genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22744502--22744563	9	6.9	9	80	10	65	9	12	3	74	1.19
22744506--22744560	18	3.0	18	86	2	74	10	14	3	70	1.28
22744782--22744843	24	2.6	24	97	0	115	35	19	4	40	1.73
22746787--22746816	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
22750432--22750477	13	3.5	13	72	21	51	36	2	4	56	1.31
22751740--22751865	61	2.1	61	80	7	141	43	15	4	35	1.68
22753199--22753240	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
22759406--22760081	33	20.8	33	75	5	349	28	32	19	18	1.96
22759412--22759797	66	5.8	66	93	1	621	26	32	22	17	1.96
22760891--22761116	18	13.8	17	65	18	104	31	15	35	16	1.91
22760889--22761150	33	8.0	33	89	3	352	32	15	35	16	1.90
22760892--22761147	129	2.0	130	88	3	381	31	15	36	16	1.90
22768043--22768078	18	2.0	18	100	0	72	38	11	22	27	1.88
22768521--22768578	11	5.5	11	79	10	59	0	12	18	68	1.19
22768520--22768588	30	2.3	30	97	2	129	0	11	17	71	1.15
22775184--22775291	46	2.3	46	82	0	126	20	10	26	42	1.84
22775295--22775337	20	2.2	20	86	0	59	41	13	25	18	1.88
22775493--22775792	132	2.3	131	81	2	332	33	17	13	36	1.88
22775612--22775862	131	1.9	132	83	2	326	33	16	14	35	1.89
22780157--22780403	50	4.8	50	80	5	246	27	20	27	23	1.99
22781294--22781779	242	2.0	240	94	1	857	36	9	19	34	1.84
22790147--22790206	26	2.4	25	83	10	77	41	10	16	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22794096--22794228	49	2.7	50	82	2	162	39	21	18	21	1.93
22794522--22794575	26	2.1	26	82	6	65	50	16	3	29	1.63
22797582--22798270	342	2.0	342	93	1	1166	25	13	23	37	1.92
22798516--22799054	105	5.1	104	75	4	404	30	14	25	29	1.95
22798516--22799054	210	2.6	210	80	4	541	30	14	25	29	1.95
22799957--22800000	22	2.0	21	87	12	63	31	25	18	25	1.97
22802068--22802236	33	5.2	32	78	7	142	33	31	15	18	1.92
22805965--22806002	17	2.2	18	85	4	51	15	5	13	65	1.43
22811467--22811786	105	3.0	105	86	0	442	31	12	25	30	1.92
22820525--22820566	19	2.2	19	91	0	66	26	14	9	50	1.73
22821249--22821284	13	2.8	13	95	0	63	33	11	36	19	1.87
22831281--22831320	20	1.9	21	85	10	55	57	7	17	17	1.62
22833094--22833217	49	2.5	49	82	2	142	25	17	29	27	1.98
22836944--22837038	17	5.6	17	67	20	65	51	5	3	40	1.40
22836944--22836995	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
22848183--22848251	27	2.5	27	85	2	84	40	37	0	21	1.54
22848255--22848287	15	2.3	15	89	5	50	42	30	0	27	1.56
22848672--22848784	41	2.8	41	86	2	156	30	28	20	21	1.98
22848820--22848955	40	3.4	40	81	5	159	24	19	19	36	1.95
22850189--22850265	29	2.7	29	81	0	91	33	22	20	23	1.97
22860311--22860371	30	2.1	30	87	3	88	49	4	8	37	1.54
22862306--22862355	11	4.7	10	85	11	64	8	12	12	68	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22862306--22862372	33	2.1	32	82	2	80	13	14	8	62	1.53
22863807--22863872	10	6.9	10	73	20	61	37	1	1	59	1.16
22863791--22863871	30	2.7	32	75	12	91	38	1	1	59	1.13
22863850--22863886	15	2.6	14	87	8	56	40	0	0	59	0.97
22864029--22864067	21	1.9	21	89	5	62	33	25	7	33	1.84
22864672--22864848	93	1.9	93	95	0	318	28	19	16	35	1.94
22867262--22867302	8	5.1	8	93	0	73	39	0	0	60	0.96
22872237--22872278	22	1.9	22	85	0	57	40	0	47	11	1.40
22874544--22874581	16	2.4	17	86	13	62	23	23	2	50	1.62
22877924--22878193	46	5.9	45	82	2	297	30	20	21	27	1.98
22877924--22878195	92	3.0	91	86	2	357	30	20	21	27	1.98
22877924--22878195	138	2.0	138	84	0	355	30	20	21	27	1.98
22885127--22885152	12	2.2	12	100	0	52	19	15	50	15	1.79
22891149--22891179	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22891232--22891268	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22891474--22891531	30	1.9	30	85	0	80	18	36	0	44	1.50
22898421--22898450	2	14.5	2	93	6	51	46	3	0	50	1.18
22898858--22898958	50	2.0	50	100	0	202	41	1	23	32	1.66
22900625--22900675	9	5.3	9	76	19	50	11	0	31	56	1.35
22900793--22901235	125	3.5	125	96	0	769	31	18	21	28	1.97
22902063--22902113	16	2.8	19	71	17	63	37	0	9	52	1.34
22902224--22902289	23	2.8	24	75	9	64	18	0	33	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22902868--22902900	7	4.7	7	100	0	66	57	15	0	27	1.38
22903197--22903338	68	2.1	66	93	2	239	45	8	4	40	1.56
22903327--22903368	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
22903342--22903397	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
22903197--22903360	68	2.5	66	85	10	207	46	8	4	40	1.54
22903382--22903410	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
22904914--22904992	40	2.0	40	85	5	106	24	31	25	18	1.98
22907282--22907321	21	1.9	21	84	0	53	10	15	40	35	1.80
22907584--22907626	18	2.4	18	80	0	50	46	9	25	18	1.79
22909132--22909230	23	4.3	23	96	0	171	20	20	26	33	1.97
22912364--22912416	11	4.9	11	90	2	72	49	1	30	18	1.59
22912364--22912416	22	2.5	22	87	3	81	49	1	30	18	1.59
22913041--22913069	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
22919848--22919925	28	2.8	26	81	11	68	65	1	1	32	1.09
22919876--22919926	9	5.4	9	79	6	57	70	0	1	27	0.98
22919876--22919973	19	5.2	19	75	12	85	63	1	7	28	1.27
22919883--22919933	10	5.3	10	79	9	61	70	0	3	25	1.04
22920038--22920081	11	4.1	11	79	5	54	25	4	0	70	1.06
22920301--22920496	87	2.2	87	80	5	225	30	8	21	39	1.83
22932161--22932194	14	2.5	13	90	4	50	79	0	0	20	0.73
22937867--22937913	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
22938124--22938175	26	2.0	26	100	0	104	7	19	3	69	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22938196--22938270	5	15.0	5	100	0	150	60	0	0	40	0.97
22941493--22941523	4	7.8	4	100	0	62	22	0	25	51	1.48
22944581--22944613	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
22945922--22945954	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
22947194--22947233	18	2.3	18	86	4	55	40	10	22	27	1.86
22949306--22949371	33	2.0	33	85	2	89	15	15	19	50	1.79
22949305--22949407	35	3.1	34	80	10	113	15	14	19	50	1.78
22953385--22953584	108	1.9	106	86	2	283	37	18	15	29	1.92
22954234--22954296	31	2.0	31	96	0	117	42	6	11	39	1.66
22955391--22955590	108	1.9	106	89	2	310	35	20	16	27	1.94
22958522--22958740	87	2.5	87	87	0	303	26	23	21	28	1.99
22958365--22958648	153	1.9	153	90	0	451	26	25	21	27	1.99
22959966--22960011	21	2.2	21	84	7	58	13	15	2	69	1.28
22964198--22964241	21	2.0	22	86	4	63	36	6	9	47	1.62
22964686--22964777	22	4.2	22	88	0	112	30	27	0	42	1.56
22964727--22964829	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
22964779--22964820	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
22964863--22964926	30	2.1	30	88	2	92	37	0	0	62	0.95
22967197--22967231	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
22967185--22967273	23	3.8	23	75	12	83	42	25	0	31	1.55
22967267--22967822	57	9.7	56	87	5	647	47	23	0	28	1.55
22967267--22967843	85	6.8	85	84	8	696	47	23	0	28	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22967513--22967557	23	2.0	23	91	4	74	46	17	0	35	1.49
22967798--22967850	23	2.7	18	72	25	52	45	20	0	33	1.52
22967267--22967822	28	19.4	28	83	8	647	47	23	0	28	1.55
22970983--22971187	85	2.4	85	98	0	392	32	23	20	23	1.98
22971096--22971376	124	2.3	125	84	5	381	33	23	14	28	1.94
22975780--22975832	20	2.7	20	87	0	79	18	33	16	30	1.94
22978941--22979378	70	6.3	70	83	3	513	27	18	22	31	1.97
22982672--22982874	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
22982606--22982874	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
22982838--22982983	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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