genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  87  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25528617--25529162	273	2.0	273	98	0	1056	26	13	24	35	1.92
25531918--25531944	7	3.9	7	100	0	54	85	14	0	0	0.61
25538061--25539316	627	2.0	627	100	0	2512	36	16	7	38	1.78
25539335--25539375	10	4.2	10	82	14	50	51	7	0	41	1.30
25541947--25541998	22	2.4	22	80	0	59	34	26	17	21	1.95
25545736--25545764	14	2.0	15	93	6	51	20	3	6	68	1.27
25557686--25557867	42	4.3	42	79	10	178	34	25	16	23	1.95
25557716--25557870	85	1.8	84	84	1	211	33	25	16	23	1.96
25576091--25576173	40	2.1	40	86	0	112	42	8	21	27	1.82
25578722--25578756	14	2.6	14	90	4	54	54	14	2	28	1.54
25590672--25590830	82	1.9	82	93	0	273	32	23	16	27	1.96
25592297--25592334	17	2.2	17	86	9	51	47	0	7	44	1.32
25599561--25599621	29	2.1	29	87	0	86	29	27	8	34	1.86
25600097--25600137	16	2.5	17	92	4	66	41	0	2	56	1.13
25605438--25605480	4	10.8	4	100	0	86	25	0	23	51	1.49
25607228--25607487	100	2.6	100	86	0	349	25	20	20	33	1.97
25607236--25607534	50	6.0	50	72	5	201	25	20	21	32	1.97
25607228--25607522	100	2.9	99	79	5	315	26	19	21	32	1.97
25607528--25607687	44	3.6	43	84	6	162	30	24	17	28	1.97
25609829--25609878	6	8.7	6	89	8	77	0	16	0	84	0.63
25609901--25609949	23	2.2	22	85	3	62	16	8	4	71	1.26
25611050--25611110	25	2.5	24	79	10	61	57	6	14	21	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25612817--25612928	40	2.7	41	72	9	111	36	4	10	48	1.58
25615149--25615738	295	2.0	295	94	0	1029	27	20	28	24	1.99
25618373--25618784	159	2.6	155	72	14	394	30	12	7	50	1.67
25618519--25619045	264	2.0	262	94	2	932	30	12	7	50	1.66
25619471--25619596	10	12.6	10	72	23	81	0	29	0	69	1.00
25619448--25619596	38	3.8	39	80	15	164	0	29	0	69	0.98
25619442--25619594	44	3.4	44	80	12	159	0	28	0	69	0.97
25619460--25619595	28	4.9	28	70	26	85	0	29	0	69	0.99
25619409--25619610	82	2.5	80	78	13	220	0	32	0	66	1.00
25626365--25626708	171	2.0	173	90	4	541	33	18	17	30	1.94
25626853--25626891	20	2.0	20	95	5	71	25	5	5	64	1.35
25635356--25635402	25	2.0	24	87	8	69	12	23	21	42	1.87
25646581--25646616	16	2.2	17	90	5	56	38	5	5	50	1.49
25649003--25649044	17	2.4	18	88	4	59	45	0	0	54	0.99
25651458--25651498	21	2.0	21	100	0	82	34	4	7	53	1.50
25657103--25657149	21	2.2	21	96	0	85	59	21	0	19	1.38
25658043--25658091	19	2.5	20	75	24	59	38	8	0	53	1.31
25659625--25659665	19	2.1	19	86	4	55	48	0	0	51	1.00
25659636--25659675	19	2.1	19	90	0	62	40	0	0	60	0.97
25661153--25661226	31	2.4	31	86	0	103	18	1	41	37	1.59
25661977--25662149	85	2.0	85	88	0	256	22	22	33	21	1.97
25662790--25662840	5	10.2	5	75	8	50	37	5	17	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25688125--25688166	20	2.0	22	86	9	61	45	0	9	45	1.36
25688736--25688770	4	9.0	4	87	6	54	51	2	0	45	1.16
25701589--25701614	11	2.4	11	100	0	52	42	19	0	38	1.51
25702863--25702887	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
25703133--25703185	27	2.0	27	81	7	63	64	1	1	32	1.15
25709711--25709763	21	2.6	21	77	16	67	37	3	5	52	1.43
25711269--25711306	12	3.2	12	88	0	58	31	10	15	42	1.81
25711271--25711305	18	1.9	18	100	0	70	34	5	17	42	1.73
25714351--25714389	18	2.2	18	86	4	53	43	10	25	20	1.83
25715021--25715093	29	2.5	29	81	2	74	54	0	4	41	1.19
25719431--25719504	17	4.4	17	73	0	58	32	10	14	41	1.81
25720332--25720360	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
25726610--25726706	50	1.9	50	83	8	126	30	13	4	51	1.59
25727388--25727478	47	1.9	47	90	0	146	23	15	18	42	1.88
25737417--25737454	15	2.5	15	86	0	58	76	0	5	18	0.97
25738074--25738196	45	2.7	44	77	7	131	21	21	25	31	1.98
25738550--25738945	44	9.0	45	79	6	400	29	25	15	28	1.96
25738550--25738940	132	3.0	132	91	1	615	29	25	15	28	1.96
25738576--25738943	87	4.2	86	79	6	393	30	25	16	27	1.96
25741562--25741784	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
25741716--25741793	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
25744043--25744125	42	2.0	42	90	0	130	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25756249--25756302	18	3.0	18	86	0	72	48	5	0	46	1.25
25761620--25761652	16	2.1	16	100	0	66	30	24	12	33	1.91
25767571--25767601	14	2.2	14	94	0	53	77	0	0	22	0.77
25772985--25773023	17	2.3	17	86	8	53	76	5	0	17	0.96
25776425--25776489	31	2.2	31	86	13	100	47	13	12	26	1.78
25776889--25777566	27	25.3	27	84	0	770	19	17	20	42	1.89
25777799--25777836	20	1.9	20	88	0	58	18	36	23	21	1.95
25780882--25780935	25	2.2	25	90	3	83	9	1	38	50	1.45
25785090--25785169	25	2.9	27	87	12	119	43	7	23	25	1.79
25786882--25786913	16	2.0	16	93	0	55	46	18	15	18	1.84
25789424--25789501	25	2.9	25	85	11	93	44	7	20	26	1.78
25789421--25789509	30	3.1	30	84	12	116	41	6	23	28	1.79
25789453--25789506	15	3.5	15	75	12	56	42	7	20	29	1.79
25798134--25798187	25	2.3	23	79	17	58	51	3	3	40	1.37
25800043--25800085	18	2.4	17	85	11	59	32	9	0	58	1.30
25800028--25800121	6	15.3	6	73	19	52	26	4	3	65	1.26
25800028--25800108	12	6.9	11	81	12	65	28	4	3	62	1.33
25800087--25800122	6	6.0	6	86	0	54	19	0	2	77	0.88
25805239--25805271	6	5.0	7	85	14	52	69	0	15	15	1.19
25805239--25805271	13	2.5	13	100	0	66	69	0	15	15	1.19
25806646--25807281	44	14.6	44	76	9	387	30	19	22	27	1.98
25806476--25807330	170	5.0	170	86	4	1036	30	19	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25806739--25807013	80	3.3	80	70	13	239	28	18	23	29	1.98
25806517--25807319	90	9.3	86	71	12	504	30	19	21	27	1.98
25806519--25807319	44	18.6	43	73	13	311	30	19	21	27	1.98
25808882--25808972	3	29.7	3	70	18	55	29	4	3	62	1.30
25808894--25808965	12	6.1	11	78	16	65	31	5	2	59	1.35
25809275--25809312	17	2.3	16	83	16	51	15	2	7	73	1.17
25810357--25810381	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25812161--25812230	21	2.8	26	81	16	87	38	4	37	20	1.72
25812161--25812239	27	3.2	26	75	20	87	40	3	35	20	1.70
25812697--25812721	12	2.1	12	100	0	50	28	32	0	40	1.57
25814631--25814698	16	4.2	16	96	0	127	26	0	36	36	1.57
25814916--25814957	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25814925--25814966	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25814951--25815138	61	3.1	61	71	11	206	50	6	1	42	1.36
25814914--25815211	120	2.5	121	92	3	494	51	5	2	41	1.36
25815035--25815086	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25814919--25815215	59	5.0	58	68	15	185	51	5	2	41	1.36
25830491--25830642	41	3.7	41	79	3	180	19	19	26	34	1.96
25830812--25831372	41	13.7	41	86	0	735	21	19	29	29	1.98
25831666--25831719	7	7.6	7	77	4	54	20	0	29	50	1.49
25831608--25831773	14	11.9	14	67	14	74	20	1	31	45	1.62
25832021--25832058	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25832059--25832118	22	2.8	22	82	2	68	25	0	45	30	1.54
25832070--25832143	22	3.4	22	81	7	80	28	0	36	35	1.58
25832516--25832557	14	3.2	13	80	9	50	33	2	4	59	1.31
25832618--25832662	14	3.2	14	80	0	54	22	0	28	48	1.50
25832686--25832722	15	2.6	14	86	4	56	21	0	32	45	1.52
25832681--25832722	22	1.9	22	90	0	66	23	0	28	47	1.52
25832686--25832768	14	5.9	14	73	12	53	24	0	32	43	1.54
25832732--25832777	22	2.1	21	88	4	65	26	0	39	34	1.57
25836994--25837244	43	6.1	43	72	12	186	24	19	29	27	1.98
25838180--25838529	71	5.0	71	85	4	428	26	9	19	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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