	20	23	1.98
29227431--29227999	23	25.1	22	78	13	515	26	0	24	49	1.52
29227513--29228016	45	11.1	45	77	14	373	26	0	25	48	1.53
29227434--29228006	158	3.6	157	83	9	672	26	0	24	48	1.53
29227431--29228002	68	8.4	67	79	11	528	26	0	24	49	1.52
29228041--29228091	24	2.1	25	96	3	95	43	11	0	45	1.40
29228878--29228902	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
29230539--29230618	18	4.3	18	71	25	60	62	7	3	26	1.39
29230539--29230617	19	4.2	19	70	20	58	63	6	3	26	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29230934--29230969	16	2.2	16	86	13	56	30	0	2	66	1.06
29230937--29230969	17	2.0	17	94	5	59	30	0	3	66	1.06
29233667--29233703	18	2.1	18	94	0	65	18	18	0	62	1.34
29236533--29236592	22	2.7	22	82	7	77	16	20	18	45	1.86
29239324--29239358	14	2.6	14	90	4	54	48	22	11	17	1.79
29239679--29239810	50	2.6	52	78	8	146	37	12	15	34	1.85
29241490--29241532	20	2.2	20	100	0	86	32	9	20	37	1.85
29243861--29243962	49	2.1	49	83	3	125	22	35	17	24	1.95
29246053--29246098	17	2.8	17	86	3	67	28	2	13	56	1.48
29247111--29247440	177	1.9	176	84	0	444	30	15	9	43	1.79
29249645--29249674	12	2.5	12	100	0	60	43	0	0	56	0.99
29250756--29250791	6	6.0	6	90	0	54	13	19	2	63	1.41
29251148--29251198	20	2.6	20	78	12	52	58	3	0	37	1.16
29251168--29251213	17	2.8	17	87	9	60	63	0	0	36	0.95
29251168--29251231	26	2.5	25	82	12	69	65	0	1	32	1.02
29251254--29251292	16	2.4	16	82	0	51	0	20	0	79	0.73
29259011--29259233	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
29259011--29259233	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
29259011--29259266	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
29261365--29261389	12	2.1	12	100	0	50	52	0	24	24	1.48
29262306--29262891	293	2.0	293	100	0	1172	33	13	19	33	1.91
29263428--29263503	20	3.8	20	93	5	120	23	30	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29267934--29267975	18	2.3	19	80	12	52	59	9	7	23	1.53
29276497--29276565	20	3.5	20	69	0	57	34	21	24	18	1.96
29276464--29276622	40	4.0	40	75	1	140	38	21	20	18	1.93
29276464--29276622	80	2.0	80	83	2	203	38	21	20	18	1.93
29280186--29280252	34	2.0	34	82	5	82	29	20	22	26	1.99
29280764--29281056	27	10.8	27	83	5	326	20	17	20	42	1.90
29280779--29281053	136	2.0	135	88	1	406	19	17	19	43	1.88
29280776--29281060	137	2.1	135	85	6	396	20	17	18	43	1.88
29283577--29283636	29	2.1	29	90	0	93	33	40	16	10	1.82
29291734--29291774	22	1.9	21	90	5	64	17	24	46	12	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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