genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  88  of  205  ( 24568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25838182--25838532	139	2.5	140	83	1	436	26	9	19	44	1.81
25838277--25838547	23	11.6	24	68	17	135	26	8	19	44	1.79
25838504--25838556	23	2.3	23	80	0	61	32	5	16	45	1.71
25842688--25843800	45	25.0	44	70	12	530	22	22	25	29	1.99
25842496--25843800	89	14.7	89	84	4	1415	22	22	25	29	1.99
25846823--25847006	51	3.6	50	75	9	178	26	17	24	31	1.97
25854095--25854206	3	37.3	3	85	0	89	55	0	10	33	1.41
25855235--25855269	15	2.3	15	90	0	52	14	5	37	42	1.69
25858305--25858491	50	3.8	49	85	4	238	17	31	21	28	1.96
25858305--25858487	97	1.9	99	88	5	282	17	31	21	29	1.96
25858512--25858606	44	2.2	44	86	0	127	24	20	11	44	1.84
25860445--25860482	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
25870347--25870384	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
25871825--25871890	33	2.0	33	90	0	105	53	7	18	21	1.69
25878064--25878103	15	2.6	14	85	14	53	40	12	12	35	1.81
25879503--25879589	39	2.2	39	85	4	113	43	18	5	32	1.73
25879635--25879672	15	2.4	16	86	4	51	44	28	2	23	1.67
25881443--25881478	18	1.9	19	88	5	56	11	8	2	77	1.08
25881822--25881863	21	2.0	21	86	9	59	30	2	4	61	1.29
25886697--25886829	50	2.7	50	78	9	137	21	28	23	27	1.99
25888287--25888331	23	2.0	23	100	0	90	57	26	2	13	1.48
25892691--25892770	4	19.5	4	75	20	60	21	2	0	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25892692--25892773	17	5.3	17	69	27	67	21	2	0	75	0.92
25892696--25892770	13	5.4	14	80	19	79	21	2	0	76	0.92
25892709--25892782	36	2.0	37	87	7	107	20	5	0	74	1.01
25892698--25892782	43	1.9	45	86	13	124	21	4	0	74	1.00
25892699--25892799	43	2.3	44	80	16	104	23	3	0	71	1.09
25892881--25892923	11	4.2	11	77	17	56	13	0	2	83	0.74
25892881--25892956	28	2.6	30	79	10	95	14	1	5	78	0.98
25892881--25892934	23	2.4	22	84	6	63	14	0	3	81	0.82
25892888--25892934	22	2.2	21	81	11	51	12	0	4	82	0.80
25892973--25893187	80	2.7	79	96	2	394	27	9	9	52	1.66
25894390--25894443	23	2.3	23	75	12	56	48	14	27	9	1.75
25899161--25899206	24	2.0	23	84	16	60	4	34	8	52	1.52
25899956--25899995	21	1.9	21	89	0	62	17	25	30	27	1.97
25906615--25906645	16	1.9	16	100	0	62	32	0	35	32	1.58
25906816--25906857	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25906825--25906866	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25906851--25907038	61	3.1	61	70	14	199	48	6	1	42	1.39
25906935--25906993	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
25906814--25907111	120	2.5	121	92	3	494	50	5	2	41	1.38
25906912--25906996	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
25919213--25919566	126	2.8	125	90	2	548	30	16	22	31	1.96
25922582--25922821	116	2.1	116	97	0	453	43	9	8	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25922826--25923207	23	15.9	23	74	19	206	28	0	25	45	1.58
25922847--25922904	22	2.6	22	82	15	75	27	0	29	43	1.55
25922847--25922908	21	3.0	21	84	13	67	29	0	27	43	1.55
25922889--25923150	29	9.2	29	73	18	203	27	0	27	44	1.60
25923048--25923103	21	2.6	22	94	5	105	25	0	26	48	1.52
25922979--25923204	118	2.0	111	90	7	355	27	0	26	45	1.59
25923156--25923200	22	2.2	20	88	11	65	28	0	24	46	1.53
25923641--25923695	21	2.5	22	94	5	103	23	0	27	49	1.51
25923684--25923806	29	4.1	29	88	8	167	26	0	27	45	1.59
25923705--25923806	35	3.1	35	83	10	128	25	0	30	43	1.61
25923692--25923806	63	1.9	59	87	10	171	26	0	26	45	1.60
25923773--25923898	23	5.7	23	73	22	117	26	0	26	46	1.53
25923822--25923880	20	2.8	20	92	5	91	25	0	25	49	1.51
25923952--25923985	7	4.9	7	86	13	52	58	11	0	29	1.33
25924115--25924207	25	3.7	25	97	0	177	41	15	0	43	1.46
25924125--25924261	50	3.0	45	84	12	138	46	14	0	38	1.45
25925390--25925414	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25925430--25925471	11	3.8	11	87	0	66	54	7	19	19	1.66
25925475--25925508	11	3.2	11	95	4	61	44	0	32	23	1.54
25925933--25926128	43	4.6	43	79	9	188	21	17	26	34	1.95
25925968--25926164	43	4.7	43	77	9	208	24	16	25	33	1.96
25925968--25926164	85	2.3	84	92	0	322	24	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25928783--25929010	114	2.0	114	98	0	438	33	5	21	39	1.75
25942775--25942824	26	1.9	26	87	0	73	18	22	34	26	1.96
25942839--25943030	43	4.5	42	74	11	142	23	13	25	36	1.92
25942838--25943038	85	2.4	84	87	1	285	23	14	24	36	1.93
25942801--25943000	42	4.7	42	77	11	158	22	13	26	38	1.91
25946667--25946706	21	1.9	21	85	10	55	75	0	12	12	1.06
25951970--25952009	7	6.0	7	91	2	57	12	0	17	70	1.18
25955632--25955681	21	2.3	21	83	10	57	50	4	4	42	1.40
25956103--25956164	25	2.4	27	76	13	67	50	0	3	46	1.17
25959228--25959261	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
25962989--25963319	174	1.9	175	88	4	499	29	17	18	34	1.94
25963789--25963828	20	2.0	20	100	0	80	35	5	25	35	1.78
25964950--25964981	11	2.9	11	100	0	64	28	0	0	71	0.86
25964950--25964982	6	5.8	6	86	13	52	30	0	0	69	0.88
25971679--25971731	23	2.2	24	87	9	74	58	0	3	37	1.16
25971680--25971739	24	2.5	24	84	10	70	60	0	3	36	1.14
25972473--25972534	31	2.0	31	96	0	115	54	11	9	24	1.65
25974113--25974145	17	1.9	17	93	0	57	45	12	3	39	1.57
25978653--25979501	424	2.0	424	99	0	1664	34	12	19	33	1.89
25979521--25979552	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
25979712--25979997	51	5.6	51	72	9	176	24	17	26	31	1.97
25979710--25979995	152	1.9	152	91	0	473	24	17	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25983036--25983072	19	1.9	19	89	10	58	24	0	2	72	0.97
25983298--25983328	11	2.8	11	100	0	62	41	0	0	58	0.98
25983310--25983364	24	2.3	24	87	6	76	30	0	0	69	0.89
25983279--25983365	31	2.8	32	80	16	101	33	0	1	65	1.00
25983379--25983422	22	2.0	23	86	4	63	47	0	2	50	1.13
25986473--25986765	122	2.4	122	95	1	518	43	0	3	52	1.24
25986473--25986824	122	2.9	115	81	10	361	44	1	3	50	1.28
25987011--25987052	20	2.1	20	95	0	75	45	19	11	23	1.83
25994708--25994757	22	2.3	22	96	0	91	28	34	0	38	1.57
25994708--25994810	52	2.0	52	94	0	179	29	33	1	35	1.69
25994843--25994909	31	2.2	31	97	0	125	35	0	0	64	0.94
25996723--25996976	30	8.4	30	88	6	370	46	24	0	28	1.58
25996767--25996976	59	3.5	59	92	1	339	46	23	0	28	1.59
25996723--25996976	89	2.8	89	91	4	384	46	24	0	28	1.58
25997506--25997669	49	3.3	49	98	0	310	42	3	8	45	1.50
26011258--26011289	15	2.1	15	100	0	64	46	12	6	34	1.67
26013718--26013763	22	2.1	22	87	0	65	10	17	26	45	1.81
26013742--26013928	41	4.6	41	87	3	270	20	19	31	28	1.97
26013742--26013997	82	3.1	82	83	2	266	22	18	28	30	1.97
26014972--26015009	7	5.3	7	90	3	58	15	0	57	26	1.38
26015815--26015849	14	2.4	15	95	4	63	40	0	51	8	1.33
26017959--26017985	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26018848--26018992	43	3.4	43	85	0	191	27	31	20	20	1.98
26019751--26019851	39	2.6	40	79	7	118	39	21	17	20	1.92
26019880--26020122	41	5.9	41	90	0	378	19	22	28	29	1.98
26020487--26020523	14	2.6	14	91	0	65	24	0	29	45	1.53
26020581--26020612	14	2.3	14	100	0	64	25	6	31	37	1.81
26020822--26020866	7	6.4	7	84	0	63	20	0	46	33	1.51
26020835--26020874	14	2.9	14	92	0	62	22	0	47	30	1.52
26021365--26021391	13	2.1	13	100	0	54	55	7	7	29	1.55
26024702--26024792	43	2.1	43	87	2	130	35	10	9	43	1.73
26025066--26025291	42	5.3	42	82	7	235	22	17	30	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205