genome.fa.s19.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  61124829

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   

This is table  73  of  205  ( 24568 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21779220--21779250	13	2.4	13	94	0	53	12	22	38	25	1.90
21781408--21781558	41	3.7	41	82	1	178	23	27	19	28	1.99
21781411--21781577	41	4.1	40	75	10	117	24	26	19	28	1.99
21782672--21782798	64	2.0	63	100	0	245	45	12	3	37	1.58
21782823--21782855	16	2.0	17	88	5	50	24	18	6	51	1.68
21787237--21787265	12	2.3	13	94	5	51	27	0	0	72	0.85
21787771--21787864	49	1.9	49	91	0	152	25	23	8	42	1.82
21789233--21789319	44	2.0	44	88	0	129	22	21	1	54	1.52
21802087--21802170	25	3.5	25	71	12	86	19	16	14	50	1.79
21802663--21803068	202	2.0	201	85	3	548	27	24	12	35	1.91
21804404--21804457	22	2.5	22	100	0	108	31	25	7	35	1.84
21804572--21804638	22	3.0	22	80	8	82	43	16	22	17	1.88
21804948--21805186	71	3.4	71	100	0	478	36	16	3	42	1.66
21806573--21806606	16	2.1	16	89	10	52	38	0	2	58	1.13
21807355--21807382	8	3.5	8	100	0	56	53	35	10	0	1.36
21823809--21823867	29	2.0	30	83	3	75	50	11	5	32	1.61
21825126--21825170	23	2.0	23	81	0	54	62	2	4	31	1.27
21826430--21826887	242	1.9	242	85	2	643	36	7	28	26	1.84
21830504--21830560	5	11.2	5	75	17	55	22	3	0	73	0.98
21832208--21832241	12	2.8	12	81	0	50	17	5	0	76	0.98
21838219--21838243	12	2.1	12	100	0	50	24	28	24	24	2.00
21838403--21838459	9	6.4	9	81	4	62	43	26	7	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21838562--21838610	18	2.7	18	83	0	62	18	2	40	38	1.62
21839885--21839918	14	2.4	14	90	0	50	38	8	23	29	1.85
21840196--21840231	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
21847636--21847673	14	2.8	13	88	7	58	60	0	0	39	0.97
21850123--21850152	3	10.0	3	100	0	60	66	33	0	0	0.92
21850847--21851101	125	2.0	126	88	0	377	24	21	19	34	1.96
21852304--21852378	22	3.2	24	69	17	75	38	16	13	32	1.87
21852270--21852384	47	2.5	47	88	4	171	40	15	13	30	1.87
21852293--21852367	25	3.1	25	69	18	77	40	14	14	30	1.86
21852270--21852384	24	5.0	22	67	15	72	40	15	13	30	1.87
21852638--21852672	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
21855114--21855295	91	2.0	91	100	0	364	38	12	12	37	1.80
21859939--21860030	29	3.1	30	86	10	134	35	10	17	35	1.85
21861096--21861207	24	4.6	24	80	13	131	29	22	24	24	1.99
21867002--21867292	86	3.4	86	100	0	582	24	19	22	33	1.97
21868587--21868675	38	2.3	40	84	5	119	40	6	6	46	1.57
21868599--21868661	19	3.3	19	72	18	58	39	6	4	49	1.49
21868612--21868745	20	6.9	20	69	19	88	43	8	3	44	1.52
21868714--21868747	10	3.4	10	83	0	50	44	5	0	50	1.26
21886977--21887031	27	2.0	27	96	0	101	30	14	14	40	1.86
21886989--21887043	27	2.2	25	81	12	60	32	14	10	41	1.81
21890349--21890386	19	2.0	19	85	10	51	23	0	10	65	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21891941--21893085	580	2.0	574	92	1	1529	35	11	15	38	1.83
21893839--21893945	29	3.7	29	79	3	117	25	14	18	41	1.89
21905164--21905236	23	3.2	22	90	5	119	41	0	9	49	1.35
21905171--21905235	13	5.5	12	72	20	57	40	0	10	49	1.38
21907209--21907255	24	2.0	24	91	0	76	17	14	14	53	1.74
21911745--21912016	107	2.6	106	76	6	264	35	16	14	33	1.89
21913853--21913912	24	2.5	24	94	2	104	28	3	23	45	1.69
21923218--21923252	15	2.2	17	90	10	56	60	0	2	37	1.12
21924091--21924123	12	2.8	12	86	13	50	63	0	0	36	0.95
21924139--21924172	17	2.1	16	88	5	50	58	5	8	26	1.51
21926620--21926707	25	3.5	25	78	3	88	34	18	28	19	1.95
21935231--21935259	14	2.1	14	100	0	58	27	6	6	58	1.50
21935917--21935969	21	2.5	21	84	0	70	33	35	5	24	1.79
21940525--21940689	29	5.6	30	81	7	142	32	20	5	41	1.75
21940555--21940689	59	2.3	59	83	5	157	34	20	3	41	1.70
21941058--21941110	13	4.2	12	83	9	61	84	0	9	5	0.76
21941270--21941326	10	5.8	9	75	18	51	80	0	19	0	0.71
21941270--21941326	20	2.8	19	89	7	78	80	0	19	0	0.71
21941284--21941326	10	4.4	10	85	2	61	86	0	13	0	0.58
21941280--21941326	19	2.6	18	81	15	60	82	0	17	0	0.66
21941676--21941926	18	14.0	18	78	9	246	31	12	10	45	1.75
21941676--21941929	35	7.1	35	80	6	262	32	12	10	44	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21943710--21943742	10	3.4	10	91	4	50	84	0	3	12	0.72
21944302--21944326	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
21950042--21950117	35	2.2	35	88	2	109	30	11	31	26	1.92
21950867--21953131	79	28.9	79	87	5	2995	28	16	19	36	1.93
21953314--21953478	30	5.6	30	83	3	183	31	18	5	44	1.72
21953314--21953478	59	2.8	59	84	4	201	31	18	5	44	1.72
21953710--21953762	20	2.7	20	77	16	56	60	0	39	0	0.97
21953976--21954020	12	3.8	12	85	11	65	82	0	17	0	0.68
21953977--21954021	11	4.0	11	85	2	54	80	0	20	0	0.72
21954558--21954744	17	10.4	17	76	11	167	32	13	10	43	1.78
21954560--21954794	19	13.1	18	72	15	141	33	12	10	43	1.77
21955881--21955965	21	4.0	22	82	3	93	1	29	16	52	1.51
21959114--21959963	60	14.1	59	96	2	1427	53	0	8	37	1.34
21960276--21960356	39	2.1	39	100	0	162	55	9	14	19	1.67
21965951--21966131	100	1.8	99	85	7	260	35	4	12	47	1.63
21969934--21970012	12	6.6	12	71	15	56	24	0	65	10	1.23
21975853--21975930	38	2.1	38	97	0	147	29	14	25	30	1.94
21983133--21983158	6	4.3	6	100	0	52	34	15	0	50	1.45
22000440--22000483	23	1.9	22	81	9	52	36	20	0	43	1.52
22001267--22001301	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
22006212--22006241	15	1.9	16	93	6	53	46	13	0	40	1.43
22006267--22006352	38	2.2	40	84	14	108	38	11	0	50	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22024014--22024042	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
22049218--22049290	19	3.7	19	70	17	60	39	5	5	49	1.49
22049227--22049303	38	2.0	39	87	2	111	38	7	5	48	1.55
22049241--22049374	20	6.9	20	69	19	88	43	8	3	44	1.52
22049343--22049376	10	3.4	10	83	0	50	44	5	0	50	1.26
22063734--22063791	29	2.0	29	89	0	89	22	17	34	25	1.96
22065501--22065546	24	2.0	24	91	4	76	69	6	0	23	1.11
22065517--22065557	17	2.4	17	92	8	66	65	9	0	24	1.22
22065904--22065961	26	2.2	27	87	3	82	29	3	0	67	1.07
22068559--22068587	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
22069188--22069347	45	3.4	44	80	14	194	41	20	18	19	1.90
22069188--22069347	51	3.2	49	84	10	204	41	20	18	19	1.90
22069282--22069308	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
22069551--22069636	40	2.2	40	83	6	104	39	19	6	33	1.79
22072593--22072618	9	2.9	9	100	0	52	46	23	23	7	1.78
22074908--22074950	20	2.2	20	100	0	86	41	23	16	18	1.89
22096549--22096599	24	2.1	24	82	7	59	0	15	17	66	1.25
22098071--22098104	15	2.2	15	89	5	50	38	0	0	61	0.96
22098044--22098097	21	2.5	22	85	5	67	37	0	1	61	1.07
22098759--22098810	19	2.6	20	73	14	54	40	0	3	55	1.18
22107511--22107564	21	2.5	22	82	5	67	35	0	3	61	1.14
22116338--22116391	21	2.5	22	82	5	67	35	0	3	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22125089--22125139	25	2.0	25	85	7	68	60	13	1	23	1.43
22125802--22125833	16	2.1	15	94	5	55	75	0	25	0	0.81
22126612--22126651	7	5.7	7	100	0	80	42	0	15	42	1.46
22127187--22127225	17	2.3	17	90	0	60	33	5	10	51	1.58
22127625--22127650	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
22132811--22132844	18	1.9	18	88	5	52	35	2	5	55	1.39
22132856--22132889	18	1.9	17	94	5	59	41	2	0	55	1.15
22135373--22135433	32	1.9	32	83	6	79	60	0	9	29	1.29
22143154--22143597	41	10.8	41	85	5	567	14	23	27	34	1.93
22143154--22143538	82	4.7	82	95	0	646	13	23	28	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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