genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  80  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23703127--23703154	12	2.3	12	100	0	56	35	7	0	57	1.26
23703461--23703896	106	4.1	107	85	2	556	30	19	18	31	1.96
23706058--23706086	14	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
23712091--23712120	14	2.1	15	93	6	53	20	33	13	33	1.91
23714870--23714966	50	1.9	50	80	0	113	24	15	23	36	1.94
23723767--23723841	29	2.6	29	74	19	75	56	2	1	40	1.22
23736060--23736920	432	2.0	433	97	0	1643	32	4	18	44	1.71
23739599--23739639	21	1.9	22	85	14	59	63	0	31	4	1.15
23739613--23739651	17	2.2	18	86	4	53	69	0	25	5	1.09
23742788--23743312	137	3.8	137	79	2	507	27	16	24	31	1.97
23742807--23743312	274	1.8	274	82	2	640	27	16	24	30	1.97
23749496--23749905	213	1.9	212	88	0	613	31	18	18	31	1.95
23749496--23749905	106	3.9	106	88	0	588	31	18	18	31	1.95
23750613--23750647	15	2.4	15	90	4	54	57	0	8	34	1.29
23752208--23752970	44	17.4	44	84	5	234	30	25	15	28	1.96
23752219--23752933	132	5.4	132	85	3	786	29	26	15	28	1.96
23752219--23752933	88	8.2	88	84	4	786	29	26	15	28	1.96
23759780--23759824	12	3.8	12	90	0	72	2	13	44	40	1.56
23764055--23764465	107	3.9	107	89	1	603	32	18	18	30	1.95
23767381--23767436	17	3.4	16	80	9	58	17	3	25	53	1.60
23767381--23767452	18	4.2	17	77	12	67	16	4	27	51	1.63
23767381--23767452	34	2.1	35	86	2	101	16	4	27	51	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23770959--23770996	14	2.7	15	80	12	53	55	0	5	39	1.23
23770935--23770996	28	2.2	27	85	5	79	56	1	4	37	1.30
23771254--23771278	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
23771307--23771597	114	2.6	111	80	8	284	26	21	26	25	2.00
23771307--23771631	112	2.9	113	80	5	320	26	21	26	25	1.99
23771534--23771776	73	3.4	73	81	1	301	26	18	25	28	1.98
23771899--23771923	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
23772113--23772173	22	2.8	22	78	7	63	18	6	34	40	1.76
23772177--23772246	7	9.4	7	77	10	68	28	1	25	44	1.63
23772191--23772258	15	4.6	15	78	8	77	23	1	30	44	1.63
23772191--23772258	30	2.3	30	87	2	93	23	1	30	44	1.63
23772340--23772424	28	3.0	26	77	13	80	18	0	31	49	1.48
23772361--23772424	7	9.1	7	82	0	56	15	0	34	50	1.45
23772340--23772414	14	5.4	14	76	6	62	18	0	29	52	1.46
23772412--23772603	103	1.9	103	94	0	339	28	4	28	38	1.77
23772845--23773143	116	2.6	114	80	6	327	22	15	20	42	1.88
23773262--23773289	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
23775530--23776484	36	26.7	36	92	5	936	49	16	0	33	1.48
23775530--23776484	72	13.2	72	94	3	1611	49	16	0	33	1.48
23775530--23776484	108	8.8	108	95	2	1611	49	16	0	33	1.48
23776451--23776480	9	3.3	9	95	0	51	50	13	0	36	1.42
23783647--23783691	21	2.1	21	95	0	81	55	2	4	37	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23787477--23787568	45	2.0	45	89	4	141	23	7	32	35	1.83
23790401--23790455	26	2.2	25	81	9	67	18	1	16	63	1.39
23792800--23792847	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
23792890--23792923	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
23792890--23792928	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
23792894--23792933	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
23793009--23793043	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23792889--23793177	120	2.4	120	93	1	483	41	3	4	50	1.39
23792962--23793145	66	3.1	59	67	20	164	41	2	6	48	1.43
23793142--23793183	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
23793133--23793174	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
23793117--23793433	157	2.0	157	96	0	580	46	4	3	45	1.41
23793286--23793320	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23793559--23793588	15	2.0	15	100	0	60	40	33	0	26	1.57
23805993--23806252	27	9.7	27	86	1	265	44	19	17	18	1.87
23806618--23806722	28	3.8	28	87	3	124	20	25	24	28	1.99
23806712--23806738	14	1.9	14	100	0	54	29	25	14	29	1.95
23806682--23806764	42	2.0	42	85	0	112	24	25	20	30	1.99
23811032--23811068	18	2.1	18	94	0	65	8	0	32	59	1.27
23817038--23817157	41	2.9	41	87	0	150	27	20	25	27	1.99
23820258--23820346	20	4.4	20	72	9	65	10	25	19	44	1.81
23831140--23831179	15	2.8	14	81	7	53	60	5	5	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23831143--23831449	152	2.0	152	93	0	524	43	16	13	26	1.85
23832836--23832875	15	2.8	14	81	7	53	60	5	5	30	1.40
23832839--23833145	152	2.0	152	93	0	524	43	16	13	26	1.85
23834418--23834545	54	2.4	54	87	0	184	17	35	19	26	1.94
23835577--23835683	37	2.9	36	88	2	151	41	28	13	16	1.86
23839177--23839241	34	1.9	34	90	0	103	32	23	4	40	1.75
23840243--23840285	22	2.0	22	82	13	54	48	16	11	23	1.78
23852918--23852964	18	2.7	17	77	6	58	19	44	23	12	1.85
23853662--23853690	13	2.3	13	94	5	51	86	0	0	13	0.58
23869560--23869604	8	5.5	8	92	5	72	11	22	0	66	1.22
23869559--23869604	25	1.9	23	86	8	65	10	23	0	65	1.24
23879391--23879441	23	2.3	23	80	9	63	45	5	3	45	1.46
23885078--23885120	22	2.0	22	100	0	86	32	6	4	55	1.47
23902246--23902276	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
23904568--23904592	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
23905275--23905313	21	1.9	21	89	5	62	17	2	12	66	1.35
23910055--23910224	90	1.9	90	90	1	270	36	25	9	28	1.87
23910244--23910325	18	4.4	18	76	13	76	56	0	0	43	0.99
23910244--23910316	19	4.0	18	77	13	69	54	0	0	45	0.99
23910256--23910369	19	6.2	18	68	11	70	58	2	0	37	1.18
23910589--23910673	21	4.1	21	71	15	61	34	2	3	60	1.27
23910604--23910672	20	3.2	21	72	15	61	34	1	2	60	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23910782--23911015	92	2.6	90	86	4	342	30	9	21	38	1.85
23911774--23911811	12	3.2	12	78	14	51	47	15	2	34	1.60
23912520--23912559	19	2.1	19	85	0	53	32	5	5	57	1.42
23918285--23918328	23	1.9	23	81	9	54	27	9	13	50	1.72
23933910--23933952	18	2.5	17	82	14	52	25	2	9	62	1.37
23936063--23936092	5	6.0	5	92	0	51	43	0	16	40	1.48
23937310--23937349	14	2.9	14	78	14	55	0	22	0	77	0.77
23940104--23940142	13	3.1	12	89	10	60	15	0	0	84	0.62
23940106--23940158	7	7.7	7	91	6	74	11	0	1	86	0.64
23940106--23940158	15	3.9	14	88	9	74	11	0	1	86	0.64
23940104--23940142	6	6.2	6	94	5	60	15	0	0	84	0.62
23940442--23940606	83	2.0	82	97	0	303	36	13	30	18	1.90
23955570--23955605	13	2.7	13	91	4	54	0	11	2	86	0.68
23956131--23956189	29	2.0	29	90	0	91	16	15	38	28	1.89
23956136--23956197	29	2.1	29	87	0	88	19	14	37	29	1.91
23956146--23956209	29	2.2	29	82	0	74	20	17	34	28	1.95
23958598--23958643	23	2.0	23	84	12	60	17	19	10	52	1.74
23959108--23959163	28	2.0	28	96	0	103	21	26	25	26	1.99
23960626--23960867	71	3.4	71	75	4	229	33	21	21	24	1.97
23960587--23960867	142	2.0	142	82	4	343	33	20	21	24	1.97
23963037--23963217	92	2.0	92	85	4	249	34	14	22	28	1.94
23969041--23969113	37	2.0	37	84	10	96	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23970652--23970700	25	2.0	25	88	8	73	55	0	2	42	1.11
23976836--23976886	26	2.0	26	88	7	77	19	11	27	41	1.86
23978606--23978656	23	2.2	23	82	6	59	25	3	17	52	1.61
23979964--23980004	3	13.7	3	85	10	57	60	0	39	0	0.96
23982251--23982295	20	2.2	20	88	0	63	57	4	0	37	1.19
23983657--23983695	18	2.2	18	85	0	51	20	2	0	76	0.90
23984806--23984846	15	2.7	15	92	0	64	36	34	7	21	1.82
24000634--24000948	78	4.0	78	97	0	603	44	13	18	23	1.86
24002278--24002328	22	2.3	22	83	10	68	64	15	11	7	1.48
24004806--24004882	28	2.8	28	77	18	83	62	1	2	33	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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