genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  45  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13297975--13298219	101	2.4	100	91	2	382	31	14	24	28	1.95
13298213--13298263	24	2.1	24	88	0	75	47	1	23	27	1.63
13301745--13301786	22	2.0	21	95	4	75	38	0	0	61	0.96
13303493--13303546	22	2.5	22	82	11	74	7	42	3	46	1.49
13304003--13304031	14	2.1	14	100	0	58	41	0	34	24	1.55
13305393--13305425	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
13307672--13307732	32	1.9	32	89	0	95	32	3	13	50	1.57
13309096--13309133	20	1.9	20	100	0	76	47	15	5	31	1.68
13309471--13309499	13	2.2	13	100	0	58	13	0	6	79	0.93
13310110--13310164	26	2.1	26	86	10	76	65	0	5	29	1.15
13310109--13310177	22	3.0	22	82	16	70	65	0	5	28	1.16
13310113--13310177	4	15.0	4	76	17	51	66	0	4	29	1.12
13311087--13311221	40	3.4	40	76	7	132	29	17	22	30	1.97
13318142--13318255	41	2.9	39	76	11	126	25	14	25	35	1.93
13318146--13318284	40	3.5	40	73	12	126	26	14	25	33	1.94
13326512--13326554	22	2.0	22	90	9	70	62	0	4	32	1.15
13327881--13327968	39	2.3	39	90	4	133	29	26	23	20	1.99
13330707--13330799	47	2.0	47	95	0	168	38	6	10	44	1.65
13333071--13333153	32	2.6	32	88	7	116	42	10	10	36	1.75
13333192--13333232	18	2.3	18	87	4	57	51	36	0	12	1.40
13333660--13333702	22	2.0	21	90	4	68	58	0	11	30	1.34
13347115--13347457	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13355178--13355349	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
13355125--13355347	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
13355205--13355382	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
13357853--13357895	17	2.5	18	81	11	54	41	11	16	30	1.83
13364795--13364848	26	2.1	25	86	3	72	3	22	1	72	1.10
13384741--13384894	28	5.5	28	89	1	220	33	26	12	27	1.92
13386671--13386711	14	3.2	13	86	10	57	26	2	7	63	1.33
13386716--13386764	10	5.0	10	80	5	64	22	10	2	65	1.34
13387484--13387517	17	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
13388187--13388263	33	2.3	33	93	0	127	32	22	18	27	1.97
13388424--13388476	27	2.0	27	88	0	79	33	24	20	20	1.97
13388644--13388775	27	4.9	27	75	10	117	21	22	19	35	1.96
13388766--13388831	27	2.4	27	84	0	78	33	15	18	33	1.92
13388788--13389020	27	8.6	27	78	10	174	31	10	18	40	1.84
13391613--13391686	33	2.2	33	83	4	87	33	17	22	25	1.96
13391508--13391698	105	1.8	105	85	4	269	31	17	24	25	1.97
13396749--13396784	17	2.1	17	100	0	72	77	0	5	16	0.94
13399675--13399730	27	2.1	27	96	0	103	55	12	17	14	1.69
13402902--13403076	60	2.9	60	78	14	182	29	26	18	26	1.98
13402936--13403037	28	3.5	28	73	19	91	26	28	18	26	1.98
13403067--13403109	20	2.2	20	87	4	61	27	32	16	23	1.96
13404249--13404292	19	2.4	18	85	7	54	40	6	0	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13408672--13408700	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
13412295--13412588	68	4.3	68	84	1	356	26	21	15	36	1.93
13414465--13414545	23	3.3	23	65	18	65	37	18	1	43	1.58
13414451--13414546	50	1.9	50	100	0	192	36	16	2	44	1.60
13415364--13415424	32	2.0	31	87	6	88	59	13	3	24	1.49
13415693--13415742	26	1.9	26	91	0	82	12	34	40	14	1.82
13417707--13417747	21	1.9	22	85	5	57	43	21	0	34	1.53
13420670--13420821	27	5.6	27	92	3	232	26	14	28	30	1.95
13420670--13420821	55	2.8	55	92	0	250	26	14	28	30	1.95
13433360--13433405	19	2.4	19	89	7	67	45	10	21	21	1.82
13435624--13435730	26	4.2	24	73	18	76	62	3	3	29	1.30
13437587--13437646	21	2.8	20	79	18	68	20	3	5	71	1.19
13443087--13443163	3	26.0	3	79	7	68	58	0	9	32	1.29
13445007--13445060	18	3.2	15	75	25	54	3	3	46	46	1.38
13446710--13446739	14	2.1	14	93	0	51	33	10	0	56	1.32
13452339--13452447	37	2.9	37	91	0	173	27	30	18	23	1.98
13452652--13452796	47	3.1	47	90	2	222	26	29	11	32	1.92
13453940--13453991	25	2.1	25	100	0	104	42	11	11	34	1.77
13467093--13467165	35	2.1	35	94	5	130	43	9	12	34	1.75
13473819--13473859	6	6.8	6	88	0	64	68	14	2	14	1.32
13479346--13479384	21	2.0	20	85	10	53	15	25	35	23	1.94
13489864--13489941	39	2.0	39	89	0	120	30	6	26	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13493517--13493590	27	2.8	26	72	11	69	18	25	21	33	1.96
13493743--13493819	33	2.3	33	84	4	102	24	19	23	32	1.97
13495729--13495792	31	2.1	31	88	2	94	25	3	14	57	1.51
13495914--13495947	11	3.0	11	86	4	50	70	5	0	23	1.09
13506588--13506810	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
13506588--13506810	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
13506588--13506843	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
13509426--13509455	14	2.1	14	100	0	60	30	6	13	50	1.67
13510338--13510415	39	2.0	39	92	0	129	32	12	20	34	1.90
13515681--13515737	6	9.3	6	75	17	55	49	15	15	19	1.80
13515854--13515955	27	3.8	27	80	11	111	36	19	22	21	1.95
13515854--13515955	54	1.9	53	82	6	125	36	19	22	21	1.95
13516523--13516753	27	8.6	27	86	0	284	25	16	20	37	1.93
13516531--13516780	81	3.1	81	83	2	207	27	16	20	36	1.93
13516774--13516995	27	8.3	27	79	4	189	29	8	21	40	1.82
13516775--13516948	80	2.2	81	83	3	208	30	8	21	40	1.82
13516773--13516995	107	2.1	107	88	1	331	29	8	21	40	1.83
13516820--13516995	80	2.2	80	85	2	228	28	8	20	42	1.81
13519016--13519055	21	2.0	20	85	5	53	32	7	20	40	1.80
13520343--13520402	18	3.3	18	75	9	59	31	15	10	43	1.79
13520889--13520960	37	1.9	37	81	10	85	41	18	1	38	1.59
13520963--13520992	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13522790--13522856	20	3.3	20	89	0	98	31	13	22	32	1.92
13522907--13523073	23	7.1	23	91	2	253	28	22	21	27	1.99
13522906--13523095	24	8.0	23	88	5	256	28	22	22	26	1.99
13522906--13523095	47	4.0	46	87	5	265	28	22	22	26	1.99
13524677--13524715	16	2.5	15	84	8	51	5	28	5	61	1.39
13525971--13526042	35	2.1	35	97	0	135	26	19	12	41	1.87
13527885--13527962	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
13527834--13528269	47	9.4	47	85	7	590	27	29	8	33	1.87
13528040--13528259	41	5.0	41	85	8	242	27	29	9	34	1.88
13527834--13528269	137	3.2	136	93	2	694	27	29	8	33	1.87
13531883--13532041	27	5.9	27	80	11	175	33	21	25	19	1.97
13531901--13532044	54	2.7	54	91	2	236	34	22	24	18	1.96
13532431--13532456	8	3.2	8	100	0	52	11	26	26	34	1.91
13532431--13532464	16	2.1	16	88	0	50	11	26	23	38	1.89
13537009--13537079	18	3.9	18	76	7	63	33	12	9	43	1.76
13538299--13538337	16	2.5	15	84	8	51	2	30	5	61	1.31
13538388--13538429	9	3.8	11	85	14	52	57	4	0	38	1.20
13538381--13538415	3	11.0	3	88	11	52	62	2	0	34	1.10
13550528--13550625	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
13550556--13550638	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13550528--13550639	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
13558633--13558730	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13558661--13558743	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13558633--13558744	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
13560149--13560235	29	3.0	29	86	5	106	29	17	26	26	1.97
13568513--13568663	43	3.5	43	83	2	169	27	14	25	33	1.94
13569067--13569188	61	2.0	61	98	0	235	31	11	25	31	1.91
13570070--13570107	8	4.9	8	90	3	60	2	34	0	63	1.09
13572989--13573014	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
13573303--13573372	36	1.9	36	94	0	122	14	31	5	48	1.67
13573454--13573490	12	3.1	12	100	0	74	16	8	16	59	1.59
13573806--13573866	30	2.0	30	87	0	86	31	14	27	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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